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PRO 8 F 1 -10.73 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 6 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 6 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 5 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 3 ? AD4 ? 3 ? AD5 ? 5 ? AD6 ? 2 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 4 ? AD9 ? 4 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 4 ? TRP A 7 ? LEU A 4 TRP A 7 AA1 2 THR A 17 ? VAL A 24 ? THR A 17 VAL A 24 AA1 3 GLN A 77 ? THR A 83 ? GLN A 77 THR A 83 AA1 4 ALA A 67 ? ILE A 71 ? ALA A 67 ILE A 71 AA2 1 LEU A 11 ? LEU A 12 ? LEU A 11 LEU A 12 AA2 2 THR A 121 ? VAL A 122 ? THR A 121 VAL A 122 AA3 1 THR A 57 ? TYR A 59 ? THR A 57 TYR A 59 AA3 2 GLU A 46 ? ILE A 51 ? GLU A 46 ILE A 51 AA3 3 TYR A 33 ? GLN A 39 ? TYR A 33 GLN A 39 AA3 4 THR A 92 ? MET A 102 ? THR A 92 MET A 102 AA3 5 VAL A 106 ? TRP A 114 ? VAL A 106 TRP A 114 AA4 1 THR B 5 ? SER B 7 ? THR B 5 SER B 7 AA4 2 ALA B 19 ? ARG B 24 ? ALA B 19 ARG B 24 AA4 3 ASP B 75 ? ILE B 80 ? ASP B 75 ILE B 80 AA4 4 PHE B 67 ? SER B 72 ? PHE B 67 SER B 72 AA5 1 SER B 10 ? VAL B 13 ? SER B 10 VAL B 13 AA5 2 THR B 107 ? ILE B 111 ? THR B 107 ILE B 111 AA5 3 GLY B 89 ? GLN B 95 ? GLY B 89 GLN B 95 AA5 4 LEU B 38 ? ARG B 43 ? LEU B 38 ARG B 43 AA5 5 GLN B 50 ? TYR B 54 ? GLN B 50 TYR B 54 AA5 6 GLU B 58 ? ARG B 59 ? GLU B 58 ARG B 59 AA6 1 GLN C 3 ? TRP C 7 ? 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CYS Z 418 ARG Z 419 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N TRP A 7 ? N TRP A 7 O THR A 21 ? O THR A 21 AA1 2 3 N LEU A 18 ? N LEU A 18 O LEU A 82 ? O LEU A 82 AA1 3 4 O SER A 79 ? O SER A 79 N SER A 70 ? N SER A 70 AA2 1 2 N LEU A 12 ? N LEU A 12 O THR A 121 ? O THR A 121 AA3 1 2 O LYS A 58 ? O LYS A 58 N GLU A 50 ? N GLU A 50 AA3 2 3 O GLU A 46 ? O GLU A 46 N ARG A 38 ? N ARG A 38 AA3 3 4 N GLN A 39 ? N GLN A 39 O THR A 92 ? O THR A 92 AA3 4 5 N ARG A 97 ? N ARG A 97 O VAL A 113 ? O VAL A 113 AA4 1 2 N SER B 7 ? N SER B 7 O SER B 22 ? O SER B 22 AA4 2 3 N ALA B 19 ? N ALA B 19 O ILE B 80 ? O ILE B 80 AA4 3 4 O LYS B 79 ? O LYS B 79 N SER B 68 ? N SER B 68 AA5 1 2 N LEU B 11 ? N LEU B 11 O GLU B 110 ? O GLU B 110 AA5 2 3 O LEU B 109 ? O LEU B 109 N GLY B 89 ? N GLY B 89 AA5 3 4 O TYR B 92 ? O TYR B 92 N TYR B 41 ? N TYR B 41 AA5 4 5 N TRP B 40 ? N TRP B 40 O ILE B 53 ? O ILE B 53 AA5 5 6 N TYR B 54 ? N TYR B 54 O GLU B 58 ? O GLU B 58 AA6 1 2 N GLN C 3 ? N GLN C 3 O TYR C 25 ? O TYR C 25 AA6 2 3 N LEU C 18 ? N LEU C 18 O LEU C 82 ? 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_em_admin.map_release_date 2023-08-09 _em_admin.title 'HIV-1 Env X18 UFO in complex with F6 Fab' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 1 ? ? 9606 ? ? human ? ? 3 2 ? ? 9606 ? ? 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'Human immunodeficiency virus 1' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 1 ? 10029 'Cricetulus griseus' ? ? 3 2 ? 10029 'Cricetulus griseus' ? ? 4 3 ? 10029 'Cricetulus griseus' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 8 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'National Natural Science Foundation of China (NSFC)' _pdbx_audit_support.country China _pdbx_audit_support.grant_number ? _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n 4 BMA 3 n 4 MAN 4 n 4 MAN 5 n 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 # _atom_sites.entry_id 8GPG _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_