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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.429 ? 43375 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 10.772 ? 11370 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.039 ? 4906 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 5606 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8KDM _struct.title 'Structure of SARS-CoV Spike protein complexed with antibody PW5-5' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8KDM _struct_keywords.text 'Antibody, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 1 ? 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P59594 1 ? 1190 ? 1 1190 2 2 8KDM E 1 ? 450 ? 8KDM 1 ? 450 ? 1 450 3 3 8KDM D 1 ? 216 ? 8KDM 1 ? 216 ? 1 216 4 2 8KDM G 1 ? 450 ? 8KDM 1 ? 450 ? 1 450 5 3 8KDM F 1 ? 216 ? 8KDM 1 ? 216 ? 1 216 6 1 8KDM B 1 ? 1190 ? P59594 1 ? 1190 ? 1 1190 7 1 8KDM C 1 ? 1190 ? P59594 1 ? 1190 ? 1 1190 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8KDM ALA A 577 ? UNP P59594 SER 577 'engineered mutation' 577 1 1 8KDM PRO A 968 ? UNP P59594 LYS 968 'engineered mutation' 968 2 1 8KDM PRO A 969 ? UNP P59594 VAL 969 'engineered mutation' 969 3 6 8KDM ALA B 577 ? UNP P59594 SER 577 'engineered mutation' 577 4 6 8KDM PRO B 968 ? UNP P59594 LYS 968 'engineered mutation' 968 5 6 8KDM PRO B 969 ? UNP P59594 VAL 969 'engineered mutation' 969 6 7 8KDM ALA C 577 ? UNP P59594 SER 577 'engineered mutation' 577 7 7 8KDM PRO C 968 ? UNP P59594 LYS 968 'engineered mutation' 968 8 7 8KDM PRO C 969 ? UNP P59594 VAL 969 'engineered mutation' 969 9 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 93 ? 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THR A 894 ASN A 901 1 ? 8 HELX_P HELX_P16 AB7 ASN A 901 ? THR A 922 ? ASN A 901 THR A 922 1 ? 22 HELX_P HELX_P17 AB8 LEU A 927 ? SER A 949 ? LEU A 927 SER A 949 1 ? 23 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP A 961 ? LEU A 966 ? ASP A 961 LEU A 966 1 ? 6 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP A 967 ? VAL A 1015 ? ASP A 967 VAL A 1015 1 ? 49 HELX_P HELX_P20 AC2 PRO A 1122 ? GLU A 1132 ? PRO A 1122 GLU A 1132 1 ? 11 HELX_P HELX_P21 AC3 SER B 194 ? LEU B 196 ? SER E 194 LEU E 196 5 ? 3 HELX_P HELX_P22 AC4 SER C 123 ? GLY C 130 ? SER D 123 GLY D 130 1 ? 8 HELX_P HELX_P23 AC5 SER C 184 ? GLU C 189 ? SER D 184 GLU D 189 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 AC6 SER D 194 ? LEU D 196 ? SER G 194 LEU G 196 5 ? 3 HELX_P HELX_P25 AC7 SER E 123 ? LYS E 128 ? SER F 123 LYS F 128 1 ? 6 HELX_P HELX_P26 AC8 SER E 184 ? GLU E 189 ? SER F 184 GLU F 189 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 AC9 GLU F 93 ? VAL F 97 ? GLU B 93 VAL B 97 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 AD1 ASP F 267 ? THR F 271 ? ASP B 267 THR B 271 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 AD2 ASN F 281 ? LYS F 291 ? ASN B 281 LYS B 291 1 ? 11 HELX_P HELX_P30 AD3 PRO F 324 ? ASN F 330 ? PRO B 324 ASN B 330 1 ? 7 HELX_P HELX_P31 AD4 THR F 604 ? ALA F 612 ? THR B 604 ALA B 612 1 ? 9 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP F 719 ? ILE F 724 ? ASP B 719 ILE B 724 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 SER F 728 ? TYR F 738 ? SER B 728 TYR B 738 1 ? 11 HELX_P HELX_P34 AD7 SER F 740 ? ALA F 765 ? SER B 740 ALA B 765 1 ? 26 HELX_P HELX_P35 AD8 SER F 798 ? ASN F 806 ? SER B 798 ASN B 806 1 ? 9 HELX_P HELX_P36 AD9 THR F 848 ? THR F 865 ? THR B 848 THR B 865 1 ? 18 HELX_P HELX_P37 AE1 TRP F 868 ? GLY F 873 ? TRP B 868 GLY B 873 5 ? 6 HELX_P HELX_P38 AE2 PRO F 879 ? GLY F 892 ? PRO B 879 GLY B 892 1 ? 14 HELX_P HELX_P39 AE3 THR F 894 ? ASN F 901 ? THR B 894 ASN B 901 1 ? 8 HELX_P HELX_P40 AE4 ASN F 901 ? THR F 922 ? ASN B 901 THR B 922 1 ? 