data_8PFM # _entry.id 8PFM # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.383 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8PFM pdb_00008pfm 10.2210/pdb8pfm/pdb WWPDB D_1292131194 ? ? EMDB EMD-17648 ? ? # _pdbx_database_PDB_obs_spr.id OBSLTE _pdbx_database_PDB_obs_spr.date 2023-12-20 _pdbx_database_PDB_obs_spr.pdb_id 8RBT _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id 8PFM _pdbx_database_PDB_obs_spr.details ;based on the reviewer suggestions, we identified penton protein in the EhV-201 genome. Therefore, we had to change the pdb/cif model file and also masks used for generation of the primary map. As recommended by your colleague, I created a new deposition with updated maps and model file. ; # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details ;Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) major capsid protein structure predicted by AlphaFold2 and Paramecium bursaria chlorella virus 1 (PBCV-1) penton protein fitted into a cryo-EM structure of the EhV-201 virion vertex capsid map. ; _pdbx_database_related.db_id EMD-17648 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code OBS _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8PFM _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-06-16 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Homola, M.' 1 0000-0002-5094-5040 'Buttner, C.R.' 2 0000-0002-9789-1916 'Fuzik, T.' 3 0000-0002-1190-0210 'Novacek, J.' 4 0000-0003-4013-3898 'Chaillet, M.' 5 0000-0001-7231-7742 'Forster, F.' 6 0000-0002-6044-2746 'Plevka, P.' 7 0000-0003-4215-3315 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Structure and replication cycle of a virus infecting climate-modulating alga Emiliania huxleyi' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Homola, M.' 1 0000-0002-5094-5040 primary 'Buttner, C.R.' 2 0000-0002-9789-1916 primary 'Fuzik, T.' 3 0000-0002-1190-0210 primary 'Novacek, J.' 4 0000-0003-4013-3898 primary 'Chaillet, M.' 5 0000-0001-7231-7742 primary 'Forster, F.' 6 0000-0002-6044-2746 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Major capsid protein' 53730.246 18 ? ? ? 'AlphaFold2 predicted structure.' 2 polymer nat 'Paramecium bursaria chlorella virus 1 (PBCV-1) penton protein.' 