data_8PC6 # _entry.id 8PC6 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.381 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8PC6 pdb_00008pc6 10.2210/pdb8pc6/pdb WWPDB D_1292131035 ? ? EMDB EMD-17595 ? ? # _pdbx_database_PDB_obs_spr.id SPRSDE _pdbx_database_PDB_obs_spr.date 2023-08-16 _pdbx_database_PDB_obs_spr.pdb_id 8PC6 _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id 7PGW _pdbx_database_PDB_obs_spr.details ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type PDB . 8PC5 unspecified EMDB 'H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2' EMD-17595 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8PC6 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-06-09 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Koutna, E.' 1 0000-0002-2944-1112 'Kouba, T.' 2 0000-0001-8173-6930 'Veverka, V.' 3 0000-0003-3782-5279 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nucleic Acids Res.' _citation.journal_id_ASTM NARHAD _citation.journal_id_CSD 0389 _citation.journal_id_ISSN 1362-4962 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 51 _citation.language ? _citation.page_first 10011 _citation.page_last 10025 _citation.title 'Multivalency of nucleosome recognition by LEDGF.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1093/nar/gkad674 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37615563 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Koutna, E.' 1 ? primary 'Lux, V.' 2 ? primary 'Kouba, T.' 3 ? primary 'Skerlova, J.' 4 ? primary 'Novacek, J.' 5 ? primary 'Srb, P.' 6 ? primary 'Hexnerova, R.' 7 ? primary 'Svachova, H.' 8 ? primary 'Kukacka, Z.' 9 ? primary 'Novak, P.' 10 ? primary 'Fabry, M.' 11 ? primary 'Poepsel, S.' 12 ? primary 'Veverka, V.' 13 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8PC6 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? 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(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT ; I ? 2 'polypeptide(L)' no yes ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGV(ML3)KPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 4 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 5 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MTRDFKPGDLIFAKMKGYPHWPARVDEVPDGAVKPPTNKLPIFFFGTHETAFLGPKDIFPYSENKEKYGKPNKRKGFNEG LWEIDNNPKVKFSSQQAATKQSNASSDVEVEEKETSVSKEDTDHEEKASNEDVTKAVDITTPKAARRGRKRKAEKQVETE EAGVVTTATASVNLKVSPKRGRPAATEVKIPKPRGRPKMVKQPCPSESDIITEEDKSKKKGQEEKQPKKQPKKDEEGQKE EDKPRKEPDKKEGKKEVESKRKNLAKTGVTSTSDSEEEGDDQEGEKKRKGGRNFQTAHRRNMLKGQHEKEAADRKRKQEE QMETEQQNKDEGKKPEVKKVEKKRETSMDSRLQRIHAEIKNSLKIDNLDVNRCIEALDELASLQVTMQQAQKHTEMITTL KKIRRFKVSQVIMEKSTMLYNKFKNMFLVGEGDSVITQVLNKSLAEQRQHEEANKTKDQGKKGPNKKLEKEQTGSKTLNG