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O G3 LEU 27 ? ? 1.68 259 1 O F8 LEU 27 ? ? C F9 LYS 42 ? ? 1.68 260 1 O G5 LEU 27 ? ? C G6 LYS 42 ? ? 1.68 261 1 O C5 LEU 27 ? ? C C6 LYS 42 ? ? 1.68 262 1 O B8 LEU 27 ? ? C B9 LYS 42 ? ? 1.68 263 1 O I1 LEU 27 ? ? C I2 LYS 42 ? ? 1.68 264 1 C E7 LYS 42 ? ? O E9 LEU 27 ? ? 1.68 265 1 O G7 LEU 27 ? ? C G8 LYS 42 ? ? 1.68 266 1 C F1 LYS 42 ? ? O F3 LEU 27 ? ? 1.68 267 1 O A4 LEU 27 ? ? C A5 LYS 42 ? ? 1.68 268 1 O D1 LEU 27 ? ? C D2 LYS 42 ? ? 1.68 269 1 O H7 LEU 27 ? ? C H8 LYS 42 ? ? 1.68 270 1 O I5 LEU 27 ? ? C I6 LYS 42 ? ? 1.68 271 1 O C7 LEU 27 ? ? C C8 LYS 42 ? ? 1.68 272 1 O A8 LEU 27 ? ? C A9 LYS 42 ? ? 1.68 273 1 C E4 LYS 42 ? ? O E6 LEU 27 ? ? 1.68 274 1 C H4 LYS 42 ? ? O H6 LEU 27 ? ? 1.68 275 1 O F5 LEU 27 ? ? C F6 LYS 42 ? ? 1.68 276 1 O J1 LEU 27 ? ? C J2 LYS 42 ? ? 1.68 277 1 O E1 LEU 27 ? ? C E2 LYS 42 ? ? 1.68 278 1 O H2 LEU 27 ? ? C H3 LYS 42 ? ? 1.68 279 1 C D4 LYS 42 ? ? O D6 LEU 27 ? ? 1.68 280 1 O D8 LEU 27 ? ? C D9 LYS 42 ? ? 1.68 281 1 O I7 LEU 27 ? ? 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N B9 SER 38 ? ? 2.14 395 1 N E2 SER 38 ? ? O E3 SER 256 ? ? 2.14 396 1 N F1 SER 38 ? ? O F2 SER 256 ? ? 2.14 397 1 N A5 SER 38 ? ? O A6 SER 256 ? ? 2.14 398 1 O A4 PRO 255 ? ? O A6 PHE 35 ? ? 2.16 399 1 O B1 PHE 35 ? ? O B2 PRO 255 ? ? 2.16 400 1 O F4 PHE 35 ? ? O F5 PRO 255 ? ? 2.16 401 1 O G4 PHE 35 ? ? O G5 PRO 255 ? ? 2.16 402 1 O I1 PRO 255 ? ? O I3 PHE 35 ? ? 2.16 403 1 O G2 PHE 35 ? ? O G3 PRO 255 ? ? 2.16 404 1 O D5 PHE 35 ? ? O D6 PRO 255 ? ? 2.16 405 1 O C4 PHE 35 ? ? O C5 PRO 255 ? ? 2.16 406 1 O H1 PHE 35 ? ? O H2 PRO 255 ? ? 2.16 407 1 O B5 PHE 35 ? ? O B6 PRO 255 ? ? 2.16 408 1 O C1 PRO 255 ? ? O C3 PHE 35 ? ? 2.16 409 1 O F2 PHE 35 ? ? O F3 PRO 255 ? ? 2.16 410 1 O A7 PHE 35 ? ? O A8 PRO 255 ? ? 2.16 411 1 O H5 PHE 35 ? ? O H6 PRO 255 ? ? 2.16 412 1 O D7 PHE 35 ? ? O D8 PRO 255 ? ? 2.16 413 1 O I4 PHE 35 ? ? O I5 PRO 255 ? ? 2.16 414 1 O B7 PHE 35 ? ? O B8 PRO 255 ? ? 2.16 415 1 O A2 PHE 35 ? ? O A3 PRO 255 ? ? 2.16 416 1 O G7 PRO 255 ? ? 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? 71.65 41.51 352 1 ARG D1 71 ? ? -104.88 67.95 353 1 SER D1 77 ? ? -107.43 -101.94 354 1 ASP D1 110 ? ? -68.16 92.12 355 1 GLU D1 167 ? ? -63.67 89.63 356 1 ASP D1 170 ? ? -80.22 35.70 357 1 THR D1 220 ? ? -38.26 -70.34 358 1 PRO D1 248 ? ? -81.96 48.51 359 1 ASN D1 327 ? ? -151.27 74.88 360 1 ASN D1 353 ? ? -78.96 41.61 361 1 PHE D1 356 ? ? 67.10 176.44 362 1 PRO D1 357 ? ? -64.61 99.67 363 1 ALA D1 466 ? ? 