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EMD-18385 'consensus EM volume' PDB 'rigid fitting into the composite map/model' 8Q7D unspecified PDB 'rigid fitting into the composite map/model' 8Q01 unspecified PDB 'rigid fitting into the composite map/model' 8Q1I unspecified # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email pavel.plevka@ceitec.muni.cz _pdbx_contact_author.name_first Pavel _pdbx_contact_author.name_last Plevka _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-4215-3315 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Cienikova, Z.' 1 0009-0000-8696-2566 'Siborova, M.' 2 0000-0002-6879-5247 'Fuzik, T.' 3 0000-0002-1190-0210 'Plevka, P.' 4 0000-0003-4215-3315 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Genome anchoring, retention, and release by neck proteins of Herelleviridae phage 812' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Cienikova, Z.' 1 0009-0000-8696-2566 primary 'Novacek, J.' 2 0000-0003-4013-3898 primary 'Siborova, M.' 3 0000-0002-6879-5247 primary 'Popelarova, B.' 4 0000-0003-3760-0539 primary 'Fuzik, T.' 5 0000-0002-1190-0210 primary 'Benesik, M.' 6 0000-0001-6966-3345 primary 'Bardy, P.' 7 0000-0002-1223-2584 primary 'Plevka, P.' 8 0000-0003-4215-3315 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Portal protein' 64155.684 2 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Anchor DNA forward strand (120-MER)' 36242.270 1 ? ? ? 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;MADLFKQFRLGKDYGNNSTIAQVPIDEGLQANIKKIEQDNKEYQDLTKSLYGQQQAYAEPFIEMMDTNPEFRDKRSYMKN EHNLHDVLKKFGNNPILNAIILTRSNQVAMYCQPARYSEKGLGFEVRLRDLDAEPGRKEKEEMKRIEDFIVNTGKDKDVD RDSFQTFCKKIVRDTYIYDQVNFEKVFNKNNKTKLEKFIAVDPSTIFYATDKKGKIIKGGKRFVQVVDKRVVASFTSREL AMGIRNPRTELSSSGYGLSEVEIAMKEFIAYNNTESFNDRFFSHGGTTRGILQIRSDQQQSQHALENFKREWKSSLSGIN GSWQIPVVMADDIKFVNMTPTANDMQFEKWLNYLINIISALYGIDPAEIGFPNRGGATGSKGGSTLNEADPGKKQQQSQN KGLQPLLRFIEDLVNRHIISEYGDKYTFQFVGGDTKSATDKLNILKLETQIFKTVNEAREEQGKKPIEGGDIILDASFLQ GTAQLQQDKQYNDGKQKERLQMMMSLLEGDNDDSEEGQSTDSSNDDKEIGTDAQIKGDDNVYRTQTSNKGQGRKGEKSSD FKH ; p,D ? 2 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC) (DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC) (DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC) (DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC) 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;MVNSMFGGDLDPYEKSLNYEYPYHPSGNPKHIDVSEIDNLTLADYGWSPDAVKAYMFGIVVQNPDTGQPMGDEFYNHILE RAVGKAERALDISILPDTQHEMRDYHETEFNSYMFVHAYRKPILQVENLQLQFNGRPIYKYPANWWKVEHLAGHVQLFPT ALMQTGQSMSYDAVFNGYPQLAGVYPPSGATFAPQMIRLEYVSGMLPRKKAGRNKPWEMPPELEQLVIKYALKEIYQVWG NLIIGAGIANKTLEVDGITETIGTTQSAMYGGASAQILQINEDIKELLDGLRAYFGYNMIGL ; b,c ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MAVEPFPRRPITRPHASIEVDTSGIGGSAGSSEKVFCLIGQAEGGEPNTVYELRNYSQAKRLFRSGELLDAIELAWGSNP NYTAGRILAMRIEDAKPASAEIGGLKITSKIYGNVANNIQVGLEKNTLSDSLRLRVIFQDDRFNEVYDNIGNIFTIKYKG