GSDAQDGNQPQHNGESNEDSKDNHEASTKKKPSSEERETEISLKDSTLDN ; ;MTRDFKPGDLIFAKMKGYPHWPARVDEVPDGAVKPPTNKLPIFFFGTHETAFLGPKDIFPYSENKEKYGKPNKRKGFNEG LWEIDNNPKVKFSSQQAATKQSNASSDVEVEEKETSVSKEDTDHEEKASNEDVTKAVDITTPKAARRGRKRKAEKQVETE EAGVVTTATASVNLKVSPKRGRPAATEVKIPKPRGRPKMVKQPCPSESDIITEEDKSKKKGQEEKQPKKQPKKDEEGQKE EDKPRKEPDKKEGKKEVESKRKNLAKTGVTSTSDSEEEGDDQEGEKKRKGGRNFQTAHRRNMLKGQHEKEAADRKRKQEE QMETEQQNKDEGKKPEVKKVEKKRETSMDSRLQRIHAEIKNSLKIDNLDVNRCIEALDELASLQVTMQQAQKHTEMITTL KKIRRFKVSQVIMEKSTMLYNKFKNMFLVGEGDSVITQVLNKSLAEQRQHEEANKTKDQGKKGPNKKLEKEQTGSKTLNG GSDAQDGNQPQHNGESNEDSKDNHEASTKKKPSSEERETEISLKDSTLDN ; K,L ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT ; J ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 DA n 1 2 DT n 1 3 DC n 1 4 DG n 1 5 DA n 1 6 DG n 1 7 DA n 1 8 DA n 1 9 DT n 1 10 DC n 1 11 DC n 1 12 DC n 1 13 DG n 1 14 DG n 1 15 DT n 1 16 DG n 1 17 DC n 1 18 DC n 1 19 DG n 1 20 DA n 1 21 DG n 1 22 DG n 1 23 DC n 1 24 DC n 1 25 DG n 1 26 DC n 1 27 DT n 1 28 DC n 1 29 DA n 1 30 DA n 1 31 DT n 1 32 DT n 1 33 DG n 1 34 DG n 1 35 DT n 1 36 DC n 1 37 DG n 1 38 DT n 1 39 DA n 1 40 DG n 1 41 DA n 1 42 DC n 1 43 DA n 1 44 DG n 1 45 DC n 1 46 DT n 1 47 DC n 1 48 DT n 1 49 DA n 1 50 DG n 1 51 DC n 1 52 DA n 1 53 DC n 1 54 DC n 1 55 DG n 1 56 DC n 1 57 DT n 1 58 DT n 1 59 DA n 1 60 DA n 1 61 DA n 1 62 DC n 1 63 DG n 1 64 DC n 1 65 DA n 1 66 DC n 1 67 DG n 1 68 DT n 1 69 DA n 1 70 DC n 1 71 DG n 1 72 DC n 1 73 DG n 1 74 DC n 1 75 DT n 1 76 DG n 1 77 DT n 1 78 DC n 1 79 DC n 1 80 DC n 1 81 DC n 1 82 DC n 1 83 DG n 1 84 DC n 1 85 DG n 1 86 DT n 1 87 DT n 1 88 DT n 1 89 DT n 1 90 DA n 1 91 DA n 1 92 DC n 1 93 DC n 1 94 DG n 1 95 DC n 1 96 DC n 1 97 DA n 1 98 DA n 1 99 DG n 1 100 DG n 1 101 DG n 1 102 DG n 1 103 DA n 1 104 DT n 1 105 DT n 1 106 DA n 1 107 DC n 1 108 DT n 1 109 DC n 1 110 DC n 1 111 DC n 1 112 DT n 1 113 DA n 1 114 DG n 1 115 DT n 1 116 DC n 1 117 DT n 1 118 DC n 1 119 DC n 1 120 DA n 1 121 DG n 1 122 DG n 1 123 DC n 1 124 DA n 1 125 DC n 1 126 DG n 1 127 DT n 1 128 DG n 1 129 DT n 1 130 DC n 1 131 DA n 1 132 DG n 1 133 DA n 1 134 DT n 1 135 DA n 1 136 DT n 1 137 DA n 1 138 DT n 1 139 DA n 1 140 DC n 1 141 DA n 1 142 DT n 1 143 DC n 1 144 DC n 1 145 DG n 1 146 DA n 1 147 DT n 2 1 ALA n 2 2 ARG n 2 3 THR n 2 4 LYS n 2 5 GLN n 2 6 THR n 2 7 ALA n 2 8 ARG n 2 9 LYS n 2 10 SER n 2 11 THR n 2 12 GLY n 2 13 GLY n 2 14 LYS n 2 15 ALA n 2 16 PRO n 2 17 ARG n 2 18 LYS n 2 19 GLN n 2 20 LEU n 2 21 ALA n 2 22 THR n 2 23 LYS n 2 24 ALA n 2 25 ALA n 2 26 ARG n 2 27 LYS n 2 28 SER n 2 29 ALA n 2 30 PRO n 2 31 ALA n 2 32 THR n 2 33 GLY n 2 34 GLY n 2 35 VAL n 2 36 ML3 n 2 37 LYS n 2 38 PRO n 2 39 HIS n 2 40 ARG n 2 41 TYR n 2 42 ARG n 2 43 PRO n 2 44 GLY n 2 45 THR n 2 46 VAL n 