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EMDB EMD-37098 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-06-26 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8KCB _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-08-07 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? 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_citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Structure _citation.journal_id_ASTM STRUE6 _citation.journal_id_CSD 2005 _citation.journal_id_ISSN 0969-2126 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Mechanism of heterochromatin remodeling revealed by the DDM1 bound nucleosome structures.' _citation.year 2024 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.str.2024.05.013 _citation.pdbx_database_id_PubMed 38870940 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhang, H.' 1 ? primary 'Gu, Z.' 2 ? primary 'Zeng, Y.' 3 ? primary 'Zhang, Y.' 4 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H2B.10' 15767.544 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H3.1' 15300.968 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H4' 11436.467 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2A.6' 13680.854 2 ? ? ? ? 5 polymer syn 'DNA (170-MER)' 52199.215 1 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (170-MER)' 52764.609 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'ATP-dependent DNA helicase DDM1' 86757.758 1 3.6.4.12 ? ? ? 8 non-polymer syn 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' 66.007 1 ? ? ? ? 9 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 HTB2 4 'HTA1,Protein RESISTANT TO AGROBACTERIUM TRANSFORMATION 5' 7 ;Protein CHROMATIN REMODELING 1,AtCHR1,CHR01,Protein DECREASED DNA METHYLATION 1,AtDDM1,Protein SOMNIFEROUS 1,SWI/SNF2-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin DDM1 ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MAKADKKPAEKKPAEKTPAAEPAAAAEKKPKAGKKLPKEPAGAGDKKKKRSKKNVETYKIYIFKVLKQVHPDIGISSKAM GIMNSFINDIFEKLAGESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSS ; ;MAKADKKPAEKKPAEKTPAAEPAAAAEKKPKAGKKLPKEPAGAGDKKKKRSKKNVETYKIYIFKVLKQVHPDIGISSKAM GIMNSFINDIFEKLAGESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSS ; D,C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRFRPGTVALREIRKYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVAALQEAAEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRFRPGTVALREIRKYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVAALQEAAEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; F,E ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKIFLENVIRDAVTYTEHARRK 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(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGT CCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCACATATATACATCCTGTTCCAGTGCCG GTGTCGCGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGCGACACCGGCACTGGAACAGGATGTATATATGTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAA AACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGAT TCTCCAGGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MVSLRSRKVIPASEMVSDGKTEKDASGDSPTSVLNEEENCEEKSVTVVEEEILLAKNGDSSLISEAMAQEEEQLLKLRED EEKANNAGSAVAPNLNETQFTKLDELLTQTQLYSEFLLEKMEDITINGIESESQKAEPEKTGRGRKRKAASQYNNTKAKR AVAAMISRSKEDGETINSDLTEEETVIKLQNELCPLLTGGQLKSYQLKGVKWLISLWQNGLNGILADQMGLGKTIQTIGF LSHLKGNGLDGPYLVIAPLSTLSNWFNEIARFTPSINAIIYHGDKNQRDELRRKHMPKTVGPKFPIVITSYEVAMNDAKR ILRHYPWKYVVIDEGHRLKNHKCKLLRELKHLKMDNKLLLTGTPLQNNLSELWSLLNFILPDIFTSHDEFESWFDFSEKN KNEATKEEEEKRRAQVVSKLHGILRPFILRRMKCDVELSLPRKKEIIMYATMTDHQKKFQEHLVNNTLEAHLGENAIRGQ GWKGKLNNLVIQLRKNCNHPDLLQGQIDGSYLYPPVEEIVGQCGKFRLLERLLVRLFANNHKVLIFSQWTKLLDIMDYYF SEKGFEVCRIDGSVKLDERRRQIKDFSDEKSSCSIFLLSTRAGGLGINLTAADTCILYDSDWNPQMDLQAMDRCHRIGQT 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_pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' BEF 9 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 LYS n 1 4 ALA n 1 5 ASP n 1 6 LYS n 1 7 LYS n 1 8 PRO n 1 9 ALA n 1 10 GLU n 1 11 LYS n 1 12 LYS n 1 13 PRO n 1 14 ALA n 1 15 GLU n 1 16 LYS n 1 17 THR n 1 18 PRO n 1 19 ALA n 1 20 ALA n 1 21 GLU n 1 22 PRO n 1 23 ALA n 1 24 ALA n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 GLU n 1 28 LYS n 1 29 LYS n 1 30 PRO n 1 31 LYS n 1 32 ALA n 1 33 GLY n 1 34 LYS n 1 35 LYS n 1 36 LEU n 1 37 PRO n 1 38 LYS n 1 39 GLU n 1 40 PRO n 1 41 ALA n 1 42 GLY n 1 43 ALA n 1 44 GLY n 1 45 ASP n 1 46 LYS n 1 47 LYS n 1 48 LYS n 1 49 LYS n 1 50 ARG n 1 51 SER n 1 52 LYS n 1 53 LYS n 1 54 ASN n 1 55 VAL n 1 56 GLU n 1 57 THR n 1 58 TYR n 1 59 LYS n 1 60 ILE n 1 61 TYR n 1 62 ILE n 1 63 PHE n 1 64 LYS n 1 65 VAL n 1 66 LEU n 1 67 LYS n 1 68 GLN n 1 69 VAL n 1 70 HIS n 1 71 PRO n 1 72 ASP n 1 73 ILE n 1 74 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M N N 9 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H2B10_ARATH Q9FFC0 ? 1 ;MAKADKKPAEKKPAEKTPAAEPAAAAEKKPKAGKKLPKEPAGAGDKKKKRSKKNVETYKIYIFKVLKQVHPDIGISSKAM GIMNSFINDIFEKLAGESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSS ; 1 2 UNP H31_ARATH P59226 ? 2 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRFRPGTVALREIRKYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVAALQEAAEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 3 UNP H4_ARATH P59259 ? 3 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKIFLENVIRDAVTYTEHARRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 4 UNP H2A6_ARATH Q9LD28 ? 4 ;MAGRGKTLGSGGAKKATSRSSKAGLQFPVGRIARFLKAGKYAERVGAGAPVYLAAVLEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRI VPRHIQLAVRNDEELSKLLGDVTIANGGVMPNIHNLLLPKKAGASKPQED ; 1 5 PDB 8KCB 8KCB ? 5 ? 1 6 PDB 8KCB 8KCB ? 6 ? 1 7 UNP DDM1_ARATH Q9XFH4 ? 