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# loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 21897 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.490 ? 39594 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.470 ? 3697 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.037 ? 1710 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 3135 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8P0U _struct.title 'Thogoto virus polymerase in Mode B conformation with defined endonuclease domain and bound to 32-mer loop promoter RNA' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8P0U _struct_keywords.text 'Thogoto, viral RNA-dependent RNA polymerase, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 4 ? F N N 5 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP PA_THOGV P27194 ? 1 ;MTDRPDHIDSRVWELSETQEDWITQVHGHVRRVVECWKYTICCLISNMHTHRGAPQYDVFKWQDRSTIEWICSKKKVQYP ERDTPDLYDNERAVAYKVLLVSDLSDHSPTSGIYHDLAFNLEGEAEESCALVLRGSQLQDIKGFLCRALEWVVSNNLTQE VVETISGEAKLQFSVGTTFRTLLKRDTDWDVIPTPRVEPNVPRIEGRRWTQMKKLPLLKEKEGPPSPWRALLLGADSEYI VCPPGTDQEAISWIHSQSEIECIRESKSTPASVITCLTSSLQSFAEGNPVRSRIHEDIIAFGINKKQEKKQSASSSASGE WKRAEYQVEEMSLPPWVEEEMVLLRSDQEDNWIELEKNAIYTEVDGVAEGLVDKYIEIVGRTKVASVIEKWQIAATRTFS QLHTDRSRITACPIITRDPSGNCQFWGMVLLGPHHVKRDTDNAPLLIAEIMGEDTEEKYPKHSVFSLKVEGKQFLLSLKI TSFSRNKLYTFSNIRRVLIQPASIYSQVVLSRAAENNSLNLEVNPEIQLYLEGAQRGMTLYQWVRMILCLEFLMAIYNNP QMEGFLANMRRLHMSRHAMMERRQVFLPFGSRPEDKVNECIINNPIVAYLAKGWNSMPNVYY ; 1 2 UNP RDRP_THOGV O41353 ? 2 ;MNLFTPRSEINPTTTQELLYAYTGPAPVAYGTRTRAVLENIIRPYQYFYKEPNVQRALDIKTGCKEPEDINVEGPSSGFH TASVLKLADNFFRKYRPAMEKLKYWILVKLPKLKYAELSKGRQTYSFIHKRNLPAPIALEETVEFLEQNLRRKIGPTLLS YCQAIADVMELDETTYEGARDPRPWDIQLEEIDSDEEDPLFRQVGREETYTIKFSREELWDQMRTLNTMCKHLERGRLNR RTIATPSMLIRGFVKIVEDAAKEILENVPTSGVPVGGEEKLAKLASKQTFHTAVTGELSGDQEKFNECLDPDAMRLMWTV FLRKLGCPDWIMELFNIPFMVFKSKLADMGEGLVYTKGKLTDRKPLGEMPSEFDDLVRNVVGNSISCRLGMFMGMYNLTS TLLALISIEREELTGSHVESSDDFIHFFNCKTHEEMFKQAETLRLTLKLVGINMSPSKCILISPAGIGEFNSKFHHRDFV GNVATELPALVPNGTNPMTDLAMGLNVIKHSVNTGQMNLCTGALAMRIFNHAYKYAYMALGVTRRTRFMEENAITPLLTN QGASPVHSFSTMHLDEVALRRHLGLLDEETLRRILNPNNPVTQKGDPSMFFRIENKMPQIMEDYSVPSCFKYTLSRNRTI QDKPHKALLNKEERYQRVTSIINKLFPEVLIQEASAPGTVRESLKRRLELVVERSDLDEERKKRILSRIF ; 1 3 UNP PB2_THOGV Q9YNA4 ? 3 ;MDREEPAESECTLRALVEEYNGACKEAPKEMSKQFTDYNTFKRYTTSKKDHAPQMRLVYSVRKPWPISMTPSKEIPLVFN GTKLKDTILDLGESKRTRANIVVPDYWSKYGSQTSLEVVNAILYAEDLKVQRFFSTEWGEIRYGRMLPFRKPVQACPTIE EVNPASIPHTLLQVFCPQYTTLDSKRKAHMGAVEKLKRVMEPICKVQTQESAVHIARSLIDSNKKWLPTVVDHTPRTAEM AHFLCSKYHYVHTNTQDLSDTRSIDNLCGELVKRSLKCRCPKETLVANLDKITIQGRPMREVLADHDGELPYLGICRVAM GLSTHHTMKIRSTKFSILNSDHPRIEVKKVFSLSPDVQVTIPYRRFKGKAKVYFQNDQIQGYFSCTDRQIDEIKISAPKN APLLEPLLDICYYGSFIEPGFEQTFGFYPAGKREFVDSFFMHHSKDHKAFLIHMGLDKDLSLPLSPELNWKEPALSKVCR VTELDSTVQPYTSATREFVLGETLNVYTQHENGLELLICPTEIRSTRGPLPPGTNLSGSEFIDIYQDPFSRAKSLLKSTI LHAERCKEFVGNMLEEYQDPAETTVQSLVPINTWGKSAKRKLQEEITSDPDWHQCPRKRAKMSYLAIIAGSIQDRDKKQT NVPRAFMLRGSQIEYDMKATRGLVVDTTNRIIVGGETVLREGKGGPEGYVQTGVFEEQPRCYLVDTPDHGLSMGLSRFCV HSQGRYFQYEKKISIWEETDNIKATIDSQRDLKRRRDIEEMVSKRARIV ; 1 4 PDB 8P0U 8P0U ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8P0U A 1 ? 622 ? P27194 1 ? 622 ? 1 622 2 2 8P0U B 1 ? 710 ? O41353 1 ? 710 ? 1 710 3 3 8P0U C 1 ? 769 ? Q9YNA4 1 ? 769 ? 7 749 4 4 8P0U R 1 ? 32 ? 8P0U 1 ? 32 ? 1 32 5 4 8P0U V 1 ? 32 ? 8P0U 1 ? 32 ? 