data_8HMZ # _entry.id 8HMZ # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.392 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8HMZ pdb_00008hmz 10.2210/pdb8hmz/pdb WWPDB D_1300033960 ? ? EMDB EMD-34905 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2023-04-19 2 'Structure model' 1 1 2023-05-03 3 'Structure model' 1 2 2024-05-29 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 3 'Structure model' chem_comp_atom 3 3 'Structure model' chem_comp_bond # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 2 'Structure model' '_citation.page_first' 3 2 'Structure model' '_citation.page_last' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8HMZ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-12-06 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of the human post-catalytic TSEN/pre-tRNA complex' _pdbx_database_related.db_id EMD-34905 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email syg@westlake.edu.cn _pdbx_contact_author.name_first Yigong _pdbx_contact_author.name_last Shi _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-2030-168X # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Zhang, X.' 1 ? 'Yang, F.' 2 ? 'Zhan, X.' 3 ? 'Shi, Y.' 4 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Mol.Cell _citation.journal_id_ASTM MOCEFL _citation.journal_id_CSD 2168 _citation.journal_id_ISSN 1097-2765 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 83 _citation.language ? _citation.page_first 1328 _citation.page_last 1339.e4 _citation.title 'Structural basis of pre-tRNA intron removal by human tRNA splicing endonuclease.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.molcel.2023.03.015 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37028420 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhang, X.' 1 ? primary 'Yang, F.' 2 ? primary 'Zhan, X.' 3 ? primary 'Bian, T.' 4 ? primary 'Xing, Z.' 5 ? primary 'Lu, Y.' 6 ? primary 'Shi, Y.' 7 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2' 55459.012 1 4.6.1.16 ? ? ? 2 polymer man 'tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34' 35827.004 1 4.6.1.16 ? ? ? 3 polymer man 'tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54' 61032.340 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'Chromosome 1 open reading frame 19, isoform CRA_a' 22796.555 1 ? ? ? ? 5 polymer syn ;Pre-tRNA 5' END ; 23327.805 1 ? ? ? ? 6 polymer syn ;Pre-tRNA 3' END ; 13488.029 1 ? ? ? ? 7 polymer man ;Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1 ; 49837.504 1 2.7.1.78 ? ? ;Author stated that for the low map coverage of chain E, this is caused mainly by the weakness of EM density map of chain E. The chain E could be modelled in the low-pass filtered EM map. ; 8 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 6 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'tRNA-intron endonuclease Sen2,HsSen2' 2 'Leukocyte receptor cluster member 5,tRNA-intron endonuclease Sen34,HsSen34' 3 'SEN54 homolog,HsSEN54,tRNA-intron endonuclease Sen54' 4 'tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15' 7 'Polyadenylation factor Clp1,Polynucleotide kinase Clp1,Pre-mRNA cleavage complex II protein Clp1' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MASDYKDDDDKASDEVDAGTMAEAVFHAPKRKRRVYETYESPLPIPFGQDHGPLKEFKIFRAEMINNNVIVRNAEDIEQL