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'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SCN1B_HUMAN Q07699 ? 1 ;MGRLLALVVGAALVSSACGGCVEVDSETEAVYGMTFKILCISCKRRSETNAETFTEWTFRQKGTEEFVKILRYENEVLQL EEDERFEGRVVWNGSRGTKDLQDLSIFITNVTYNHSGDYECHVYRLLFFENYEHNTSVVKKIHIEVVDKANRDMASIVSE IMMYVLIVVLTIWLVAEMIYCYKKIAAATETAAQENASEYLAITSESKENCTGVQVAE ; 1 2 UNP SCN8A_HUMAN Q9UQD0 ? 2 ;MAARLLAPPGPDSFKPFTPESLANIERRIAESKLKKPPKADGSHREDDEDSKPKPNSDLEAGKSLPFIYGDIPQGLVAVP LEDFDPYYLTQKTFVVLNRGKTLFRFSATPALYILSPFNLIRRIAIKILIHSVFSMIIMCTILTNCVFMTFSNPPDWSKN VEYTFTGIYTFESLVKIIARGFCIDGFTFLRDPWNWLDFSVIMMAYITEFVNLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTI VGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFALIGLQLFMGNLRNKCVVWPINFNESYLENGTKGFDWEEYINNKTNFYTVPGMLE PLLCGNSSDAGQCPEGYQCMKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLALFRLMTQDYWENLYQLTLRAAGKTYMIFFVLVIFVGSF YLVNLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFKAMLEQLKKQQEEAQAAAMATSAGTVSEDAIEEEGEEGGGSPRSSSEI SKLSSKSAKERRNRRKKRKQKELSEGEEKGDPEKVFKSESEDGMRRKAFRLPDNRIGRKFSIMNQSLLSIPGSPFLSRHN SKSSIFSFRGPGRFRDPGSENEFADDEHSTVEESEGRRDSLFIPIRARERRSSYSGYSGYSQGSRSSRIFPSLRRSVKRN STVDCNGVVSLIGGPGSHIGGRLLPEATTEVEIKKKGPGSLLVSMDQLASYGRKDRINSIMSVVTNTLVEELEESQRKCP PCWYKFANTFLIWECHPYWIKLKEIVNLIVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHHPMTPQFEHVLAVGNLVFTGIFTAEM FLKLIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVSLSLMELSLADVEGLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTL VLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKECVCKINQDCELPRWHMHDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQAMCLIVFMMV MVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDGEMNNLQISVIRIKKGVAWTKLKVHAFMQAHFKQREADEVKPLDELYEK KANCIANHTGADIHRNGDFQKNGNGTTSGIGSSVEKYIIDEDHMSFINNPNLTVRVPIAVGESDFENLNTEDVSSESDPE GSKDKLDDTSSSEGSTIDIKPEVEEVPVEQPEEYLDPDACFTEGCVQRFKCCQVNIEEGLGKSWWILRKTCFLIVEHNWF ETFIIFMILLSSGALAFEDIYIEQRKTIRTILEYADKVFTYIFILEMLLKWTAYGFVKFFTNAWCWLDFLIVAVSLVSLI ANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALVGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKYHYCFNET SEIRFEIEDVNNKTECEKLMEGNNTEIRWKNVKINFDNVGAGYLALLQVATFKGWMDIMYAAVDSRKPDEQPKYEDNIYM YIYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPLNKIQGIVFDFVT QQAFDIVIMMLICLNMVTMMVETDTQSKQMENILYWINLVFVIFFTCECVLKMFALRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGM FLADIIEKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIFSIFGMSNFAYVKHEA GIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLLPILNRPPDCSLDKEHPGSGFKGDCGNPSVGIFFFVSYIIISFLIVVNM YIAIILENFSVATEESADPLSEDDFETFYEIWEKFDPDATQFIEYCKLADFADALEHPLRVPKPNTIELIAMDLPMVSGD RIHCLDILFAFTKRVLGDSGELDILRQQMEERFVASNPSKVSYEPITTTLRRKQEEVSAVVLQRAYRGHLARRGFICKKT TSNKLENGGTHREKKESTPSTASLPSYDSVTKPEKEKQQRAEEGRRERAKRQKEVRESKC ; 1 3 UNP SCN2B_HUMAN O60939 ? 3 ;MHRDAWLPRPAFSLTGLSLFFSLVPPGRSMEVTVPATLNVLNGSDARLPCTFNSCYTVNHKQFSLNWTYQECNNCSEEMF LQFRMKIINLKLERFQDRVEFSGNPSKYDVSVMLRNVQPEDEGIYNCYIMNPPDRHRGHGKIHLQVLMEEPPERDSTVAV IVGASVGGFLAVVILVLMVVKCVRRKKEQKLSTDDLKTEEEGKTDGEGNPDDGAK ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8GZ2 D 1 ? 218 ? Q07699 1 ? 218 ? 1 218 2 2 8GZ2 B 1 ? 1980 ? Q9UQD0 1 ? 1980 ? 1 1980 3 3 8GZ2 C 1 ? 215 ? O60939 1 ? 215 ? 1 215 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 WMK non-polymer . ;(1R,2S,3S,4R,5R,9S,11S,12S,14R)-7-amino-2,4,12-trihydroxy-2-(hydroxymethyl)-10,13,15-trioxa-6,8-diazapentacyclo[7.4.1.1~3,12~.0~5,11~.0~5,14~]pentadec-7-en-8-ium (non-preferred name) ; 4,9-anhydro-tetrodotoxin 'C11 H15 N3 O7' 301.253 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8GZ2 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8GZ2 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 12401 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.774 ? 16817 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.647 ? 1694 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.086 ? 1959 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 2049 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8GZ2 _struct.title 'Cryo-EM structure of human NaV1.6/beta1/beta2-4,9-anhydro-tetrodotoxin' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8GZ2 _struct_keywords.text 'ion channal, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 4 ? F N N 4 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 5 ? K N N 6 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 153 ? GLU A 190 ? ASP D 153 GLU D 190 1 ? 38 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN B 119 ? HIS B 131 ? ASN B 119 HIS B 131 1 ? 13 HELX_P HELX_P3 AA3 HIS B 131 ? PHE B 151 ? HIS B 131 PHE B 151 1 ? 21 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO B 155 ? TRP B 157 ? PRO B 155 TRP B 157 5 ? 3 HELX_P HELX_P5 AA5 SER B 158 ? ALA B 179 ? SER B 158 ALA B 179 1 ? 22 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP B 192 ? 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GLN C 118 GLU C 122 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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# _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 9.2 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 ? 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 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