17892.170 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;AGSLTQLLATGSMDAALTQNATRTFWKSSYQKHSLFALESINQPFTTQVQFGAESHITVNRQGDLLSWMYLKIVLPGLKV QNQADTVQPTQQSFASLDNDVAAQADVSHVLPYIEGAYTEASLNTKEQLIAEAKNSYEAAKYNAAPLPVAAQMQSTEMPD FDYAYWTEAIGFHLIKRAEFKVGGATIDTIWSELLFAMEELMGRAGRRLTETIGRTLRRPTELMKASRQEQILYVPLPWY FTKHPSLAFPLVAATYHNIQLWVQWAQLNSCIIKSRSNLVVLHAERNVPISDDHLRASLECTYVHLEAAERDALTANAGT QLIVQHQAHLQQVSSNNVTARLNFNFPVLEFYYFLRRKANKDAGDHFNFSGIGGRDPVVSAELLFNNTARVTQKPAVWWR AVQALQFHSSAPLTNIYSYSFSLSPEDPITPSGSANFSRLDSVELALTLQDDFGAAHDANSELFVFARSYNILKFTNGLA G ; ;AGSLTQLLATGSMDAALTQNATRTFWKSSYQKHSLFALESINQPFTTQVQFGAESHITVNRQGDLLSWMYLKIVLPGLKV QNQADTVQPTQQSFASLDNDVAAQADVSHVLPYIEGAYTEASLNTKEQLIAEAKNSYEAAKYNAAPLPVAAQMQSTEMPD FDYAYWTEAIGFHLIKRAEFKVGGATIDTIWSELLFAMEELMGRAGRRLTETIGRTLRRPTELMKASRQEQILYVPLPWY FTKHPSLAFPLVAATYHNIQLWVQWAQLNSCIIKSRSNLVVLHAERNVPISDDHLRASLECTYVHLEAAERDALTANAGT QLIVQHQAHLQQVSSNNVTARLNFNFPVLEFYYFLRRKANKDAGDHFNFSGIGGRDPVVSAELLFNNTARVTQKPAVWWR AVQALQFHSSAPLTNIYSYSFSLSPEDPITPSGSANFSRLDSVELALTLQDDFGAAHDANSELFVFARSYNILKFTNGLA G ; A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R ? 2 'polypeptide(L)' no no ;VETTQHFVSIESSNRPDPANTTPANYSIQLPQRYRNIWSAMLVNIALPAVSPPQKYVYLDIDKLNSIDSTSPSGGVNFAL AKIPLSIAGTGNVFFADTMTSSFPNVPLQNPVATMDKLNIKLKDANGNVLTIPAGNEHSFMIQLTCGDYIPRGGGSTITQ NGRVLGG ; ;VETTQHFVSIESSNRPDPANTTPANYSIQLPQRYRNIWSAMLVNIALPAVSPPQKYVYLDIDKLNSIDSTSPSGGVNFAL AKIPLSIAGTGNVFFADTMTSSFPNVPLQNPVATMDKLNIKLKDANGNVLTIPAGNEHSFMIQLTCGDYIPRGGGSTITQ NGRVLGG ; S ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 GLY n 1 3 SER n 1 4 LEU n 1 5 THR n 1 6 GLN n 1 7 LEU n 1 8 LEU n 1 9 ALA n 1 10 THR n 1 11 GLY n 1 12 SER n 1 13 MET n 1 14 ASP n 1 15 ALA n 1 16 ALA n 1 17 LEU n 1 18 THR n 1 19 GLN n 1 20 ASN n 1 21 ALA n 1 22 THR n 1 23 ARG n 1 24 THR n 1 25 PHE n 1 26 TRP n 1 27 LYS n 1 28 SER n 1 29 SER n 1 30 TYR n 1 31 GLN n 1 32 LYS n 1 33 HIS n 1 34 SER n 1 35 LEU n 1 36 PHE n 1 37 ALA n 1 38 LEU n 1 39 GLU n 1 40 SER n 1 41 ILE n 1 42 ASN n 1 43 GLN n 1 44 PRO n 1 45 PHE n 1 46 THR n 1 47 THR n 1 48 GLN n 1 49 VAL n 1 50 GLN n 1 51 PHE n 1 52 GLY n 1 53 ALA n 1 54 GLU n 1 55 SER n 1 56 HIS n 1 57 ILE n 1 58 THR n 1 59 VAL n 1 60 ASN n 1 61 ARG n 1 62 GLN n 1 63 GLY n 1 64 ASP n 1 65 LEU n 1 66 LEU n 1 67 SER n 1 68 TRP n 1 69 MET n 1 70 TYR n 1 71 LEU n 1 72 LYS n 1 73 ILE n 1 74 VAL n 1 75 LEU n 1 76 PRO n 1 77 GLY n 1 78 LEU n 1 79 LYS n 1 80 VAL n 1 81 GLN n 1 82 ASN n 1 83 GLN n 1 84 ALA n 1 85 ASP n 1 86 THR n 1 87 VAL n 1 88 GLN n 1 89 PRO n 1 90 THR n 1 91 GLN n 1 92 GLN n 1 93 SER n 1 94 PHE n 1 95 ALA n 1 96 SER n 1 97 LEU n 1 98 ASP n 1 99 ASN n 1 100 ASP n 1 101 VAL n 1 102 ALA