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x . n K 4 1092 ASP 1092 1092 ? ? ? x . n K 4 1093 THR 1093 1093 ? ? ? x . n K 4 1094 ALA 1094 1094 ? ? ? x . n K 4 1095 SER 1095 1095 ? ? ? x . n K 4 1096 TYR 1096 1096 ? ? ? x . n K 4 1097 LEU 1097 1097 ? ? ? x . n K 4 1098 THR 1098 1098 ? ? ? x . n K 4 1099 LEU 1099 1099 ? ? ? x . n K 4 1100 GLY 1100 1100 ? ? ? x . n K 4 1101 GLU 1101 1101 ? ? ? x . n K 4 1102 ARG 1102 1102 ? ? ? x . n K 4 1103 GLN 1103 1103 ? ? ? x . n K 4 1104 LYS 1104 1104 ? ? ? x . n K 4 1105 ASN 1105 1105 ? ? ? x . n K 4 1106 ILE 1106 1106 ? ? ? x . n K 4 1107 ASP 1107 1107 ? ? ? x . n K 4 1108 VAL 1108 1108 ? ? ? x . n K 4 1109 SER 1109 1109 ? ? ? x . n K 4 1110 MET 1110 1110 ? ? ? x . n K 4 1111 SER 1111 1111 ? ? ? x . n K 4 1112 ALA 1112 1112 ? ? ? x . n K 4 1113 ASN 1113 1113 ? ? ? x . n K 4 1114 ALA 1114 1114 ? ? ? x . n K 4 1115 GLY 1115 1115 ? ? ? x . n K 4 1116 GLU 1116 1116 ? ? ? x . n K 4 1117 LEU 1117 1117 ? ? ? x . n K 4 1118 SER 1118 1118 ? ? ? x . n K 4 1119 TYR 1119 1119 ? ? ? x . n K 4 1120 VAL 1120 1120 ? ? ? x . n K 4 1121 ARG 1121 1121 ? ? ? x . n K 4 1122 GLY 1122 1122 ? ? ? x . n K 4 1123 ASP 1123 1123 ? ? ? x . n K 4 1124 LYS 1124 1124 ? ? ? x . n K 4 1125 GLY 1125 1125 ? ? ? x . n K 4 1126 ILE 1126 1126 ? ? ? x . n K 4 1127 GLY 1127 1127 ? ? ? x . n K 4 1128 ASN 1128 1128 ? ? ? x . n K 4 1129 ALA 1129 1129 ? ? ? x . n K 4 1130 ASN 1130 1130 ? ? ? x . n K 4 1131 SER 1131 1131 ? ? ? x . n K 4 1132 PHE 1132 1132 ? ? ? x . n K 4 1133 VAL 1133 1133 ? ? ? x . n K 4 1134 PRO 1134 1134 ? ? ? x . n K 4 1135 ARG 1135 1135 ? ? ? x . n K 4 1136 ALA 1136 1136 ? ? ? x . n K 4 1137 GLU 1137 1137 ? ? ? x . n K 4 1138 GLY 1138 1138 ? ? ? x . n K 4 1139 GLY 1139 1139 ? ? ? x . n K 4 1140 ASN 1140 1140 ? ? ? x . n K 4 1141 MET 1141 1141 ? ? ? x . n K 4 1142 TYR 1142 1142 ? ? ? x . n K 4 1143 PRO 1143 1143 ? ? ? x . n K 4 1144 GLY 1144 1144 ? ? ? x . n K 4 1145 VAL 1145 1145 ? ? ? x . n K 4 1146 SER 1146 1146 ? ? ? x . n K 4 1147 TYR 1147 1147 ? ? ? x . n K 4 1148 GLN 1148 1148 ? ? ? x . n K 4 1149 MET 1149 1149 ? ? ? x . n K 4 1150 GLY 1150 1150 ? ? ? x . n K 4 1151 GLU 1151 1151 ? ? ? x . n K 4 1152 HIS 1152 1152 ? ? ? x . n K 4 1153 GLY 1153 1153 ? ? ? x . n K 4 1154 THR 1154 1154 ? ? ? x . n K 4 1155 GLU 1155 1155 ? ? ? x . n K 4 1156 VAL 1156 1156 ? ? ? x . n K 4 1157 VAL 1157 1157 ? ? ? x . n K 4 1158 THR 1158 