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D . n # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero C 3 NAG 1 B NAG 1 D NAG 704 n C 3 NAG 2 B NAG 2 D NAG 715 n D 4 NAG 1 C NAG 1 D NAG 705 n D 4 NAG 2 C NAG 2 D NAG 706 n D 4 BMA 3 C BMA 3 D BMA 707 n E 5 NAG 1 E NAG 1 D NAG 709 n E 5 NAG 2 E NAG 2 D NAG 710 n E 5 BMA 3 E BMA 3 D BMA 711 n E 5 MAN 4 E MAN 4 D MAN 712 n E 5 MAN 5 E MAN 5 D MAN 713 n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code F 6 NAG 1 1301 1323 NAG NAG A . 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.504 ? 9262 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.591 ? 962 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.048 ? 1011 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 1179 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8JYP _struct.title 'Structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike RBD in complex with ACE2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8JYP _struct_keywords.text 'spike protein, glycoprotein, VIRUS, VIRAL PROTEIN-PROTEIN BINDING complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/PROTEIN BINDING' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 6 ? H N N 6 ? 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'expression tag' 626 118 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 VAL A 362 ? 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VAL D 581 ASN D 599 1 ? 19 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 331 SG ? ? ? 1_555 A CYS 356 SG ? ? A CYS 336 A CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 374 SG ? ? ? 1_555 A CYS 427 SG ? ? A CYS 379 A CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 386 SG ? ? ? 1_555 A CYS 520 SG ? ? A CYS 391 A CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 475 SG ? ? ? 1_555 A CYS 483 SG ? ? A CYS 480 A CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 115 SG ? ? ? 1_555 B CYS 123 SG ? ? D CYS 133 D CYS 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 326 SG ? ? ? 1_555 B CYS 343 SG ? ? D CYS 344 D CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf7 disulf ? ? B CYS 512 SG ? ? ? 1_555 B CYS 524 SG ? ? D CYS 530 D CYS 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? covale1 covale one ? A ASN 338 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 343 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 35 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? D ASN 53 D NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? B ASN 72 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? D ASN 90 C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? B ASN 85 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? D ASN 103 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? B ASN 304 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? D ASN 322 D NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? B ASN 414 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? D ASN 432 D NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 528 ND2 ? ? ? 1_555 C NAG . C1 ? ? D ASN 546 B NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? N-Glycosylation covale8 covale both ? C NAG . O4 ? ? ? 1_555 C NAG . C1 ? ? B NAG 1 B NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale9 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? C NAG 1 C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale10 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D BMA . C1 ? ? C NAG 2 C BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale11 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale12 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E BMA . C1 ? ? E NAG 2 E BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale13 covale both ? E BMA . O3 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? E BMA 3 E MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale14 covale both ? E BMA . O6 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? E BMA 3 E MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ASN A 349 ? ILE A 353 ? 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O ARG D 357 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 THR A 345 ? ? 68.62 -5.78 2 1 ALA A 348 ? ? 61.74 176.49 3 1 LYS A 386 ? ? -97.13 33.58 4 1 PHE A 392 ? ? -127.95 -169.74 5 1 LEU D 91 ? ? 72.95 -6.28 6 1 ASP D 136 ? ? 32.67 45.54 7 1 ASN D 338 ? ? 57.62 -137.33 8 1 ILE D 484 ? ? -98.07 -60.17 # _pdbx_entry_details.entry_id 8JYP _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8JYP _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 8IOV _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 8IOV _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 # _em_3d_reconstruction.entry_id 8JYP _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.38 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 108121 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? 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