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155 155 155 VAL VAL 7 . n P 3 156 THR 156 156 156 THR THR 7 . n P 3 157 GLY 157 157 157 GLY GLY 7 . n P 3 158 THR 158 158 158 THR THR 7 . n P 3 159 ALA 159 159 159 ALA ALA 7 . n P 3 160 PRO 160 160 160 PRO PRO 7 . n P 3 161 ASN 161 161 161 ASN ASN 7 . n P 3 162 PHE 162 162 162 PHE PHE 7 . n P 3 163 THR 163 163 163 THR THR 7 . n P 3 164 ILE 164 164 164 ILE ILE 7 . n P 3 165 VAL 165 165 165 VAL VAL 7 . n P 3 166 THR 166 166 166 THR THR 7 . n P 3 167 THR 167 167 167 THR THR 7 . n P 3 168 ARG 168 168 168 ARG ARG 7 . n P 3 169 THR 169 169 169 THR THR 7 . n P 3 170 ASP 170 170 170 ASP ASP 7 . n P 3 171 VAL 171 171 171 VAL VAL 7 . n P 3 172 THR 172 172 172 THR THR 7 . n P 3 173 ILE 173 173 173 ILE ILE 7 . n P 3 174 THR 174 174 174 THR THR 7 . n P 3 175 ALA 175 175 175 ALA ALA 7 . n P 3 176 SER 176 176 176 SER SER 7 . n P 3 177 GLY 177 177 177 GLY GLY 7 . n P 3 178 GLU 178 178 178 GLU GLU 7 . n P 3 179 GLY 179 179 179 GLY GLY 7 . n P 3 180 VAL 180 180 180 VAL VAL 7 . n P 3 181 THR 181 181 181 THR THR 7 . n P 3 182 VAL 182 182 182 VAL VAL 7 . n P 3 183 THR 183 183 183 THR THR 7 . n P 3 184 GLU 184 184 184 GLU GLU 7 . n P 3 185 ALA 185 185 185 ALA ALA 7 . n P 3 186 THR 186 186 186 THR THR 7 . n P 3 187 SER 187 187 187 SER SER 7 . n P 3 188 VAL 188 188 188 VAL VAL 7 . n P 3 189 ALA 189 189 189 ALA ALA 7 . n P 3 190 ALA 190 190 190 ALA ALA 7 . n P 3 191 ALA 191 191 191 ALA ALA 7 . n P 3 192 GLY 192 192 192 GLY GLY 7 . n P 3 193 THR 193 193 193 THR THR 7 . n P 3 194 ASN 194 194 194 ASN ASN 7 . n P 3 195 TYR 195 195 195 TYR TYR 7 . n P 3 196 TYR 196 196 196 TYR TYR 7 . n P 3 197 GLY 197 197 197 GLY GLY 7 . n P 3 198 HIS 198 198 198 HIS HIS 7 . n P 3 199 ALA 199 199 199 ALA ALA 7 . n P 3 200 ASP 200 200 200 ASP ASP 7 . n P 3 201 GLY 201 201 201 GLY GLY 7 . n P 3 202 THR 202 202 202 THR THR 7 . n P 3 203 VAL 203 203 203 VAL VAL 7 . n P 3 204 ASN 204 204 204 ASN ASN 7 . n P 3 205 ALA 205 205 205 ALA ALA 7 . n P 3 206 VAL 206 206 206 VAL VAL 7 . n P 3 207 LYS 207 207 207 LYS LYS 7 . n P 3 208 GLY 208 208 208 GLY GLY 7 . n P 3 209 SER 209 209 209 SER SER 7 . n P 3 210 ASP 210 210 210 ASP ASP 7 . n P 3 211 GLY 211 211 211 GLY GLY 7 . n P 3 212 VAL 212 212 212 VAL VAL 7 . n P 3 213 TYR 213 213 213 TYR TYR 7 . n P 3 214 VAL 214 214 214 VAL VAL 7 . n P 3 215 GLY 215 215 215 GLY GLY 7 . n P 3 216 HIS 216 216 216 HIS HIS 7 . n P 3 217 THR 217 217 217 THR THR 7 . n P 3 218 GLN 218 218 218 GLN GLN 7 . n P 3 219 GLU 219 219 219 GLU GLU 7 . n P 3 220 ALA 220 220 220 ALA ALA 7 . n P 3 221 ASP 221 221 221 ASP ASP 7 . n P 3 222 ARG 222 222 222 ARG ARG 7 . n P 3 223 LEU 223 223 223 LEU LEU 7 . n P 3 224 ILE 224 224 224 ILE ILE 7 . n P 3 225 VAL 225 225 225 VAL VAL 7 . n P 3 226 ASN 226 226 226 ASN ASN 7 . n P 3 227 VAL 227 227 227 VAL VAL 7 . n P 3 228 LYS 228 228 228 LYS LYS 7 . n P 3 229 ASP 229 229 229 ASP ASP 7 . n P 3 230 GLU 230 230 230 