EEANATFSVEHDEETQKASRLVLKVGDQEVKSYDLTGGAYDYTNAIITDINQLPDFEAKLSPFGDKNLESSKLDKIENAN IKDKAVYVKAVFGDLEKQTAYNGIVSFEQLNAEGEVPSNVEVEAGEESATVTATSPIKTIEPFELTKLKGGTNGEPPATW ADKLDKFAHEGGYYIVPLSSKQSVHAEVASFVKERSDAGEPMRAIVGGGFNESKEQLFGRQASLSNPRVSLVANSGTFVM DDGRKNHVPAYMVAVALGGLASGLEIGESITFKPLRVSSLDQIYESIDLDELNENGIISIEFVRNRTNTFFRIVDDVTTF NDKSDPVKAEMAVGEANDFLVSELKVQLEDQFIGTRTINTSASIIKDFIQSYLGRKKRDNEIQDFPAEDVQVIVEGNEAR ISMTVYPIRSFKKISVSLVYKQQTLQA ; ;MAVEPFPRRPITRPHASIEVDTSGIGGSAGSSEKVFCLIGQAEGGEPNTVYELRNYSQAKRLFRSGELLDAIELAWGSNP NYTAGRILAMRIEDAKPASAEIGGLKITSKIYGNVANNIQVGLEKNTLSDSLRLRVIFQDDRFNEVYDNIGNIFTIKYKG EEANATFSVEHDEETQKASRLVLKVGDQEVKSYDLTGGAYDYTNAIITDINQLPDFEAKLSPFGDKNLESSKLDKIENAN IKDKAVYVKAVFGDLEKQTAYNGIVSFEQLNAEGEVPSNVEVEAGEESATVTATSPIKTIEPFELTKLKGGTNGEPPATW ADKLDKFAHEGGYYIVPLSSKQSVHAEVASFVKERSDAGEPMRAIVGGGFNESKEQLFGRQASLSNPRVSLVANSGTFVM DDGRKNHVPAYMVAVALGGLASGLEIGESITFKPLRVSSLDQIYESIDLDELNENGIISIEFVRNRTNTFFRIVDDVTTF NDKSDPVKAEMAVGEANDFLVSELKVQLEDQFIGTRTINTSASIIKDFIQSYLGRKKRDNEIQDFPAEDVQVIVEGNEAR ISMTVYPIRSFKKISVSLVYKQQTLQA ; B,I,O ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 9 _pdbx_entity_nonpoly.name 'ZINC ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ASP n 1 4 LEU n 1 5 PHE n 1 6 LYS n 1 7 GLN n 1 8 PHE n 1 9 ARG n 1 10 LEU n 1 11 GLY n 1 12 LYS n 1 13 ASP n 1 14 TYR n 1 15 GLY n 1 16 ASN n 1 17 ASN n 1 18 SER 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P N N 9 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A0U1WIV9_9CAUD A0A0U1WIV9 ? 1 ;MADLFKQFRLGKDYGNNSTIAQVPIDEGLQANIKKIEQDNKEYQDLTKSLYGQQQAYAEPFIEMMDTNPEFRDKRSYMKN EHNLHDVLKKFGNNPILNAIILTRSNQVAMYCQPARYSEKGLGFEVRLRDLDAEPGRKEKEEMKRIEDFIVNTGKDKDVD RDSFQTFCKKIVRDTYIYDQVNFEKVFNKNNKTKLEKFIAVDPSTIFYATDKKGKIIKGGKRFVQVVDKRVVASFTSREL AMGIRNPRTELSSSGYGLSEVEIAMKEFIAYNNTESFNDRFFSHGGTTRGILQIRSDQQQSQHALENFKREWKSSLSGIN GSWQIPVVMADDIKFVNMTPTANDMQFEKWLNYLINIISALYGIDPAEIGFPNRGGATGSKGGSTLNEADPGKKQQQSQN KGLQPLLRFIEDLVNRHIISEYGDKYTFQFVGGDTKSATDKLNILKLETQIFKTVNEAREEQGKKPIEGGDIILDASFLQ GTAQLQQDKQYNDGKQKERLQMMMSLLEGDNDDSEEGQSTDSSNDDKEIGTDAQIKGDDNVYRTQTSNKGQGRKGEKSSD FKH ; 1 2 PDB 8QEK 8QEK ? 2 ? 1 3 PDB 8QEK 8QEK ? 3 ? 1 4 UNP A1YTP2_9CAUD A1YTP2 ? 4 ;MASEAKQTVHTGNTVLLMIKGKPVGRAQSASGQREYGTTGVYEIGSIMPQEHVYLRYEGTITVERLRMKKENFADLGYAS LGEEILKKDIIDILVVDNLTKQVIISYHGCSANNYNETWQTNEIVTEEIEFSYLTASDKART ; 1 5 UNP A1YTN9_9CAUD A1YTN9 ? 5 ;MAITSVDSYLLSEIKPRLNTVLENCYIIDEVLKDFDYQTRESFKEAFCGKNAQHEVTVGFNFPKFKNNYEAHYLIQLGQG QETKNSLGSIQSSYFEATGDTLVESSTAIREDDKLVFTVSKPIGELIKVEDIEFAKYDNLQVEGNKVSFKYQTNEDYENY NANIIFTEKKNDSKGLVKGFTVEEQVTVVGLSFNVDVARCLDAVLKMILISMRDSIEEQQTFQLQNLSFGDIAPIIEDGD SMIFGRPTIIKYTSSLDLDYTITQDINKLTFKERKDWK ; 1 6 UNP A1YTN7_9CAUD A1YTN7 ? 