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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.674 ? 20897 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 24.533 ? 7616 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.040 ? 2363 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 1542 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8IHT _struct.title 'Rpd3S bound to the nucleosome' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8IHT _struct_keywords.text 'HDAC, TRANSCRIPTION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 8 ? M N N 9 ? N N N 10 ? O N N 7 ? P N N 8 ? Q N N 11 ? R N N 12 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A310TTQ1_XENLA A0A310TTQ1 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP A0A8J1LTD2_XENLA A0A8J1LTD2 ? 2 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 15 3 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 3 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; 2 4 UNP A0A8J0U496_XENLA A0A8J0U496 ? 4 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 5 PDB 8IHT 8IHT ? 5 ? 1 6 PDB 8IHT 8IHT ? 6 ? 1 7 UNP A0A8H4BXB0_YEASX A0A8H4BXB0 ? 7 ;MDTSKKDTTRSPSHSNSSSPSSSSLSSSSSKEKKRPKRLSSQNVNYDLKRRKIITSEGIERSFKNEHSNLAVEDNIPEEE PKELLEKDSKGNIIKLNEPSTISEDSKVSVTGLPLNKGPSEKIKRESLWNYRKNLGGQSNNSEMTLVPSKRFTQVPKNFQ DLNRNDLKTFLTENMTEESNIRSTIGWNGDIINRTRDREPESDRDNKKLSNIRTKIILSTNATYDSKSKLFGQNSIKSTS NASEKIFRDKNNSTIDFENEDFCSACNQSGSFLCCDTCPKSFHFLCLDPPIDPNNLPKGDWHCNECKFKIFINNSMATLK KIESNFIKQNNNVKIFAKLLFNIDSHNPKQFQLPNYIKETFPAVKTGSRGQYSDENDKIPLTDRQLFNTSYGQSITKLDS YNPDTHIDSNSGKFLICYKCNQTRLGSWSHPENSRLIMTCDYCQTPWHLDCVPRASFKNLGSKWKCPLHSPTKVYKKIHH CQEDNSVNYKVWKKQRLINKKNQLYYEPLQKIGYQNNGNIQIIPTTSHTDYDFNQDFKITQIDENSIKYDFFDKIYKSKM VQKRKLFQFQESLIDKLVSNGSQNGNSEDNMVKDIASLIYFQVSNNDKSSNNKSASKSNNLRKLWDLKELTNVVVPNELD SIQFNDFSSDEIKHLLYLKKIIESKPKEELLKFLNIENPENQSE ; 1 8 UNP A0A8H4F719_YEASX A0A8H4F719 ? 8 ;MVDLEQEFALGGRCLAFHGPLMYEAKILKIWDPSSKMYTSIPNDKPGGSSQATKEIKPQKLGEDESIPEEIINGKCFFIH YQGWKSSWDEWVGYDRIRAYNEENIAMKKRLANEAKEAKKSLLEQQKKKKLSTSLGGPSNGGKRKGDSRSNASISKSTSQ SFLTSSVSGRKSGRSSANSLHPGSSLRSSSDQNGNDDRRRSSSLSPNMLHHIAGYPTPKISLQIPIKLKSVLVDDWEYVT KDKKICRLPADVTVEMVLNKYEHEVSQELESPGSQSQLSEYCAGLKLYFDKCLGNMLLYRLERLQYDELLKKSSKDQKPL VPIRIYGAIHLLRLISVLPELISSTTMDLQSCQLLIKQTEDFLVWLLMHVDEYFNDKDPNRSDDALYVNTSSQYEGVALG M ; 1 9 UNP SIN3_YEAST P22579 ? 