2 47 ALA n 2 48 LEU n 2 49 ARG n 2 50 GLU n 2 51 ILE n 2 52 ARG n 2 53 ARG n 2 54 TYR n 2 55 GLN n 2 56 LYS n 2 57 SER n 2 58 THR n 2 59 GLU n 2 60 LEU n 2 61 LEU n 2 62 ILE n 2 63 ARG n 2 64 LYS n 2 65 LEU n 2 66 PRO n 2 67 PHE n 2 68 GLN n 2 69 ARG n 2 70 LEU n 2 71 VAL n 2 72 ARG n 2 73 GLU n 2 74 ILE n 2 75 ALA n 2 76 GLN n 2 77 ASP n 2 78 PHE n 2 79 LYS n 2 80 THR n 2 81 ASP n 2 82 LEU n 2 83 ARG n 2 84 PHE n 2 85 GLN n 2 86 SER n 2 87 SER n 2 88 ALA n 2 89 VAL n 2 90 MET n 2 91 ALA n 2 92 LEU n 2 93 GLN n 2 94 GLU n 2 95 ALA n 2 96 SER n 2 97 GLU n 2 98 ALA n 2 99 TYR n 2 100 LEU n 2 101 VAL n 2 102 ALA n 2 103 LEU n 2 104 PHE n 2 105 GLU n 2 106 ASP n 2 107 THR n 2 108 ASN n 2 109 LEU n 2 110 ALA n 2 111 ALA n 2 112 ILE n 2 113 HIS n 2 114 ALA n 2 115 LYS n 2 116 ARG n 2 117 VAL n 2 118 THR n 2 119 ILE n 2 120 MET n 2 121 PRO n 2 122 LYS n 2 123 ASP n 2 124 ILE n 2 125 GLN n 2 126 LEU n 2 127 ALA n 2 128 ARG n 2 129 ARG n 2 130 ILE n 2 131 ARG n 2 132 GLY n 2 133 GLU n 2 134 ARG n 2 135 ALA n 3 1 SER n 3 2 GLY n 3 3 ARG n 3 4 GLY n 3 5 LYS n 3 6 GLY n 3 7 GLY n 3 8 LYS n 3 9 GLY n 3 10 LEU n 3 11 GLY n 3 12 LYS n 3 13 GLY n 3 14 GLY n 3 15 ALA n 3 16 LYS n 3 17 ARG n 3 18 HIS n 3 19 ARG n 3 20 LYS n 3 21 VAL n 3 22 LEU n 3 23 ARG n 3 24 ASP n 3 25 ASN n 3 26 ILE n 3 27 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DG n 7 113 DA n 7 114 DC n 7 115 DC n 7 116 DA n 7 117 DA n 7 118 DT n 7 119 DT n 7 120 DG n 7 121 DA n 7 122 DG n 7 123 DC n 7 124 DG n 7 125 DG n 7 126 DC n 7 127 DC n 7 128 DT n 7 129 DC n 7 130 DG n 7 131 DG n 7 132 DC n 7 133 DA n 7 134 DC n 7 135 DC n 7 136 DG n 7 137 DG n 7 138 DG n 7 139 DA n 7 140 DT n 7 141 DT n 7 142 DC n 7 143 DT n 7 144 DC n 7 145 DG n 7 146 DA n 7 147 DT n # loop_ _entity_src_gen.entity_id _entity_src_gen.pdbx_src_id _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag _entity_src_gen.pdbx_seq_type _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num _entity_src_gen.gene_src_common_name _entity_src_gen.gene_src_genus _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene _entity_src_gen.gene_src_species _entity_src_gen.gene_src_strain _entity_src_gen.gene_src_tissue _entity_src_gen.gene_src_tissue_fraction _entity_src_gen.gene_src_details _entity_src_gen.pdbx_gene_src_fragment _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id 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'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 ML3 'L-peptide linking' n '2-{[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]sulfanyl}-N,N,N-trimethylethanaminium' ? 'C8 H19 N2 O2 S 1' 207.314 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 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