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EMDB EMD-40088 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'HIV-1 Env subtype C CZA97.12 SOSIP.664 in complex with 3BNC117 Fab' _pdbx_database_related.db_id EMD-40088 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8GJE _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-03-15 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Ozorowski, G.' 1 0000-0002-9695-8138 'Lee, J.H.' 2 0000-0001-7371-845X 'Ward, A.B.' 3 0000-0001-7153-3769 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Plos Pathog.' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1553-7374 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 19 _citation.language ? _citation.page_first e1011601 _citation.page_last e1011601 _citation.title 'Glycan heterogeneity as a cause of the persistent fraction in HIV-1 neutralization.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1371/journal.ppat.1011601 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37903160 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ringe, R.P.' 1 ? primary 'Colin, P.' 2 ? primary 'Ozorowski, G.' 3 ? primary 'Allen, J.D.' 4 ? primary 'Yasmeen, A.' 5 ? primary 'Seabright, G.E.' 6 ? primary 'Lee, J.H.' 7 ? primary 'Antanasijevic, A.' 8 ? primary 'Rantalainen, K.' 9 ? primary 'Ketas, T.' 10 ? primary 'Moore, J.P.' 11 ? primary 'Ward, A.B.' 12 ? primary 'Crispin, M.' 13 ? primary 'Klasse, P.J.' 14 0000-0001-8222-278X # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8GJE _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8GJE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'CZA97.12 SOSIP.664 Envelope glycoprotein gp120' 56995.121 3 ? 'A501C, and also cleavage site mutations to introduce a furin cleavage site' ? ? 2 polymer man 'CZA97.12 SOSIP.664 Envelope glycoprotein gp41' 17279.670 3 ? 'L535M, I559P, T605C, Q567K' ? ? 3 polymer man '3BNC117 Fab heavy chain' 24656.484 3 ? ? ? ? 4 polymer man '3BNC117 kappa light chain' 23022.658 3 ? ? ? ? 5 branched man '2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 424.401 18 ? ? ? ? 6 branched man ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 732.682 3 ? ? ? ? 7 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 1559.386 3 ? ? ? ? 8 branched man 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ATGDIIGDIRQAYCNISGSKWNETLKRVKEKLQENYNNNKTIKFAPSSGGDLEITTHSFNCRGEFFYCNTTRLFNNNATE DETITLPCRIKQIINMWQGVGRAMYAPPIAGNITCKSNITGLLLVRDGGEDNKTEEIFRPGGGNMKDNWRSELYKYKVIE LKPLGIAPTGCKRRVVERRRRRR ; ;MDAMKRGLCCVLLLCGAVFVSPSQEIHARFRRGARVGNMWVTVYYGVPVWTDAKTTLFCASDTKAYDREVHNVWATHACV PTDPNPQEIVLENVTENFNMWKNDMVDQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLHCTNATFKNNVTNDMNKEIRNCSFNT TTEIRDKKQQGYALFYRPDIVLLKENRNNSNNSEYILINCNASTITQACPKVNFDPIPIHYCAPAGYAILKCNNKTFSGK GPCNNVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEKEIIIRSENLTDNVKTIIVHLNKSVEIVCTRPNNNTRKSMRIGPGQTFY ATGDIIGDIRQAYCNISGSKWNETLKRVKEKLQENYNNNKTIKFAPSSGGDLEITTHSFNCRGEFFYCNTTRLFNNNATE DETITLPCRIKQIINMWQGVGRAMYAPPIAGNITCKSNITGLLLVRDGGEDNKTEEIFRPGGGNMKDNWRSELYKYKVIE LKPLGIAPTGCKRRVVERRRRRR ; A,C,D ? 2 'polypeptide(L)' no no ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARQLLSSIVQQQSNLLRAPEAQQHMLKLTVWGIKQLQTRVLAIERYLKDQQ LLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNKSQTDIWNNMTWMEWDREISNYTDTIYRLLEDSQTQQEKNEKDLLALD ; ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARQLLSSIVQQQSNLLRAPEAQQHMLKLTVWGIKQLQTRVLAIERYLKDQQ LLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNKSQTDIWNNMTWMEWDREISNYTDTIYRLLEDSQTQQEKNEKDLLALD ; B,E,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;QVQLLQSGAAVTKPGASVRVSCEASGYNIRDYFIHWWRQAPGQGLQWVGWINPKTGQPNNPRQFQGRVSLTRHASWDFDT YSFYMDLKALRSDDTAVYFCARQRSDYWDFDVWGSGTQVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPV TVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC ; ;QVQLLQSGAAVTKPGASVRVSCEASGYNIRDYFIHWWRQAPGQGLQWVGWINPKTGQPNNPRQFQGRVSLTRHASWDFDT YSFYMDLKALRSDDTAVYFCARQRSDYWDFDVWGSGTQVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPV TVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC ; H,G,I ? 4 'polypeptide(L)' no no ;DIQMTQSPSSLSASVGDTVTITCQANGYLNWYQQRRGKAPKLLIYDGSKLERGVPSRFSGRRWGQEYNLTINNLQPEDIA TYFCQVYEFVVPGTRLDLKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDS KDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC ; ;DIQMTQSPSSLSASVGDTVTITCQANGYLNWYQQRRGKAPKLLIYDGSKLERGVPSRFSGRRWGQEYNLTINNLQPEDIA TYFCQVYEFVVPGTRLDLKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDS KDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC ; L,J,K ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ASP n 1 3 ALA n 1 4 MET n 1 5 LYS n 1 6 ARG n 1 7 GLY n 1 8 LEU n 1 9 CYS n 1 10 CYS n 1 11 VAL n 1 12 LEU n 1 13 LEU n 1 14 LEU n 1 15 CYS n 1 16 GLY n 1 17 ALA n 1 18 VAL n 1 19 PHE n 1 20 VAL n 1 21 SER n 1 22 PRO n 1 23 SER n 1 24 GLN n 1 25 GLU n 1 26 ILE n 1 27 HIS n 1 28 ALA n 1 29 ARG n 1 30 PHE n 1 31 ARG n 1 32 ARG n 1 33 GLY n 1 34 ALA n 1 35 ARG n 1 36 VAL n 1 37 GLY n 1 38 ASN n 1 39 MET n 1 40 TRP n 1 41 VAL n 1 42 THR n 1 43 VAL n 1 44 TYR n 1 45 TYR n 1 46 GLY n 1 47 VAL n 1 48 PRO n 1 49 VAL n 1 50 TRP n 1 51 THR n 1 52 ASP n 1 53 ALA n 1 54 LYS n 1 55 THR n 1 56 THR n 1 57 LEU n 1 58 PHE n 1 59 CYS n 1 60 ALA n 1 61 SER n 1 62 ASP n 1 63 THR n 1 64 LYS n 1 65 ALA n 1 66 TYR n 1 67 ASP n 1 68 ARG n 1 69 GLU n 1 70 VAL n 1 71 HIS n 1 72 ASN n 1 73 VAL n 1 74 TRP n 1 75 ALA n 1 76 THR n 1 77 HIS n 1 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'expression tag' 3 52 5 8GJE CYS C 9 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 4 53 5 8GJE CYS C 10 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 5 54 5 8GJE VAL C 11 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 6 55 5 8GJE LEU C 12 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 7 56 5 8GJE LEU C 13 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 8 57 5 8GJE LEU C 14 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 9 58 5 8GJE CYS C 15 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 10 59 5 8GJE GLY C 16 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 11 60 5 8GJE ALA C 17 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 12 61 5 8GJE VAL C 18 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 13 62 5 8GJE PHE C 19 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 14 63 5 8GJE VAL C 20 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 15 64 5 8GJE SER C 21 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 16 65 5 8GJE PRO C 22 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 17 66 5 8GJE SER C 23 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 18 67 5 8GJE GLN C 24 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 19 68 5 8GJE GLU C 25 ? UNP Q994M9 ? ? 