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EMDB EMD-36641 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2023-10-25 2 'Structure model' 1 1 2024-05-08 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_audit_revision_group.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal 2 _pdbx_audit_revision_group.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_group.group 'Database references' # _pdbx_audit_revision_category.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal 2 _pdbx_audit_revision_category.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_category.category citation # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 3 2 'Structure model' '_citation.page_first' 4 2 'Structure model' '_citation.page_last' 5 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8JTD _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-06-21 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'CNE55 Env with PGT145 Fab' EMD-36630 'other EM volume' EMDB 'BJOX2000.664 trimer in complex with Fab fragment of broadly neutralizing HIV antibody PGT145' EMD-36641 'associated EM volume' # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 2 kklee@uw.edu Kelly Lee K 'principal investigator/group leader' 0000-0001-5577-9873 3 vmprasad@iisc.ac.in Vidya 'Mangala Prasad' ? 'principal investigator/group leader' 0000-0002-4215-5700 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Chatterjee, A.' 1 ? 'Chen, C.' 2 ? 'Lee, K.' 3 ? 'Mangala Prasad, V.' 4 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Npj Viruses' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2948-1767 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 1 _citation.language ? _citation.page_first 2 _citation.page_last 2 _citation.title 'An HIV-1 broadly neutralizing antibody overcomes structural and dynamic variation through highly focused epitope targeting.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s44298-023-00002-4 _citation.pdbx_database_id_PubMed 38665238 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Hodge, E.A.' 1 ? primary 'Chatterjee, A.' 2 ? primary 'Chen, C.' 3 ? primary 'Naika, G.S.' 4 ? primary 'Laohajaratsang, M.' 5 ? primary 'Mangala Prasad, V.' 6 ? primary 'Lee, K.K.' 7 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'gp120 protein of HIV Envelope trimer' 54064.277 3 ? ? ? ;The HIV trimer map of this study is of BJOX2000.664 but we have given a sequence of BG505.664 as the model of BG505.664 was used to rigid body fit in our map. Because of the low resolution of the map, we have not built the model. ; 2 polymer man 'gp41 protein of HIV Envelope trimer' 17146.482 3 ? ? ? ? 3 polymer man 'PGT145 antibody fragment, heavy chain' 28793.164 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'PGT145 antibody fragment, light chain' 23953.750 1 ? ? ? ? 5 branched man '2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 424.401 25 ? ? ? ? 6 branched man 'beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 586.542 5 ? ? ? ? 7 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 1072.964 1 ? ? ? ? 8 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 910.823 3 ? ? ? ? 9 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 1235.105 2 ? ? ? ? 10 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 1397.245 1 ? ? ? ? 11 non-polymer syn 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 221.208 20 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIIS LWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKE YRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEV MIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRK HFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQ AMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRR R ; ;AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIIS LWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKE YRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEV MIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRK HFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQ AMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRR R ; A,C,D ? 2 'polypeptide(L)' no no ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; B,E,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;QASTMDWIWRILFLVAAATSAHSQVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGNSFSNHDVHWVRQATGQGLEWMGWMSHEGDK TGLAQKFQGRVTITRDSGASTVYMELRGLTADDTAIYYCLTGSKHRLRDYFLYNEYGPNYEEWGDYLATLDVWGHGTAVT VSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLG TQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD ; ;QASTMDWIWRILFLVAAATSAHSQVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGNSFSNHDVHWVRQATGQGLEWMGWMSHEGDK TGLAQKFQGRVTITRDSGASTVYMELRGLTADDTAIYYCLTGSKHRLRDYFLYNEYGPNYEEWGDYLATLDVWGHGTAVT VSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLG TQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD ; J ? 4 'polypeptide(L)' no no ;EVVITQSPLFLPVTPGEAASLSCKCSHSLQHSTGANYLAWYLQRPGQTPRLLIHLATHRASGVPDRFSGSGSGTDFTLKI SRVESDDVGTYYCMQGLHSPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQ SGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC ; ;EVVITQSPLFLPVTPGEAASLSCKCSHSLQHSTGANYLAWYLQRPGQTPRLLIHLATHRASGVPDRFSGSGSGTDFTLKI SRVESDDVGTYYCMQGLHSPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQ SGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC ; N ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 11 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 GLU n 1 3 ASN n 1 4 LEU n 1 5 TRP n 1 6 VAL n 1 7 THR n 1 8 VAL n 1 9 TYR n 1 10 TYR n 1 11 GLY n 1 12 VAL n 1 13 PRO n 1 14 VAL n 1 15 TRP n 1 16 LYS n 1 17 ASP n 1 18 ALA n 1 19 GLU n 1 20 THR n 1 21 THR n 1 22 LEU n 1 23 PHE n 1 24 CYS n 1 25 ALA n 1 26 SER n 1 27 ASP n 1 28 ALA n 1 29 LYS n 1 30 ALA n 1 31 TYR n 1 32 GLU n 1 33 THR n 1 34 GLU n 1 35 LYS n 1 36 HIS n 1 37 ASN n 1 38 VAL n 1 39 TRP n 1 40 ALA n 1 41 THR n 1 42 HIS n 1 43 ALA n 1 44 CYS n 1 45 VAL n 1 46 PRO n 1 47 