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CD ? A LYS 943 CD 27 1 Y 1 A LYS 943 ? CE ? A LYS 943 CE 28 1 Y 1 A LYS 943 ? NZ ? A LYS 943 NZ 29 1 Y 1 A LYS 1108 ? CG ? A LYS 1108 CG 30 1 Y 1 A LYS 1108 ? CD ? A LYS 1108 CD 31 1 Y 1 A LYS 1108 ? CE ? A LYS 1108 CE 32 1 Y 1 A LYS 1108 ? NZ ? A LYS 1108 NZ 33 1 Y 1 A THR 1138 ? OG1 ? A THR 1138 OG1 34 1 Y 1 A THR 1138 ? CG2 ? A THR 1138 CG2 35 1 Y 1 A LEU 1144 ? CG ? A LEU 1144 CG 36 1 Y 1 A LEU 1144 ? CD1 ? A LEU 1144 CD1 37 1 Y 1 A LEU 1144 ? CD2 ? A LEU 1144 CD2 38 1 Y 1 A LEU 1203 ? CG ? A LEU 1203 CG 39 1 Y 1 A LEU 1203 ? CD1 ? A LEU 1203 CD1 40 1 Y 1 A LEU 1203 ? CD2 ? A LEU 1203 CD2 41 1 Y 1 A ASN 1452 ? CG ? A ASN 1452 CG 42 1 Y 1 A ASN 1452 ? OD1 ? A ASN 1452 OD1 43 1 Y 1 A ASN 1452 ? ND2 ? A ASN 1452 ND2 44 1 Y 1 C MET 1 ? CG ? B MET 1 CG 45 1 Y 1 C MET 1 ? SD ? B MET 1 SD 46 1 Y 1 C MET 1 ? CE ? B MET 1 CE 47 1 Y 1 C TYR 61 ? CG ? B TYR 61 CG 48 1 Y 1 C TYR 61 ? CD1 ? B TYR 61 CD1 49 1 Y 1 C TYR 61 ? CD2 ? B TYR 61 CD2 50 1 Y 1 C TYR 61 ? CE1 ? B TYR 61 CE1 51 1 Y 1 C TYR 61 ? CE2 ? B TYR 61 CE2 52 1 Y 1 C TYR 61 ? CZ ? B TYR 61 CZ 53 1 Y 1 C TYR 61 ? OH ? B TYR 61 OH 54 1 Y 1 C LYS 129 ? CG ? B LYS 129 CG 55 1 Y 1 C LYS 129 ? CD ? B LYS 129 CD 56 1 Y 1 C LYS 129 ? CE ? B LYS 129 CE 57 1 Y 1 C LYS 129 ? NZ ? B LYS 129 NZ 58 1 Y 1 C ARG 132 ? CG ? B ARG 132 CG 59 1 Y 1 C ARG 132 ? CD ? B ARG 132 CD 60 1 Y 1 C ARG 132 ? NE ? B ARG 132 NE 61 1 Y 1 C ARG 132 ? CZ ? B ARG 132 CZ 62 1 Y 1 C ARG 132 ? NH1 ? B ARG 132 NH1 63 1 Y 1 C ARG 132 ? NH2 ? B ARG 132 NH2 64 1 Y 1 C GLU 136 ? CG ? B GLU 136 CG 65 1 Y 1 C GLU 136 ? CD ? B GLU 136 CD 66 1 Y 1 C GLU 136 ? OE1 ? B GLU 136 OE1 67 1 Y 1 C GLU 136 ? OE2 ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.530 ? 8988 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 12.838 ? 2417 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 1022 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 1136 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8J1R _struct.title 'cryo-EM structures of Ufd4 in complex with Ubc4-Ub' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8J1R _struct_keywords.text 'Ufd4, Ubc4, Ubc4-Ub, HECT-type E3 ligase, LIGASE' _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP UFD4_YEAST P33202 ? 