6 ;MEKPYMIGANSNPNVINKSTTYTTTTQADEQDKPKYTTRLEFDTIDMIRFINDRGIKVLWEEAYFCPCLNPDTGHPRVDC PRCHGKGIAYLPPKETIMAIQSQEKGTNQLDIGILDTGTAIGTTQLEKRISYRDRFTVPEVLMPQQMIYFVNKDRIKKGI PLYYDVKEITYIATQDGTVYEEDYEIKNNRLYLNEKYENHTVTLKILMTLRYVVSDILKESRYQYTKFNQPKSKFENLPQ KLLLKREDVIVLQDPYKVNDGIEEDLEIQVDDPKASASNPSNLGGFFGGAFK ; 1 7 UNP A1YTN6_9CAUD A1YTN6 ? 7 ;MVNSMFGGDLDPYEKSLNYEYPYHPSGNPKHIDVSEIDNLTLADYGWSPDAVKAYMFGIVVQNPDTGQPMGDEFYNHILE RAVGKAERALDISILPDTQHEMRDYHETEFNSYMFVHAYRKPILQVENLQLQFNGRPIYKYPANWWKVEHLAGHVQLFPT ALMQTGQSMSYDAVFNGYPQLAGVYPPSGATFAPQMIRLEYVSGMLPRKKAGRNKPWEMPPELEQLVIKYALKEIYQVWG NLIIGAGIANKTLEVDGITETIGTTQSAMYGGASAQILQINEDIKELLDGLRAYFGYNMIGL ; 1 8 UNP A0A0U1WZ79_9CAUD A0A0U1WZ79 ? 8 ;MAVEPFPRRPITRPHASIEVDTSGIGGSAGSSEKVFCLIGQAEGGEPNTVYELRNYSQAKRLFRSGELLDAIELAWGSNP NYTAGRILAMRIEDAKPASAEIGGLKITSKIYGNVANNIQVGLEKNTLSDSLRLRVIFQDDRFNEVYDNIGNIFTIKYKG EEANATFSVEHDEETQKASRLVLKVGDQEVKSYDLTGGAYDYTNAIITDINQLPDFEAKLSPFGDKNLESSKLDKIENAN IKDKAVYVKAVFGDLEKQTAYNGIVSFEQLNAEGEVPSNVEVEAGEESATVTATSPIKTIEPFELTKLKGGTNGEPPATW ADKLDKFAHEGGYYIVPLSSKQSVHAEVASFVKERSDAGEPMRAIVGGGFNESKEQLFGRQASLSNPRVSLVANSGTFVM DDGRKNHVPAYMVAVALGGLASGLEIGESITFKPLRVSSLDQIYESIDLDELNENGIISIEFVRNRTNTFFRIVDDVTTF NDKSDPVKAEMAVGEANDFLVSELKVQLEDQFIGTRTINTSASIIKDFIQSYLGRKKRDNEIQDFPAEDVQVIVEGNEAR ISMTVYPIRSFKKISVSLVYKQQTLQA ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8QEK p 1 ? 563 ? A0A0U1WIV9 1 ? 563 ? 1 563 2 1 8QEK D 1 ? 563 ? A0A0U1WIV9 1 ? 563 ? 1 563 3 2 8QEK Y 1 ? 120 ? 8QEK 1 ? 120 ? 1 120 4 3 8QEK Z 1 ? 120 ? 8QEK 1 ? 120 ? 1 120 5 4 8QEK A 1 ? 142 ? A1YTP2 1 ? 142 ? 1 142 6 5 8QEK M 1 ? 278 ? A1YTN9 1 ? 278 ? 1 278 7 4 8QEK G 1 ? 142 ? A1YTP2 1 ? 142 ? 1 142 8 6 8QEK S 1 ? 292 ? A1YTN7 1 ? 292 ? 1 292 9 7 8QEK b 1 ? 302 ? A1YTN6 1 ? 302 ? 1 302 10 7 8QEK c 1 ? 302 ? A1YTN6 1 ? 302 ? 1 302 11 8 8QEK B 1 ? 587 ? A0A0U1WZ79 1 ? 587 ? 1 587 12 8 8QEK I 1 ? 587 ? A0A0U1WZ79 1 ? 587 ? 1 587 13 8 8QEK O 1 ? 587 ? A0A0U1WZ79 1 ? 587 ? 1 587 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details 'UCSF CHIMERA 1.16_b42360.' _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 78-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 78 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1,2,3,4,5,6 A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P 1 7 C,D # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.000000 -0.000000 -0.000000 -0.00000 -0.000000 1.000000 0.000000 -0.00000 -0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.500000 -0.866025 -0.000000 207.92001 0.866025 0.500000 -0.000000 -55.71200 -0.000000 0.000000 1.000000 -0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.500000 -0.866025 -0.000000 360.12801 0.866025 -0.500000 -0.000000 96.49601 -0.000000 0.000000 1.000000 -0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -1.000000 0.000000 0.000000 304.41602 0.000000 -1.000000 -0.000000 304.41602 0.000000 -0.000000 1.000000 -0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? -0.500000 0.866025 -0.000000 96.49601 -0.866025 -0.500000 0.000000 360.12801 -0.000000 -0.000000 1.000000 -0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? 