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E . n C 2 1643 TYR 1643 1637 ? ? ? E . n C 2 1644 GLY 1644 1638 ? ? ? E . n C 2 1645 VAL 1645 1639 ? ? ? E . n C 2 1646 ILE 1646 1640 ? ? ? E . n C 2 1647 THR 1647 1641 ? ? ? E . n C 2 1648 LEU 1648 1642 ? ? ? E . n # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8JHK _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8JHK _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8JHK _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8JHK _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 20937 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.905 ? 28247 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.624 ? 2731 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.051 ? 3118 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 3616 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8JHK _struct.title 'Cryo-EM structure of the DOCK5/ELMO1 complex, focused on one protomer' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8JHK _struct_keywords.text 'ELMO, DOCK, GEF, GTPASE, RHO, RAC, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ELMO1_HUMAN Q92556 ? 1 ;MPPPADIVKVAIEWPGAYPKLMEIDQKKPLSAIIKEVCDGWSLANHEYFALQHADSSNFYITEKNRNEIKNGTILRLTTS PAQNAQQLHERIQSSSMDAKLEALKDLASLSRDVTFAQEFINLDGISLLTQMVESGTERYQKLQKIMKPCFGDMLSFTLT AFVELMDHGIVSWDTFSVAFIKKIASFVNKSAIDISILQRSLAILESMVLNSHDLYQKVAQEITIGQLIPHLQGSDQEIQ TYTIAVINALFLKAPDERRQEMANILAQKQLRSIILTHVIRAQRAINNEMAHQLYVLQVLTFNLLEDRMMTKMDPQDQAQ RDIIFELRRIAFDAESEPNNSSGSMEKRKSMYTRDYKKLGFINHVNPAMDFTQTPPGMLALDNMLYFAKHHQDAYIRIVL ENSSREDKHECPFGRSSIELTKMLCEILKVGELPSETCNDFHPMFFTHDRSFEEFFCICIQLLNKTWKEMRATSEDFNKV MQVVKEQVMRALTTKPSSLDQFKSKLQNLSYTEILKIRQSERMNQEDFQSRPILELKEKIQPEILELIKQQRLNRLVEGT CFRKLNARRRQDKFWYCRLSPNHKVLHYGDLEESPQGEVPHDSLQDKLPVADIKAVVTGKDCPHMKEKGALKQNKEVLEL AFSILYDSNCQLNFIAPDKHEYCIWTDGLNALLGKDMMSDLTRNDLDTLLSMEIKLRLLDLENIQIPDAPPPIPKEPSNY DFVYDCN ; 1 2 UNP DOCK5_HUMAN Q9H7D0 ? 2 ;MARWIPTKRQKYGVAIYNYNASQDVELSLQIGDTVHILEMYEGWYRGYTLQNKSKKGIFPETYIHLKEATVEDLGQHETV IPGELPLVQELTSTLREWAVIWRKLYVNNKLTLFRQLQQMTYSLIEWRSQILSGTLPKDELAELKKKVTAKIDHGNRMLG LDLVVRDDNGNILDPDETSTIALFKAHEVASKRIEEKIQEEKSILQNLDLRGQSIFSTIHTYGLYVNFKNFVCNIGEDAE LFMALYDPDQSTFISENYLIRWGSNGMPKEIEKLNNLQAVFTDLSSMDLIRPRVSLVCQIVRVGHMELKEGKKHTCGLRR PFGVAVMDITDIIHGKVDDEEKQHFIPFQQIAMETYIRQRQLIMSPLITSHVIGENEPLTSVLNKVIAAKEVNHKGQGLW VSLKLLPGDLTQVQKNFSHLVDRSTAIARKMGFPEIILPGDVRNDIYVTLIHGEFDKGKKKTPKNVEVTMSVHDEEGKLL EKAIHPGAGYEGISEYKSVVYYQVKQPCWYETVKVSIAIEEVTRCHIRFTFRHRSSQETRDKSERAFGVAFVKLMNPDGT TLQDGRHDLVVYKGDNKKMEDAKFYLTLPGTKMEMEEKELQASKNLVTFTPSKDSTKDSFQIATLICSTKLTQNVDLLGL LNWRSNSQNIKHNLKKLMEVDGGEIVKFLQDTLDALFNIMMEMSDSETYDFLVFDALVFIISLIGDIKFQHFNPVLETYI YKHFSATLAYVKLSKVLNFYVANADDSSKTELLFAALKALKYLFRFIIQSRVLYLRFYGQSKDGDEFNNSIRQLFLAFNM LMDRPLEEAVKIKGAALKYLPSIINDVKLVFDPVELSVLFCKFIQSIPDNQLVRQKLNCMTKIVESTLFRQSECREVLLP LLTDQLSGQLDDNSNKPDHEASSQLLSNILEVLDRKDVGATAVHIQLIMERLLRRINRTVIGMNRQSPHIGSFVACMIAL