data_8Q72 # _entry.id 8Q72 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.388 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8Q72 pdb_00008q72 10.2210/pdb8q72/pdb WWPDB D_1292132713 ? ? EMDB EMD-18201 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2024-01-31 2 'Structure model' 1 1 2024-02-14 3 'Structure model' 1 2 2024-03-20 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' citation # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 2 2 'Structure model' '_citation.title' 3 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 4 3 'Structure model' '_citation.journal_volume' 5 3 'Structure model' '_citation.page_first' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8Q72 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-08-15 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'E. coli plasmid-borne JetABCD(E248A) core in a cleavage-competent state' EMD-18201 'associated EM volume' EMDB 'E. coli plasmid-borne JetABC in a cleavage-competent state' EMD-18211 'other EM volume' EMDB 'E. coli plasmid-borne JetABCD(E248A) in a cleavage-competent state' EMD-18208 'other EM volume' EMDB 'E. coli plasmid-borne JetD(E248A) in a cleavage-competent state' EMD-18209 'other EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email stephan.gruber@unil.ch _pdbx_contact_author.name_first Stephan _pdbx_contact_author.name_last Gruber _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-0150-0395 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Roisne-Hamelin, F.' 1 0000-0002-8390-2485 'Li, Y.' 2 0000-0001-8190-1633 'Gruber, S.' 3 0000-0002-0150-0395 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Mol.Cell _citation.journal_id_ASTM MOCEFL _citation.journal_id_CSD 2168 _citation.journal_id_ISSN 1097-2765 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 84 _citation.language ? _citation.page_first 883 _citation.page_last ? _citation.title 'Structural basis for plasmid restriction by SMC JET nuclease.' _citation.year 2024 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.molcel.2024.01.009 _citation.pdbx_database_id_PubMed 38309275 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Roisne-Hamelin, F.' 1 ? primary 'Liu, H.W.' 2 ? primary 'Taschner, M.' 3 ? primary 'Li, Y.' 4 ? primary 'Gruber, S.' 5 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man JetC 124562.938 4 ? ;"G" as been added to the C-terminus. ; ? ;The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar. ; 2 polymer man JetB 28020.416 4 ? ;"G" as been added to the C-terminus ; ? ;The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar. ; 3 polymer man JetA 57818.910 2 ? ;"GPAA" has been added to the N-terminus and "G" to the C-terminus ; ? ;"GPAA" at the begining of the theorical sequence is the remaining of the purification tag after tag cleavage. The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar. ; 4 polymer man 'JetD(E248A)' 43938.492 2 ? ;"E248A" mutation has been introduced, "GSLEVLFQ" has been added to the C-terminus. ; ? ;"GSLEVLFQ" at the C-terminus in the theorical sequence is the remaining of the tag after tag cleavage. The sequence carries the "E248A" mutation (nuclease dead). ; 5 polymer man 'Circular plasmid DNA (1840-MER)' 12303.033 4 ? 