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'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 K non-polymer . 'POTASSIUM ION' ? 'K 1' 39.098 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SEP 'L-peptide linking' n PHOSPHOSERINE PHOSPHONOSERINE 'C3 H8 N O6 P' 185.072 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.840 ? 40747 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.840 ? 3982 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.052 ? 4434 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 5266 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8I03 _struct.title 'Cryo-EM structure of the SIN3L complex from S. pombe' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8I03 _struct_keywords.text 'SIN3, SIN3L, Pst1, Pst3, Clr6, deacetylase, DNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 6 ? H N N 7 ? I N N 8 ? J N N 9 ? K N N 9 ? L N N 10 ? M N N 11 ? N N N 11 ? O N N 10 ? P N N 11 ? 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D HIS 175 D K 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.906 ? ? metalc21 metalc ? ? D PHE 184 O ? ? ? 1_555 Q K . K ? ? D PHE 184 D K 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.646 ? ? metalc22 metalc ? ? D THR 187 O ? ? ? 1_555 Q K . K ? ? D THR 187 D K 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.954 ? ? metalc23 metalc ? ? D VAL 190 O ? ? ? 1_555 Q K . K ? ? D VAL 190 D K 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.695 ? ? metalc24 metalc ? ? D PHE 195 O ? ? ? 1_555 P K . K ? ? D PHE 195 D K 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.349 ? ? metalc25 metalc ? ? D ASP 261 OD2 ? ? ? 1_555 O ZN . ZN ? ? D ASP 261 D ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 202 C . ? PHE 202 C PRO 203 C ? PRO 203 C 1 -2.24 2 GLY 335 C . ? GLY 335 C PRO 336 C ? PRO 336 C 1 -7.02 3 PHE 202 D . ? PHE 202 D PRO 203 D ? PRO 203 D 1 -4.43 4 GLY 335 D . ? GLY 335 D PRO 336 D ? PRO 336 D 1 -3.34 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 8 ? AA9 ? 8 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? parallel AA8 3 4 ? parallel AA8 4 5 ? parallel AA8 5 6 ? parallel AA8 6 7 ? parallel AA8 7 8 ? parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? parallel AA9 3 4 ? parallel AA9 4 5 ? parallel AA9 5 6 ? parallel AA9 6 7 ? parallel AA9 7 8 ? parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 TYR A 600 ? 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MET J 398 ALA J 402 AA7 5 THR J 385 ? TRP J 390 ? THR J 385 TRP J 390 AA8 1 LEU C 48 ? ILE C 51 ? LEU C 48 ILE C 51 AA8 2 VAL C 8 ? PHE C 11 ? VAL C 8 PHE C 11 AA8 3 ILE C 128 ? ASN C 131 ? ILE C 128 ASN C 131 AA8 4 MET C 292 ? VAL C 295 ? MET C 292 VAL C 295 AA8 5 ALA C 253 ? GLN C 257 ? ALA C 253 GLN C 257 AA8 6 VAL C 167 ? ASP C 171 ? VAL C 167 ASP C 171 AA8 7 VAL C 190 ? LYS C 197 ? VAL C 190 LYS C 197 AA8 8 ALA C 220 ? LEU C 225 ? ALA C 220 LEU C 225 AA9 1 LEU D 48 ? ILE D 51 ? LEU D 48 ILE D 51 AA9 2 VAL D 8 ? PHE D 11 ? VAL D 8 PHE D 11 AA9 3 ILE D 128 ? ASN D 131 ? ILE D 128 ASN D 131 AA9 4 MET D 292 ? VAL D 295 ? MET D 292 VAL D 295 AA9 5 ALA D 253 ? GLN D 257 ? ALA D 253 GLN D 257 AA9 6 VAL D 167 ? ASP D 171 ? VAL D 167 ASP D 171 AA9 7 VAL D 190 ? LYS