'expression tag' 20 69 5 8GJE ILE C 26 ? UNP Q994M9 ? ? 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D CYS 501 F CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf37 disulf ? ? J CYS 87 SG ? ? ? 1_555 J CYS 93 SG ? ? F CYS 598 F CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf38 disulf ? ? K CYS 22 SG ? ? ? 1_555 K CYS 100 SG ? ? I CYS 22 I CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf39 disulf ? ? L CYS 23 SG ? ? ? 1_555 L CYS 84 SG ? ? K CYS 23 K CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? covale1 covale one ? A ASN 93 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? A ASN 88 A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 138 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? A ASN 133 A NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 155 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 156 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 159 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 160 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 201 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 197 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 230 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 245 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 241 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 266 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 262 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 280 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? A ASN 276 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 293 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? A ASN 289 A NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 305 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? A ASN 301 A NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 335 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 332 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 342 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? A ASN 339 A NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 389 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 386 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 432 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? A ASN 442 A NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 438 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? A ASN 448 A NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? B ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? B ASN 611 B NAG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? B ASN 114 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? B ASN 625 B NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? B ASN 637 B NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? D ASN 68 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? L ASN 72 L NAG 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? E ASN 93 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? C ASN 88 C NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? E ASN 138 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? C ASN 133 C NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? E ASN 155 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 156 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? E ASN 159 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 160 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? E ASN 201 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? C ASN 197 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? E ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? C ASN 230 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? E ASN 245 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? C ASN 241 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? E ASN 266 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? C ASN 262 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? E ASN 280 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? C ASN 276 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? E ASN 293 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? C ASN 289 C NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? E ASN 305 ND2 ? ? ? 1_555 BB NAG . C1 ? ? C ASN 301 C NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? E ASN 335 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? C ASN 332 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? E ASN 342 ND2 ? ? ? 1_555 CB NAG . C1 ? ? C ASN 339 C NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? E ASN 389 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? C ASN 386 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? E ASN 432 ND2 ? ? ? 1_555 DB NAG . C1 ? ? C ASN 442 C NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? E ASN 438 ND2 ? ? ? 1_555 EB NAG . C1 ? ? C ASN 448 C NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? F ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 FB NAG . C1 ? ? E ASN 611 E NAG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? F ASN 114 ND2 ? ? ? 