0.500000 0.866025 -0.000000 -55.71200 -0.866025 0.500000 0.000000 207.92001 -0.000000 -0.000000 1.000000 0.00000 7 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 83 ? LYS A 89 ? ASN p 83 LYS p 89 1 ? 7 HELX_P HELX_P2 AA2 LYS A 90 ? GLY A 92 ? LYS p 90 GLY p 92 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 94 ? MET A 110 ? ASN p 94 MET p 110 1 ? 17 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY A 136 ? THR A 153 ? GLY p 136 THR p 153 1 ? 18 HELX_P HELX_P5 AA5 SER A 163 ? ASP A 179 ? SER p 163 ASP p 179 1 ? 17 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP A 202 ? SER A 204 ? ASP p 202 SER p 204 5 ? 3 HELX_P HELX_P7 AA7 GLU A 250 ? SER A 254 ? GLU p 250 SER p 254 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 AA8 SER A 259 ? ALA A 264 ? SER p 259 ALA p 264 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 AA9 ALA A 264 ? HIS A 284 ? ALA p 264 HIS p 284 1 ? 21 HELX_P HELX_P10 AB1 SER A 301 ? SER A 317 ? SER p 301 SER p 317 1 ? 17 HELX_P HELX_P11 AB2 PHE A 347 ? GLY A 363 ? PHE p 347 GLY p 363 1 ? 17 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP A 365 ? GLY A 370 ? ASP p 365 GLY p 370 5 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 GLN A 397 ? ILE A 418 ? GLN p 397 ILE p 418 1 ? 22 HELX_P HELX_P14 AB5 ILE A 419 ? GLY A 423 ? ILE p 419 GLY p 423 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 SER A 437 ? PHE A 452 ? SER p 437 PHE p 452 1 ? 16 HELX_P HELX_P16 AB7 THR A 454 ? GLN A 462 ? THR p 454 GLN p 462 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 AB8 ASP A 475 ? LEU A 506 ? ASP p 475 LEU p 506 1 ? 32 HELX_P HELX_P18 AB9 ASN B 83 ? LYS B 89 ? ASN D 83 LYS D 89 1 ? 7 HELX_P HELX_P19 AC1 LYS B 90 ? GLY B 92 ? LYS D 90 GLY D 92 5 ? 3 HELX_P HELX_P20 AC2 ASN B 94 ? MET B 110 ? ASN D 94 MET D 110 1 ? 17 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY B 136 ? THR B 153 ? GLY D 136 THR D 153 1 ? 18 HELX_P HELX_P22 AC4 SER B 163 ? ASP B 179 ? SER D 163 ASP D 179 1 ? 17 HELX_P HELX_P23 AC5 ASP B 202 ? SER B 204 ? ASP D 202 SER D 204 5 ? 3 HELX_P HELX_P24 AC6 GLU B 250 ? SER B 254 ? GLU D 250 SER D 254 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 AC7 SER B 259 ? ALA B 264 ? SER D 259 ALA D 264 1 ? 6 HELX_P HELX_P26 AC8 ALA B 264 ? HIS B 284 ? ALA D 264 HIS D 284 1 ? 21 HELX_P HELX_P27 AC9 SER B 301 ? SER B 317 ? SER D 301 SER D 317 1 ? 17 HELX_P HELX_P28 AD1 PHE B 347 ? GLY B 363 ? PHE D 347 GLY D 363 1 ? 17 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP B 365 ? GLY B 370 ? ASP D 365 GLY D 370 5 ? 6 HELX_P HELX_P30 AD3 GLN B 397 ? ILE B 418 ? GLN D 397 ILE D 418 1 ? 22 HELX_P HELX_P31 AD4 ILE B 419 ? GLY B 423 ? ILE D 419 GLY D 423 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 SER B 437 ? PHE B 452 ? SER D 437 PHE D 452 1 ? 