GLU GLU 7 . n P 3 231 GLU 231 231 231 GLU GLU 7 . n P 3 232 ASP 232 232 232 ASP ASP 7 . n # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8GIU _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8GIU _struct.title 'Mycobacterium phage Patience' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8GIU _struct_keywords.text 'HK97-fold, T=7, tailed bacteriophage, VIRUS' _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP G1JWB5_9CAUD G1JWB5 ? 1 ;MANRTVSPSTQGVRPAMRQMYNGRNVATRPIPLIVDTSEIRAIMAAAADARPKTSAVNFPQSGPRPAGAAVVFGTKVSGA PGNVVSNNAATFAPLTGTQNFE ; 1 2 UNP G1JWD4_9CAUD G1JWD4 ? 2 ;MATKELKIGGVPVFPIFGGTAPVRQEGIMTQGDLVTVTSDGIDLNALWNSFAESIAIYNEAMDNLIQLLTYPVTVPVEPV VQIGETTFEEATELGVPRGAGLPIEVFQMGYDLRHYDKRNAYSWMFLADADGRQVEAIHDAVLWADKRLVFRKVMEALFD NRTRRANIRNQAYNVYPLYNGDGVPPPRFKNNVFDETHSHYVISHNSVVDSSDLEDLMELLAEHGYSPQAGTQFLLLANK AETDAIRQFRRGVVNNNGATAGYDFIPSPTQPAMMLPNAEGLLGNQPAPTFGGLAVIGSYGFWNIVEEDYIPPGYLVGVG YGGAFNLGNPVGLRQHANPAMQGLRIIAGNYQRYPLVDGFYARSFGTGVRQRGGAAIMQIKASGAYECPPIYKKGGGFLV ; 1 3 UNP G1JWD3_9CAUD G1JWD3 ? 3 ;MALKTKPRWDKYDGYVGNYRGVLGEDIDLDTEANRVLAVGTNSNGAIVVGAGQTGIKGLMIVAVGADIHGAMLDGGINNH AGDPQDVGKHGEITNFQPTVFGRTFGVAISATEGNVKLAVNGVDTGNIAYDTSAANLKSGIVAVDDGFTADDFTVTGTAP NFTIVTTRTDVTITASGEGVTVTEATSVAAAGTNYYGHADGTVNAVKGSDGVYVGHTQEADRLIVNVKDEED ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8GIU Z 1 ? 102 ? G1JWB5 1 ? 102 ? 1 102 2 1 8GIU Y 1 ? 102 ? G1JWB5 1 ? 102 ? 1 102 3 2 8GIU E 1 ? 400 ? G1JWD4 1 ? 400 ? 1 400 4 2 8GIU F 1 ? 400 ? G1JWD4 1 ? 400 ? 1 400 5 2 8GIU A 1 ? 400 ? G1JWD4 1 ? 400 ? 1 400 6 2 8GIU B 1 ? 400 ? G1JWD4 1 ? 400 ? 1 400 7 2 8GIU C 1 ? 400 ? G1JWD4 1 ? 400 ? 1 400 8 2 8GIU D 1 ? 400 ? G1JWD4 1 ? 400 ? 1 400 9 2 8GIU G 1 ? 400 ? G1JWD4 1 ? 400 ? 1 400 10 3 8GIU 1 1 ? 232 ? G1JWD3 1 ? 232 ? 1 232 11 3 8GIU 2 1 ? 232 ? G1JWD3 1 ? 232 ? 1 232 12 3 8GIU 3 1 ? 232 ? G1JWD3 1 ? 232 ? 1 232 13 3 8GIU 4 1 ? 232 ? G1JWD3 1 ? 232 ? 1 232 14 3 8GIU 5 1 ? 232 ? G1JWD3 1 ? 232 ? 1 232 15 3 8GIU 6 1 ? 232 ? G1JWD3 1 ? 232 ? 1 232 16 3 8GIU 7 1 ? 232 ? G1JWD3 1 ? 232 ? 1 232 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 960-meric 960 2 'icosahedral asymmetric unit' ? hexadecameric 16 3 'icosahedral pentamer' ? 80-meric 80 4 'icosahedral 23 hexamer' ? 96-meric 96 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? hexadecameric 16 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P 3 '(1-5)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P 5 P A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? 