data_8OSK # _entry.id 8OSK # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.373 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8OSK pdb_00008osk 10.2210/pdb8osk/pdb WWPDB D_1292129863 ? ? EMDB EMD-17157 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'CLOCK-BMAL1 bound to a nucleosome SHL+5.8 (composite map)' EMD-17157 'associated EM volume' EMDB 'CLOCK-BMAL1 bound to a nucleosome SHL+5.8 (consensus map)' EMD-17154 'other EM volume' EMDB 'CLOCK-BMAL1 bound to a nucleosome SHL+5.8 (focused map)' EMD-17158 'other EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8OSK _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-04-19 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Stoos, L.' 1 ? 'Michael, A.K.' 2 0000-0002-6080-839X 'Kempf, G.' 3 ? 'Cavadini, S.' 4 ? 'Thoma, N.H.' 5 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 619 _citation.language ? _citation.page_first 385 _citation.page_last 393 _citation.title 'Cooperation between bHLH transcription factors and histones for DNA access.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-023-06282-3 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37407816 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Michael, A.K.' 1 ? primary 'Stoos, L.' 2 ? primary 'Crosby, P.' 3 ? primary 'Eggers, N.' 4 ? primary 'Nie, X.Y.' 5 ? primary 'Makasheva, K.' 6 ? primary 'Minnich, M.' 7 ? primary 'Healy, K.L.' 8 ? primary 'Weiss, J.' 9 ? primary 'Kempf, G.' 10 ? primary 'Cavadini, S.' 11 ? primary 'Kater, L.' 12 ? primary 'Seebacher, J.' 13 ? primary 'Vecchia, L.' 14 ? primary 'Chakraborty, D.' 15 ? primary 'Isbel, L.' 16 ? primary 'Grand, R.S.' 17 ? primary 'Andersch, F.' 18 ? primary 'Fribourgh, J.L.' 19 ? primary 'Schubeler, D.' 20 ? primary 'Zuber, J.' 21 ? primary 'Liu, A.C.' 22 ? primary 'Becker, P.B.' 23 ? primary 'Fierz, B.' 24 ? primary 'Partch, C.L.' 25 ? primary 'Menet, J.S.' 26 ? primary 'Thoma, N.H.' 27 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.1' 15719.445 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_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSA ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSA ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT) (DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCCTGGAGAATCCCGGTCTGCAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGT CCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGGGTCACGTGCATACATCCTGTGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCACAGGATGTATGCACGTGACCCGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGC GTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTGCAGACCGGGATTCTCCAGGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GAMNPVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSMLPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKETTAQSDASEIRQDW KPTFLSNEEFTQLMLEALDGFFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVRFIGNFKSLTSVSTSTHNGFEGTIQRTHRPSYEDRVCFVATVRLATP QFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYLPFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYR FLTKGQQWIWLQTHYYITYHQWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESL ; ;GAMNPVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSMLPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKETTAQSDASEIRQDW KPTFLSNEEFTQLMLEALDGFFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVRFIGNFKSLTSVSTSTHNGFEGTIQRTHRPSYEDRVCFVATVRLATP QFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYLPFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYR FLTKGQQWIWLQTHYYITYHQWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESL ; M ? 