THR n 1 48 ASP n 1 49 PRO n 1 50 ASN n 1 51 PRO n 1 52 GLN n 1 53 GLU n 1 54 ILE n 1 55 HIS n 1 56 LEU n 1 57 GLU n 1 58 ASN n 1 59 VAL n 1 60 THR n 1 61 GLU n 1 62 GLU n 1 63 PHE n 1 64 ASN n 1 65 MET n 1 66 TRP n 1 67 LYS n 1 68 ASN n 1 69 ASN n 1 70 MET n 1 71 VAL n 1 72 GLU n 1 73 GLN n 1 74 MET n 1 75 HIS n 1 76 THR n 1 77 ASP n 1 78 ILE n 1 79 ILE n 1 80 SER n 1 81 LEU n 1 82 TRP n 1 83 ASP n 1 84 GLN n 1 85 SER n 1 86 LEU n 1 87 LYS n 1 88 PRO n 1 89 CYS n 1 90 VAL n 1 91 LYS n 1 92 LEU n 1 93 THR n 1 94 PRO n 1 95 LEU n 1 96 CYS n 1 97 VAL n 1 98 THR n 1 99 LEU n 1 100 GLN n 1 101 CYS n 1 102 THR n 1 103 ASN n 1 104 VAL n 1 105 THR n 1 106 ASN n 1 107 ASN n 1 108 ILE n 1 109 THR n 1 110 ASP n 1 111 ASP n 1 112 MET n 1 113 ARG n 1 114 GLY n 1 115 GLU n 1 116 LEU n 1 117 LYS n 1 118 ASN n 1 119 CYS n 1 120 SER n 1 121 PHE n 1 122 ASN n 1 123 MET n 1 124 THR n 1 125 THR n 1 126 GLU n 1 127 LEU n 1 128 ARG n 1 129 ASP n 1 130 LYS n 1 131 LYS n 1 132 GLN n 1 133 LYS n 1 134 VAL n 1 135 TYR n 1 136 SER n 1 137 LEU n 1 138 PHE n 1 139 TYR n 1 140 ARG n 1 141 LEU n 1 142 ASP n 1 143 VAL n 1 144 VAL n 1 145 GLN n 1 146 ILE n 1 147 ASN n 1 148 GLU n 1 149 ASN n 1 150 GLN n 1 151 GLY n 1 152 ASN n 1 153 ARG n 1 154 SER n 1 155 ASN n 1 156 ASN n 1 157 SER n 1 158 ASN n 1 159 LYS n 1 160 GLU n 1 161 TYR n 1 162 ARG n 1 163 LEU n 1 164 ILE n 1 165 ASN n 1 166 CYS n 1 167 ASN n 1 168 THR n 1 169 SER n 1 170 ALA n 1 171 ILE n 1 172 THR n 1 173 GLN n 1 174 ALA n 1 175 CYS n 1 176 PRO n 1 177 LYS n 1 178 VAL n 1 179 SER n 1 180 PHE n 1 181 GLU n 1 182 PRO n 1 183 ILE n 1 184 PRO n 1 185 ILE n 1 186 HIS n 1 187 TYR n 1 188 CYS n 1 189 ALA n 1 190 PRO n 1 191 ALA n 1 192 GLY n 1 193 PHE n 1 194 ALA n 1 195 ILE n 1 196 LEU n 1 197 LYS n 1 198 CYS n 1 199 LYS n 1 200 ASP n 1 201 LYS 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.724 ? 23890 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.426 ? 3012 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.060 ? 3070 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 2860 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8JTD _struct.title 'BJOX2000.664 trimer in complex with Fab fragment of broadly neutralizing HIV antibody PGT145' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8JTD _struct_keywords.text 'HIV, Envelope trimer, broadly neutralizing antibody, PGT145, Cryo-EM, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 5 ? K N N 5 ? L N N 5 ? M N N 6 ? N N N 7 ? O N N 5 ? 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A CYS 469 SG ? ? ? 1_555 B CYS 94 SG ? ? A CYS 501 B CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 87 SG ? ? ? 1_555 B CYS 93 SG ? ? B CYS 598 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 24 SG ? ? ? 1_555 C CYS 44 SG ? ? C CYS 54 C CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? ? disulf13 disulf ? ? C CYS 89 SG ? ? ? 1_555 C CYS 175 SG ? ? C CYS 119 C CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf14 disulf ? ? C CYS 96 SG ? ? ? 1_555 C CYS 166 SG ? ? C CYS 126 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf15 disulf ? ? C CYS 101 SG ? ? ? 1_555 C CYS 119 SG ? ? C CYS 131 C CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf16 disulf ? ? C CYS 188 SG ? ? ? 1_555 C CYS 217 SG ? ? C CYS 218 C CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf17 disulf ? ? C CYS 198 SG ? ? ? 1_555 C CYS 209 SG ? ? C CYS 228 C CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf18 disulf ? ? C CYS 266 SG ? ? ? 1_555 C CYS 300 SG ? ? C CYS 296 C CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf19 disulf ? ? C CYS 347 SG ? ? ? 1_555 C CYS 413 SG ? ? C CYS 378 C CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf20 disulf ? ? C CYS 354 SG ? ? ? 1_555 C CYS 386 SG ? ? C CYS 385 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? ? disulf21 disulf ? ? C CYS 469 SG ? ? ? 1_555 F CYS 94 SG ? ? C CYS 501 F CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf22 disulf ? ? D CYS 24 SG ? ? ? 1_555 D CYS 44 SG ? ? D CYS 54 D CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf23 disulf ? ? D CYS 89 SG ? ? ? 1_555 D CYS 175 SG ? ? D CYS 119 D CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf24 disulf ? ? D CYS 96 SG ? ? ? 1_555 D CYS 166 SG ? ? D CYS 126 D CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf25 disulf ? ? D CYS 101 SG ? ? ? 1_555 D CYS 119 SG ? ? D CYS 131 D CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf26 disulf ? ? D CYS 188 SG ? ? ? 1_555 D CYS 217 SG ? ? D CYS 218 D CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf27 disulf ? ? D CYS 198 SG ? ? ? 1_555 D CYS 209 SG ? ? 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A ASN 88 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 103 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 133 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 156 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? A ASN 160 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 197 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? A ASN 234 A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 262 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 295 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 301 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.465 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 332 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? A ASN 339 A NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 324 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? A ASN 355 A NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 363 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 386 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 361 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? A ASN 392 A NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.460 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 448 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? B ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? B ASN 611 B NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? B ASN 107 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? B ASN 618 B NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? B ASN 637 B NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? C ASN 58 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? C ASN 88 C NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? C ASN 103 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? C ASN 133 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? C ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 156 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? C ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 160 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? C ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? C ASN 197 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? C ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 BB NAG . C1 ? ? C ASN 234 C NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? C ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? C ASN 262 f NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? C ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? C ASN 295 h NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? C ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? C ASN 301 i NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? C ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? C ASN 332 j NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? C ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 CB NAG . C1 ? ? C ASN 339 C NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? C ASN 324 ND2 ? ? ? 1_555 DB NAG . C1 ? ? C ASN 355 C NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? C ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? C ASN 363 k NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? C ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? C ASN 386 l NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? C ASN 361 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? C ASN 392 m NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? C ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? C ASN 448 n NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? D ASN 58 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? D ASN 88 o NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? D ASN 103 ND2 ? ? ? 1_555 EB NAG . C1 ? ? D ASN 133 D NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? D ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? D ASN 156 p NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale39 covale one ? D ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? D ASN 160 q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale40 covale one ? D ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? D ASN 197 r NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale41 covale one ? D ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 FB NAG . C1 ? ? D ASN 234 D NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale42 covale one ? D ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? D ASN 262 s NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale43 covale one ? D ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? D ASN 295 u NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale44 covale one ? D ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? D ASN 301 v NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale45 covale one ? D ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? D ASN 332 w NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale46 covale one ? D ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 GB NAG . C1 ? ? D ASN 339 D NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale47 covale one ? D ASN 324 ND2 ? ? ? 1_555 HB NAG . C1 ? ? D ASN 355 D NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale48 covale one ? D ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? D ASN 363 x NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale49 covale one ? D ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? D ASN 386 y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale50 covale one ? D ASN 361 ND2 ? ? ? 1_555 IB NAG . C1 ? ? D ASN 392 D NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale51 covale one ? D ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? D ASN 448 z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale52 covale one ? E ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 JB NAG . C1 ? ? E ASN 611 E NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale53 covale one ? E ASN 107 ND2 ? ? ? 1_555 KB NAG . C1 ? ? E ASN 618 E NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale54 covale one ? E ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? E ASN 637 0 NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale55 covale one ? F ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? F ASN 611 1 NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale56 covale one ? F ASN 107 ND2 ? ? ? 1_555 LB NAG . C1 ? ? F ASN 618 F NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale57 covale one ? F ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 MB NAG . C1 ? ? F ASN 637 F NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale58 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale59 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale60 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale61 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale62 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale63 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? S NAG 2 S BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale64 covale both ? N NAG . 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