0.30901900 0.80901574 -0.50000078 -296.02624 0.80901670 -0.50000172 -0.30901499 0.00083 -0.49999924 -0.30901748 -0.80901728 775.00582 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.80901604 -0.50000154 182.95432 -0.80901641 0.50000096 0.30901701 478.97908 0.50000097 0.30901794 0.80901604 -296.02627 3 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.49999905 -0.30901852 775.00566 -0.49999999 -0.30901449 0.80901796 478.97887 0.30901701 0.80901853 0.49999749 -296.02580 4 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.49999998 0.30901702 957.95919 0.49999906 -0.30901449 0.80901854 -0.00033 -0.30901853 0.80901796 0.49999750 0.00076 5 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.80901639 0.50000096 478.97935 0.80901605 0.50000096 0.30901794 -296.02555 -0.50000154 0.30901700 0.80901604 182.95476 6 'point symmetry operation' ? ? -0.50000152 0.30901701 0.80901605 182.95412 0.30901701 -0.80901640 0.50000096 478.98061 0.80901605 0.50000096 0.30901791 -296.02619 7 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000003 1.00000000 -0.00064 1.00000001 0.00000000 -0.00000001 0.00127 -0.00000002 0.99999999 -0.00000002 -0.00063 8 'point symmetry operation' ? ? 0.50000095 0.30901796 0.80901604 -296.02689 0.30901698 0.80901604 -0.50000155 182.95560 -0.80901641 0.50000094 0.30901700 478.97845 9 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.80901853 0.49999751 -296.02642 -0.80901701 0.49999904 -0.30901852 775.00694 -0.49999998 -0.30901451 0.80901795 478.97824 10 'point symmetry operation' ? ? -0.30901852 0.80901794 0.49999752 0.00013 -0.80901699 -0.50000000 0.30901702 957.96046 0.49999907 -0.30901449 0.80901852 -0.00097 11 'point symmetry operation' ? ? 0.30901603 -0.80901948 -0.49999657 957.96011 -0.80901949 -0.49999656 0.30901605 957.96047 -0.49999656 0.30901605 -0.80901948 957.95949 12 'point symmetry operation' ? ? 0.50000247 -0.30901950 -0.80901452 775.00464 0.30901297 -0.80901699 0.50000249 478.98210 -0.80901701 -0.49999845 -0.30901947 1253.98620 13 'point symmetry operation' ? ? 0.00000306 -0.00000003 -1.00000000 957.95793 1.00000001 -0.00000308 0.00000306 0.00128 -0.00000309 -0.99999999 0.00000002 957.96212 14 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.30901547 -0.80901758 1253.98475 0.30902102 0.80901545 -0.50000002 182.95322 0.80901546 -0.50000345 -0.30901545 478.98248 15 'point symmetry operation' ? ? -0.30901948 -0.80901699 -0.49999846 1253.98609 -0.80901451 0.50000248 -0.30901948 775.00456 0.50000249 0.30901296 -0.80901699 478.98085 16 'point symmetry operation' ? ? -0.80901452 0.50000247 -0.30901948 775.00330 0.50000248 0.30901295 -0.80901701 478.98152 -0.30901948 -0.80901701 -0.49999844 1253.98671 17 'point symmetry operation' ? ? -0.80901947 -0.49999657 0.30901605 957.95920 -0.49999657 0.30901602 -0.80901949 957.96016 0.30901606 -0.80901948 -0.49999655 957.96071 18 'point symmetry operation' ? ? 0.30901298 -0.80901699 0.50000248 478.98083 -0.80901700 -0.49999847 -0.30901947 1253.98685 0.50000249 -0.30901948 -0.80901451 775.00524 19 'point symmetry operation' ? ? 1.00000000 -0.00000307 0.00000305 0.00001 -0.00000307 -1.00000000 0.00000000 957.96277 0.00000305 0.00000000 -1.00000000 957.95854 20 'point symmetry operation' ? ? 