9 ;MSQVWHNSNSQSNDVATSNDATGSNERNEKEPSLQGNKPGFVQQQQRITLPSLSALSTKEEDRRDSNGQQALTSHAAHIL GYPPPHSNAMPSIATDSALKQPHEYHPRPKSSSSSPSINASLMNAGPAPLPTVGAASFSLSRFDNPLPIKAPVHTEEPKS YNGLQEEEKATQRPQDCKEVPAGVQPADAPDPSSNHADANDDNNNNENSHDEDADYRPLNVKDALSYLEQVKFQFSSRPD IYNLFLDIMKDFKSQAIDTPGVIERVSTLFRGYPILIQGFNTFLPQGYRIECSSNPDDPIRVTTPMGTTTVNNNISPSGR GTTDAQELGSFPESDGNGVQQPSNVPMVPSSVYQSEQNQDQQQSLPLLATSSGLPSIQQPEMPAHRQIPQSQSLVPQEDA KKNVDVEFSQAISYVNKIKTRFADQPDIYKHFLEILQTYQREQKPINEVYAQVTHLFQNAPDLLEDFKKFLPDSSASANQ QVQHAQQHAQQQHEAQMHAQAQAQAQAQAQVEQQKQQQQFLYPASGYYGHPSNRGIPQQNLPPIGSFSPPTNGSTVHEAY QDQQHMQPPHFMPLPSIVQHGPNMVHQGIANENPPLSDLRTSLTEQYAPSSIQHQQQHPQSISPIANTQYGDIPVRPEID LDPSIVPVVPEPTEPIENNISLNEEVTFFEKAKRYIGNKHLYTEFLKILNLYSQDILDLDDLVEKVDFYLGSNKELFTWF KNFVGYQEKTKCIENIVHEKHRLDLDLCEAFGPSYKRLPKSDTFMPCSGRDDMCWEVLNDEWVGHPVWASEDSGFIAHRK NQYEETLFKIEEERHEYDFYIESNLRTIQCLETIVNKIENMTENEKANFKLPPGLGHTSMTIYKKVIRKVYDKERGFEII DALHEHPAVTAPVVLKRLKQKDEEWRRAQREWNKVWRELEQKVFFKSLDHLGLTFKQADKKLLTTKQLISEISSIKVDQT NKKIHWLTPKPKSQLDFDFPDKNIFYDILCLADTFITHTTAYSNPDKERLKDLLKYFISLFFSISFEKIEESLYSHKQNV SESSGSDDGSSIASRKRPYQQEMSLLDILHRSRYQKLKRSNDEDGKVPQLSEPPEEEPNTIEEEELIDEEAKNPWLTGNL VEEANSQGIIQNRSIFNLFANTNIYIFFRHWTTIYERLLEIKQMNERVTKEINTRSTVTFAKDLDLLSSQLSEMGLDFVG EDAYKQVLRLSRRLINGDLEHQWFEESLRQAYNNKAFKLYTIDKVTQSLVKHAHTLMTDAKTAEIMALFVKDRNASTTSA KDQIIYRLQVRSHMSNTENMFRIEFDKRTLHVSIQYIALDDLTLKEPKADEDKWKYYVTSYALPHPTEGIPHEKLKIPFL ERLIEFGQDIDGTEVDEEFSPEGISVSTLKIKIQPITYQLHIENGSYDVFTRKATNKYPTIANDNTQKGMVSQKKELISK FLDCAVGLRNNLDEAQKLSMQKKWENLKDSIAKTSAGNQGIESETEKGKITKQEQSDNLDSSTASVLPASITTVPQDDNI ETTGNTESSDKGAKIQ ; 1 10 UNP RPD3_YEAST P32561 ? 10 ;MVYEATPFDPITVKPSDKRRVAYFYDADVGNYAYGAGHPMKPHRIRMAHSLIMNYGLYKKMEIYRAKPATKQEMCQFHTD EYIDFLSRVTPDNLEMFKRESVKFNVGDDCPVFDGLYEYCSISGGGSMEGAARLNRGKCDVAVNYAGGLHHAKKSEASGF CYLNDIVLGIIELLRYHPRVLYIDIDVHHGDGVEEAFYTTDRVMTCSFHKYGEFFPGTGELRDIGVGAGKNYAVNVPLRD GIDDATYRSVFEPVIKKIMEWYQPSAVVLQCGGDSLSGDRLGCFNLSMEGHANCVNYVKSFGIPMMVVGGGGYTMRNVAR TWCFETGLLNNVVLDKDLPYNEYYEYYGPDYKLSVRPSNMFNVNTPEYLDKVMTNIFANLENTKYAPSVQLNHTPRDAED LGDVEEDSAEAKDTKGGSQYARDLHVEHDNEFY ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8IHT A 1 ? 135 ? 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A0A8H4F719 1 ? 401 ? 1 401 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8IHT ALA A 110 ? UNP A0A310TTQ1 CYS 111 'engineered mutation' 110 1 5 8IHT ALA E 110 ? UNP A0A310TTQ1 CYS 111 'engineered mutation' 110 2 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 16 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 44 ? ARG A 53 ? GLY A 44 ARG A 53 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 63 ? ASP A 77 ? ARG A 63 ASP A 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 85 ? LYS A 115 ? GLN A 85 LYS A 115 1 ? 