7 ;MVSLRSRKVIPASEMVSDGKTEKDASGDSPTSVLNEEENCEEKSVTVVEEEILLAKNGDSSLISEAMAQEEEQLLKLRED EEKANNAGSAVAPNLNETQFTKLDELLTQTQLYSEFLLEKMEDITINGIESESQKAEPEKTGRGRKRKAASQYNNTKAKR AVAAMISRSKEDGETINSDLTEEETVIKLQNELCPLLTGGQLKSYQLKGVKWLISLWQNGLNGILADQMGLGKTIQTIGF LSHLKGNGLDGPYLVIAPLSTLSNWFNEIARFTPSINAIIYHGDKNQRDELRRKHMPKTVGPKFPIVITSYEVAMNDAKR ILRHYPWKYVVIDEGHRLKNHKCKLLRELKHLKMDNKLLLTGTPLQNNLSELWSLLNFILPDIFTSHDEFESWFDFSEKN KNEATKEEEEKRRAQVVSKLHGILRPFILRRMKCDVELSLPRKKEIIMYATMTDHQKKFQEHLVNNTLEAHLGENAIRGQ GWKGKLNNLVIQLRKNCNHPDLLQGQIDGSYLYPPVEEIVGQCGKFRLLERLLVRLFANNHKVLIFSQWTKLLDIMDYYF SEKGFEVCRIDGSVKLDERRRQIKDFSDEKSSCSIFLLSTRAGGLGINLTAADTCILYDSDWNPQMDLQAMDRCHRIGQT KPVHVYRLSTAQSIETRVLKRAYSKLKLEHVVIGQGQFHQERAKSSTPLEEEDILALLKEDETAEDKLIQTDISDADLDR LLDRSDLTITAPGETQAAEAFPVKGPGWEVVLPSSGGMLSSLNS ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8KCB D 1 ? 145 ? Q9FFC0 1 ? 145 ? 0 144 2 1 8KCB C 1 ? 145 ? Q9FFC0 1 ? 145 ? 0 144 3 2 8KCB F 1 ? 136 ? P59226 1 ? 136 ? 0 135 4 2 8KCB E 1 ? 136 ? P59226 1 ? 136 ? 0 135 5 3 8KCB H 1 ? 103 ? P59259 1 ? 103 ? 0 102 6 3 8KCB G 1 ? 103 ? P59259 1 ? 103 ? 0 102 7 4 8KCB A 1 ? 130 ? Q9LD28 1 ? 130 ? 0 129 8 4 8KCB B 1 ? 130 ? Q9LD28 1 ? 130 ? 0 129 9 5 8KCB I 1 ? 170 ? 8KCB -11 ? 158 ? -11 158 10 6 8KCB J 1 ? 170 ? 8KCB -31 ? 138 ? -31 138 11 7 8KCB K 1 ? 764 ? Q9XFH4 1 ? 764 ? 1 764 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 TYR A 58 ? 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GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P16 AB7 MET D 121 ? GLY D 133 ? MET E 120 GLY E 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 ASP E 25 ? ILE E 30 ? ASP H 24 ILE H 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P18 AB9 THR E 31 ? GLY E 43 ? THR H 30 GLY H 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P19 AC1 LEU E 50 ? ALA E 77 ? LEU H 49 ALA H 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P20 AC2 THR E 83 ? GLY E 95 ? THR H 82 GLY H 94 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 AC3 ASN F 26 ? ILE F 30 ? ASN G 25 ILE G 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 THR F 31 ? GLY F 43 ? THR G 30 GLY G 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P23 AC5 GLY F 49 ? ALA F 77 ? GLY G 48 ALA G 76 1 ? 29 HELX_P HELX_P24 AC6 THR F 83 ? GLN F 94 ? THR G 82 GLN G 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 ARG G 19 ? GLY G 24 ? ARG A 18 GLY A 23 1 ? 6 HELX_P HELX_P26 AC8 PRO G 28 ? GLY G 39 ? PRO A 27 GLY A 38 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 AC9 ALA G 47 ? ASN G 75 ? ALA A 46 ASN A 74 1 ? 29 HELX_P HELX_P28 AD1 VAL G 81 ? ASP G 92 ? VAL A 80 ASP A 91 1 ? 12 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP G 92 ? LEU G 99 ? ASP A 91 LEU A 98 1 ? 8 HELX_P HELX_P30 AD3 ARG H 19 ? GLY H 24 ? ARG B 18 GLY B 23 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 AD4 PRO H 28 ? GLY H 39 ? PRO B 27 GLY B 38 1 ? 12 HELX_P HELX_P32 AD5 ALA H 47 ? ASN H 75 ? ALA B 46 ASN B 74 1 ? 29 HELX_P HELX_P33 AD6 VAL H 81 ? ASP H 92 ? VAL B 80 ASP B 91 1 ? 12 HELX_P HELX_P34 AD7 ASP H 92 ? GLY H 100 ? ASP B 91 GLY B 99 1 ? 