YGKGYFGKGILSRSRPSFTISDPKLVAKWKDMKTNMPIITSKRYQHSVEWAAELMRRQGQDESTVRRILKDYTKPLEHPP 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AEIGAVTLVSAPRPDSRHHSLALTSFKRQQEESFQEQSALAAEARETRRQELLEKITEGQAAKKQKLEQASGASSSQEAG SSQAAKEDETSDGQASGEQEEAGPSSSQAGPSNGVAPLPRSALLVQLATARPRPVKARPLDWRVQSKDWPHAGRPAHELR YSIYRDLWERGFFLSAAGKFGGDFLVYPGDPLRFHAHYIAQCWAPEDTIPLQDLVAAGRLGTSVRKTLLLCSPQPDGKVV YTSLQWASLQ ; ;MASDYKDDDDKASDEVDAGTMLVVEVANGRSLVWGAEAVQALRERLGVGGRTVGALPRGPRQNSRLGLPLLLMPEEARLL AEIGAVTLVSAPRPDSRHHSLALTSFKRQQEESFQEQSALAAEARETRRQELLEKITEGQAAKKQKLEQASGASSSQEAG SSQAAKEDETSDGQASGEQEEAGPSSSQAGPSNGVAPLPRSALLVQLATARPRPVKARPLDWRVQSKDWPHAGRPAHELR YSIYRDLWERGFFLSAAGKFGGDFLVYPGDPLRFHAHYIAQCWAPEDTIPLQDLVAAGRLGTSVRKTLLLCSPQPDGKVV YTSLQWASLQ ; B ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MASDYKDDDDKASDEVDAGTMEPEPEPAAVEVPAGRVLSARELFAARSRSQKLPQRSHGPKDFLPDGSAAQAERLRRCRE ELWQLLAEQRVERLGSLVAAEWRPEEGFVELKSPAGKFWQTMGFSEQGRQRLHPEEALYLLECGSIHLFHQDLPLSIQEA YQLLLTDHTVTFLQYQVFSHLKRLGYVVRRFQPSSVLSPYERQLNLDASVQHLEDGDGKRKRSSSSPRSINKKAKALDNS LQPKSLAASSPPPCSQPSQCPEEKPQESSPMKGPGGPFQLLGSLGPSPGPAREGVGCSWESGRAENGVTGAGKRRWNFEQ 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LKASRKLQGDPDLPMSFTLAIVESDSTIVYYKLTDGFMLPDPQVSFENISLRR ; ;MASSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKGSAAAMEERGDSEPTPGCSGLGPGGVRGFGDGGGAPSWAPEDAWMGT HPKYLEMMELDIGDATQVYVAFLVYLDLMESKSWHEVNCVGLPELQLICLVGTEIEGEGLQTVVPTPITASLSHNRIREI LKASRKLQGDPDLPMSFTLAIVESDSTIVYYKLTDGFMLPDPQVSFENISLRR ; D ? 5 polyribonucleotide no yes 'UAAUACGACUCACUAUAGGGGGCUCUGUGGCGCAAUGGAUAGCGCAUUGGACUUCUAGUGACGAAUAGAGC(A23)' UAAUACGACUCACUAUAGGGGGCUCUGUGGCGCAAUGGAUAGCGCAUUGGACUUCUAGUGACGAAUAGAGCA 5 ? 6 polyribonucleotide no no AUUCAAAGGUUGUGGGUUCGAAUCCCACCAGAGUCGGAUAUC AUUCAAAGGUUGUGGGUUCGAAUCCCACCAGAGUCGGAUAUC 3 ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MASDYKDDDDKASDEVDAGTMGEEANDDKKPTTKFELERETELRFEVEASQSVQLELLTGMAEIFGTELTRNKKFTFDAG AKVAVFTWHGCSVQLSGRTEVAYVSKDTPMLLYLNTHTALEQMRRQAEKEEERGPRVMVVGPTDVGKSTVCRLLLNYAVR LGRRPTYVELDVGQGSVSIPGTMGALYIERPADVEEGFSIQAPLVYHFGSTTPGTNIKLYNKITSRLADVFNQRCEVNRR ASVSGCVINTCGWVKGSGYQALVHAASAFEVDVVVVLDQERLYNELKRDLPHFVRTVLLPKSGGVVERSKDFRRECRDER IREYFYGFRGCFYPHAFNVKFSDVKIYKVGAPTIPDSCLPLGMSQEDNQLKLVPVTPGRDMVHHLLSVSTAEGTEENLSE TSVAGFIVVTSVDLEHQVFTVLSPAPRPLPKNFLLIMDIRFMDLK ; ;MASDYKDDDDKASDEVDAGTMGEEANDDKKPTTKFELERETELRFEVEASQSVQLELLTGMAEIFGTELTRNKKFTFDAG AKVAVFTWHGCSVQLSGRTEVAYVSKDTPMLLYLNTHTALEQMRRQAEKEEERGPRVMVVGPTDVGKSTVCRLLLNYAVR LGRRPTYVELDVGQGSVSIPGTMGALYIERPADVEEGFSIQAPLVYHFGSTTPGTNIKLYNKITSRLADVFNQRCEVNRR ASVSGCVINTCGWVKGSGYQALVHAASAFEVDVVVVLDQERLYNELKRDLPHFVRTVLLPKSGGVVERSKDFRRECRDER IREYFYGFRGCFYPHAFNVKFSDVKIYKVGAPTIPDSCLPLGMSQEDNQLKLVPVTPGRDMVHHLLSVSTAEGTEENLSE TSVAGFIVVTSVDLEHQVFTVLSPAPRPLPKNFLLIMDIRFMDLK ; E ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 8 _pdbx_entity_nonpoly.name 'MAGNESIUM ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id MG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 SER n 1 4 ASP n 1 5 TYR n 1 6 LYS n 1 7 ASP n 1 8 ASP n 1 9 ASP n 1 10 ASP n 1 11 LYS n 1 12 ALA n 1 13 SER n 1 14 ASP n 1 15 GLU n 1 16 VAL n 1 17 ASP n 1 18 ALA n 1 19 GLY n 1 20 THR n 1 21 MET n 1 22 ALA n 1 23 GLU n 1 24 ALA n 1 25 VAL n 1 26 PHE n 1 27 HIS n 1 28 ALA n 1 29 PRO n 1 30 LYS n 1 31 ARG n 1 32 LYS n 1 33 ARG n 1 34 ARG n 1 35 VAL n 1 36 TYR n 1 37 GLU n 1 38 THR n 1 39 TYR n 1 40 GLU n 1 41 SER n 1 42 PRO n 1 43 LEU n 1 44 