1_555 GB NAG . C1 ? ? E ASN 625 E NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale39 covale one ? F ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 HB NAG . C1 ? ? E ASN 637 E NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale40 covale one ? H ASN 68 ND2 ? ? ? 1_555 IB NAG . C1 ? ? J ASN 72 J NAG 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale41 covale one ? I ASN 93 ND2 ? ? ? 1_555 JB NAG . C1 ? ? D ASN 88 D NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale42 covale one ? I ASN 138 ND2 ? ? ? 1_555 KB NAG . C1 ? ? D ASN 133 D NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale43 covale one ? I ASN 155 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? D ASN 156 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale44 covale one ? I ASN 159 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? D ASN 160 f NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale45 covale one ? I ASN 201 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? D ASN 197 g NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale46 covale one ? I ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? D ASN 230 h NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale47 covale one ? I ASN 245 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? D ASN 241 i NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale48 covale one ? I ASN 266 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? D ASN 262 j NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale49 covale one ? I ASN 280 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? D ASN 276 m NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale50 covale one ? I ASN 293 ND2 ? ? ? 1_555 LB NAG . C1 ? ? D ASN 289 D NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale51 covale one ? I ASN 305 ND2 ? ? ? 1_555 MB NAG . C1 ? ? D ASN 301 D NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale52 covale one ? I ASN 335 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? D ASN 332 k NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale53 covale one ? I ASN 342 ND2 ? ? ? 1_555 NB NAG . C1 ? ? D ASN 339 D NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale54 covale one ? I ASN 389 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? D ASN 386 l NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale55 covale one ? I ASN 432 ND2 ? ? ? 1_555 OB NAG . C1 ? ? D ASN 442 D NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale56 covale one ? I ASN 438 ND2 ? ? ? 1_555 PB NAG . C1 ? ? D ASN 448 D NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale57 covale one ? J ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 QB NAG . C1 ? ? F ASN 611 F NAG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale58 covale one ? J ASN 114 ND2 ? ? ? 1_555 RB NAG . C1 ? ? F ASN 625 F NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale59 covale one ? J ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 SB NAG . C1 ? ? F ASN 637 F NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale60 covale one ? L ASN 68 ND2 ? ? ? 1_555 TB NAG . C1 ? ? K ASN 72 K NAG 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale61 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale62 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale63 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale64 covale both ? O NAG . O6 ? ? ? 1_555 O FUC . C1 ? ? O NAG 1 O FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.487 ? ? covale65 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O BMA . C1 ? ? O NAG 2 O BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? ? covale66 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale67 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale68 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale69 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R BMA . C1 ? ? R NAG 2 R BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale70 covale both ? R BMA . O3 ? ? ? 1_555 R MAN . C1 ? ? R BMA 3 R MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale71 covale both ? R BMA . O6 ? ? ? 1_555 R MAN . C1 ? ? R BMA 3 R MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale72 covale both ? R MAN . O2 ? ? ? 1_555 R MAN . C1 ? ? R MAN 4 R MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale73 covale both ? R MAN . O2 ? ? ? 1_555 R MAN . C1 ? ? R MAN 5 R MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale74 covale both ? R MAN . O3 ? ? ? 1_555 R MAN . C1 ? ? R MAN 7 R MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale75 covale both ? R MAN . O6 ? ? ? 1_555 R MAN . C1 ? ? R MAN 7 R MAN 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale76 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale77 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? ? covale78 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale79 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U BMA . C1 ? ? U NAG 2 U BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale80 covale both ? U BMA . O6 ? ? ? 1_555 U MAN . C1 ? ? U BMA 3 U MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? ? covale81 covale both ? U BMA . O3 ? ? ? 1_555 U MAN . C1 ? ? U BMA 3 U MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale82 covale both ? U MAN . O3 ? ? ? 1_555 U MAN . C1 ? ? U MAN 4 U MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale83 covale both ? U MAN . O6 ? ? ? 1_555 U MAN . C1 ? ? U MAN 4 U MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.470 ? ? covale84 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale85 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? W NAG 1 W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale86 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? X NAG 1 X NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale87 covale both ? X NAG . O6 ? ? ? 