1158 ? ? ? x . n K 4 1159 PRO 1159 1159 ? ? ? x . n K 4 1160 MET 1160 1160 ? ? ? x . n K 4 1161 VAL 1161 1161 ? ? ? x . n K 4 1162 PRO 1162 1162 ? ? ? x . n K 4 1163 MET 1163 1163 ? ? ? x . n K 4 1164 LYS 1164 1164 ? ? ? x . n K 4 1165 ALA 1165 1165 ? ? ? x . n K 4 1166 THR 1166 1166 ? ? ? x . n K 4 1167 PRO 1167 1167 ? ? ? x . n K 4 1168 ASN 1168 1168 ? ? ? x . n K 4 1169 ASP 1169 1169 ? ? ? x . n K 4 1170 GLU 1170 1170 ? ? ? x . n K 4 1171 LEU 1171 1171 ? ? ? x . n K 4 1172 LYS 1172 1172 ? ? ? x . n K 4 1173 ASN 1173 1173 ? ? ? x . n K 4 1174 SER 1174 1174 ? ? ? x . n K 4 1175 SER 1175 1175 ? ? ? x . n K 4 1176 ASN 1176 1176 ? ? ? x . n K 4 1177 SER 1177 1177 ? ? ? x . n K 4 1178 THR 1178 1178 ? ? ? x . n K 4 1179 ALA 1179 1179 ? ? ? x . n K 4 1180 GLY 1180 1180 ? ? ? x . n K 4 1181 ARG 1181 1181 ? ? ? x . n K 4 1182 PRO 1182 1182 ? ? ? x . n K 4 1183 ILE 1183 1183 ? ? ? x . n K 4 1184 ILE 1184 1184 ? ? ? x . n K 4 1185 LEU 1185 1185 ? ? ? x . n K 4 1186 ASN 1186 1186 ? ? ? x . n K 4 1187 ILE 1187 1187 ? ? ? x . n K 4 1188 SER 1188 1188 ? ? ? x . n K 4 1189 ALA 1189 1189 ? ? ? x . n K 4 1190 MET 1190 1190 ? ? ? x . n K 4 1191 ASP 1191 1191 ? ? ? x . n K 4 1192 ALA 1192 1192 ? ? ? x . n K 4 1193 ALA 1193 1193 ? ? ? x . n K 4 1194 SER 1194 1194 ? ? ? x . n K 4 1195 PHE 1195 1195 ? ? ? x . n K 4 1196 ARG 1196 1196 ? ? ? x . n K 4 1197 GLU 1197 1197 ? ? ? x . n K 4 1198 PHE 1198 1198 ? ? ? x . n K 4 1199 ALA 1199 1199 ? ? ? x . n K 4 1200 SER 1200 1200 ? ? ? x . n K 4 1201 SER 1201 1201 ? ? ? x . n K 4 1202 ASN 1202 1202 ? ? ? x . n K 4 1203 SER 1203 1203 ? ? ? x . n K 4 1204 GLY 1204 1204 ? ? ? x . n K 4 1205 ALA 1205 1205 ? ? ? x . n K 4 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_exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8HQO _struct.title 'Neck of DT57C bacteriophage in the full state' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8HQO _struct_keywords.text 'Neck, Portal, T5, VIRUS, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A0A7RUL5_9CAUD A0A0A7RUL5 ? 1 ;MGFKSWITEKLNPGQRIIRDMEPVSHRTNRKPFTTGQAYSKIEILNRTANMVIDSAAECSYTVGDKYNIVTYANGVKTKT LDTLLNVRPNPFMDISTFRRLVVTDLLFEGCAYIYWDGTSLYHVPAALMQVEADANKFIKKFIFNNQINYRVDEIIFIKD NSYVCGTNSQISGQSRVATVIDSLEKRSKMLNFKEKFLDNGTVIGLILETDEILNKKLRERKQEELQLDYNPSTGQSSVL ILDGGMKAKPYSQISSFKDLDFKEDIAGFNKSICLAFGVPQVLIDGGNNANIRPNIELFYYMTIIPMLNKLTSSLTFFFG YKITPNTKEVAALTPDKEAEAKHLTSLVNNGIMTGNEARLELNLEPLDDEQMNRIRIPANVAGSATGVSGQEGGRPQGST EGDKE ; 1 2 UNP A0A0A7RSP7_9CAUD A0A0A7RSP7 ? 