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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.593 ? 12832 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.209 ? 1935 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.037 ? 1479 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 1347 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8ISS _struct.title 'Cryo-EM structure of wild-type human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG at 3.19 A resolution' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8ISS _struct_keywords.text 'tRNA splicing, TSEN, Cryo-EM, endonuclease, STRUCTURAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? 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'expression tag' -3 6 1 8ISS HIS A 7 ? UNP Q8WW01 ? ? 'expression tag' -2 7 1 8ISS GLY A 8 ? UNP Q8WW01 ? ? 'expression tag' -1 8 1 8ISS SER A 9 ? UNP Q8WW01 ? ? 'expression tag' 0 9 4 8ISS SER D 1 ? UNP Q7Z6J9 ? ? 'expression tag' -3 10 4 8ISS TYR D 2 ? UNP Q7Z6J9 ? ? 'expression tag' -2 11 4 8ISS TRP D 3 ? UNP Q7Z6J9 ? ? 'expression tag' -1 12 4 8ISS ASP D 4 ? UNP Q7Z6J9 ? ? 'expression tag' 0 13 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 HIS A 52 ? 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E G 12 OP2 ? ? ? 1_555 F MG . MG ? ? E G 12 E MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? ? hydrog1 hydrog ? ? E G 1 N1 ? ? ? 1_555 E C 87 N3 ? ? E G 1 E C 87 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? E G 1 N2 ? ? ? 1_555 E C 87 O2 ? ? E G 1 E C 87 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? E G 1 O6 ? ? ? 1_555 E C 87 N4 ? ? E G 1 E C 87 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? E G 2 N1 ? ? ? 1_555 E U 86 O2 ? ? E G 2 E U 86 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? E G 2 O6 ? ? ? 1_555 E U 86 N3 ? ? E G 2 E U 86 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? E C 3 N3 ? ? ? 1_555 E G 85 N1 ? ? E C 3 E G 85 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? E C 3 N4 ? ? ? 1_555 E G 85 O6 ? ? E C 3 E G 85 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? E C 3 O2 ? ? ? 1_555 E G 85 N2 ? ? E C 3 E G 85 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? E U 4 N3 ? ? ? 1_555 E A 84 N1 ? ? E U 4 E A 84 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? E U 4 O4 ? ? ? 1_555 E A 84 N6 ? ? E U 4 E A 84 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? E C 5 N3 ? ? ? 1_555 E G 83 N1 ? ? E C 5 E G 83 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? E C 5 N4 ? ? ? 1_555 E G 83 O6 ? ? E C 5 E G 83 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? E C 5 O2 ? ? ? 1_555 E G 83 N2 ? ? E C 5 E G 83 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? E U 6 N3 ? ? ? 1_555 E A 82 N1 ? ? E U 6 E A 82 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? E U 6 O4 ? ? ? 1_555 E A 82 N6 ? ? E U 6 E A 82 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? E G 7 N1 ? ? ? 1_555 E C 81 N3 ? ? E G 7 E C 81 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? E G 7 N2 ? ? ? 1_555 E C 81 O2 ? ? E G 7 E C 81 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? E G 7 O6 ? ? ? 1_555 E C 81 N4 ? ? E G 7 E C 81 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? E U 8 N3 ? ? ? 1_555 E A 14 N7 ? ? E U 8 E A 14 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? E U 8 O2 ? ? ? 1_555 E A 14 N6 ? ? E U 8 E A 14 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? E G 9 N7 ? ? ? 1_555 E C 23 N4 ? ? E G 9 E C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? E G 10 N1 ? ? ? 1_555 E C 25 N3 ? ? E G 10 E C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? E G 10 N2 ? ? ? 1_555 E C 25 O2 ? ? E G 10 E C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? E G 10 O6 ? ? ? 1_555 E C 25 N4 ? ? E G 10 E C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? E G 10 O6 ? ? ? 