22 HELX_P HELX_P41 AE5 LEU F 927 ? SER F 949 ? LEU B 927 SER B 949 1 ? 23 HELX_P HELX_P42 AE6 ASP F 961 ? LEU F 966 ? ASP B 961 LEU B 966 1 ? 6 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP F 967 ? VAL F 1015 ? ASP B 967 VAL B 1015 1 ? 49 HELX_P HELX_P44 AE8 PRO F 1122 ? GLU F 1132 ? PRO B 1122 GLU B 1132 1 ? 11 HELX_P HELX_P45 AE9 ASP G 267 ? THR G 271 ? ASP C 267 THR C 271 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 AF1 ASN G 281 ? VAL G 290 ? ASN C 281 VAL C 290 1 ? 10 HELX_P HELX_P47 AF2 PHE G 325 ? ASN G 330 ? PHE C 325 ASN C 330 1 ? 6 HELX_P HELX_P48 AF3 SER G 370 ? LEU G 374 ? SER C 370 LEU C 374 5 ? 5 HELX_P HELX_P49 AF4 THR G 604 ? ALA G 612 ? THR C 604 ALA C 612 1 ? 9 HELX_P HELX_P50 AF5 ASP G 719 ? ILE G 724 ? ASP C 719 ILE C 724 1 ? 6 HELX_P HELX_P51 AF6 SER G 728 ? LEU G 736 ? SER C 728 LEU C 736 1 ? 9 HELX_P HELX_P52 AF7 GLN G 737 ? GLY G 739 ? GLN C 737 GLY C 739 5 ? 3 HELX_P HELX_P53 AF8 SER G 740 ? ALA G 765 ? SER C 740 ALA C 765 1 ? 26 HELX_P HELX_P54 AF9 SER G 798 ? ASN G 806 ? SER C 798 ASN C 806 1 ? 9 HELX_P HELX_P55 AG1 PHE G 815 ? TYR G 819 ? PHE C 815 TYR C 819 5 ? 5 HELX_P HELX_P56 AG2 THR G 848 ? THR G 865 ? THR C 848 THR C 865 1 ? 18 HELX_P HELX_P57 AG3 TRP G 868 ? GLY G 873 ? 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PRO C 1122 LYS C 1131 1 ? 10 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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D CYS 136 D CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf19 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 96 SG ? ? G CYS 22 G CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf20 disulf ? ? D CYS 147 SG ? ? ? 1_555 D CYS 203 SG ? ? G CYS 147 G CYS 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf21 disulf ? ? E CYS 23 SG ? ? ? 1_555 E CYS 88 SG ? ? F CYS 23 F CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf22 disulf ? ? E CYS 136 SG ? ? ? 1_555 E CYS 196 SG ? ? F CYS 136 F CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf23 disulf ? ? F CYS 128 SG ? ? ? 1_555 F CYS 159 SG ? ? B CYS 128 B CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf24 disulf ? ? F CYS 278 SG ? ? ? 1_555 F CYS 288 SG ? ? B CYS 278 B CYS 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf25 disulf ? ? F CYS 323 SG ? ? ? 1_555 F CYS 348 SG ? ? B CYS 323 B CYS 348 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf26 disulf ? ? F CYS 366 SG ? ? ? 1_555 F CYS 419 SG ? ? B CYS 366 B CYS 419 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf27 disulf ? ? F CYS 378 SG ? ? ? 1_555 F CYS 511 SG ? ? B CYS 378 B CYS 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf28 disulf ? ? F CYS 467 SG ? ? ? 1_555 F CYS 474 SG ? ? B CYS 467 B CYS 474 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf29 disulf ? ? F CYS 524 SG ? ? ? 1_555 F CYS 576 SG ? ? B CYS 524 B CYS 576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf30 disulf ? ? F CYS 603 SG ? ? ? 1_555 F CYS 635 SG ? ? B CYS 603 B CYS 635 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf31 disulf ? ? F CYS 648 SG ? ? ? 1_555 F CYS 657 SG ? ? B CYS 648 B CYS 657 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf32 disulf ? ? F CYS 720 SG ? ? ? 1_555 F CYS 742 SG ? ? B CYS 720 B CYS 742 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf33 disulf ? ? F CYS 725 SG ? ? ? 1_555 F CYS 731 SG ? ? B CYS 725 B CYS 731 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf34 disulf ? ? F CYS 822 SG ? ? ? 1_555 F CYS 833 SG ? ? B CYS 822 B CYS 833 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf35 disulf ? ? F CYS 1014 SG ? ? ? 1_555 F CYS 1025 SG ? ? B CYS 1014 B CYS 1025 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf36 disulf ? ? 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