data_8IXA # _entry.id 8IXA # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.380 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8IXA pdb_00008ixa 10.2210/pdb8ixa/pdb WWPDB D_1300036646 ? ? EMDB EMD-35790 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'GMPCPP-Alpha1A/Beta2A-microtubule decorated with kinesin non-seam region' _pdbx_database_related.db_id EMD-35790 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8IXA _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-03-31 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Zheng, W.' 1 ? 'Zhao, Q.Y.' 2 ? 'Diao, L.' 3 ? 'Bao, L.' 4 ? 'Cong, Y.' 5 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country CN _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Acta Biochim.Biophys.Sin.' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1745-7270 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 55 _citation.language ? _citation.page_first 1551 _citation.page_last 1560 _citation.title 'Cryo-EM of alpha-tubulin isotype-containing microtubules revealed a contracted structure of alpha 4A/ beta 2A microtubules.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.3724/abbs.2023130 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37439022 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Diao, L.' 1 ? primary 'Zheng, W.' 2 ? primary 'Zhao, Q.' 3 ? primary 'Liu, M.' 4 ? primary 'Fu, Z.' 5 ? primary 'Zhang, X.' 6 ? primary 'Bao, L.' 7 ? primary 'Cong, Y.' 8 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Tubulin alpha-1A chain' 51017.320 9 3.6.5.- ? ? ;Author stated: the data processing is a non-standard procedure for microtubule-type of helical reconstruction with a seam, and it was performed around 2017 to 2019. We followed the procedure developed by Dr. Rui Zhang (R. Zhang, Cell, 2015, doi: 10.1016/j.cell.2015.07.012), with all the scripts provided by him. In this way, the generated half-maps have an applied circular mask but without touching the structural outer boundaries. ; 2 polymer man 'Tubulin beta-2A chain' 51150.961 9 ? ? ? ? 3 polymer man 'Kinesin-1 heavy chain' 41721.066 9 ? ? ? ? 4 non-polymer syn "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 523.180 9 ? ? ? ? 5 non-polymer syn 'PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER' 521.208 9 ? ? ? ? 6 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 9 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Alpha-tubulin 1,Alpha-tubulin isotype M-alpha-1,Tubulin alpha-1 chain' 3 'Conventional kinesin heavy chain,Ubiquitous kinesin heavy chain,UKHC' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIHHHHHHGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTV IDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLM ERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLIGQI VSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMA CCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRTIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHK FDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEGEEY ; ;MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIHHHHHHGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTV IDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLM ERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLIGQI VSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMA CCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRTIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHK FDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEGEEY ; I,A,B,C,D,E,F,G,H ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEAAGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGP FGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYP DRIMNTFSVMPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYSIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCL RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDSKNMMAACDPRHGRYLTVAAIFRGR MSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTG EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEEGEDEAGGSGGDYKDDDK ; ;MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEAAGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGP FGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYP DRIMNTFSVMPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYSIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCL RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDSKNMMAACDPRHGRYLTVAAIFRGR MSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTG EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEEGEDEAGGSGGDYKDDDK ; Q,J,K,L,M,N,O,P,R ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMADLAECNIKVMCRFRPLNESEVNRGDKYIAKFQGEDTVVIASKPYAFDRVFQSSTS QEQVYNDCAKKIVKDVLEGYNGTIFAYGQTSSGKTHTMEGKLHDPEGMGIIPRIVQDIFNYIYSMDENLEFHIKVSYFEI YLDKIRDLLDVSKTNLSVHEDKNRVPYVKGCTERFVCSPDEVMDTIDEGKSNRHVAVTNMNEHSSRSHSIFLINVKQENT QTEQKLSGKLYLVDLAGSAKVSKTGAEGAVLDEAKNINKSLSALGNVISALAEGSTYVPYRDSKMTRILQDSLGGNCRTT IVICCSPSSYNESETKSTLLFGQRAKTIKNTVCVNVELTAEQWKKKYEKEKE ; ;MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMADLAECNIKVMCRFRPLNESEVNRGDKYIAKFQGEDTVVIASKPYAFDRVFQSSTS QEQVYNDCAKKIVKDVLEGYNGTIFAYGQTSSGKTHTMEGKLHDPEGMGIIPRIVQDIFNYIYSMDENLEFHIKVSYFEI YLDKIRDLLDVSKTNLSVHEDKNRVPYVKGCTERFVCSPDEVMDTIDEGKSNRHVAVTNMNEHSSRSHSIFLINVKQENT QTEQKLSGKLYLVDLAGSAKVSKTGAEGAVLDEAKNINKSLSALGNVISALAEGSTYVPYRDSKMTRILQDSLGGNCRTT IVICCSPSSYNESETKSTLLFGQRAKTIKNTVCVNVELTAEQWKKKYEKEKE ; Y,S,T,U,V,W,X,Z,a ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ARG n 1 3 GLU n 1 4 CYS n 1 5 ILE n 1 6 SER n 1 7 ILE n 1 8 HIS n 1 9 VAL n 1 10 GLY n 1 11 GLN n 1 12 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ALA n 1 187 VAL n 1 188 VAL n 1 189 GLU n 1 190 PRO n 1 191 TYR n 1 192 ASN n 1 193 SER n 1 194 ILE n 1 195 LEU n 1 196 THR n 1 197 THR n 1 198 HIS n 1 199 THR n 1 200 THR n 1 201 LEU n 1 202 GLU n 1 203 HIS n 1 204 SER n 1 205 ASP n 1 206 CYS n 1 207 ALA n 1 208 PHE n 1 209 MET n 1 210 VAL n 1 211 ASP n 1 212 ASN n 1 213 GLU n 1 214 ALA n 1 215 ILE n 1 216 TYR n 1 217 ASP n 1 218 ILE n 1 219 CYS n 1 220 ARG n 1 221 ARG n 1 222 ASN n 1 223 LEU n 1 224 ASP n 1 225 ILE n 1 226 GLU n 1 227 ARG n 1 228 PRO n 1 229 THR n 1 230 TYR n 1 231 THR n 1 232 ASN n 1 233 LEU n 1 234 ASN n 1 235 ARG n 1 236 LEU n 1 237 ILE n 1 238 GLY n 1 239 GLN n 1 240 ILE n 1 241 VAL n 1 242 SER n 1 243 SER n 1 244 ILE n 1 245 THR n 1 246 ALA n 1 247 SER n 1 248 LEU n 1 249 ARG n 1 250 PHE n 1 251 ASP n 1 252 GLY n 1 253 ALA n 1 254 LEU n 1 255 ASN n 1 256 VAL n 1 257 ASP n 1 258 LEU n 1 259 THR n 1 260 GLU n 1 261 PHE n 1 262 GLN n 1 263 THR n 1 264 ASN n 1 265 LEU n 1 266 VAL n 1 267 PRO n 1 268 TYR n 1 269 PRO 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