0.30902100 0.80901544 -0.50000002 182.95196 0.80901546 -0.50000344 -0.30901547 478.98313 -0.50000002 -0.30901547 -0.80901756 1253.98537 21 'point symmetry operation' ? ? -0.30901547 0.80901545 -0.50000343 478.98032 -0.80901759 -0.50000000 -0.30901544 1253.98594 -0.49999998 0.30902103 0.80901547 182.95236 22 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 -0.00000305 957.96023 0.00000000 -1.00000000 0.00000309 957.95982 -0.00000305 0.00000310 1.00000000 -0.00002 23 'point symmetry operation' ? ? -0.30901852 -0.80901698 0.49999907 775.00680 0.80901795 -0.50000000 -0.30901451 478.97983 0.49999751 0.30901702 0.80901852 -296.02536 24 'point symmetry operation' ? ? 0.80901605 -0.50000152 0.30901699 182.95546 0.50000095 0.30901699 -0.80901642 478.98003 0.30901793 0.80901605 0.50000095 -296.02670 25 'point symmetry operation' ? ? 0.80901794 0.49999752 -0.30901854 0.00104 -0.50000001 0.30901699 -0.80901699 957.96015 -0.30901451 0.80901852 0.49999906 -0.00219 26 'point symmetry operation' ? ? -0.00000306 -0.99999999 0.00000000 957.96149 0.00000307 -0.00000002 -1.00000001 957.95919 1.00000000 -0.00000306 0.00000307 0.00061 27 'point symmetry operation' ? ? 0.80901546 -0.50000343 -0.30901547 478.98185 -0.50000001 -0.30901546 -0.80901758 1253.98602 0.30902101 0.80901545 -0.50000000 182.95256 28 'point symmetry operation' ? ? 0.50000247 0.30901296 -0.80901701 478.98025 -0.30901949 -0.80901700 -0.49999846 1253.98737 -0.80901451 0.50000249 -0.30901946 775.00390 29 'point symmetry operation' ? ? -0.49999658 0.30901602 -0.80901947 957.95889 0.30901604 -0.80901949 -0.49999656 957.96138 -0.80901948 -0.49999655 0.30901608 957.95980 30 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.49999848 -0.30901946 1253.98558 0.50000248 -0.30901950 -0.80901451 775.00590 0.30901298 -0.80901697 0.50000250 478.98143 31 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.30901449 0.80901795 478.97762 0.30901699 0.80901854 0.49999750 -296.02515 -0.80901700 0.49999903 -0.30901854 775.00630 32 'point symmetry operation' ? ? 0.49999905 -0.30901450 0.80901853 -0.00158 -0.30901854 0.80901795 0.49999752 0.00140 -0.80901699 -0.50000000 0.30901699 957.95983 33 'point symmetry operation' ? ? 0.80901605 0.50000094 0.30901794 -296.02681 -0.50000153 0.30901700 0.80901606 182.95540 0.30901700 -0.80901640 0.50000094 478.97998 34 'point symmetry operation' ? ? 0.00000001 0.99999999 0.00000000 -0.00127 0.00000002 0.00000002 1.00000001 0.00063 1.00000000 0.00000000 -0.00000003 0.00064 35 'point symmetry operation' ? ? -0.80901640 0.50000096 0.30901699 478.97781 0.50000096 0.30901796 0.80901604 -296.02563 0.30901699 0.80901602 -0.50000156 182.95497 36 'point symmetry operation' ? ? 0.80901853 0.49999903 -0.30901453 -0.00189 0.49999753 -0.30901852 0.80901794 0.00262 0.30901698 -0.80901700 -0.50000001 957.96073 37 'point symmetry operation' ? ? -0.30901451 0.80901793 -0.50000001 478.97704 0.80901854 0.49999752 0.30901697 -296.02464 0.49999903 -0.30901856 -0.80901700 775.00765 38 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000307 0.00000000 957.95729 0.00000307 1.00000000 -0.00000309 0.00000 0.00000000 -0.00000310 -1.00000000 957.96149 39 'point symmetry operation' ? ? -0.30901948 -0.80901450 0.50000249 775.00444 -0.80901700 0.50000249 0.30901297 478.98056 -0.49999846 -0.30901949 -0.80901699 1253.98627 40 'point symmetry operation' ? ? 