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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.380 ? 38958 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.404 ? 10364 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.040 ? 4407 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 4930 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8JJ1 _struct.title 'Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab2G7 in two fab conformation' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8JJ1 _struct_keywords.text 'NMDAR, autoimmune encephalitis, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 1 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 6 ? L N N 6 ? M N N 6 ? N N N 6 ? O N N 6 ? P N N 6 ? Q N N 6 ? R N N 6 ? S N N 6 ? 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D ASN 350 D NAG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? E ASN 368 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? D ASN 368 D NAG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? E ASN 771 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? D ASN 771 D NAG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale13 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 29 G . ? SER 7 F PRO 30 G ? PRO 8 F 1 -1.58 2 SER 29 H . ? SER 7 G PRO 30 H ? PRO 8 G 1 -1.77 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 8 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 8 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 8 ? AB9 ? 7 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 8 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 5 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 6 ? AD2 ? 4 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 6 ? AD5 ? 4 ? AD6 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? parallel AA3 3 4 ? parallel AA3 4 5 ? parallel AA4 1 2 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? parallel AA5 4 5 ? parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA5 6 7 ? anti-parallel AA5 7 8 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB1 4 5 ? parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? parallel AB2 3 4 ? parallel AB2 4 5 ? parallel AB2 5 6 ? anti-parallel AB2 6 7 ? anti-parallel AB2 7 8 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? parallel AB7 3 4 ? parallel AB7 4 5 ? parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? parallel AB8 3 4 ? parallel AB8 4 5 ? parallel AB8 5 6 ? anti-parallel AB8 6 7 ? anti-parallel AB8 7 8 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? parallel AB9 3 4 ? parallel AB9 4 5 ? parallel AB9 5 6 ? anti-parallel AB9 6 7 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? parallel