1 ;MSENNSHNLDEHESHSENSDYMMDTQVEDDYDEDGHVQGEYSYYPDEDEDEHMLSSVGSFEADDGEDDDNDYHHEDDSGL LYGYHRTQNGSDEDRNEEEDGLERSHDNNEFGSNPLHLPDILETFAQRLEQRRQTSEGLGQHPVGRTLPEILSMIGGRME RSAESSARNERISKLIENTGNASEDPYIAMESLKELSENILMMNQMVVDRIIPMETLIGNIAAILSDKILREELELQMQA CRCMYNLFEVCPESISIAVDEHVIPILQGKLVEISYIDLAEQVLETVEYISRVHGRDILKTGQLSIYVQFFDFLTIHAQR KAIAIVSNACSSIRTDDFKTIVEVLPTLKPIFSNATDQPILTRLVNAMYGICGALHGVDKFETLFSLDLIERIVQLVSIQ DTPLENKLKCLDILTVLAMSSDVLSRELREKTDIVDMATRSFQHYSKSPNAGLHETLIYVPNSLLISISRFIVVLFPPED ERILSADKYTGNSDRGVISNQEKFDSLVQCLIPILVEIYTNAADFDVRRYVLIALLRVVSCINNSTAKAINDQLIKLIGS ILAQKETASNANGTYSSEAGTLLVGGLSLLDLICKKFSELFFPSIKREGIFDLVKDLSVDFNNIDLKEDGNENISLSDEE GDLHSSIEECDEGDEEYDYEFTDMEIPDSVKPKKISIHIFRTLSLAYIKNKGVNLVNRVLSQMNVEQEAITEELHQIEGV VSILENPSTPDKTEEDWKGIWSVLKKCIFHEDFDVSGFEFTSTGLASSITKRITSSTVSHFILAKSFLEVFEDCIDRFLE ILQSALTRLENFSIVDCGLHDGGGVSSLAKEIKIKLVYDGDASKDNIGTDLSSTIVSVHCIASFTSLNEFLRHRMVRMRF LNSLIPNLTSSSTEADREEEENCLDHMRKKNFDFFYDNEKVDMESTVFGVIFNTFVRRNRDLKTLWDDTHTIKFCKSLEG NNRESEAAEEANEGKKLRDFYKKREFAQVDTGSSADILTLLDFLHSCGVKSDSFINSKLSAKLARQLDEPLVVASGALPD WSLFLTRRFPFLFPFDTRMLFLQCTSFGYGRLIQLWKNKSKGSKDLRNDEALQQLGRITRRKLRISRKTIFATGLKILSK YGSSPDVLEIEYQEEAGTGLGPTLEFYSVVSKYFARKSLNMWRCNSYSYRSEMDVDTTDDYITTLLFPEPLNPFSNNEKV IELFGYLGTFVARSLLDNRILDFRFSKVFFELLHRMSTPNVTTVPSDVETCLLMIELVDPLLAKSLKYIVANKDDNMTLE SLSLTFTVPGNDDIELIPGGCNKSLNSSNVEEYIHGVIDQILGKGIEKQLKAFIEGFSKVFSYERMLILFPDELVDIFGR VEEDWSMATLYTNLNAEHGYTMDSSIIHDFISIISAFGKHERRLFLQFLTGSPKLPIGGFKSLNPKFTVVLKHAEDGLTA DEYLPSVMTCANYLKLPKYTSKDIMRSRLCQAIEEGAGAFLLS ; 1 2 UNP UBC4_YEAST P15731 ? 2 ;MSSSKRIAKELSDLERDPPTSCSAGPVGDDLYHWQASIMGPADSPYAGGVFFLSIHFPTDYPFKPPKISFTTKIYHPNIN ANGNICLDILKDQWSPALTLSKVLLSICSLLTDANPDDPLVPEIAHIYKTDRPKYEATAREWTKKYAV ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8J1R A 1 ? 1483 ? P33202 1 ? 1483 ? 1 1483 2 2 8J1R C 1 ? 148 ? P15731 1 ? 148 ? 1 148 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 8J1R SER C 22 ? UNP P15731 CYS 22 'engineered mutation' 22 1 2 8J1R SER C 108 ? UNP P15731 CYS 108 'engineered mutation' 108 2 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ILE A 710 ? 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O THR A 854 N LEU A 836 ? N LEU A 836 AA1 2 3 N LYS A 835 ? N LYS A 835 O HIS A 950 ? O HIS A 950 AA1 3 4 O LYS A 953 ? O LYS A 953 N PHE A 915 ? N PHE A 915 AA1 4 5 N PHE A 914 ? N PHE A 914 O VAL A 921 ? O VAL A 921 AA2 1 2 N LEU A 1103 ? N LEU A 1103 O GLU A 1131 ? O GLU A 1131 AA3 1 2 N ASN A 1375 ? N ASN A 1375 O VAL A 1429 ? O VAL A 1429 AA3 2 3 N VAL A 1430 ? N VAL A 1430 O LEU A 1456 ? O LEU A 1456 AA4 1 2 N GLY B 25 ? N GLY C 25 O GLN B 35 ? O GLN C 35 AA4 2 3 N TRP B 34 ? N TRP C 34 O ILE B 55 ? O ILE C 55 AA4 3 4 N SER B 54 ? N SER C 54 O SER B 69 ? 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