0.80901546 -0.50000000 0.30902100 182.95310 -0.50000343 -0.30901545 0.80901547 478.98218 -0.30901546 -0.80901757 -0.50000000 1253.98581 41 'point symmetry operation' ? ? -0.30901547 -0.80901759 -0.49999998 1253.98518 0.80901546 -0.50000000 0.30902102 182.95436 -0.50000344 -0.30901543 0.80901547 478.98152 42 'point symmetry operation' ? ? 0.30901700 -0.80901700 -0.49999999 957.96010 0.80901854 0.49999904 -0.30901452 -0.00064 0.49999751 -0.30901852 0.80901795 0.00198 43 'point symmetry operation' ? ? 0.49999905 -0.30901853 -0.80901699 775.00701 -0.30901451 0.80901794 -0.50000000 478.97829 0.80901853 0.49999751 0.30901699 -296.02529 44 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 -0.00000307 -1.00000000 957.96086 -1.00000001 0.00000308 0.00000001 957.95855 0.00000309 0.99999999 -0.00000307 -0.00065 45 'point symmetry operation' ? 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ASP A 131 ASP A 160 1 ? 30 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP E 210 ? GLU E 223 ? ASP A 210 GLU A 223 1 ? 14 HELX_P HELX_P31 AD4 ASN E 239 ? ARG E 247 ? ASN A 239 ARG A 247 1 ? 9 HELX_P HELX_P32 AD5 ASN E 255 ? ALA E 259 ? ASN A 255 ALA A 259 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 ASN E 338 ? GLN E 342 ? ASN A 338 GLN A 342 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO E 389 ? LYS E 393 ? PRO A 389 LYS A 393 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP F 43 ? ASN F 49 ? ASP B 43 ASN B 49 5 ? 7 HELX_P HELX_P36 AD9 SER F 50 ? ILE F 55 ? SER B 50 ILE B 55 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 ILE F 55 ? LEU F 69 ? ILE B 55 LEU B 69 1 ? 15 HELX_P HELX_P38 AE2 TRP F 124 ? ALA F 130 ? TRP B 124 ALA B 130 1 ? 7 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP F 131 ? ASP F 160 ? ASP B 131 ASP B 160 1 ? 30 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP F 210 ? GLU F 223 ? ASP B 210 GLU B 223 1 ? 14 HELX_P HELX_P41 AE5 SER F 227 ? ALA F 230 ? SER B 227 ALA B 230 5 ? 4 HELX_P HELX_P42 AE6 ASN F 239 ? ARG F 247 ? ASN B 239 ARG B 247 1 ? 9 HELX_P HELX_P43 AE7 ASN F 255 ? ALA F 259 ? ASN B 255 ALA B 259 5 ? 5 HELX_P HELX_P44 AE8 ASN F 338 ? GLN F 342 ? ASN B 338 GLN B 342 5 ? 5 HELX_P HELX_P45 AE9 PRO F 389 ? GLY F 397 ? PRO B 389 GLY B 397 5 ? 9 HELX_P HELX_P46 AF1 ASP G 43 ? LEU G 47 ? ASP C 43 LEU C 47 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 AF2 PHE G 51 ? LEU G 69 ? PHE C 51 LEU C 69 1 ? 19 HELX_P HELX_P48 AF3 TRP G 124 ? ALA G 130 ? TRP C 124 ALA C 130 1 ? 7 HELX_P HELX_P49 AF4 ASP G 131 ? ASP G 160 ? ASP C 131 ASP C 160 1 ? 30 HELX_P HELX_P50 AF5 ASP G 210 ? GLU G 223 ? ASP C 210 GLU C 223 1 ? 