1 32 # _struct_ref_seq_dif.align_id 2 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code 8P0U _struct_ref_seq_dif.mon_id TRP _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id B _struct_ref_seq_dif.seq_num 230 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code ? _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name UNP _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code O41353 _struct_ref_seq_dif.db_mon_id CYS _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num 230 _struct_ref_seq_dif.details conflict _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num 230 _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 27540 ? 1 MORE -198 ? 1 'SSA (A^2)' 52790 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 9 ? THR A 18 ? ASP A 9 THR A 18 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 21 ? GLN A 25 ? ASP A 21 GLN A 25 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 HIS A 27 ? ASN A 47 ? HIS A 27 ASN A 47 1 ? 21 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 64 ? LYS A 75 ? ASP A 64 LYS A 75 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP A 103 ? HIS A 107 ? ASP A 103 HIS A 107 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 SER A 128 ? LEU A 133 ? SER A 128 LEU A 133 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 ARG A 134 ? ASN A 155 ? ARG A 134 ASN A 155 1 ? 22 HELX_P HELX_P8 AA8 LEU A 157 ? SER A 166 ? LEU A 157 SER A 166 1 ? 10 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY A 176 ? LYS A 184 ? GLY A 176 LYS A 184 1 ? 9 HELX_P HELX_P10 AB1 THR A 246 ? GLN A 257 ? THR A 246 GLN A 257 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 PRO A 270 ? SER A 272 ? PRO A 270 SER A 272 5 ? 3 HELX_P HELX_P12 AB3 VAL A 273 ? GLU A 286 ? VAL A 273 GLU A 286 1 ? 14 HELX_P HELX_P13 AB4 GLU A 296 ? PHE A 301 ? GLU A 296 PHE A 301 1 ? 6 HELX_P HELX_P14 AB5 LYS A 305 ? SER A 316 ? LYS A 305 SER A 316 1 ? 12 HELX_P HELX_P15 AB6 PRO A 335 ? ARG A 345 ? PRO A 335 ARG A 345 1 ? 11 HELX_P HELX_P16 AB7 THR A 362 ? ARG A 381 ? THR A 362 ARG A 381 1 ? 20 HELX_P HELX_P17 AB8 THR A 382 ? SER A 400 ? THR A 382 SER A 400 1 ? 19 HELX_P HELX_P18 AB9 ARG A 485 ? SER A 492 ? ARG A 485 SER A 492 1 ? 8 HELX_P HELX_P19 AC1 ASN A 493 ? VAL A 497 ? ASN A 493 VAL A 497 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 AC2 LEU A 498 ? ASN A 517 ? LEU A 498 ASN A 517 1 ? 20 HELX_P HELX_P21 AC3 LEU A 540 ? TYR A 557 ? LEU A 540 TYR A 557 1 ? 18 HELX_P HELX_P22 AC4 ASN A 559 ? GLU A 581 ? ASN A 559 GLU A 581 1 ? 23 HELX_P HELX_P23 AC5 ARG A 592 ? GLU A 599 ? ARG A 592 GLU A 599 1 ? 8 HELX_P HELX_P24 AC6 ASN A 604 ? MET A 617 ? ASN A 604 MET A 617 1 ? 14 HELX_P HELX_P25 AC7 MET B 1 ? THR B 5 ? MET B 1 THR B 5 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 AC8 THR B 13 ? TYR B 20 ? THR B 13 TYR B 20 5 ? 8 HELX_P HELX_P27 AC9 ARG B 33 ? TYR B 49 ? ARG B 33 TYR B 49 1 ? 17 HELX_P HELX_P28 AD1 ASN B 53 ? LEU B 58 ? ASN B 53 LEU B 58 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 AD2 GLU B 66 ? ILE B 70 ? 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V 8 ? 20 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 E A 1 1_555 E A 10 1_555 E G 2 1_555 E C 9 1_555 0.531 -1.149 3.080 -0.351 0.660 55.367 -1.273 -0.591 3.064 0.711 0.378 55.371 1 VV_A1G2:C9A10_VV V 1 ? V 10 ? V 2 ? V 9 ? 1 E G 2 1_555 E C 9 1_555 E A 3 1_555 E U 8 1_555 -0.054 -1.799 3.237 3.324 5.838 33.778 -3.899 0.580 2.877 9.926 -5.651 34.420 2 VV_G2A3:U8C9_VV V 2 ? V 9 ? V 3 ? V 8 ? # _pdbx_audit_support.funding_organization 'French National Research Agency' _pdbx_audit_support.country France _pdbx_audit_support.grant_number ? _pdbx_audit_support.ordinal 1 # _atom_sites.entry_id 8P0U _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C MG N O P S # loop_