n 1 103 ALA n 1 104 GLN n 1 105 ALA n 1 106 ASP n 1 107 VAL n 1 108 SER n 1 109 HIS n 1 110 VAL n 1 111 LEU n 1 112 PRO n 1 113 TYR n 1 114 ILE n 1 115 GLU n 1 116 GLY n 1 117 ALA n 1 118 TYR n 1 119 THR n 1 120 GLU n 1 121 ALA n 1 122 SER n 1 123 LEU n 1 124 ASN n 1 125 THR n 1 126 LYS n 1 127 GLU n 1 128 GLN n 1 129 LEU n 1 130 ILE n 1 131 ALA n 1 132 GLU n 1 133 ALA n 1 134 LYS n 1 135 ASN n 1 136 SER n 1 137 TYR n 1 138 GLU n 1 139 ALA n 1 140 ALA n 1 141 LYS n 1 142 TYR n 1 143 ASN n 1 144 ALA n 1 145 ALA n 1 146 PRO n 1 147 LEU n 1 148 PRO n 1 149 VAL n 1 150 ALA n 1 151 ALA n 1 152 GLN n 1 153 MET n 1 154 GLN n 1 155 SER n 1 156 THR n 1 157 GLU n 1 158 MET n 1 159 PRO n 1 160 ASP n 1 161 PHE n 1 162 ASP n 1 163 TYR n 1 164 ALA n 1 165 TYR n 1 166 TRP n 1 167 THR n 1 168 GLU n 1 169 ALA n 1 170 ILE n 1 171 GLY n 1 172 PHE n 1 173 HIS n 1 174 LEU n 1 175 ILE n 1 176 LYS n 1 177 ARG n 1 178 ALA n 1 179 GLU n 1 180 PHE n 1 181 LYS n 1 182 VAL n 1 183 GLY n 1 184 GLY n 1 185 ALA n 1 186 THR n 1 187 ILE n 1 188 ASP n 1 189 THR n 1 190 ILE n 1 191 TRP n 1 192 SER n 1 193 GLU n 1 194 LEU n 1 195 LEU n 1 196 PHE n 1 197 ALA n 1 198 MET n 1 199 GLU n 1 200 GLU n 1 201 LEU n 1 202 MET n 1 203 GLY n 1 204 ARG n 1 205 ALA n 1 206 GLY n 1 207 ARG n 1 208 ARG n 1 209 LEU n 1 210 THR n 1 211 GLU n 1 212 THR n 1 213 ILE n 1 214 GLY n 1 215 ARG n 1 216 THR n 1 217 LEU n 1 218 ARG n 1 219 ARG n 1 220 PRO n 1 221 THR n 1 222 GLU n 1 223 LEU n 1 224 MET n 1 225 LYS n 1 226 ALA n 1 227 SER n 1 228 ARG n 1 229 GLN n 1 230 GLU n 1 231 GLN n 1 232 ILE n 1 233 LEU n 1 234 TYR n 1 235 VAL n 1 236 PRO n 1 237 LEU n 1 238 PRO n 1 239 TRP n 1 240 TYR n 1 241 PHE n 1 242 THR n 1 243 LYS n 1 244 HIS n 1 245 PRO n 1 246 SER n 1 247 LEU n 1 248 ALA n 1 249 PHE n 1 250 PRO n 1 251 LEU n 1 252 VAL n 1 253 ALA n 1 254 ALA n 1 255 THR n 1 256 TYR n 1 257 HIS n 1 258 ASN n 1 259 ILE n 1 260 GLN n 1 261 LEU n 1 262 TRP n 1 263 VAL n 1 264 GLN n 1 265 TRP n 1 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LEU n 1 350 GLU n 1 351 PHE n 1 352 TYR n 1 353 TYR n 1 354 PHE n 1 355 LEU n 1 356 ARG n 1 357 ARG n 1 358 LYS n 1 359 ALA n 1 360 ASN n 1 361 LYS n 1 362 ASP n 1 363 ALA n 1 364 GLY n 1 365 ASP n 1 366 HIS n 1 367 PHE n 1 368 ASN n 1 369 PHE n 1 370 SER n 1 371 GLY n 1 372 ILE n 1 373 GLY n 1 374 GLY n 1 375 ARG n 1 376 ASP n 1 377 PRO n 1 378 VAL n 1 379 VAL n 1 380 SER n 1 381 ALA n 1 382 GLU n 1 383 LEU n 1 