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EMDB EMD-29950 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-03-13 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8GDR _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-03-06 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB ;Composite map used in construction of PDB 8GDR - SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 002-S21B10. ; EMD-29950 'associated EM volume' EMDB ;Overall map of SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 002-S21B10. Used in construction of composite map EMD-29950. ; EMD-29975 'consensus EM volume' EMDB ;Locally refined map of SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 002-S21B10. 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'Wrammert, J.' 14 ? primary 'Ahmed, R.' 15 ? primary 'Suthar, M.S.' 16 ? primary 'Murali-Krishna, K.' 17 ? primary 'Chandele, A.' 18 ? primary 'Ortlund, E.A.' 19 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Spike glycoprotein' 128766.031 3 ? ? ? ? 2 polymer man 'Monoclonal antibody 002-S21B10 heavy chain variable domain' 24113.283 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Monoclonal antibody 002-S21B10 light chain variable domain' 22861.320 2 ? ? ? ? 4 branched man '2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 424.401 4 ? ? ? ? 5 non-polymer man 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 221.208 28 ? ? ? ? # _entity_name_com.entity_id 1 _entity_name_com.name 'S glycoprotein,E2,Peplomer protein' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage 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;QITLKESGPTLVKSTQTLTLTCTFSGFSLSTYGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKRYTPSLKSRLTITKDTSKNQV VLTMTNMDPLDTATYYCAQHTVPTIFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSW NSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK ; C,H ? 3 'polypeptide(L)' no no ;QSALTQPASVSGSPEQSITISCSGTSRDIGGYNYVAWYQHHPGKAPKLMIYEVSNRPSGVSNRFSGSKSGNMASLTISGL QAEDKADYYCTSYTTGSTVVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVK AGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS ; ;QSALTQPASVSGSPEQSITISCSGTSRDIGGYNYVAWYQHHPGKAPKLMIYEVSNRPSGVSNRFSGSKSGNMASLTISGL QAEDKADYYCTSYTTGSTVVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVK AGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS ; D,J ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 5 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 GLY n 1 3 ILE n 1 4 LEU n 1 5 PRO n 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ALA J 211 SER J 216 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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C CYS 146 C CYS 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf10 disulf ? ? C CYS 22 SG ? ? ? 1_555 C CYS 90 SG ? ? D CYS 22 D CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 138 SG ? ? ? 1_555 C CYS 197 SG ? ? D CYS 138 D CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf12 disulf ? ? E CYS 310 SG ? ? ? 1_555 E CYS 320 SG ? ? F CYS 291 F CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf13 disulf ? ? E CYS 557 SG ? ? ? 1_555 E CYS 609 SG ? ? F CYS 538 F CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf14 disulf ? ? E CYS 636 SG ? ? ? 1_555 E CYS 668 SG ? ? F CYS 617 F CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf15 disulf ? ? E CYS 681 SG ? ? ? 1_555 E CYS 690 SG ? ? F CYS 662 F CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf16 disulf ? ? E CYS 757 SG ? ? ? 1_555 E CYS 779 SG ? ? F CYS 738 F CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf17 disulf ? ? E CYS 762 SG ? ? ? 1_555 E CYS 768 SG ? ? F CYS 743 F CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf18 disulf ? ? 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D ASN 622 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? E ASN 603 E NAG 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? D ASN 635 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? E ASN 616 E NAG 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? D ASN 676 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? E ASN 657 E NAG 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? D ASN 728 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? E ASN 709 E NAG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? D ASN 736 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? E ASN 717 g NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? D ASN 820 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? E ASN 801 i NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? D ASN 1093 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? E ASN 1074 E NAG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? D ASN 1117 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? E