16 HELX_P HELX_P33 AD6 THR B 454 ? GLN B 462 ? THR D 454 GLN D 462 1 ? 9 HELX_P HELX_P34 AD7 ASP B 475 ? LEU B 506 ? ASP D 475 LEU D 506 1 ? 32 HELX_P HELX_P35 AD8 GLY E 82 ? LYS E 88 ? GLY A 82 LYS A 88 5 ? 7 HELX_P HELX_P36 AD9 SER F 5 ? GLU F 23 ? SER M 5 GLU M 23 1 ? 19 HELX_P HELX_P37 AE1 ASN F 24 ? LEU F 32 ? ASN M 24 LEU M 32 1 ? 9 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP F 36 ? CYS F 48 ? ASP M 36 CYS M 48 1 ? 13 HELX_P HELX_P39 AE3 SER F 86 ? GLY F 88 ? SER M 86 GLY M 88 5 ? 3 HELX_P HELX_P40 AE4 ALA F 135 ? ASN F 139 ? ALA M 135 ASN M 139 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN F 154 ? GLU F 158 ? ASN M 154 GLU M 158 5 ? 5 HELX_P HELX_P42 AE6 ASN F 194 ? ARG F 213 ? ASN M 194 ARG M 213 1 ? 20 HELX_P HELX_P43 AE7 SER F 215 ? THR F 221 ? SER M 215 THR M 221 1 ? 7 HELX_P HELX_P44 AE8 THR G 11 ? ASN G 13 ? THR G 11 ASN G 13 5 ? 3 HELX_P HELX_P45 AE9 GLY G 82 ? LYS G 88 ? GLY G 82 LYS G 88 5 ? 7 HELX_P HELX_P46 AF1 ASP H 43 ? GLY H 55 ? ASP S 43 GLY S 55 1 ? 13 HELX_P HELX_P47 AF2 ASN H 152 ? GLY H 159 ? ASN S 152 GLY S 159 1 ? 8 HELX_P HELX_P48 AF3 TYR H 180 ? GLU H 182 ? TYR S 180 GLU S 182 5 ? 3 HELX_P HELX_P49 AF4 GLU H 195 ? GLU H 198 ? GLU S 195 GLU S 198 5 ? 4 HELX_P HELX_P50 AF5 SER I 35 ? ASN I 39 ? SER b 35 ASN b 39 5 ? 5 HELX_P HELX_P51 AF6 THR I 41 ? GLY I 46 ? THR b 41 GLY b 46 5 ? 6 HELX_P HELX_P52 AF7 SER I 48 ? MET I 56 ? SER b 48 MET b 56 1 ? 9 HELX_P HELX_P53 AF8 GLY I 71 ? LEU I 90 ? GLY b 71 LEU b 90 1 ? 20 HELX_P HELX_P54 AF9 GLU I 107 ? SER I 112 ? GLU b 107 SER b 112 1 ? 6 HELX_P HELX_P55 AG1 PRO I 142 ? ASN I 144 ? PRO b 142 ASN b 144 5 ? 3 HELX_P HELX_P56 AG2 PRO I 220 ? GLY I 240 ? PRO b 220 GLY b 240 1 ? 21 HELX_P HELX_P57 AG3 ALA I 273 ? PHE I 295 ? 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Y DA 98 Z DT 113 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DT PAIR' ? ? ? hydrog181 hydrog ? ? C DT 99 N3 ? ? ? 1_555 D DA 112 N1 ? ? Y DT 99 Z DA 112 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog182 hydrog ? ? C DC 100 N3 ? ? ? 1_555 D DG 111 N1 ? ? Y DC 100 Z DG 111 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog183 hydrog ? ? C DC 100 N4 ? ? ? 1_555 D DG 111 O6 ? ? Y DC 100 Z DG 111 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog184 hydrog ? ? C DC 100 O2 ? ? ? 1_555 D DG 111 N2 ? ? Y DC 100 Z DG 111 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog185 hydrog ? ? C DT 101 N3 ? ? ? 1_555 D DA 110 N1 ? ? Y DT 101 Z DA 110 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog186 hydrog ? ? C DT 101 O4 ? ? ? 1_555 D DA 110 N6 ? ? Y DT 101 Z DA 110 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog187 hydrog ? ? C DA 102 N1 ? ? ? 1_555 D DT 109 N3 ? ? Y DA 102 Z DT 109 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog188 hydrog ? ? C DA 102 N6 ? ? ? 