9 HELX_P HELX_P35 AD8 THR K 185 ? CYS K 194 ? THR K 185 CYS K 194 1 ? 10 HELX_P HELX_P36 AD9 LYS K 203 ? GLY K 220 ? LYS K 203 GLY K 220 1 ? 18 HELX_P HELX_P37 AE1 LYS K 233 ? ASN K 247 ? LYS K 233 ASN K 247 1 ? 15 HELX_P HELX_P38 AE2 PRO K 258 ? THR K 273 ? PRO K 258 THR K 273 1 ? 16 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP K 284 ? MET K 296 ? ASP K 284 MET K 296 1 ? 13 HELX_P HELX_P40 AE4 SER K 310 ? ALA K 318 ? SER K 310 ALA K 318 1 ? 9 HELX_P HELX_P41 AE5 GLY K 335 ? LYS K 339 ? GLY K 335 LYS K 339 5 ? 5 HELX_P HELX_P42 AE6 CYS K 343 ? LEU K 352 ? CYS K 343 LEU K 352 1 ? 10 HELX_P HELX_P43 AE7 LEU K 369 ? LEU K 380 ? LEU K 369 LEU K 380 1 ? 12 HELX_P HELX_P44 AE8 SER K 386 ? PHE K 394 ? SER K 386 PHE K 394 1 ? 9 HELX_P HELX_P45 AE9 LYS K 411 ? ARG K 425 ? LYS K 411 ARG K 425 1 ? 15 HELX_P HELX_P46 AF1 MET K 432 ? GLU K 437 ? MET K 432 GLU K 437 1 ? 6 HELX_P HELX_P47 AF2 THR K 453 ? LEU K 463 ? THR K 453 LEU K 463 1 ? 11 HELX_P HELX_P48 AF3 VAL K 490 ? ASN K 498 ? VAL K 490 ASN K 498 1 ? 9 HELX_P HELX_P49 AF4 HIS K 499 ? GLY K 509 ? HIS K 499 GLY K 509 1 ? 11 HELX_P HELX_P50 AF5 PRO K 515 ? CYS K 523 ? PRO K 515 CYS K 523 1 ? 9 HELX_P HELX_P51 AF6 LYS K 525 ? ASN K 540 ? LYS K 525 ASN K 540 1 ? 16 HELX_P HELX_P52 AF7 TRP K 549 ? GLY K 564 ? TRP K 549 GLY K 564 1 ? 16 HELX_P HELX_P53 AF8 LYS K 575 ? ASP K 588 ? LYS K 575 ASP K 588 1 ? 14 HELX_P HELX_P54 AF9 ASN K 623 ? ARG K 633 ? ASN K 623 ARG K 633 1 ? 11 HELX_P HELX_P55 AG1 SER K 653 ? VAL K 672 ? SER K 653 VAL K 672 1 ? 20 HELX_P HELX_P56 AG2 ASP K 706 ? THR K 711 ? ASP K 706 THR K 711 1 ? 6 HELX_P HELX_P57 AG3 SER K 714 ? ASP K 723 ? SER K 714 ASP K 723 1 ? 10 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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I DA 11 J DT 116 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? I DG 24 N1 ? ? ? 1_555 J DC 147 N3 ? ? I DG 12 J DC 115 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? I DG 24 N2 ? ? ? 1_555 J DC 147 O2 ? ? I DG 12 J DC 115 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? I DG 24 O6 ? ? ? 1_555 J DC 147 N4 ? ? I DG 12 J DC 115 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? I DG 25 N1 ? ? ? 1_555 J DC 146 N3 ? ? I DG 13 J DC 114 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog32 hydrog ? ? I DG 25 N2 ? ? ? 1_555 J DC 146 O2 ? ? I DG 13 J DC 114 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog33 hydrog ? ? I DG 25 O6 ? ? ? 1_555 J DC 146 N4 ? ? I DG 13 J DC 114 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog34 hydrog ? ? I DG 25 N1 ? ? ? 1_555 J DC 147 N3 ? ? I DG 13 J DC 115 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog35 hydrog ? ? I DG 25 N2 ? ? ? 1_555 J DC 147 O2 ? ? I DG 13 J DC 115 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog36 hydrog ? ? I DG 25 O6 ? ? ? 1_555 J DC 147 N4 ? ? I DG 13 J DC 115 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog37 hydrog ? ? I DC 26 N3 ? ? ? 