46.95 -118.15 364 1 ASN D1 470 ? ? 71.61 41.60 365 1 ARG D2 71 ? ? -105.02 68.15 366 1 SER D2 77 ? ? -107.24 -101.88 367 1 ASP D2 110 ? ? -68.10 92.21 368 1 GLU D2 167 ? ? -63.82 89.98 369 1 ASP D2 170 ? ? -80.13 35.61 370 1 THR D2 220 ? ? -38.05 -70.34 371 1 PRO D2 248 ? ? -81.95 48.55 372 1 ASN D2 327 ? ? -151.43 75.01 373 1 ASN D2 353 ? ? -78.97 41.74 374 1 PHE D2 356 ? ? 67.13 176.38 375 1 PRO D2 357 ? ? -64.39 99.75 376 1 ALA D2 466 ? ? 46.97 -118.01 377 1 ASN D2 470 ? ? 71.73 41.60 378 1 ARG D3 71 ? ? -104.91 67.90 379 1 SER D3 77 ? ? -107.64 -101.98 380 1 ASP D3 110 ? ? -68.16 92.24 381 1 GLU D3 167 ? ? -63.73 89.83 382 1 ASP D3 170 ? ? -80.00 35.54 383 1 THR D3 220 ? ? -38.02 -70.38 384 1 PRO D3 248 ? ? -81.68 48.36 385 1 ASN D3 327 ? ? -151.26 74.73 386 1 ASN D3 353 ? ? -79.09 41.72 387 1 PHE D3 356 ? ? 67.05 176.45 388 1 PRO D3 357 ? ? -64.75 99.79 389 1 ALA D3 466 ? ? 47.02 -118.01 390 1 ASN D3 470 ? ? 71.55 41.59 391 1 ARG D4 71 ? ? -105.15 68.10 392 1 SER D4 77 ? ? -107.25 -101.94 393 1 ASP D4 110 ? ? -68.23 92.25 394 1 GLU D4 167 ? ? -63.83 89.83 395 1 ASP D4 170 ? ? -80.22 35.59 396 1 THR D4 220 ? ? -38.07 -70.30 397 1 PRO D4 248 ? ? -81.89 48.42 398 1 ASN D4 327 ? ? -151.51 74.91 399 1 ASN D4 353 ? ? -79.11 41.90 400 1 PHE D4 356 ? ? 67.07 176.37 401 1 PRO D4 357 ? ? -64.49 99.70 402 1 ALA D4 466 ? ? 46.77 -117.99 403 1 ASN D4 470 ? ? 71.73 41.52 404 1 ARG D5 71 ? ? -104.84 67.82 405 1 SER D5 77 ? ? -107.52 -102.17 406 1 ASP D5 110 ? ? -68.30 92.28 407 1 GLU D5 167 ? ? -63.79 89.80 408 1 ASP D5 170 ? ? -80.06 35.57 409 1 THR D5 220 ? ? -38.09 -70.38 410 1 PRO D5 248 ? ? -82.04 48.44 411 1 ASN D5 327 ? ? -151.40 75.03 412 1 ASN D5 353 ? ? -78.85 41.62 413 1 PHE D5 356 ? ? 66.98 176.38 414 1 PRO D5 357 ? ? -64.33 99.51 415 1 ALA D5 466 ? ? 47.02 -118.19 416 1 ASN D5 470 ? ? 71.55 41.57 417 1 ARG D6 71 ? ? -104.90 67.93 418 1 SER D6 77 ? ? -107.44 -101.91 419 1 ASP D6 110 ? ? -68.23 92.06 420 1 GLU D6 167 ? ? -63.82 89.70 421 1 ASP D6 170 ? ? -80.13 35.58 422 1 THR D6 220 ? ? -38.03 -70.31 423 1 PRO D6 248 ? ? -82.01 48.55 424 1 ASN D6 327 ? ? -151.45 74.99 425 1 ASN D6 353 ? ? -78.86 41.68 426 1 PHE D6 356 ? ? 67.21 176.54 427 1 PRO D6 357 ? ? -64.68 99.68 428 1 ALA D6 466 ? ? 47.02 -118.12 429 1 ASN D6 470 ? ? 71.82 41.46 430 1 ARG D7 71 ? ? -104.85 67.80 431 1 SER D7 77 ? ? -107.35 -101.97 432 1 ASP D7 110 ? ? -68.21 92.20 433 1 GLU D7 167 ? ? -63.83 89.93 434 1 ASP D7 170 ? ? -80.22 35.47 435 1 THR D7 220 ? ? -37.97 -70.40 436 1 PRO D7 248 ? ? -82.10 48.58 437 1 ASN D7 327 ? ? -151.38 75.00 438 1 ASN D7 353 ? ? -79.09 41.68 439 1 PHE D7 356 ? ? 