data_8IXF # _entry.id 8IXF # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.380 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8IXF pdb_00008ixf 10.2210/pdb8ixf/pdb WWPDB D_1300036684 ? ? EMDB EMD-35792 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'GMPCPP-Alpha4A/Beta2A-microtubule decorated with kinesin non-seam region' _pdbx_database_related.db_id EMD-35792 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8IXF _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-03-31 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Zheng, W.' 1 ? 'Zhao, Q.Y.' 2 ? 'Diao, L.' 3 ? 'Bao, L.' 4 ? 'Cong, Y.' 5 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country CN _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Acta Biochim.Biophys.Sin.' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1745-7270 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 55 _citation.language ? _citation.page_first 1551 _citation.page_last 1560 _citation.title 'Cryo-EM of alpha-tubulin isotype-containing microtubules revealed a contracted structure of alpha 4A/ beta 2A microtubules.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.3724/abbs.2023130 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37439022 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Diao, L.' 1 ? primary 'Zheng, W.' 2 ? primary 'Zhao, Q.' 3 ? primary 'Liu, M.' 4 ? primary 'Fu, Z.' 5 ? primary 'Zhang, X.' 6 ? primary 'Bao, L.' 7 ? primary 'Cong, Y.' 8 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Tubulin alpha-4A chain' 50806.109 9 3.6.5.- ? ? ;Author stated: the data processing is a non-standard procedure for microtubule-type of helical reconstruction with a seam, and it was performed around 2017 to 2019. We followed the procedure developed by Dr. Rui Zhang (R. Zhang, Cell, 2015, doi: 10.1016/j.cell.2015.07.012), with all the scripts provided by him. In this way, the generated half-maps have an applied circular mask but without touching the structural outer boundaries. ; 2 polymer man 'Tubulin beta-2A chain' 51150.961 9 ? ? ? ? 3 polymer man 'Kinesin-1 heavy chain' 41721.066 9 ? ? ? ? 4 non-polymer syn "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 523.180 9 ? ? ? ? 5 non-polymer syn 'PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER' 521.208 9 ? ? ? ? 6 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 9 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Alpha-tubulin 4,Alpha-tubulin isotype M-alpha-4,Tubulin alpha-4 chain' 3 'Conventional kinesin heavy chain,Ubiquitous kinesin heavy chain,UKHC' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MRECISVHVGQAGVQMGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIHHHHHHGGGDDSFTTFFCETGAGKHVPRAVFVDLEPTV IDEIRNGPYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDPVLDRIRKLSDQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLM ERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLISQI VSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMA CCLLYRGDVVPKDVNAAIAAIKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHK FDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGIDSYEDEDEGEE ; ;MRECISVHVGQAGVQMGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIHHHHHHGGGDDSFTTFFCETGAGKHVPRAVFVDLEPTV IDEIRNGPYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDPVLDRIRKLSDQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLM ERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLISQI VSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMA CCLLYRGDVVPKDVNAAIAAIKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHK FDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGIDSYEDEDEGEE ; I,A,B,C,D,E,F,G,H ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEAAGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGP FGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYP DRIMNTFSVMPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYSIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCL RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDSKNMMAACDPRHGRYLTVAAIFRGR MSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTG EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEEGEDEAGGSGGDYKDDDK ; ;MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEAAGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGP FGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYP DRIMNTFSVMPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYSIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCL RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDSKNMMAACDPRHGRYLTVAAIFRGR MSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTG EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEEGEDEAGGSGGDYKDDDK ; Q,J,K,L,M,N,O,P,R ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMADLAECNIKVMCRFRPLNESEVNRGDKYIAKFQGEDTVVIASKPYAFDRVFQSSTS QEQVYNDCAKKIVKDVLEGYNGTIFAYGQTSSGKTHTMEGKLHDPEGMGIIPRIVQDIFNYIYSMDENLEFHIKVSYFEI YLDKIRDLLDVSKTNLSVHEDKNRVPYVKGCTERFVCSPDEVMDTIDEGKSNRHVAVTNMNEHSSRSHSIFLINVKQENT QTEQKLSGKLYLVDLAGSAKVSKTGAEGAVLDEAKNINKSLSALGNVISALAEGSTYVPYRDSKMTRILQDSLGGNCRTT IVICCSPSSYNESETKSTLLFGQRAKTIKNTVCVNVELTAEQWKKKYEKEKE ; ;MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMADLAECNIKVMCRFRPLNESEVNRGDKYIAKFQGEDTVVIASKPYAFDRVFQSSTS QEQVYNDCAKKIVKDVLEGYNGTIFAYGQTSSGKTHTMEGKLHDPEGMGIIPRIVQDIFNYIYSMDENLEFHIKVSYFEI YLDKIRDLLDVSKTNLSVHEDKNRVPYVKGCTERFVCSPDEVMDTIDEGKSNRHVAVTNMNEHSSRSHSIFLINVKQENT QTEQKLSGKLYLVDLAGSAKVSKTGAEGAVLDEAKNINKSLSALGNVISALAEGSTYVPYRDSKMTRILQDSLGGNCRTT IVICCSPSSYNESETKSTLLFGQRAKTIKNTVCVNVELTAEQWKKKYEKEKE ; Y,S,T,U,V,W,X,Z,a ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ARG n 1 3 GLU n 1 4 CYS n 1 5 ILE n 1 6 SER n 1 7 VAL n 1 8 HIS n 1 9 VAL n 1 10 GLY n 1 11 GLN n 1 12 ALA n 1 13 GLY n 1 14 VAL n 1 15 GLN n 1 16 MET n 1 17 GLY n 1 18 ASN n 1 19 ALA n 1 20 CYS n 1 21 TRP n 1 22 GLU n 1 23 LEU n 1 24 TYR n 1 25 CYS n 1 26 LEU n 1 27 GLU n 1 28 HIS n 1 29 GLY n 1 30 ILE n 1 31 GLN n 1 32 PRO n 1 33 ASP n 1 34 GLY n 1 35 GLN n 1 36 MET n 1 37 PRO n 1 38 SER n 1 39 ASP n 1 40 LYS n 1 41 THR n 1 42 ILE n 1 43 HIS n 1 44 HIS n 1 45 HIS n 1 46 HIS n 1 47 HIS n 1 48 HIS n 1 49 GLY n 1 50 GLY n 1 51 GLY n 1 52 ASP n 1 53 ASP n 1 54 SER n 1 55 PHE n 1 56 THR n 1 57 THR n 1 58 PHE n 1 59 PHE n 1 60 CYS n 1 61 GLU n 1 62 THR n 1 63 GLY n 1 64 ALA n 1 65 GLY n 1 66 LYS n 1 67 HIS n 1 68 VAL n 1 69 PRO n 1 70 ARG n 1 71 ALA n 1 72 VAL n 1 73 PHE n 1 74 VAL n 1 75 ASP n 1 76 LEU n 1 77 GLU n 1 78 PRO n 1 79 THR n 1 80 VAL n 1 81 ILE n 1 82 ASP n 1 83 GLU n 1 84 ILE n 1 85 ARG n 1 86 ASN n 1 87 GLY n 1 88 PRO n 1 89 TYR n 1 90 ARG n 1 91 GLN n 1 92 LEU n 1 93 PHE n 1 94 HIS n 1 95 PRO n 1 96 GLU n 1 97 GLN n 1 98 LEU n 1 99 ILE n 1 100 THR n 1 101 GLY n 1 102 LYS n 1 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