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EMDB EMD-34589 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of the p300 catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome, class 2 (3.9 angstrom resolution)' _pdbx_database_related.db_id EMD-34589 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8HAH _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-10-26 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Kikuchi, M.' 1 0000-0001-5651-1182 'Morita, S.' 2 ? 'Wakamori, M.' 3 ? 'Shin, S.' 4 ? 'Uchikubo-Kamo, T.' 5 ? 'Shirouzu, M.' 6 ? 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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Kikuchi, M.' 1 0000-0001-5651-1182 primary 'Morita, S.' 2 ? primary 'Wakamori, M.' 3 ? primary 'Sato, S.' 4 ? primary 'Uchikubo-Kamo, T.' 5 ? primary 'Suzuki, T.' 6 ? primary 'Dohmae, N.' 7 0000-0002-5242-9410 primary 'Shirouzu, M.' 8 0000-0002-7997-2149 primary 'Umehara, T.' 9 0000-0003-3464-2960 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8HAH _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? 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;SGRGKGGKGLG(ALY)GGA(ALY)RHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTY TEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) 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MET n 1 121 PRO n 1 122 LYS n 1 123 ASP n 1 124 ILE n 1 125 GLN n 1 126 LEU n 1 127 ALA n 1 128 ARG n 1 129 ARG n 1 130 ILE n 1 131 ARG n 1 132 GLY n 1 133 GLU n 1 134 ARG n 1 135 ALA n 2 1 SER n 2 2 GLY n 2 3 ARG n 2 4 GLY n 2 5 LYS n 2 6 GLY n 2 7 GLY n 2 8 LYS n 2 9 GLY n 2 10 LEU n 2 11 GLY n 2 12 ALY n 2 13 GLY n 2 14 GLY n 2 15 ALA n 2 16 ALY n 2 17 ARG n 2 18 HIS n 2 19 ARG n 2 20 LYS n 2 21 VAL n 2 22 LEU n 2 23 ARG n 2 24 ASP n 2 25 ASN n 2 26 ILE n 2 27 GLN n 2 28 GLY n 2 29 ILE n 2 30 THR n 2 31 LYS n 2 32 PRO n 2 33 ALA n 2 34 ILE n 2 35 ARG n 2 36 ARG n 2 37 LEU n 2 38 ALA n 2 39 ARG n 2 40 ARG n 2 41 GLY n 2 42 GLY n 2 43 VAL n 2 44 LYS n 2 45 ARG n 2 46 ILE n 2 47 SER n 2 48 GLY n 2 49 LEU n 2 50 ILE n 2 51 TYR n 2 52 GLU n 2 53 GLU n 2 54 THR n 2 55 ARG n 2 56 GLY n 2 57 VAL n 2 58 LEU n 2 59 LYS n 2 60 VAL n 2 61 PHE n 2 62 LEU n 2 63 GLU n 2 64 ASN n 2 65 VAL n 2 66 ILE n 2 67 ARG n 2 68 ASP n 2 69 ALA n 2 70 VAL n 2 71 THR n 2 72 TYR n 2 73 THR n 2 74 GLU n 2 75 HIS 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 135 human ? ;H3C1, H3FA, HIST1H3A, H3C2, H3FL, HIST1H3B, H3C3, H3FC HIST1H3C, H3C4, H3FB, HIST1H3D, H3C6, H3FD, HIST1H3E, H3C7, H3FI, HIST1H3F, H3C8, H3FH, HIST1H3G, H3C10, H3FK, HIST1H3H, H3C11, H3FF, HIST1H3I, H3C12, H3FJ, HIST1H3J ; ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 102 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 129 human ? 'H2AC4, H2AFM, HIST1H2AB, H2AC8, H2AFA, HIST1H2AE' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 125 human ? 'H2BC11, H2BFR, HIST1H2BJ' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 180 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 'Biological sequence' 1 796 human ? 'EP300, P300' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 PDB 8HAH 8HAH ? 2 ? 1 3 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 3 ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 2 4 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 4 ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 2 5 PDB 8HAH 8HAH ? 5 ? 1 6 UNP EP300_HUMAN Q09472 ? 