AC3 3 4 ? parallel AC3 4 5 ? parallel AC4 1 2 ? parallel AC4 2 3 ? parallel AC4 3 4 ? parallel AC4 4 5 ? parallel AC4 5 6 ? anti-parallel AC4 6 7 ? anti-parallel AC4 7 8 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD1 5 6 ? anti-parallel AD2 1 2 ? parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD4 1 2 ? parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD4 4 5 ? anti-parallel AD4 5 6 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD6 5 6 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLN A 22 ? GLN A 25 ? GLN H 3 GLN H 6 AA1 2 VAL A 37 ? SER A 44 ? VAL H 18 SER H 25 AA1 3 THR A 97 ? LEU A 102 ? THR H 78 LEU H 83 AA1 4 VAL A 87 ? ASP A 92 ? VAL H 68 ASP H 73 AA2 1 GLU A 29 ? ARG A 31 ? GLU H 10 ARG H 12 AA2 2 THR A 134 ? VAL A 138 ? THR H 115 VAL H 119 AA2 3 ALA A 111 ? ALA A 119 ? ALA H 92 ALA H 100 AA2 4 TYR A 51 ? GLN A 58 ? TYR H 32 GLN H 39 AA2 5 LEU A 64 ? ILE A 70 ? LEU H 45 ILE H 51 AA2 6 THR A 77 ? TYR A 79 ? THR H 58 TYR H 60 AA3 1 ASN B 68 ? LEU B 73 ? ASN A 68 LEU A 73 AA3 2 ASN B 35 ? LEU B 40 ? ASN A 35 LEU A 40 AA3 3 GLY B 97 ? PHE B 100 ? GLY A 97 PHE A 100 AA3 4 ILE B 124 ? GLY B 126 ? ILE A 124 GLY A 126 AA3 5 PHE B 144 ? GLN B 146 ? PHE A 144 GLN A 146 AA4 1 VAL B 169 ? PHE B 170 ? VAL A 169 PHE A 170 AA4 2 ASP B 199 ? MET B 200 ? ASP A 199 MET A 200 AA5 1 ILE B 204 ? LEU B 206 ? ILE A 204 LEU A 206 AA5 2 LEU B 172 ? THR B 175 ? LEU A 172 THR A 175 AA5 3 VAL B 226 ? TYR B 230 ? VAL A 226 TYR A 230 AA5 4 PHE B 254 ? VAL B 257 ? PHE A 254 VAL A 257 AA5 5 ILE B 277 ? SER B 280 ? ILE A 277 SER A 280 AA5 6 VAL B 362 ? ASN B 367 ? VAL A 362 ASN A 367 AA5 7 GLU B 371 ? LYS B 377 ? GLU A 371 LYS A 377 AA5 8 LEU B 385 ? ARG B 386 ? LEU A 385 ARG A 386 AA6 1 ASP B 476 ? LEU B 479 ? ASP A 476 LEU A 479 AA6 2 SER B 407 ? THR B 410 ? SER A 407 THR A 410 AA6 3 MET B 507 ? ALA B 508 ? MET A 507 ALA A 508 AA6 4 ALA B 764 ? LEU B 765 ? ALA A 764 LEU A 765 AA6 5 ASP B 523 ? PHE B 524 ? ASP A 523 PHE A 524 AA7 1 ILE B 418 ? GLU B 420 ? ILE A 418 GLU A 420 AA7 2 ASN B 451 ? LYS B 457 ? ASN A 451 LYS A 457 AA7 3 VAL B 434 ? PHE B 439 ? VAL A 434 PHE A 439 AA8 1 GLU B 530 ? THR B 531 ? GLU A 530 THR A 531 AA8 2 THR B 759 ? GLY B 760 ? THR A 759 GLY A 760 AA9 1 ALA B 727 ? ASP B 731 ? ALA A 727 ASP A 731 AA9 2 ILE B 533 ? SER B 538 ? ILE A 533 SER A 538 AA9 3 LEU B 747 ? THR B 749 ? LEU A 747 THR A 749 AB1 1 LEU C 60 ? THR C 66 ? LEU B 60 THR B 66 AB1 2 VAL C 27 ? LEU C 33 ? VAL B 27 LEU B 33 AB1 3 VAL C 87 ? VAL C 92 ? VAL B 87 VAL B 92 AB1 4 VAL C 118 ? GLY C 120 ? VAL B 118 GLY B 120 AB1 5 PHE C 137 ? ARG C 139 ? PHE B 137 ARG B 139 AB2 1 LYS C 193 ? PHE C 197 ? LYS B 193 PHE B 197 AB2 2 ILE C 164 ? SER C 168 ? ILE B 164 SER B 168 AB2 3 VAL C 218 ? SER C 222 ? VAL B 218 SER B 222 AB2 4 VAL C 246 ? VAL C 249 ? VAL B 246 VAL B 249 AB2 5 LEU C 267 ? LEU C 271 ? LEU B 267 LEU B 271 AB2 6 TYR C 351 ? GLN C 357 ? TYR B 351 GLN B 357 AB2 7 LYS C 360 ? TYR C 367 ? LYS B 360 TYR B 367 AB2 8 VAL C 372 ? PRO C 374 ? VAL B 372 PRO B 374 AB3 1 THR C 473 ? LEU C 478 ? THR B 473 LEU B 478 AB3 2 ARG C 397 ? THR C 402 ? ARG B 397 THR B 402 AB3 3 MET C 512 ? ILE C 513 ? MET B 512 ILE B 513 AB3 4 GLY C 761 ? MET C 762 ? GLY B 761 MET B 762 AB3 5 GLU C 528 ? PHE C 529 ? GLU B 528 PHE B 529 AB4 1 TYR C 410 ? PRO C 413 ? TYR B 410 PRO B 413 AB4 2 THR C 450 ? TYR C 456 ? THR B 450 TYR B 456 AB4 3 VAL C 434 ? PRO C 439 ? VAL B 434 PRO B 439 AB5 1 LYS C 534 ? GLN C 536 ? LYS B 534 GLN B 536 AB5 2 SER C 756 ? PHE C 758 ? SER B 756 PHE B 758 AB6 1 TYR C 681 ? ALA C 682 ? TYR B 681 ALA B 682 AB6 2 ALA C 728 ? ASP C 732 ? ALA B 728 ASP B 732 AB6 3 LEU C 538 ? LYS C 543 ? LEU B 538 LYS B 543 AB6 4 LEU C 746 ? THR C 749 ? LEU B 746 THR B 749 AB7 1 ASN D 68 ? LEU D 73 ? ASN C 68 LEU C 73 AB7 2 ASN D 35 ? LEU D 40 ? ASN C 35 LEU C 40 AB7 3 GLY D 97 ? PHE D 100 ? GLY C 97 PHE C 100 AB7 4 ILE D 124 ? GLY D 126 ? ILE C 124 GLY C 126 AB7 5 PHE D 144 ? GLN D 146 ? PHE C 144 GLN C 146 AB8 1 ILE D 204 ? LEU D 206 ? ILE C 204 LEU C 206 AB8 2 LEU D 172 ? THR D 175 ? LEU C 172 THR C 175 AB8 3 VAL D 226 ? TYR D 230 ? VAL C 226 TYR C 230 AB8 4 PHE D 254 ? VAL D 257 ? PHE C 254 VAL C 257 AB8 5 ILE D 277 ? SER D 280 ? ILE C 277 SER C 280 AB8 6 VAL D 362 ? LEU D 366 ? VAL C 362 LEU C 366 AB8 7 TRP D 372 ? LYS D 377 ? TRP C 372 LYS C 377 AB8 8 LEU D 385 ? ARG D 386 ? LEU C 385 ARG C 386 AB9 1 THR D 446 ? CYS D 456 ? THR C 446 CYS C 456 AB9 2 VAL D 434 ? ASN D 443 ? VAL C 434 ASN C 443 AB9 3 TYR D 475 ? LEU D 479 ? TYR C 475 LEU C 479 AB9 4 LEU D 406 ? THR D 410 ? LEU C 406 THR C 410 AB9 5 MET D 507 ? ALA D 508 ? MET C 507 ALA C 508 AB9 6 ALA D 764 ? LEU D 765 ? ALA C 764 LEU C 765 AB9 7 ASP D 523 ? PHE D 524 ? ASP C 523 PHE C 524 AC1 1 GLU D 530 ? THR D 531 ? GLU C 530 THR C 531 AC1 2 THR D 759 ? GLY D 760 ? THR C 759 GLY C 760 AC2 1 PHE D 682 ? GLY D 683 ? PHE C 682 GLY C 683 AC2 2 ALA D 727 ? ASP D 731 ? ALA C 727 ASP C 731 AC2 3 ILE D 533 ? SER D 538 ? ILE C 533 SER C 538 AC2 4 LEU D 747 ? THR D 749 ? LEU C 747 THR C 749 AC3 1 ASN E 61 ? THR E 66 ? ASN D 61 THR D 66 AC3 2 ASN E 28 ? LEU E 33 ? ASN D 28 LEU D 33 AC3 3 VAL E 87 ? VAL E 92 ? VAL D 87 VAL D 92 AC3 4 VAL E 118 ? GLY E 120 ? VAL D 118 GLY D 120 AC3 5 PHE E 137 ? ARG E 139 ? PHE D 137 ARG D 139 AC4 1 VAL E 194 ? PHE E 197 ? VAL D 194 PHE D 197 AC4 2 ILE E 