1_555 E G 60 N2 ? ? E G 10 E G 60 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-G MISPAIR' ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? E C 11 N3 ? ? ? 1_555 E G 24 N1 ? ? E C 11 E G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? E C 11 N4 ? ? ? 1_555 E G 24 O6 ? ? E C 11 E G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? E C 11 O2 ? ? ? 1_555 E G 24 N2 ? ? E C 11 E G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? E G 12 N1 ? ? ? 1_555 E C 23 N3 ? ? E G 12 E C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? E G 12 N2 ? ? ? 1_555 E C 23 O2 ? ? E G 12 E C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? E G 12 O6 ? ? ? 1_555 E C 23 N4 ? ? E G 12 E C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog32 hydrog ? ? E C 13 N3 ? ? ? 1_555 E G 22 N1 ? ? E C 13 E G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog33 hydrog ? ? E C 13 N4 ? ? ? 1_555 E G 22 O6 ? ? E C 13 E G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog34 hydrog ? ? E C 13 O2 ? ? ? 1_555 E G 22 N2 ? ? E C 13 E G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog35 hydrog ? ? E A 14 N6 ? ? ? 1_555 E A 21 N3 ? ? E A 14 E A 21 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-A MISPAIR' ? ? ? hydrog36 hydrog ? ? E A 15 N1 ? ? ? 1_555 E U 63 N3 ? ? E A 15 E U 63 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog37 hydrog ? ? E A 15 N6 ? ? ? 1_555 E U 63 O2 ? ? E A 15 E U 63 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog38 hydrog ? ? E G 17 N2 ? ? ? 1_555 E U 70 O2 ? ? E G 17 E U 70 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-U MISPAIR' ? ? ? hydrog39 hydrog ? ? E G 18 N1 ? ? ? 1_555 E C 71 N3 ? ? E G 18 E C 71 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog40 hydrog ? ? E G 18 N2 ? ? ? 1_555 E C 71 O2 ? ? E G 18 E C 71 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? E G 18 O6 ? ? ? 1_555 E C 71 N4 ? ? E G 18 E C 71 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? E G 22 N7 ? ? ? 1_555 E G 61 N1 ? ? E G 22 E G 61 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_7_PAIR ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? E G 22 O6 ? ? ? 1_555 E G 61 N2 ? ? E G 22 E G 61 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_7_PAIR ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? E A 26 N6 ? ? ? 1_555 E A 59 N1 ? ? E A 26 E A 59 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-A MISPAIR' ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? E U 27 N3 ? ? ? 1_555 E A 58 N1 ? ? E U 27 E A 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? 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'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 7 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 9 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? 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N 70 ARG CZ NH1 sing N N 71 ARG CZ NH2 doub N N 72 ARG NH1 HH11 sing N N 73 ARG NH1 HH12 sing N N 74 ARG NH2 HH21 sing N N 75 ARG NH2 HH22 sing N N 76 ARG OXT HXT sing N N 77 ASN N CA sing N N 78 ASN N H sing N N 79 ASN N H2 sing N N 80 ASN CA C sing N N 81 ASN CA CB sing N N 82 ASN CA HA sing N N 83 ASN C O doub N N 84 ASN C OXT sing N N 85 ASN CB CG sing N N 86 ASN CB HB2 sing N N 87 ASN CB HB3 sing N N 88 ASN CG OD1 doub N N 89 ASN CG ND2 sing N N 90 ASN ND2 HD21 sing N N 91 ASN ND2 HD22 sing N N 92 ASN OXT HXT sing N N 93 ASP N CA sing N N 94 ASP N H sing N N 95 ASP N H2 sing N N 96 ASP CA C sing N N 97 ASP CA CB sing N N 98 ASP CA HA sing N N 99 ASP C O doub N N 100 ASP C OXT sing N N 101 ASP CB CG sing N N 102 ASP CB HB2 sing N N 103 ASP CB HB3 sing N N 104 ASP CG OD1 doub N N 105 ASP CG OD2 sing N N 106 ASP OD2 HD2 sing N N 107 ASP OXT HXT sing N N 108 C OP3 P sing N N 109 C OP3 HOP3 sing N N 110 C P OP1 doub N N 111 C P OP2 sing N N 112 C P "O5'" sing N N 113 C OP2 HOP2 sing N 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