2 ;MQIITAEDYRLYGGLKRPELESGVEMMITAANALITSLLGMDDADAVDQLINTKPTRKKYFLSSPSATSVTKMTINDKEI DPEQYKLYSDGVILLKFSPPEGYMDVEYTQGGFNPIPEDLKLAACMLVDHWHKQDYRQAKTIGGETVTFNNTKSGIPEHI RTIIEVYRRV ; 1 3 UNP A0A0A7RZ97_9CAUD A0A0A7RZ97 ? 3 ;MDHRTSIAQALVDRIAQQMDGSQPDEYFNNLYGNVSRQTYKFEEIREFPYVAVHIGTETGQYLPSGQQWMFLELPILVYD KEKTDIQEQLEKLVADIKTVIDTGGNLEYTVSKPNGSTFPCEATDMSITSVSTDEGLLAPYGLAEINVTVRYQPPRRSLR R ; 1 4 UNP A0A0A7RZ92_9CAUD A0A0A7RZ92 ? 4 ;MTDKLIRELLIDVKQKGATRTAKSIENVSDALENAAAASELTNEQLGKMPKTLYSIERAADRAAKSLTKMQASRGMAGIT KSIDSIGAKLDDLSIAMIEVADKLEAGFDGVSRSVKVMGNDVAAATEKVQDRLYDTNRVLGGTARGFNDTAGAAGRASRA IGNTSGSARGATRDFAAMAKVGGGLPLLYAAIASNIFVLQSAFEQLKLGDQLNRLEEFGVIVGTQTGTPVQSLARSLQEA AGYAISFEEAMRQASSASAYGFDAEQLNKFGLVARRAAAVLGVDMTDALNRVIKGVSKQEIELLDELGVTIRLNDAYADY VKQLNAANTGITYNINSLTTFQKQQAYANAVIAESTKRFGYLDEVLRATPWEQFAANADAALRTIQQAAAKYLGPVIDAI NTVFYTSQASISAEAARAQEQTNKQIDPTNVGAVALSLSASEEGYNKALDMYKESLDKRNKLKSEFDKRMEQADFYTKLA IRQVGEGIPAGLATAGASEANKKFVEETAAMGLQVARLDKEVTDSTENLNAWKSAYQAAGAAAAKANPEFQKQINLQRDT TDPGAVYDFNSTVLKGLTEQQKAYNQTKKTASDLANDIQNVAQNTDTAAKTSATLADAIKNIESLSLGTGKSADEYVKNL NLGYNTLSEMKTASQALSEYVKLTGNETKNQLAVQQKIADVYNQTKDKEKAQEAGRRLELQQLEEQEAALRRVLQTNQGN KAVEREIEKIQLEKIKLTNQGMEAQKKVKDYTDKILGVDREIALLNNRTMTDTQYRLAQLNLELTIEKEKYEWYTKQADK QKEAEQSRRAQAQIEREIWKFHQDQQAEMTSKRQEAFENTLTSMFPLAGEMQKMEMQLDFYTQMKELTKDNANEQMRWNA EIAKTRAQMSALTAQRNAQMQSSVGSSLGAVYTPTTGLSGEDKKFADMGNQLASYDQAISKLSELNSEATAVAQSMGNLA NAMIQFSQGSLDTTSTIAVGMQTVASMIQYSTSQQVSAIDQAIAAEQKRDGKSEASKAKLKKLEAEKLKIQQDAAKKQII IQTAVAVMQAATAVPYPFSIPLMIAAGLAGALALAQASSASGMSSIGDSGADTASYLTLGERQKNIDVSMSANAGELSYV RGDKGIGNANSFVPRAEGGNMYPGVSYQMGEHGTEVVTPMVPMKATPNDELKNSSNSTAGRPIILNISAMDAASFREFAS SNSGALRDAVELALNENGASLKTLGNS ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8HQO D 1 ? 405 ? 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A0A0A7RZ92 1 ? 1227 ? 1 1227 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details 'UCSF CHIMERA 1.16_b42360.' _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 33-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 33 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2,3 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.000000 0.000000 -0.000000 0.00000 -0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 0.000000 -0.000000 1.000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? -0.500000 -0.866025 -0.000000 496.33418 0.866025 -0.500000 0.000000 134.66584 -0.000000 0.000000 1.000000 -0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.500000 0.866025 0.000000 131.54305 -0.866025 -0.500000 0.000000 497.17093 0.000001 -0.000000 1.000000 0.00000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 14 ? 