66.76 176.38 440 1 PRO D7 357 ? ? -64.33 99.77 441 1 ALA D7 466 ? 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? -68.09 92.26 472 1 GLU E1 167 ? ? -63.69 89.65 473 1 ASP E1 170 ? ? -80.04 35.57 474 1 THR E1 220 ? ? -38.21 -70.20 475 1 PRO E1 248 ? ? -81.91 48.36 476 1 ASN E1 327 ? ? -151.37 74.82 477 1 ASN E1 353 ? ? -78.95 41.73 478 1 PHE E1 356 ? ? 66.99 176.49 479 1 PRO E1 357 ? ? -64.57 99.67 480 1 ALA E1 466 ? ? 46.83 -117.99 481 1 ASN E1 470 ? ? 71.82 41.45 482 1 ARG E2 71 ? ? -104.95 68.03 483 1 SER E2 77 ? ? -107.33 -101.98 484 1 ASP E2 110 ? ? -68.11 92.14 485 1 GLU E2 167 ? ? -63.75 89.80 486 1 ASP E2 170 ? ? -80.03 35.53 487 1 THR E2 220 ? ? -37.94 -70.29 488 1 PRO E2 248 ? ? -81.84 48.43 489 1 ASN E2 327 ? ? -151.44 74.85 490 1 ASN E2 353 ? ? -79.02 41.90 491 1 PHE E2 356 ? ? 67.02 176.56 492 1 PRO E2 357 ? ? -64.69 99.75 493 1 ALA E2 466 ? ? 47.15 -118.29 494 1 ASN E2 470 ? ? 71.65 41.47 495 1 ARG E3 71 ? ? -105.00 68.02 496 1 SER E3 77 ? ? -107.43 -102.03 497 1 ASP E3 110 ? ? -68.28 92.18 498 1 GLU E3 167 ? ? -63.66 89.89 499 1 ASP E3 170 ? ? -80.04 35.57 500 1 THR E3 220 ? ? -38.24 -70.14 501 1 PRO E3 248 ? 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? 46.94 -118.02 832 1 ASN H1 470 ? ? 71.63 41.56 833 1 ARG H2 71 ? ? -104.92 68.03 834 1 SER H2 77 ? ? -107.33 -102.00 835 1 ASP H2 110 ? ? -68.14 92.24 836 1 GLU H2 167 ? ? -63.67 89.67 837 1 ASP H2 170 ? ? -80.36 35.79 838 1 THR H2 220 ? ? -38.05 -70.44 839 1 PRO H2 248 ? ? -82.10 48.55 840 1 ASN H2 327 ? ? -151.40 75.01 841 1 ASN H2 353 ? ? -79.08 41.93 842 1 PHE H2 356 ? ? 67.11 176.33 843 1 PRO H2 357 ? ? -64.56 99.77 844 1 ALA H2 466 ? ? 46.93 -117.99 845 1 ASN H2 470 ? ? 71.51 41.57 846 1 ARG H3 71 ? ? -104.96 68.12 847 1 SER H3 77 ? ? -107.37 -102.05 848 1 ASP H3 110 ? ? -68.12 92.22 849 1 GLU H3 167 ? ? -63.77 89.84 850 1 ASP H3 170 ? ? -80.18 35.48 851 1 THR H3 220 ? ? -38.11 -70.27 852 1 PRO H3 248 ? ? -81.87 48.36 853 1 ASN H3 327 ? ? -151.38 75.02 854 1 ASN H3 353 ? ? -79.07 41.75 855 1 PHE H3 356 ? ? 66.99 176.36 856 1 PRO H3 357 ? ? -64.53 99.65 857 1 ALA H3 466 ? ? 47.05 -118.12 858 1 ASN H3 470 ? ? 71.75 41.55 859 1 ARG H4 71 ? ? -104.98 67.89 860 1 SER H4 77 ? ? -107.32 -101.78 861 1 ASP H4 110 ? ? -68.22 92.36 862 1 GLU H4 167 ? ? -63.83 89.76 863 1 ASP H4 170 ? ? -80.02 35.63 864 1 THR H4 220 ? ? -38.02 -70.43 865 1 PRO H4 248 ? ? -81.79 48.41 866 1 ASN H4 327 ? ? -151.46 74.88 867 1 ASN H4 353 ? ? -79.05 41.77 868 1 PHE H4 356 ? ? 