LQQMDDSHYSHYISTFKTRQDIIDFLMETFIMFKDLIGKNVYAKDWMVMNMTQNRVFLRAINQFAEVLTRFFMDQASFEL QLWNNYFHLAVAFLTHESLQLETFSQAKRNKIVKKYGDMRKEIGFRIRDMWYNLGPHKIKFIPSMVGPILEVTLTPEVEL RKATIPIFFDMMQCEFNFSGNGNFHMFENELITKLDQEVEGGRGDEQYKVLLEKLLLEHCRKHKYLSSSGEVFALLVSSL LENLLDYRTIIMQDESKENRMSCTVNVLNFYKEKKREDIYIRYLYKLRDLHRDCENYTEAAYTLLLHAELLQWSDKPCVP HLLQKDSYYVYTQQELKEKLYQEIISYFDKGKMWEKAIKLSKELAETYESKVFDYEGLGNLLKKRASFYENIIKAMRPQP EYFAVGYYGQGFPSFLRNKIFIYRGKEYERREDFSLRLLTQFPNAEKMTSTTPPGEDIKSSPKQYMQCFTVKPVMSLPPS YKDKPVPEQILNYYRANEVQQFRYSRPFRKGEKDPDNEFATMWIERTTYTTAYTFPGILKWFEVKQISTEEISPLENAIE TMELTNERISNCVQQHAWDRSLSVHPLSMLLSGIVDPAVMGGFSNYEKAFFTEKYLQEHPEDQEKVELLKRLIALQMPLL TEGIRIHGEKLTEQLKPLHERLSSCFRELKEKVEKHYGVITL ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8JHK A 7 ? 733 ? 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UNP Q9H7D0 LYS 1285 variant 1285 20 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 37 ? 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ASN B 895 ARG B 915 1 ? 21 HELX_P HELX_P72 AH9 THR B 927 ? MET B 949 ? THR B 921 MET B 943 1 ? 23 HELX_P HELX_P73 AI1 HIS B 955 ? MET B 970 ? HIS B 949 MET B 964 1 ? 16 HELX_P HELX_P74 AI2 ASP B 971 ? TYR B 978 ? ASP B 965 TYR B 972 1 ? 8 HELX_P HELX_P75 AI3 THR B 984 ? GLY B 1004 ? THR B 978 GLY B 998 1 ? 21 HELX_P HELX_P76 AI4 TRP B 1012 ? PHE B 1038 ? TRP B 1006 PHE B 1032 1 ? 27 HELX_P HELX_P77 AI5 MET B 1039 ? SER B 1043 ? MET B 1033 SER B 1037 5 ? 5 HELX_P HELX_P78 AI6 LEU B 1048 ? THR B 1061 ? LEU B 1042 THR B 1055 1 ? 14 HELX_P HELX_P79 AI7 SER B 1064 ? PHE B 1070 ? SER B 1058 PHE B 1064 1 ? 7 HELX_P HELX_P80 AI8 SER B 1071 ? GLY B 1083 ? SER B 1065 GLY B 1077 1 ? 13 HELX_P HELX_P81 AI9 ASP B 1084 ? GLY B 1101 ? ASP B 1078 GLY B 1095 1 ? 18 HELX_P HELX_P82 AJ1 HIS B 1103 ? LYS B 1106 ? HIS B 1097 LYS B 1100 5 ? 4 HELX_P HELX_P83 AJ2 PHE B 1107 ? LEU B 1120 ? PHE B 1101 LEU B 1114 1 ? 14 HELX_P HELX_P84 AJ3 VAL B 1124 ? ILE B 1131 ? VAL B 1118 ILE B 1125 1 ? 8 HELX_P HELX_P85 AJ4 ILE B 1131 ? PHE B 1144 ? ILE B 1125 PHE B 1138 1 ? 14 HELX_P HELX_P86 AJ5 PHE B 1150 ? GLY B 1168 ? PHE B 1144 GLY B 1162 1 ? 19 HELX_P HELX_P87 AJ6 ASP B 1171 ? ARG B 1187 ? ASP B 1165 ARG B 1181 1 ? 17 HELX_P HELX_P88 AJ7 TYR B 1191 ? GLU B 1221 ? TYR B 1185 GLU B 1215 1 ? 31 HELX_P HELX_P89 AJ8 SER B 1222 ? LYS B 1240 ? SER B 1216 LYS B 1234 1 ? 19 HELX_P HELX_P90 AJ9 ARG B 1242 ? GLU B 1261 ? ARG B 1236 GLU B 1255 1 ? 20 HELX_P HELX_P91 AK1 TYR B 1263 ? GLU B 1275 ? TYR B 1257 GLU B 1269 1 ? 13 HELX_P HELX_P92 AK2 THR B 1298 ? GLY B 1317 ? THR B 1292 GLY B 1311 1 ? 20 HELX_P HELX_P93 AK3 TRP B 1320 ? VAL B 1338 ? TRP B 1314 VAL B 1332 1 ? 19 HELX_P HELX_P94 AK4 ASP B 1340 ? ALA B 1361 ? ASP B 1334 ALA B 1355 1 ? 22 HELX_P HELX_P95 AK5 PRO B 1379 ? ARG B 1383 ? PRO B 1373 ARG B 1377 5 ? 5 HELX_P HELX_P96 AK6 ARG B 1396 ? GLN B 1407 ? ARG B 1390 GLN B 1401 1 ? 12 HELX_P HELX_P97 AK7 PRO B 1453 ? ASN B 1463 ? 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