6 ;IFKPEELRQALMPTLEALYRQDPESLPFRQPVDPQLLGIPDYFDIVKSPMDLSTIKRKLDTGQYQEPWQYVDDIWLMFNN AWLYNRKTSRVYKYCSKLSEVFEQEIDPVMQSLGYCCGRKLEFSPQTLCCYGKQLCTIPRDATYYSYQNRYHFCEKCFNE IQGESVSLGDDPSQPQTTINKEQFSKRKNDTLDPELFVECTECGRKMHQICVLHHEIIWPAGFVCDGCLKKSARTRKENK FSAKRLPSTRLGTFLENRVNDFLRRQNHPESGEVTVRVVHASDKTVEVKPGMKARFVDSGEMAESFPYRTKALFAFEEID GVDLCFFGMHVQEYGSDCPPPNQRRVYISYLDSVHFFRPKCLRTAVYHEILIGYLEYVKKLGYTTGHIWACPPSEGDDYI FHCHPPDQKIPKPKRLQEWYKKMLDKAVSERIVHDYKDIFKQATEDRLTSAKELPYFEGDFWPNVLEESIKELEQEEEER KREENTSNESTDVTKGDSKNAKKKNNKKTSKNKSSLSRGNKKKPGMPNVSNDLSQKLYATMEKHKEVFFVIRLIAGPAAN SLPPIVDPDPLIPCDLMDGRDAFLTLARDKHLEFSSLRRAQWSTMCMLVELHTQSQDRFVYTCNECKHHVETRWHCTVCE DYDLCITCYNTKNHDHKMEKLGLGLDDESNNQQAAATQSPGDSRRLSIQRCIQSLVHACQCRNANCSLPSCQKMKRVVQH TKGCKRKTNGGCPICKQLIALCCYHAKHCQENKCPVPFCLNIKQKLRQQQLQHRLQQAQMLRRRMASMQ ; 1048 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8HAH A 1 ? 135 ? 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UNP Q09472 ? ? 'expression tag' 1042 2 11 8HAH SER K 3 ? UNP Q09472 ? ? 'expression tag' 1043 3 11 8HAH GLY K 4 ? UNP Q09472 ? ? 'expression tag' 1044 4 11 8HAH SER K 5 ? UNP Q09472 ? ? 'expression tag' 1045 5 11 8HAH SER K 6 ? UNP Q09472 ? ? 'expression tag' 1046 6 11 8HAH GLY K 7 ? UNP Q09472 ? ? 'expression tag' 1047 7 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ALY 'L-peptide linking' n 'N(6)-ACETYLLYSINE' ? 'C8 H16 N2 O3' 188.224 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 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J 6 ? 20 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DA 12 1_555 J DT 169 1_555 I DC 13 1_555 J DG 168 1_555 -0.288 -1.438 4.020 -2.767 0.901 33.354 -2.679 -0.060 3.991 1.567 4.810 33.477 1 II_DA12DC13:DG168DT169_JJ I 12 ? J 169 ? I 13 ? J 168 ? 1 I DC 13 1_555 J DG 168 1_555 I DC 14 1_555 J DG 167 1_555 0.459 -0.796 3.471 -3.629 4.197 33.492 -2.063 -1.392 3.284 7.222 6.245 33.936 2 II_DC13DC14:DG167DG168_JJ I 13 ? J 168 ? I 14 ? J 167 ? 1 I DC 14 1_555 J DG 167 1_555 I DG 15 1_555 J DC 166 1_555 -0.047 -1.041 3.116 7.325 23.333 34.511 -3.549 0.725 2.007 34.492 -10.828 42.082 3 II_DC14DG15:DC166DG167_JJ I 14 ? J 167 ? I 15 ? J 166 ? 1 I DG 15 1_555 J DC 166 1_555 I DC 16 1_555 J DG 165 1_555 0.619 0.134 3.374 -2.091 2.256 33.574 -0.146 -1.416 3.332 3.895 3.610 33.711 4 II_DG15DC16:DG165DC166_JJ I 15 ? J 166 ? I 16 ? J 165 ? 1 I DC 16 1_555 J DG 165 1_555 I DC 17 1_555 J DG 164 1_555 0.798 -1.138 3.420 -1.321 2.265 31.274 -2.542 -1.730 3.296 4.192 2.444 31.381 5 II_DC16DC17:DG164DG165_JJ I 16 ? J 165 ? I 17 ? J 164 ? 1 I DC 17 1_555 J DG 164 1_555 I DA 18 1_555 J DT 163 1_555 -2.710 -0.671 3.236 -4.220 9.970 39.246 -2.083 3.428 3.240 14.511 6.142 40.655 6 II_DC17DA18:DT163DG164_JJ I 17 ? J 164 ? I 18 ? J 163 ? 1 I DA 18 1_555 J DT 163 1_555 I DT 19 1_555 J DA 162 1_555 1.955 -1.083 3.505 -0.188 1.082 25.133 -2.824 -4.547 3.441 2.486 0.432 25.157 7 II_DA18DT19:DA162DT163_JJ I 18 ? J 163 ? I 19 ? J 162 ? 1 I DT 19 1_555 J DA 162 1_555 I DC 20 1_555 J DG 161 1_555 0.613 -0.133 3.404 4.237 4.997 39.656 -0.790 -0.388 3.408 7.305 -6.194 40.172 8 II_DT19DC20:DG161DA162_JJ I 19 ? J 162 ? I 20 ? J 161 ? 1 I DC 20 1_555 J DG 161 1_555 I DA 21 1_555 J DT 160 1_555 0.038 0.481 3.471 0.700 3.900 40.129 0.228 0.029 3.501 5.666 -1.017 40.316 9 II_DC20DA21:DT160DG161_JJ I 20 ? J 161 ? I 21 ? J 160 ? 1 I DA 21 1_555 J DT 160 1_555 I DA 22 1_555 J DT 159 1_555 0.187 -0.621 3.366 0.014 2.510 33.522 -1.493 -0.322 3.312 4.344 -0.024 33.613 10 II_DA21DA22:DT159DT160_JJ I 21 ? J 160 ? I 22 ? J 159 ? 1 I DA 22 1_555 J DT 159 1_555 I DT 23 1_555 J DA 158 1_555 -0.544 -1.486 3.784 3.536 -2.393 32.525 -2.153 1.672 3.802 -4.249 -6.279 32.796 11 II_DA22DT23:DA158DT159_JJ I 22 ? J 159 ? I 23 ? 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