66.99 176.45 869 1 PRO H4 357 ? ? -64.56 99.75 870 1 ALA H4 466 ? ? 47.06 -118.04 871 1 ASN H4 470 ? ? 71.89 41.32 872 1 ARG H5 71 ? ? -105.10 67.90 873 1 SER H5 77 ? ? -107.54 -101.84 874 1 ASP H5 110 ? ? -68.18 92.23 875 1 GLU H5 167 ? ? -63.81 89.80 876 1 ASP H5 170 ? ? -80.06 35.63 877 1 THR H5 220 ? ? -38.09 -70.23 878 1 PRO H5 248 ? ? -81.89 48.57 879 1 ASN H5 327 ? ? -151.20 74.83 880 1 ASN H5 353 ? ? -78.96 41.61 881 1 PHE H5 356 ? ? 66.97 176.37 882 1 PRO H5 357 ? ? -64.52 99.63 883 1 ALA H5 466 ? ? 46.84 -117.99 884 1 ASN H5 470 ? ? 71.53 41.56 885 1 ARG H6 71 ? ? -104.87 68.01 886 1 SER H6 77 ? ? -107.48 -101.84 887 1 ASP H6 110 ? ? -68.20 92.18 888 1 GLU H6 167 ? ? -63.60 89.75 889 1 ASP H6 170 ? ? -80.17 35.72 890 1 THR H6 220 ? ? -38.07 -70.48 891 1 PRO H6 248 ? 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_em_3d_fitting.target_criteria 'Cross-correlation coefficient' _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 . . . ? ? ? 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RELION 4.0 'MODEL REFINEMENT' ? 14 ? 1 ? ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'The viral sample was concentrated down to 1x10^10 plaque-forming units per ml (PFU ml^-1)' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_virus_natural_host.entity_assembly_id 1 _em_virus_natural_host.id 1 _em_virus_natural_host.ncbi_tax_id 280463 _em_virus_natural_host.organism 'Emiliania huxleyi CCMP1516' _em_virus_natural_host.strain 'CCMP 2090' # loop_ _em_virus_shell.diameter _em_virus_shell.entity_assembly_id _em_virus_shell.id _em_virus_shell.name _em_virus_shell.triangulation ? 1 1 'inner membrane' ? 1990 1 2 capsid 169 2110 1 3 'outer membrane' ? # _em_volume_selection.details ? _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method 'template matching' _em_volume_selection.num_tomograms 131 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 10240 _em_volume_selection.reference_model 'EhV-201 virion vertex reconstruction coming out of localized single particle reconstruction' # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Grant Agency of the Czech Republic' 'Czech Republic' GX19-25982X 1 'European Research Council (ERC)' 'European Union' 101043454 2 # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'in silico model' AlphaFold G9E4T6 2 'in silico model' AlphaFold Q4A2T2 # _atom_sites.entry_id 8RBS _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O # loop_