8 'polypeptide(L)' no no ;GAMNPEYAEHQGRIKNAREAHSQIEKRRRDKMNSFIDELASLVPTCNAMSRKLDKLTVLRMAVQHMKTLRGATNPYTEAN YKPTFLSDDELKHLILRAADGFLFVVGCDRGKILFVSESVFKILNYSQNDLIGQSLFDYLHPKDIAKVKEQLSSSDTAPR 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THR n 1 27 LYS n 1 28 ALA n 1 29 ALA n 1 30 ARG n 1 31 LYS n 1 32 SER n 1 33 ALA n 1 34 PRO n 1 35 ALA n 1 36 THR n 1 37 GLY n 1 38 GLY n 1 39 VAL n 1 40 LYS n 1 41 LYS n 1 42 PRO n 1 43 HIS n 1 44 ARG n 1 45 TYR n 1 46 ARG n 1 47 PRO n 1 48 GLY n 1 49 THR n 1 50 VAL n 1 51 ALA n 1 52 LEU n 1 53 ARG n 1 54 GLU n 1 55 ILE n 1 56 ARG n 1 57 ARG n 1 58 TYR n 1 59 GLN n 1 60 LYS n 1 61 SER n 1 62 THR n 1 63 GLU n 1 64 LEU n 1 65 LEU n 1 66 ILE n 1 67 ARG n 1 68 LYS n 1 69 LEU n 1 70 PRO n 1 71 PHE n 1 72 GLN n 1 73 ARG n 1 74 LEU n 1 75 VAL n 1 76 ARG n 1 77 GLU n 1 78 ILE n 1 79 ALA n 1 80 GLN n 1 81 ASP n 1 82 PHE n 1 83 LYS n 1 84 THR n 1 85 ASP n 1 86 LEU n 1 87 ARG n 1 88 PHE n 1 89 GLN n 1 90 SER n 1 91 SER n 1 92 ALA n 1 93 VAL n 1 94 MET n 1 95 ALA n 1 96 LEU n 1 97 GLN n 1 98 GLU n 1 99 ALA n 1 100 CYS n 1 101 GLU n 1 102 ALA n 1 103 TYR n 1 104 LEU n 1 105 VAL n 1 106 GLY n 1 107 LEU n 1 108 PHE n 1 109 GLU n 1 110 ASP n 1 111 THR n 1 112 ASN n 1 113 LEU n 1 114 CYS n 1 115 ALA n 1 116 ILE n 1 117 HIS n 1 118 ALA n 1 119 LYS n 1 120 ARG n 1 121 VAL n 1 122 THR n 1 123 ILE n 1 124 MET n 1 125 PRO n 1 126 LYS n 1 127 ASP n 1 128 ILE n 1 129 GLN n 1 130 LEU n 1 131 ALA n 1 132 ARG n 1 133 ARG n 1 134 ILE n 1 135 ARG n 1 136 GLY n 1 137 GLU n 1 138 ARG n 1 139 ALA n 2 1 GLY n 2 2 SER n 2 3 HIS n 2 4 MET n 2 5 SER n 2 6 GLY n 2 7 ARG n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 GLY n 2 12 LYS n 2 13 GLY n 2 14 LEU n 2 15 GLY n 2 16 LYS n 2 17 GLY n 2 18 GLY n 2 19 ALA n 2 20 LYS n 2 21 ARG n 2 22 HIS n 2 23 ARG n 2 24 LYS n 2 25 VAL n 2 26 LEU n 2 27 ARG n 2 28 ASP n 2 29 ASN n 2 30 ILE n 2 31 GLN n 2 32 GLY n 2 33 ILE n 2 34 THR n 2 35 LYS n 2 36 PRO n 2 37 ALA n 2 38 ILE n 2 39 ARG n 2 40 ARG n 2 41 LEU n 2 42 ALA n 2 43 ARG n 2 44 ARG n 2 45 GLY n 2 46 GLY n 2 47 VAL n 2 48 LYS n 2 49 ARG n 2 50 ILE n 2 51 SER n 2 52 GLY n 2 53 LEU n 2 54 ILE n 2 55 TYR n 2 56 GLU n 2 57 GLU n 2 58 THR n 2 59 ARG n 2 60 GLY n 2 61 VAL n 2 62 LEU n 2 63 LYS n 2 64 VAL n 2 65 PHE n 2 66 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 139 human ? ;HIST1H3A, H3FA, HIST1H3B, H3FL, HIST1H3C, H3FC, HIST1H3D, H3FB, HIST1H3E, H3FD, HIST1H3F, H3FI, HIST1H3G, H3FH, HIST1H3H, H3FK, HIST1H3I, H3FF, HIST1H3J, H3FJ ; ? ? ? ? ? ? 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'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 4 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSA ; 1 5 PDB 8OSK 8OSK ? 5 ? 1 6 PDB 8OSK 8OSK ? 6 ? 1 7 UNP CLOCK_MOUSE O08785 ? 7 ;VEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSMLPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKETTAQSDASEIRQDWKPTFL SNEEFTQLMLEALDGFFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSLTPEYL KSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVRFIGNFKSLTSVSTSTHNGFEGTIQRTHRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKE MCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYLPFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKG QQWIWLQTHYYITYHQWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESL ; 26 8 UNP BMAL1_MOUSE Q9WTL8 ? 8 ;EYAEHQGRIKNAREAHSQIEKRRRDKMNSFIDELASLVPTCNAMSRKLDKLTVLRMAVQHMKTLRGATNPYTEANYKPTF LSDDELKHLILRAADGFLFVVGCDRGKILFVSESVFKILNYSQNDLIGQSLFDYLHPKDIAKVKEQLSSSDTAPRERLID AKTGLPVKTDITPGPSRLCSGARRSFFCRMKCNRPSVKVEDKDFASTCSKKKDRKSFCTIHSTGYLKSWPPTKMGLDEDN EPDNEGCNLSCLVAIGRLHSHMVPQPANGEIRVKSMEYVSRHAIDGKFVFVDQRATAILAYLPQELLGTSCYEYFHQDDI GHLAECHRQVLQTREKITTNCYKFKIKDGSFITLRSRWFSFMNPWTKEVEYIVSTNTVV ; 69 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8OSK A 4 ? 139 ? 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