1_555 X FUC . C1 ? ? X NAG 1 X FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.488 ? ? covale88 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X BMA . C1 ? ? X NAG 2 X BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? ? covale89 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? Y NAG 1 Y NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale90 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? Z NAG 1 Z NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale91 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale92 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA BMA . C1 ? ? a NAG 2 a BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale93 covale both ? AA BMA . O3 ? ? ? 1_555 AA MAN . C1 ? ? a BMA 3 a MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale94 covale both ? AA BMA . O6 ? ? ? 1_555 AA MAN . C1 ? ? a BMA 3 a MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale95 covale both ? AA MAN . O2 ? ? ? 1_555 AA MAN . C1 ? ? a MAN 4 a MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale96 covale both ? AA MAN . O2 ? ? ? 1_555 AA MAN . C1 ? ? a MAN 5 a MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale97 covale both ? AA MAN . O3 ? ? ? 1_555 AA MAN . C1 ? ? a MAN 7 a MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale98 covale both ? AA MAN . O6 ? ? ? 1_555 AA MAN . C1 ? ? a MAN 7 a MAN 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale99 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? b NAG 1 b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale100 covale both ? CA NAG . O4 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? c NAG 1 c NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? ? covale101 covale both ? DA NAG . O4 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? d NAG 1 d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale102 covale both ? DA NAG . O4 ? ? ? 1_555 DA BMA . C1 ? ? d NAG 2 d BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale103 covale both ? DA BMA . O6 ? ? ? 1_555 DA MAN . C1 ? ? d BMA 3 d MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? ? covale104 covale both ? DA BMA . O3 ? ? ? 1_555 DA MAN . C1 ? ? d BMA 3 d MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale105 covale both ? DA MAN . O3 ? ? ? 1_555 DA MAN . C1 ? ? d MAN 4 d MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale106 covale both ? DA MAN . O6 ? ? ? 1_555 DA MAN . C1 ? ? d MAN 4 d MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.470 ? ? covale107 covale both ? EA NAG . O4 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? e NAG 1 e NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale108 covale both ? FA NAG . O4 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? f NAG 1 f NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale109 covale both ? GA NAG . O4 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? g NAG 1 g NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? ? covale110 covale both ? GA NAG . O6 ? ? ? 1_555 GA FUC . C1 ? ? g NAG 1 g FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.488 ? ? covale111 covale both ? GA NAG . O4 ? ? ? 1_555 GA BMA . C1 ? ? g NAG 2 g BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? ? covale112 covale both ? HA NAG . O4 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? h NAG 1 h NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale113 covale both ? IA NAG . O4 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? i NAG 1 i NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale114 covale both ? JA NAG . O4 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? j NAG 1 j NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale115 covale both ? JA NAG . O4 ? ? ? 1_555 JA BMA . C1 ? ? j NAG 2 j BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale116 covale both ? JA BMA . O3 ? ? ? 1_555 JA MAN . C1 ? ? j BMA 3 j MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale117 covale both ? JA BMA . O6 ? ? ? 1_555 JA MAN . C1 ? ? j BMA 3 j MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale118 covale both ? JA MAN . O2 ? ? ? 1_555 JA MAN . C1 ? ? j MAN 4 j MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale119 covale both ? JA MAN . O2 ? ? ? 1_555 JA MAN . C1 ? ? j MAN 5 j MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale120 covale both ? JA MAN . O3 ? ? ? 1_555 JA MAN . C1 ? ? j MAN 7 j MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale121 covale both ? JA MAN . O6 ? ? ? 1_555 JA MAN . C1 ? ? j MAN 7 j MAN 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale122 covale both ? KA NAG . O4 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? k NAG 1 k NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale123 covale both ? LA NAG . O4 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? l NAG 1 l NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? ? covale124 covale both ? MA NAG . O4 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? m NAG 1 m NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale125 covale both ? MA NAG . O4 ? ? ? 1_555 MA BMA . C1 ? ? m NAG 2 m BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale126 covale both ? MA BMA . O6 ? ? ? 1_555 MA MAN . C1 ? ? m BMA 3 m MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? ? covale127 covale both ? MA BMA . O3 ? ? ? 1_555 MA MAN . C1 ? ? m BMA 3 m MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale128 covale both ? MA MAN . O3 ? ? ? 1_555 MA MAN . C1 ? ? m MAN 4 m MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale129 covale both ? MA MAN . O6 ? ? ? 1_555 MA MAN . C1 ? ? m MAN 4 m MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.470 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 7 D . ? SER 7 L PRO 8 D ? PRO 8 L 1 0.70 2 SER 7 H . ? SER 7 J PRO 8 H ? PRO 8 J 1 0.71 3 SER 7 L . ? SER 7 K PRO 8 L ? 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