14 HELX_P HELX_P51 AF6 ASN G 239 ? ARG G 247 ? ASN C 239 ARG C 247 1 ? 9 HELX_P HELX_P52 AF7 ASN G 255 ? ALA G 259 ? ASN C 255 ALA C 259 5 ? 5 HELX_P HELX_P53 AF8 ASN G 338 ? GLN G 342 ? ASN C 338 GLN C 342 5 ? 5 HELX_P HELX_P54 AF9 PRO G 389 ? LYS G 393 ? PRO C 389 LYS C 393 5 ? 5 HELX_P HELX_P55 AG1 ASP H 43 ? LEU H 47 ? ASP D 43 LEU D 47 5 ? 5 HELX_P HELX_P56 AG2 PHE H 51 ? LEU H 69 ? PHE D 51 LEU D 69 1 ? 19 HELX_P HELX_P57 AG3 TRP H 124 ? ALA H 130 ? 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ASN G 255 ALA G 259 5 ? 5 HELX_P HELX_P72 AH9 ASN I 338 ? GLN I 342 ? ASN G 338 GLN G 342 5 ? 5 HELX_P HELX_P73 AI1 SER J 133 ? ALA J 143 ? SER 1 133 ALA 1 143 1 ? 11 HELX_P HELX_P74 AI2 THR J 149 ? ASP J 151 ? THR 1 149 ASP 1 151 5 ? 3 HELX_P HELX_P75 AI3 ASP K 28 ? ALA K 33 ? ASP 2 28 ALA 2 33 1 ? 6 HELX_P HELX_P76 AI4 ALA K 135 ? ALA K 143 ? ALA 2 135 ALA 2 143 1 ? 9 HELX_P HELX_P77 AI5 ASP L 28 ? ALA L 33 ? ASP 3 28 ALA 3 33 1 ? 6 HELX_P HELX_P78 AI6 SER L 133 ? ALA L 143 ? SER 3 133 ALA 3 143 1 ? 11 HELX_P HELX_P79 AI7 SER M 133 ? ALA M 143 ? SER 4 133 ALA 4 143 1 ? 11 HELX_P HELX_P80 AI8 ASP N 28 ? ALA N 33 ? ASP 5 28 ALA 5 33 1 ? 6 HELX_P HELX_P81 AI9 SER N 133 ? ALA N 143 ? SER 5 133 ALA 5 143 1 ? 11 HELX_P HELX_P82 AJ1 SER O 133 ? VAL O 142 ? SER 6 133 VAL 6 142 1 ? 10 HELX_P HELX_P83 AJ2 SER P 133 ? ALA P 143 ? 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AJ1 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 5 6 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? parallel AB4 5 6 ? anti-parallel AB4 6 7 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? 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Model then used for rest of asymmetric unit and refined with Phenix. Final step involved using Isolde. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'AB INITIO MODEL' # _em_3d_reconstruction.entry_id 8GIU _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 2.39 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 61957 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.name 'Mycobacterium phage Patience' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3 # _em_imaging.entry_id 8GIU _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? # _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category ? _em_virus_entity.virus_type VIRION _em_virus_entity.virus_isolate STRAIN _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.enveloped NO _em_virus_entity.empty NO _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.entry_id 8GIU _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 283 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8GIU _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8GIU _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry I # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 Z MET 1 ? 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