384 LEU n 1 385 PHE n 1 386 ASN n 1 387 ASN n 1 388 THR n 1 389 ALA n 1 390 ARG n 1 391 VAL n 1 392 THR n 1 393 GLN n 1 394 LYS n 1 395 PRO n 1 396 ALA n 1 397 VAL n 1 398 TRP n 1 399 TRP n 1 400 ARG n 1 401 ALA n 1 402 VAL n 1 403 GLN n 1 404 ALA n 1 405 LEU n 1 406 GLN n 1 407 PHE n 1 408 HIS n 1 409 SER n 1 410 SER n 1 411 ALA n 1 412 PRO n 1 413 LEU n 1 414 THR n 1 415 ASN n 1 416 ILE n 1 417 TYR n 1 418 SER n 1 419 TYR n 1 420 SER n 1 421 PHE n 1 422 SER n 1 423 LEU n 1 424 SER n 1 425 PRO n 1 426 GLU n 1 427 ASP n 1 428 PRO n 1 429 ILE n 1 430 THR n 1 431 PRO n 1 432 SER 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'Emiliania huxleyi virus 201' 181210 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 167 ? 'Paramecium bursaria Chlorella virus 1' 10506 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP G9E4T6_9PHYC G9E4T6 ? 1 ;AGSLTQLLATGSMDAALTQNATRTFWKSSYQKHSLFALESINQPFTTQVQFGAESHITVNRQGDLLSWMYLKIVLPGLKV QNQADTVQPTQQSFASLDNDVAAQADVSHVLPYIEGAYTEASLNTKEQLIAEAKNSYEAAKYNAAPLPVAAQMQSTEMPD FDYAYWTEAIGFHLIKRAEFKVGGATIDTIWSELLFAMEELMGRAGRRLTETIGRTLRRPTELMKASRQEQILYVPLPWY FTKHPSLAFPLVAATYHNIQLWVQWAQLNSCIIKSRSNLVVLHAERNVPISDDHLRASLECTYVHLEAAERDALTANAGT QLIVQHQAHLQQVSSNNVTARLNFNFPVLEFYYFLRRKANKDAGDHFNFSGIGGRDPVVSAELLFNNTARVTQKPAVWWR AVQALQFHSSAPLTNIYSYSFSLSPEDPITPSGSANFSRLDSVELALTLQDDFGAAHDANSELFVFARSYNILKFTNGLA G ; 11 2 UNP Q84626_PBCV1 Q84626 ? 2 ;VETTQHFVSIESSNRPDPANTTPANYSIQLPQRYRNIWSAMLVNIALPAVSPPQKYVYLDIDKLNSIDSTSPSGGVNFAL AKIPLSIAGTGNVFFADTMTSSFPNVPLQNPVATMDKLNIKLKDANGNVLTIPAGNEHSFMIQLTCGDYIPRGGGSTITQ NGRVLGG ; 2 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8PFM A 1 ? 481 ? 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Q84626 2 ? 168 ? 2 168 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8PFM _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8PFM _struct.title ;Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) major capsid protein structure predicted by AlphaFold2 and Paramecium bursaria chlorella virus 1 (PBCV-1) penton protein fitted into a cryo-EM structure of the EhV-201 virion vertex capsid map. ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8PFM _struct_keywords.text 'cryo-EM, subtomogram averaging, EhV-201, enveloped virus, capsid, major capsid protein, VIRUS' _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? M N N 1 ? N N N 1 ? O N N 1 ? P N N 1 ? Q N N 1 ? R N N 1 ? 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