PRO n 1 45 ILE n 1 46 PRO n 1 47 PHE n 1 48 GLY n 1 49 GLN n 1 50 ASP n 1 51 HIS n 1 52 GLY n 1 53 PRO n 1 54 LEU n 1 55 LYS n 1 56 GLU n 1 57 PHE n 1 58 LYS n 1 59 ILE n 1 60 PHE n 1 61 ARG n 1 62 ALA n 1 63 GLU n 1 64 MET n 1 65 ILE n 1 66 ASN n 1 67 ASN n 1 68 ASN n 1 69 VAL n 1 70 ILE n 1 71 VAL n 1 72 ARG n 1 73 ASN n 1 74 ALA n 1 75 GLU n 1 76 ASP n 1 77 ILE n 1 78 GLU n 1 79 GLN n 1 80 LEU n 1 81 TYR n 1 82 GLY n 1 83 LYS n 1 84 GLY n 1 85 TYR n 1 86 PHE n 1 87 GLY n 1 88 LYS n 1 89 GLY n 1 90 ILE n 1 91 LEU n 1 92 SER n 1 93 ARG n 1 94 SER n 1 95 ARG n 1 96 PRO n 1 97 SER n 1 98 PHE n 1 99 THR n 1 100 ILE n 1 101 SER n 1 102 ASP n 1 103 PRO n 1 104 LYS n 1 105 LEU n 1 106 VAL n 1 107 ALA n 1 108 LYS n 1 109 TRP n 1 110 LYS n 1 111 ASP n 1 112 MET n 1 113 LYS n 1 114 THR n 1 115 ASN n 1 116 MET n 1 117 PRO n 1 118 ILE n 1 119 ILE n 1 120 THR n 1 121 SER n 1 122 LYS n 1 123 ARG n 1 124 TYR n 1 125 GLN n 1 126 HIS n 1 127 SER n 1 128 VAL n 1 129 GLU n 1 130 TRP n 1 131 ALA n 1 132 ALA n 1 133 GLU n 1 134 LEU n 1 135 MET n 1 136 ARG n 1 137 ARG n 1 138 GLN n 1 139 GLY n 1 140 GLN n 1 141 ASP n 1 142 GLU n 1 143 SER n 1 144 THR n 1 145 VAL n 1 146 ARG n 1 147 ARG n 1 148 ILE n 1 149 LEU n 1 150 LYS n 1 151 ASP n 1 152 TYR n 1 153 THR n 1 154 LYS n 1 155 PRO n 1 156 LEU n 1 157 GLU n 1 158 HIS n 1 159 PRO n 1 160 PRO n 1 161 VAL n 1 162 LYS n 1 163 ARG n 1 164 ASN n 1 165 GLU n 1 166 GLU n 1 167 ALA n 1 168 GLN n 1 169 VAL n 1 170 HIS n 1 171 ASP n 1 172 LYS n 1 173 LEU n 1 174 ASN n 1 175 SER n 1 176 GLY n 1 177 MET n 1 178 VAL n 1 179 SER n 1 180 ASN n 1 181 MET n 1 182 GLU n 1 183 GLY n 1 184 THR n 1 185 ALA n 1 186 GLY n 1 187 GLY n 1 188 GLU n 1 189 ARG n 1 190 PRO n 1 191 SER n 1 192 VAL n 1 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'A-A MISPAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # _pdbx_struct_conn_angle.id 1 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id OP1 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id E _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id G _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id 29 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id 5 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id G _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id 9 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id MG _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id I _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id MG _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id . _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id 5 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id MG _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id 102 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id OP2 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id E _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id G _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id 30 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id 5 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id G _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id 10 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.value 96.5 _pdbx_struct_conn_angle.value_esd ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 LEU 68 B . ? 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