'The DNA was modelled as polyAT track.' ? ;Only a portion of the plasmid (pSG6085, 1840 bp) has been modelled as polyAT track, because the complex is expected to bind in random position to the DNA and the resolution of DNA do not allow any sequence assignement. ; 6 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 4 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MNQVSGLAGKESFILTRIELFNWGGFHGLHQAAIHQDGTAVIGPTGSGKTTLVDALMTLLCANPRYNLASTGGHESDRDL ISYVRGVSGPGDGGEGQSHIARPGKTVTGIAATLEREGKQVRLGALLWFDSTSSSVTDMKRLWLFSDNPGQTLEHWLNVY HEGGTRLLRQMEKEAIGLWTYPNKKQYLARLRDFFEVGENAFTLLNRAAGLKQLNSIDEIFRELVLDDHSAFDRAAEVAN SFDGLTEIHQELETARKQQQSLQPVALSWEKYQKQERQLADWLTLESLLPLWFAQQASHLWREKINLLNARLAEAQTSEE QLQSQLDLQKKVVSDCMQRYLQVGGANIDELNERIKDWQKTLGSREALARQYQQLTRNLGLPSDLSQPQLEANQHEAEAR CEQIAVDIKLKQEEAYQKGALSHHITEELRERENERAEIARRPDSNLPAHYQAFRSELAKALNVDESELPFVAELIQVKP EEAQWRGAIERAVGSNRLRILVAPESAQEALRWVNQRNNRLHVRLLEVKLPHSPARFFDDGFTRKLLWKDHPWREAVKAL LAESDRHCVDSPEQLHDTPHAMTVQGLMSGKQRFYDKHDQKRLDEDWLTGFDNRDRLNFLAKEIATLQEQVKTANAAFEF AKGEVGLLQNQAASFQKIEQIDFDSIDVPGAKSQLDALRERLENLTRPDSDASVAKAKLDEAQTIESELDKQLRAANKVT NVLDTELTLARAAERKAQQTAQQGMKEEERELCASHFPVVTLEQLPDIRDLERQHERGIQHEIERVKAELHRLNIELTKR MSEAKRVDTGALVEAGADLDDIPVYLQRLQELTEEALPEKLNRFLDYLNRSSDDGVTQLLSHIEHEVLVIEERLNELNET MFRVDFQPDRYLRLDTKKVVHESLRTLEKAQRQLNAARFVDDNGESHYKALQVLVAQLRDACERNRTLGAKALLDPRFRL EFAVSVMDRQSGNVIESRTGSQGGSGGEKEIIASYVLTASLSYALCPAGSRYPLFGTIILDEAFSRSSHAVAGRIIAALR EFGLHAVFITPNKEMRLLRDHTRSAIVVHRRGQNSNMASLSWEELERHYQRRGNAG ; ;MNQVSGLAGKESFILTRIELFNWGGFHGLHQAAIHQDGTAVIGPTGSGKTTLVDALMTLLCANPRYNLASTGGHESDRDL ISYVRGVSGPGDGGEGQSHIARPGKTVTGIAATLEREGKQVRLGALLWFDSTSSSVTDMKRLWLFSDNPGQTLEHWLNVY 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;MAGFFDKLINRSVTANAGCEPEPSDEEVTDESVEDSLASSETRTLQKIREATQELLKYGLLEEASKPNLYRIVLSHPEEV TRILEPLDLDIGIDEIRGLLYVKVRLDETPAQDEWAHPLVRRQRLNLEQSLLVAILRQHFVAWEQESGTGASQAQIAIDD LLPQLQIYLGDPGSESKERTRLLTLLDQLKGHGLVTSPDAHERIVIRPIIAHLADPINLQALLAWLREQIAQQTSPNDAP EKDSSEEDVG ; ;MAGFFDKLINRSVTANAGCEPEPSDEEVTDESVEDSLASSETRTLQKIREATQELLKYGLLEEASKPNLYRIVLSHPEEV TRILEPLDLDIGIDEIRGLLYVKVRLDETPAQDEWAHPLVRRQRLNLEQSLLVAILRQHFVAWEQESGTGASQAQIAIDD LLPQLQIYLGDPGSESKERTRLLTLLDQLKGHGLVTSPDAHERIVIRPIIAHLADPINLQALLAWLREQIAQQTSPNDAP EKDSSEEDVG ; C,D,H,I ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GPAAMEENTRQRTENYISAKNQHPAWILLATRRAPLVLSCLKTLFEKSHDGIPLEEAIQSLSSILIEHVSQEQYDINQDN PFLQASRELREWIKRRLIVERDGRIFATDALEVAITFVESLDNRFMTSTASRLSTVQREIENLETRLNPNPANRVATLRR RISELERELQEAEAGHIEVLETHQAVEHIRDVYNLASSLRADFRRVEDSWREADRALRQSIIGEQYHRGDIVERLLNDQD ALLNTPEGRVFDSFQQQLRQSSELKAMSERLRVILSHPSASDALNRLQRHDLRWLVKRLVDESQTVLQARARSERDVRGF MKTGLAAEHHRVGHLLNEFLNLALKLDWQRQMIRKQEVPLPAVGVAVTGIPAIERLRFKEVDDEAEQTLDLSNHAADLTQ IGDDFWDAFNGLDREVLIQQTLQLLAKENRPVGLAELAELLPPAHDLETFAVWIGMAREAGIEVIDSQREFAELSDGEGR RWRFNLPTTGLESQALMDIDWEG ; ;GPAAMEENTRQRTENYISAKNQHPAWILLATRRAPLVLSCLKTLFEKSHDGIPLEEAIQSLSSILIEHVSQEQYDINQDN PFLQASRELREWIKRRLIVERDGRIFATDALEVAITFVESLDNRFMTSTASRLSTVQREIENLETRLNPNPANRVATLRR RISELERELQEAEAGHIEVLETHQAVEHIRDVYNLASSLRADFRRVEDSWREADRALRQSIIGEQYHRGDIVERLLNDQD ALLNTPEGRVFDSFQQQLRQSSELKAMSERLRVILSHPSASDALNRLQRHDLRWLVKRLVDESQTVLQARARSERDVRGF MKTGLAAEHHRVGHLLNEFLNLALKLDWQRQMIRKQEVPLPAVGVAVTGIPAIERLRFKEVDDEAEQTLDLSNHAADLTQ IGDDFWDAFNGLDREVLIQQTLQLLAKENRPVGLAELAELLPPAHDLETFAVWIGMAREAGIEVIDSQREFAELSDGEGR RWRFNLPTTGLESQALMDIDWEG ; E,J ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MYSPDELREKLARQWDSAKLRAERLLSPGNWPLCLPIGKPSTKIFAEQTQRVLQHVQRWRQVAVGHVEWEAVSFRASDTP VLMPLRWILNSPSEWINAAADPVVSREFRLLEGIIEQVNPIFHPLLVKHRSLWRHKDPQGVISAATLACRLEPGCAKGLP LRLLSGQGVDTKFIENNISLLTRLLDVRFSGEASEQGLTTFLDAFDESSHWVLVVPLSPGLLPFKKCRVTTAELAETTLP ASQVLVVANEQCLHHLPALSDTIAILGCGLDVQWLSSSVLDEKRVAYWGDMDSWGLLMLARARRCRPTLDALLMNRELFE QYASHSAVPEPVIAKEAVPDGLLNEEADFYRYLTRLPRGRLEQEFLPVGIAEEALLRWGKESGSLEVLFQ ; ;MYSPDELREKLARQWDSAKLRAERLLSPGNWPLCLPIGKPSTKIFAEQTQRVLQHVQRWRQVAVGHVEWEAVSFRASDTP VLMPLRWILNSPSEWINAAADPVVSREFRLLEGIIEQVNPIFHPLLVKHRSLWRHKDPQGVISAATLACRLEPGCAKGLP LRLLSGQGVDTKFIENNISLLTRLLDVRFSGEASEQGLTTFLDAFDESSHWVLVVPLSPGLLPFKKCRVTTAELAETTLP ASQVLVVANEQCLHHLPALSDTIAILGCGLDVQWLSSSVLDEKRVAYWGDMDSWGLLMLARARRCRPTLDALLMNRELFE QYASHSAVPEPVIAKEAVPDGLLNEEADFYRYLTRLPRGRLEQEFLPVGIAEEALLRWGKESGSLEVLFQ ; M,N ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) ; ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT P,Q,R,S ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 6 _pdbx_entity_nonpoly.name "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ADP # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ASN n 1 3 GLN n 1 4 VAL n 1 5 SER n 1 6 GLY n 1 7 LEU n 1 8 ALA n 1 9 GLY n 1 10 LYS n 1 11 GLU n 1 12 SER n 1 13 PHE n 1 14 ILE n 1 15 LEU n 1 16 THR n 1 17 ARG n 1 18 ILE n 1 19 GLU n 1 20 LEU n 1 21 PHE n 1 22 ASN n 1 23 TRP n 1 24 GLY n 1 25 GLY n 1 26 PHE n 1 27 HIS n 1 28 GLY n 1 29 LEU n 1 30 HIS n 1 31 GLN n 1 32 ALA n 1 33 ALA n 1 34 ILE n 1 35 HIS n 1 36 GLN n 1 37 ASP n 1 38 GLY n 1 39 THR n 1 40 ALA n 1 41 VAL n 1 42 ILE n 1 43 GLY n 1 44 PRO n 1 45 THR n 1 46 GLY n 1 47 SER n 1 48 GLY n 1 49 LYS n 1 50 THR n 1 51 THR n 1 52 LEU n 1 53 VAL n 1 54 ASP n 1 55 ALA n 1 56 LEU n 1 57 MET n 1 58 THR n 1 59 LEU n 1 60 LEU n 1 61 CYS n 1 62 ALA n 1 63 ASN n 1 64 PRO n 1 65 ARG n 1 66 TYR n 1 67 ASN n 1 68 LEU n 1 69 ALA n 1 70 SER n 1 71 THR n 1 72 GLY n 1 73 GLY n 1 74 HIS n 1 75 GLU n 1 76 SER n 1 77 ASP n 1 78 ARG n 1 79 ASP n 1 80 LEU n 1 81 ILE n 1 82 SER n 1 83 TYR n 1 84 VAL n 1 85 ARG n 1 86 GLY n 1 87 VAL n 1 88 SER n 1 89 GLY n 1 90 PRO n 1 91 GLY n 1 92 ASP n 1 93 GLY n 1 94 GLY n 1 95 GLU n 1 96 GLY n 1 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WATSON-CRICK ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TRP 31 K . ? TRP 31 M PRO 32 K ? PRO 32 M 1 0.12 2 TRP 31 L . ? TRP 31 N PRO 32 L ? PRO 32 N 1 -0.35 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? 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