31 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 120 ? ILE A 130 ? MET A 120 ILE A 130 1 ? 11 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN B 25 ? ILE B 29 ? ASN B 25 ILE B 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 30 ? GLY B 42 ? THR B 30 GLY B 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU B 49 ? LYS B 77 ? LEU B 49 LYS B 77 1 ? 29 HELX_P HELX_P8 AA8 THR B 82 ? GLN B 93 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 THR C 16 ? ALA C 21 ? THR C 16 ALA C 21 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO C 26 ? GLY C 37 ? PRO C 26 GLY C 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 ALA C 45 ? ARG C 71 ? ALA C 45 ARG C 71 1 ? 27 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP C 72 ? LYS C 74 ? ASP C 72 LYS C 74 5 ? 3 HELX_P HELX_P13 AB4 ILE C 79 ? ASP C 90 ? ILE C 79 ASP C 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP C 90 ? LEU C 97 ? ASP C 90 LEU C 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P15 AB6 TYR D 34 ? HIS D 46 ? TYR D 34 HIS D 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 SER D 52 ? 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J -72 ? 19 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DT 8 1_555 J DA 157 1_555 I DC 10 1_555 J DG 155 1_555 2.842 -1.496 6.685 26.967 25.369 69.719 -2.754 -0.600 6.516 20.804 -22.115 77.827 1 II_DT-84DC-82:DG82DA84_JJ I -84 ? J 84 ? I -82 ? J 82 ? 1 I DC 10 1_555 J DG 155 1_555 I DT 11 1_555 J DA 154 1_555 -1.669 2.004 3.376 -5.257 -1.252 39.677 3.079 1.802 3.498 -1.834 7.702 40.029 2 II_DC-82DT-81:DA81DG82_JJ I -82 ? J 82 ? I -81 ? J 81 ? 1 I DT 11 1_555 J DA 154 1_555 I DG 12 1_555 J DC 153 1_555 0.356 0.694 3.348 -3.494 15.465 42.325 -0.568 -0.798 3.355 20.574 4.649 45.070 3 II_DT-81DG-80:DC80DA81_JJ I -81 ? J 81 ? I -80 ? J 80 ? 1 I DG 12 1_555 J DC 153 1_555 I DG 13 1_555 J DC 152 1_555 -0.212 1.181 2.611 -14.890 11.946 39.064 0.590 -0.971 2.748 16.707 20.826 43.315 4 II_DG-80DG-79:DC79DC80_JJ I -80 ? J 80 ? I -79 ? J 79 ? 1 I DG 13 1_555 J DC 152 1_555 I DC 14 1_555 J DG 151 1_555 -0.911 0.606 2.907 -0.500 -0.387 30.018 1.240 1.666 2.913 -0.747 0.965 30.024 5 II_DG-79DC-78:DG78DC79_JJ I -79 ? J 79 ? I -78 ? J 78 ? 1 I DC 14 1_555 J DG 151 1_555 I DC 15 1_555 J DG 150 1_555 0.093 0.343 2.930 -1.207 0.930 36.705 0.431 -0.296 2.933 1.476 1.916 36.736 6 II_DC-78DC-77:DG77DG78_JJ I -78 ? J 78 ? I -77 ? 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