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EMDB EMD-16877 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Subtomogram averaging structure of cofilactin filament inside microtubule lumen of Drosophila S2 cell protrusion.' _pdbx_database_related.db_id EMD-16877 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8OH4 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-03-20 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Ventura Santos, C.' 1 0000-0002-4406-5151 'Carter, A.P.' 2 0000-0001-7292-5430 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Biorxiv _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2692-8205 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'CryoET shows cofilactin filaments inside the microtubule lumen.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1101/2023.03.31.535077 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37034688 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Santos, C.V.' 1 0000-0002-4406-5151 primary 'Rogers, S.L.' 2 ? primary 'Carter, A.P.' 3 0000-0001-7292-5430 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat Actin-5C 41160.980 8 3.6.4.- '6 N-terminal residues (MCDEEV) were removed. 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WHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPI YEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDG QVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTM KIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF ; A,B,C,D,E,F,G,H ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MASGVTVSDVCKTTYEEIKKDKKHRYVIFYIRDEKQIDVETVADRNAEYDQFLEDIQKCGPGECRYGLFDFEYMHQCQGT SESSKKQKLFLMSWCPDTAKVKKKMLYSSSFDALKKSLVGVQKYIQATDLSEASREAVEEKLRATDRQ ; ;MASGVTVSDVCKTTYEEIKKDKKHRYVIFYIRDEKQIDVETVADRNAEYDQFLEDIQKCGPGECRYGLFDFEYMHQCQGT SESSKKQKLFLMSWCPDTAKVKKKMLYSSSFDALKKSLVGVQKYIQATDLSEASREAVEEKLRATDRQ ; I,J,K,L,M,N ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ALA n 1 3 LEU n 1 4 VAL n 1 5 VAL n 1 6 ASP n 1 7 ASN n 1 8 GLY n 1 9 SER n 1 10 GLY n 1 11 MET n 1 12 CYS n 1 13 LYS n 1 14 ALA n 1 15 GLY n 1 16 PHE n 1 17 ALA n 1 18 GLY n 1 19 ASP n 1 20 ASP n 1 21 ALA n 1 22 PRO n 1 23 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_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 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The model was not refined. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8OH4 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details 'helical symmetry (-162 twist, 29A rise) was applied during 3D classification but not during refinements.' _em_3d_reconstruction.resolution 16.5 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 3801 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.0 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type CELL _em_entity_assembly.name 'Cofilactin filament inside the microtubule lumen of induced Drosophila S2 cell protrusion' _em_entity_assembly.details ? 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