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PRO B 280 GLY B 286 1 ? 7 HELX_P HELX_P58 AG4 ASN F 288 ? THR F 303 ? ASN B 288 THR B 303 1 ? 16 HELX_P HELX_P59 AG5 THR F 303 ? GLY F 320 ? THR B 303 GLY B 320 1 ? 18 HELX_P HELX_P60 AG6 ASP F 336 ? ASN F 350 ? ASP B 336 ASN B 350 1 ? 15 HELX_P HELX_P61 AG7 THR F 354 ? LEU F 362 ? THR B 354 LEU B 362 1 ? 9 HELX_P HELX_P62 AG8 ASP F 369 ? ARG F 374 ? ASP B 369 ARG B 374 5 ? 6 HELX_P HELX_P63 AG9 GLY G 14 ? GLU G 22 ? GLY C 14 GLU C 22 1 ? 9 HELX_P HELX_P64 AH1 LYS G 31 ? ILE G 42 ? LYS C 31 ILE C 42 1 ? 12 HELX_P HELX_P65 AH2 ILE G 42 ? ALA G 57 ? ILE C 42 ALA C 57 1 ? 16 HELX_P HELX_P66 AH3 LYS G 77 ? VAL G 87 ? LYS C 77 VAL C 87 1 ? 11 HELX_P HELX_P67 AH4 ASP G 94 ? GLU G 109 ? ASP C 94 GLU C 109 1 ? 16 HELX_P HELX_P68 AH5 ARG G 176 ? THR G 179 ? ARG C 176 THR C 179 5 ? 4 HELX_P HELX_P69 AH6 VAL G 180 ? ASN G 200 ? VAL C 180 ASN C 200 1 ? 21 HELX_P HELX_P70 AH7 ASN G 215 ? ASN G 231 ? ASN C 215 ASN C 231 1 ? 17 HELX_P HELX_P71 AH8 SER G 256 ? ASP G 261 ? SER C 256 ASP C 261 5 ? 6 HELX_P HELX_P72 AH9 PHE G 262 ? GLY G 278 ? PHE C 262 GLY C 278 1 ? 17 HELX_P HELX_P73 AI1 PRO G 280 ? GLY G 286 ? PRO C 280 GLY C 286 1 ? 7 HELX_P HELX_P74 AI2 ASN G 288 ? THR G 303 ? ASN C 288 THR C 303 1 ? 16 HELX_P HELX_P75 AI3 THR G 303 ? GLY G 320 ? THR C 303 GLY C 320 1 ? 18 HELX_P HELX_P76 AI4 ASP G 336 ? ASN G 350 ? ASP C 336 ASN C 350 1 ? 15 HELX_P HELX_P77 AI5 THR G 354 ? LEU G 362 ? THR C 354 LEU C 362 1 ? 9 HELX_P HELX_P78 AI6 ASP G 369 ? ARG G 374 ? ASP C 369 ARG C 374 5 ? 6 HELX_P HELX_P79 AI7 THR H 5 ? GLY H 14 ? THR P 5 GLY P 14 1 ? 10 HELX_P HELX_P80 AI8 GLU H 21 ? LEU H 39 ? GLU P 21 LEU P 39 1 ? 19 HELX_P HELX_P81 AI9 ASP H 81 ? GLU H 83 ? ASP P 81 GLU P 83 5 ? 3 HELX_P HELX_P82 AJ1 PRO H 117 ? LYS H 133 ? PRO P 117 LYS P 133 1 ? 17 HELX_P HELX_P83 AJ2 PRO H 157 ? ARG H 168 ? PRO P 157 ARG P 168 1 ? 12 HELX_P HELX_P84 AJ3 THR I 5 ? GLY I 14 ? THR Q 5 GLY Q 14 1 ? 10 HELX_P HELX_P85 AJ4 GLU I 21 ? LEU I 39 ? 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