D 197 ? VAL D 190 LYS D 197 AA9 8 ALA D 220 ? LEU D 225 ? ALA D 220 LEU D 225 AB1 1 TYR F 64 ? ILE F 66 ? TYR F 64 ILE F 66 AB1 2 THR F 69 ? ARG F 71 ? THR F 69 ARG F 71 AB2 1 GLU I 200 ? GLU I 202 ? GLU I 200 GLU I 202 AB2 2 PHE I 219 ? ILE I 224 ? PHE I 219 ILE I 224 AB2 3 ALA I 274 ? LEU I 281 ? ALA I 274 LEU I 281 AB2 4 SER I 308 ? TRP I 316 ? SER I 308 TRP I 316 AB2 5 TYR I 248 ? THR I 249 ? TYR I 248 THR I 249 AB3 1 ARG I 291 ? LYS I 292 ? ARG I 291 LYS I 292 AB3 2 ILE I 295 ? GLU I 296 ? ILE I 295 GLU I 296 AB4 1 CYS J 53 ? PHE J 65 ? CYS J 53 PHE J 65 AB4 2 TYR J 70 ? ARG J 80 ? TYR J 70 ARG J 80 AB4 3 TYR J 86 ? PRO J 96 ? TYR J 86 PRO J 96 AB4 4 VAL J 120 ? SER J 127 ? VAL J 120 SER J 127 AB5 1 SER J 134 ? LEU J 137 ? SER J 134 LEU J 137 AB5 2 VAL J 145 ? VAL J 148 ? VAL J 145 VAL J 148 AB5 3 VAL J 155 ? PHE J 158 ? VAL J 155 PHE J 158 AB5 4 TYR J 178 ? LEU J 180 ? TYR J 178 LEU J 180 AB6 1 CYS J 187 ? TRP J 192 ? CYS J 187 TRP J 192 AB6 2 THR J 199 ? SER J 204 ? THR J 199 SER J 204 AB6 3 LEU J 209 ? ASP J 213 ? LEU J 209 ASP J 213 AB6 4 LEU J 226 ? ILE J 230 ? LEU J 226 ILE J 230 AB7 1 VAL J 237 ? PHE J 242 ? VAL J 237 PHE J 242 AB7 2 LEU J 250 ? SER J 254 ? LEU J 250 SER J 254 AB7 3 TYR J 258 ? HIS J 262 ? TYR J 258 HIS J 262 AB7 4 ARG J 275 ? HIS J 278 ? ARG J 275 HIS J 278 AB8 1 ILE J 284 ? PHE J 289 ? ILE J 284 PHE J 289 AB8 2 ILE J 296 ? SER J 301 ? ILE J 296 SER J 301 AB8 3 ILE J 306 ? ASP J 310 ? ILE J 306 ASP J 310 AB8 4 THR J 320 ? LEU J 321 ? THR J 320 LEU J 321 AB9 1 VAL J 328 ? PHE J 333 ? VAL J 328 PHE J 333 AB9 2 ILE J 340 ? SER J 345 ? ILE J 340 SER J 345 AB9 3 THR J 350 ? ASP J 354 ? THR J 350 ASP J 354 AB9 4 LEU J 374 ? HIS J 378 ? LEU J 374 HIS J 378 AC1 1 TYR K 41 ? ALA K 48 ? TYR K 41 ALA K 48 AC1 2 ILE K 406 ? PRO K 412 ? ILE K 406 PRO K 412 AC1 3 MET K 398 ? ALA K 402 ? MET K 398 ALA K 402 AC1 4 THR K 385 ? TRP K 390 ? THR K 385 TRP K 390 AC2 1 CYS K 53 ? PHE K 65 ? CYS K 53 PHE K 65 AC2 2 TYR K 70 ? ARG K 80 ? TYR K 70 ARG K 80 AC2 3 TYR K 86 ? PRO K 96 ? TYR K 86 PRO K 96 AC2 4 VAL K 120 ? SER K 127 ? VAL K 120 SER K 127 AC3 1 SER K 134 ? LEU K 137 ? SER K 134 LEU K 137 AC3 2 VAL K 145 ? VAL K 148 ? VAL K 145 VAL K 148 AC3 3 VAL K 155 ? PHE K 158 ? VAL K 155 PHE K 158 AC3 4 TYR K 178 ? LEU K 180 ? TYR K 178 LEU K 180 AC4 1 CYS K 187 ? TRP K 192 ? CYS K 187 TRP K 192 AC4 2 THR K 199 ? SER K 204 ? THR K 199 SER K 204 AC4 3 LEU K 209 ? ASP K 213 ? LEU K 209 ASP K 213 AC4 4 LEU K 226 ? ILE K 230 ? LEU K 226 ILE K 230 AC5 1 VAL K 237 ? PHE K 242 ? VAL K 237 PHE K 242 AC5 2 LEU K 250 ? SER K 254 ? LEU K 250 SER K 254 AC5 3 TYR K 258 ? HIS K 262 ? TYR K 258 HIS K 262 AC5 4 ARG K 275 ? HIS K 278 ? ARG K 275 HIS K 278 AC6 1 ILE K 284 ? PHE K 289 ? ILE K 284 PHE K 289 AC6 2 ILE K 296 ? SER K 301 ? ILE K 296 SER K 301 AC6 3 ILE K 306 ? ASP K 310 ? ILE K 306 ASP K 310 AC6 4 THR K 320 ? LEU K 321 ? THR K 320 LEU K 321 AC7 1 VAL K 328 ? PHE K 333 ? VAL K 328 PHE K 333 AC7 2 ILE K 340 ? SER K 345 ? ILE K 340 SER K 345 AC7 3 THR K 350 ? ASP K 354 ? THR K 350 ASP K 354 AC7 4 LEU K 374 ? HIS K 378 ? LEU K 374 HIS K 378 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ARG A 601 ? 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