ASN 1098 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? D ASN 1153 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? E ASN 1134 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? E ASN 350 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? F ASN 331 F NAG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? E ASN 362 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? F ASN 343 F NAG 1208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? E ASN 622 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? F ASN 603 F NAG 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? E ASN 635 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? F ASN 616 F NAG 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? E ASN 676 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? F ASN 657 F NAG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? E ASN 728 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? F ASN 709 F NAG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? E ASN 736 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? F ASN 717 F NAG 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? E ASN 820 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? F ASN 801 F NAG 1211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? E ASN 1093 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? F ASN 1074 F NAG 1210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? E ASN 1117 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? F ASN 1098 F NAG 1209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? E ASN 1153 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? F ASN 1134 F NAG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale31 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? c NAG 1 c NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale32 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? e NAG 1 e NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale33 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? g NAG 1 g NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale34 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? i NAG 1 i NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 VAL 102 B . ? VAL 102 C PRO 103 B ? PRO 103 C 1 -0.97 2 PHE 152 B . ? PHE 152 C PRO 153 B ? PRO 153 C 1 -5.87 3 GLU 154 B . ? GLU 154 C PRO 155 B ? 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AG7 ? 3 ? AG8 ? 2 ? AG9 ? 4 ? AH1 ? 4 ? AH2 ? 6 ? AH3 ? 4 ? AH4 ? 4 ? AH5 ? 4 ? AH6 ? 3 ? AH7 ? 5 ? AH8 ? 4 ? AH9 ? 2 ? AI1 ? 4 ? AI2 ? 4 ? AI3 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC1 5 6 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD3 5 6 ? anti-parallel AD3 6 7 ? anti-parallel AD3 7 8 ? parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD7 4 5 ? anti-parallel AD7 5 6 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD8 4 5 ? anti-parallel AD9 1 2 ? parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE2 1 2 ? parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? anti-parallel AF3 4 5 ? anti-parallel AF3 5 6 ? anti-parallel AF3 6 7 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? anti-parallel AF6 4 5 ? anti-parallel AF6 5 6 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF8 3 4 ? anti-parallel AF8 4 5 ? anti-parallel AF9 1 2 ? parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG1 4 5 ? anti-parallel AG2 1 2 ? parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG4 1 2 ? parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG4 3 4 ? anti-parallel AG5 1 2 ? anti-parallel AG5 2 3 ? anti-parallel AG5 3 4 ? anti-parallel AG6 1 2 ? anti-parallel AG6 2 3 ? anti-parallel AG7 1 2 ? anti-parallel AG7 2 3 ? anti-parallel AG8 1 2 ? anti-parallel AG9 1 2 ? anti-parallel AG9 2 3 ? anti-parallel AG9 3 4 ? parallel AH1 1 2 ? anti-parallel AH1 2 3 ? anti-parallel AH1 3 4 ? anti-parallel AH2 1 2 ? parallel AH2 2 3 ? anti-parallel AH2 3 4 ? anti-parallel AH2 4 5 ? anti-parallel AH2 5 6 ? anti-parallel AH3 1 2 ? parallel AH3 2 3 ? anti-parallel AH3 3 4 ? anti-parallel AH4 1 2 ? anti-parallel AH4 2 3 ? anti-parallel AH4 3 4 ? anti-parallel AH5 1 2 ? anti-parallel AH5 2 3 ? anti-parallel AH5 3 4 ? anti-parallel AH6 1 2 ? anti-parallel AH6 2 3 ? anti-parallel AH7 1 2 ? parallel AH7 2 3 ? anti-parallel AH7 3 4 ? anti-parallel AH7 4 5 ? anti-parallel AH8 1 2 ? parallel AH8 2 3 ? anti-parallel AH8 3 4 ? anti-parallel AH9 1 2 ? anti-parallel AI1 1 2 ? anti-parallel AI1 2 3 ? anti-parallel AI1 3 4 ? anti-parallel AI2 1 2 ? anti-parallel AI2 2 3 ? anti-parallel AI2 3 4 ? anti-parallel AI3 1 2 ? anti-parallel AI3 2 3 ? anti-parallel AI3 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ALA A 46 ? 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