1_555 J DG 145 N1 ? ? I DC 14 J DG 113 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog38 hydrog ? ? I DC 26 N4 ? ? ? 1_555 J DG 145 O6 ? ? I DC 14 J DG 113 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog39 hydrog ? ? I DC 26 O2 ? ? ? 1_555 J DG 145 N2 ? ? I DC 14 J DG 113 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog40 hydrog ? ? I DC 27 N3 ? ? ? 1_555 J DG 144 N1 ? ? I DC 15 J DG 112 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? I DC 27 N4 ? ? ? 1_555 J DG 144 O6 ? ? I DC 15 J DG 112 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? I DC 27 O2 ? ? ? 1_555 J DG 144 N2 ? ? I DC 15 J DG 112 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? I DC 27 N3 ? ? ? 1_555 J DG 145 N1 ? ? I DC 15 J DG 113 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? I DC 27 N4 ? ? ? 1_555 J DG 145 O6 ? ? I DC 15 J DG 113 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? I DC 27 O2 ? ? ? 1_555 J DG 145 N2 ? ? I DC 15 J DG 113 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? I DG 28 O6 ? ? ? 1_555 J DC 143 N4 ? ? I DG 16 J DC 111 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? I DC 29 N4 ? ? ? 1_555 J DG 142 O6 ? ? I DC 17 J DG 110 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? I DT 30 N3 ? ? ? 1_555 J DA 141 N1 ? ? I DT 18 J DA 109 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? I DC 31 N3 ? ? ? 1_555 J DG 140 N2 ? ? I DC 19 J DG 108 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? I DA 32 N1 ? ? ? 1_555 J DG 140 N2 ? ? I DA 20 J DG 108 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DG MISPAIR' ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? I DT 34 N3 ? ? ? 1_555 J DT 138 O2 ? ? I DT 22 J DT 106 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DT MISPAIR' ? ? ? hydrog52 hydrog ? ? I DG 37 N2 ? ? ? 1_555 J DC 135 O2 ? ? I DG 25 J DC 103 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? ? hydrog53 hydrog ? ? I DT 38 N3 ? ? ? 1_555 J DA 133 N1 ? ? 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H H N N 566 VAL H2 H N N 567 VAL HA H N N 568 VAL HB H N N 569 VAL HG11 H N N 570 VAL HG12 H N N 571 VAL HG13 H N N 572 VAL HG21 H N N 573 VAL HG22 H N N 574 VAL HG23 H N N 575 VAL HXT H N N 576 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal ADP PB O1B doub N N 1 ADP PB O2B sing N N 2 ADP PB O3B sing N N 3 ADP PB O3A sing N N 4 ADP O2B HOB2 sing N N 5 ADP O3B HOB3 sing N N 6 ADP PA O1A doub N N 7 ADP PA O2A sing N N 8 ADP PA O3A sing N N 9 ADP PA "O5'" sing N N 10 ADP O2A HOA2 sing N N 11 ADP "O5'" "C5'" sing N N 12 ADP "C5'" "C4'" sing N N 13 ADP "C5'" "H5'1" sing N N 14 ADP "C5'" "H5'2" sing N N 15 ADP "C4'" "O4'" sing N N 16 ADP "C4'" "C3'" sing N N 17 ADP "C4'" "H4'" sing N N 18 ADP "O4'" "C1'" sing N N 19 ADP "C3'" "O3'" sing N N 20 ADP "C3'" "C2'" sing N N 21 ADP "C3'" "H3'" sing N N 22 ADP "O3'" "HO3'" sing N N 23 ADP 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