1_555 D DT 109 O4 ? ? Y DA 102 Z DT 109 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog189 hydrog ? ? C DC 103 N3 ? ? ? 1_555 D DG 108 N1 ? ? Y DC 103 Z DG 108 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog190 hydrog ? ? C DC 103 N4 ? ? ? 1_555 D DG 108 O6 ? ? Y DC 103 Z DG 108 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog191 hydrog ? ? C DC 103 O2 ? ? ? 1_555 D DG 108 N2 ? ? Y DC 103 Z DG 108 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog192 hydrog ? ? C DA 104 N1 ? ? ? 1_555 D DT 107 N3 ? ? Y DA 104 Z DT 107 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog193 hydrog ? ? C DA 104 N6 ? ? ? 1_555 D DT 107 O4 ? ? Y DA 104 Z DT 107 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog194 hydrog ? ? C DC 105 N3 ? ? ? 1_555 D DG 106 N1 ? ? Y DC 105 Z DG 106 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog195 hydrog ? ? C DC 105 N4 ? ? ? 1_555 D DG 106 O6 ? ? Y DC 105 Z DG 106 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog196 hydrog ? ? C DC 105 O2 ? ? ? 1_555 D DG 106 N2 ? ? Y DC 105 Z DG 106 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog197 hydrog ? ? C DT 106 N3 ? ? ? 1_555 D DA 105 N1 ? ? Y DT 106 Z DA 105 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog198 hydrog ? ? C DA 108 N1 ? ? ? 1_555 D DT 103 N3 ? ? Y DA 108 Z DT 103 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DT PAIR' ? ? ? hydrog199 hydrog ? ? C DT 109 N3 ? ? ? 1_555 D DA 102 N1 ? ? Y DT 109 Z DA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog200 hydrog ? ? C DC 110 N3 ? ? ? 1_555 D DG 101 N1 ? ? Y DC 110 Z DG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog201 hydrog ? ? C DC 110 N4 ? ? ? 1_555 D DG 101 O6 ? ? Y DC 110 Z DG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog202 hydrog ? ? C DC 110 O2 ? ? ? 1_555 D DG 101 N2 ? ? Y DC 110 Z DG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog203 hydrog ? ? C DT 111 N3 ? ? ? 1_555 D DA 100 N1 ? ? Y DT 111 Z DA 100 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog204 hydrog ? ? C DT 111 O4 ? ? ? 1_555 D DA 100 N6 ? ? Y DT 111 Z DA 100 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog205 hydrog ? ? C DA 112 N1 ? ? ? 1_555 D DT 99 N3 ? ? 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C DC 115 O2 ? ? ? 1_555 D DG 96 N2 ? ? Y DC 115 Z DG 96 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog215 hydrog ? ? C DT 116 N3 ? ? ? 1_555 D DA 95 N1 ? ? Y DT 116 Z DA 95 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog216 hydrog ? ? C DA 118 N1 ? ? ? 1_555 D DT 93 N3 ? ? Y DA 118 Z DT 93 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DT PAIR' ? ? ? hydrog217 hydrog ? ? C DT 119 N3 ? ? ? 1_555 D DA 92 N1 ? ? Y DT 119 Z DA 92 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog218 hydrog ? ? C DC 120 N3 ? ? ? 1_555 D DG 91 N2 ? ? Y DC 120 Z DG 91 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog219 hydrog ? ? C DC 120 O2 ? ? ? 