164 ? SER E 168 ? ILE D 164 SER D 168 AC4 3 VAL E 218 ? SER E 222 ? VAL D 218 SER D 222 AC4 4 VAL E 246 ? VAL E 249 ? VAL D 246 VAL D 249 AC4 5 ILE E 266 ? LEU E 271 ? ILE D 266 LEU D 271 AC4 6 TYR E 351 ? GLN E 357 ? TYR D 351 GLN D 357 AC4 7 LYS E 360 ? TYR E 367 ? LYS D 360 TYR D 367 AC4 8 VAL E 372 ? PRO E 374 ? VAL D 372 PRO D 374 AC5 1 LYS E 329 ? TYR E 330 ? LYS D 329 TYR D 330 AC5 2 VAL E 338 ? GLU E 339 ? VAL D 338 GLU D 339 AC6 1 ARG E 397 ? THR E 402 ? ARG D 397 THR D 402 AC6 2 THR E 473 ? LEU E 478 ? THR D 473 LEU D 478 AC6 3 VAL E 434 ? THR E 437 ? VAL D 434 THR D 437 AC6 4 PRO E 452 ? GLY E 457 ? PRO D 452 GLY D 457 AC6 5 VAL E 409 ? LYS E 412 ? VAL D 409 LYS D 412 AC7 1 MET E 512 ? ALA E 515 ? MET D 512 ALA D 515 AC7 2 GLY E 759 ? MET E 762 ? GLY D 759 MET D 762 AC7 3 GLU E 528 ? PHE E 529 ? GLU D 528 PHE D 529 AC8 1 TYR E 681 ? ALA E 682 ? TYR D 681 ALA D 682 AC8 2 ALA E 728 ? ASP E 732 ? ALA D 728 ASP D 732 AC8 3 LEU E 538 ? LYS E 543 ? LEU D 538 LYS D 543 AC8 4 LEU E 746 ? PHE E 753 ? LEU D 746 PHE D 753 AC9 1 GLN F 22 ? GLN F 25 ? GLN E 3 GLN E 6 AC9 2 VAL F 37 ? SER F 44 ? VAL E 18 SER E 25 AC9 3 THR F 97 ? LEU F 102 ? THR E 78 LEU E 83 AC9 4 VAL F 87 ? ASP F 92 ? VAL E 68 ASP E 73 AD1 1 GLU F 29 ? ARG F 31 ? GLU E 10 ARG E 12 AD1 2 THR F 134 ? VAL F 138 ? THR E 115 VAL E 119 AD1 3 ALA F 111 ? ALA F 119 ? ALA E 92 ALA E 100 AD1 4 TYR F 51 ? GLN F 58 ? TYR E 32 GLN E 39 AD1 5 LEU F 64 ? ILE F 70 ? LEU E 45 ILE E 51 AD1 6 THR F 77 ? TYR F 79 ? THR E 58 TYR E 60 AD2 1 GLU F 29 ? ARG F 31 ? GLU E 10 ARG E 12 AD2 2 THR F 134 ? VAL F 138 ? THR E 115 VAL E 119 AD2 3 ALA F 111 ? ALA F 119 ? ALA E 92 ALA E 100 AD2 4 TYR F 129 ? TRP F 130 ? TYR E 110 TRP E 111 AD3 1 MET G 26 ? SER G 29 ? MET F 4 SER F 7 AD3 2 VAL G 41 ? ALA G 47 ? VAL F 19 ALA F 25 AD3 3 GLU G 92 ? ILE G 97 ? GLU F 70 ILE F 75 AD3 4 PHE G 84 ? SER G 89 ? PHE F 62 SER F 67 AD4 1 THR G 32 ? ALA G 35 ? THR F 10 ALA F 13 AD4 2 THR G 122 ? ILE G 126 ? THR F 100 ILE F 104 AD4 3 THR G 107 ? HIS G 112 ? THR F 85 HIS F 90 AD4 4 LEU G 55 ? GLN G 60 ? LEU F 33 GLN F 38 AD4 5 LYS G 67 ? TYR G 71 ? LYS F 45 TYR F 49 AD4 6 THR G 75 ? LEU G 76 ? THR F 53 LEU F 54 AD5 1 MET H 26 ? SER H 29 ? MET G 4 SER G 7 AD5 2 VAL H 41 ? ALA H 47 ? VAL G 19 ALA G 25 AD5 3 GLU H 92 ? ILE H 97 ? GLU G 70 ILE G 75 AD5 4 PHE H 84 ? SER H 89 ? PHE G 62 SER G 67 AD6 1 THR H 32 ? ALA H 35 ? THR G 10 ALA G 13 AD6 2 THR H 122 ? ILE H 126 ? THR G 100 ILE G 104 AD6 3 THR H 107 ? HIS H 112 ? THR G 85 HIS G 90 AD6 4 LEU H 55 ? GLN H 60 ? LEU G 33 GLN G 38 AD6 5 LYS H 67 ? TYR H 71 ? LYS G 45 TYR G 49 AD6 6 THR H 75 ? LEU H 76 ? 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