1_555 D DG 91 N1 ? ? Y DC 120 Z DG 91 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OE2 ? 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The resolutions of the input maps were determined by gold-standard FSC at 0.143. ; _em_3d_reconstruction.resolution 3.6 _em_3d_reconstruction.resolution_method OTHER _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 17304 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.name 'Staphylococcus phage 812' _em_entity_assembly.details 'Purified phage virion was incubated in urea and LTA to induce tail contraction and genome ejection' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5,6,7,8 # _em_image_scans.entry_id 8QEK _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.dimension_height 4000 _em_image_scans.dimension_width 4000 _em_image_scans.frames_per_image 40 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.used_frames_per_image ? # _em_imaging.entry_id 8QEK _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 1100 _em_imaging.nominal_defocus_max 2400 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 130000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter 50 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/1' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category ? _em_virus_entity.virus_type VIRION _em_virus_entity.virus_isolate SPECIES _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.enveloped NO _em_virus_entity.empty YES _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.entry_id 8QEK _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE-PROPANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8QEK _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 p MET 1 ? 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A TYR 542 102 1 Y 1 p ARG 543 ? A ARG 543 103 1 Y 1 p THR 544 ? A THR 544 104 1 Y 1 p GLN 545 ? A GLN 545 105 1 Y 1 p THR 546 ? A THR 546 106 1 Y 1 p SER 547 ? A SER 547 107 1 Y 1 p ASN 548 ? A ASN 548 108 1 Y 1 p LYS 549 ? A LYS 549 109 1 Y 1 p GLY 550 ? A GLY 550 110 1 Y 1 p GLN 551 ? A GLN 551 111 1 Y 1 p GLY 552 ? A GLY 552 112 1 Y 1 p ARG 553 ? A ARG 553 113 1 Y 1 p LYS 554 ? A LYS 554 114 1 Y 1 p GLY 555 ? A GLY 555 115 1 Y 1 p GLU 556 ? A GLU 556 116 1 Y 1 p LYS 557 ? A LYS 557 117 1 Y 1 p SER 558 ? A SER 558 118 1 Y 1 p SER 559 ? A SER 559 119 1 Y 1 p ASP 560 ? A ASP 560 120 1 Y 1 p PHE 561 ? A PHE 561 121 1 Y 1 p LYS 562 ? A LYS 562 122 1 Y 1 p HIS 563 ? A HIS 563 123 1 Y 1 D MET 1 ? B MET 1 124 1 Y 1 D ALA 2 ? B ALA 2 125 1 Y 1 D ASP 3 ? B ASP 3 126 1 Y 1 D LEU 4 ? B LEU 4 127 1 Y 1 D PHE 5 ? B PHE 5 128 1 Y 1 D LYS 6 ? B LYS 6 129 1 Y 1 D GLN 7 ? B GLN 7 130 1 Y 1 D PHE 8 ? B PHE 8 131 1 Y 1 D ARG 9 ? B ARG 9 132 1 Y 1 D LEU 10 ? B LEU 10 133 1 Y 1 D GLY 11 ? 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