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EMD-19052 'focused EM volume' EMDB ;CryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication in mTOR, Focused on one protomer copy. ; EMD-19053 'associated EM volume' EMDB ;CryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication in mTOR, Focused region of mTOR and RAPTOR on one protomer copy. ; EMD-19056 'other EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email rlw@mrc-lmb.cam.ac.uk _pdbx_contact_author.name_first 'Roger L.' _pdbx_contact_author.name_last Williams _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-7754-4207 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Anandapadamanaban, M.' 1 0000-0002-4237-0048 'Hay, I.M.' 2 0000-0002-5451-1768 'Perisic, O.' 3 0000-0002-3842-2896 'Williams, R.L.' 4 0000-0001-7754-4207 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title ;CryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication in mTOR, Focused on one protomer copy. ; _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Anandapadamanaban, M.' 1 0000-0002-4237-0048 primary 'Hay, I.M.' 2 0000-0002-5451-1768 primary 'Perisic, O.' 3 0000-0002-3842-2896 primary 'Williams, R.L.' 4 0000-0001-7754-4207 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Serine/threonine-protein kinase mTOR' 289257.969 1 2.7.11.1 ? ? ? 2 polymer man 'Target of rapamycin complex subunit LST8' 35910.090 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'Regulatory-associated protein of mTOR' 149200.016 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1' 12592.968 1 ? ? ? ? 5 non-polymer syn 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' 506.196 1 ? ? ? ? 6 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;FK506-binding protein 12-rapamycin complex-associated protein 1,FKBP12-rapamycin 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_refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0058 ? 27838 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.9863 ? 37763 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0529 ? 4285 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0075 ? 4805 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.6791 ? 3688 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 8RCK _struct.title ;CryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication in mTOR, Focused on one protomer copy. ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8RCK _struct_keywords.text 'Target of Rapamycin, mTOR, Cancer-associated mutants, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP MTOR_HUMAN P42345 ? 1 ;MLGTGPAAATTAATTSSNVSVLQQFASGLKSRNEETRAKAAKELQHYVTMELREMSQEESTRFYDQLNHHIFELVSSSDA NERKGGILAIASLIGVEGGNATRIGRFANYLRNLLPSNDPVVMEMASKAIGRLAMAGDTFTAEYVEFEVKRALEWLGADR NEGRRHAAVLVLRELAISVPTFFFQQVQPFFDNIFVAVWDPKQAIREGAVAALRACLILTTQREPKEMQKPQWYRHTFEE AEKGFDETLAKEKGMNRDDRIHGALLILNELVRISSMEGERLREEMEEITQQQLVHDKYCKDLMGFGTKPRHITPFTSFQ AVQPQQSNALVGLLGYSSHQGLMGFGTSPSPAKSTLVESRCCRDLMEEKFDQVCQWVLKCRNSKNSLIQMTILNLLPRLA AFRPSAFTDTQYLQDTMNHVLSCVKKEKERTAAFQALGLLSVAVRSEFKVYLPRVLDIIRAALPPKDFAHKRQKAMQVDA TVFTCISMLARAMGPGIQQDIKELLEPMLAVGLSPALTAVLYDLSRQIPQLKKDIQDGLLKMLSLVLMHKPLRHPGMPKG LAHQLASPGLTTLPEASDVGSITLALRTLGSFEFEGHSLTQFVRHCADHFLNSEHKEIRMEAARTCSRLLTPSIHLISGH AHVVSQTAVQVVADVLSKLLVVGITDPDPDIRYCVLASLDERFDAHLAQAENLQALFVALNDQVFEIRELAICTVGRLSS MNPAFVMPFLRKMLIQILTELEHSGIGRIKEQSARMLGHLVSNAPRLIRPYMEPILKALILKLKDPDPDPNPGVINNVLA TIGELAQVSGLEMRKWVDELFIIIMDMLQDSSLLAKRQVALWTLGQLVASTGYVVEPYRKYPTLLEVLLNFLKTEQNQGT RREAIRVLGLLGALDPYKHKVNIGMIDQSRDASAVSLSESKSSQDSSDYSTSEMLVNMGNLPLDEFYPAVSMVALMRIFR DQSLSHHHTMVVQAITFIFKSLGLKCVQFLPQVMPTFLNVIRVCDGAIREFLFQQLGMLVSFVKSHIRPYMDEIVTLMRE FWVMNTSIQSTIILLIEQIVVALGGEFKLYLPQLIPHMLRVFMHDNSPGRIVSIKLLAAIQLFGANLDDYLHLLLPPIVK LFDAPEAPLPSRKAALETVDRLTESLDFTDYASRIIHPIVRTLDQSPELRSTAMDTLSSLVFQLGKKYQIFIPMVNKVLV RHRINHQRYDVLICRIVKGYTLADEEEDPLIYQHRMLRSGQGDALASGPVETGPMKKLHVSTINLQKAWGAARRVSKDDW LEWLRRLSLELLKDSSSPSLRSCWALAQAYNPMARDLFNAAFVSCWSELNEDQQDELIRSIELALTSQDIAEVTQTLLNL AEFMEHSDKGPLPLRDDNGIVLLGERAAKCRAYAKALHYKELEFQKGPTPAILESLISINNKLQQPEAAAGVLEYAMKHF GELEIQATWYEKLHEWEDALVAYDKKMDTNKDDPELMLGRMRCLEALGEWGQLHQQCCEKWTLVNDETQAKMARMAAAAA WGLGQWDSMEEYTCMIPRDTHDGAFYRAVLALHQDLFSLAQQCIDKARDLLDAELTAMAGESYSRAYGAMVSCHMLSELE EVIQYKLVPERREIIRQIWWERLQGCQRIVEDWQKILMVRSLVVSPHEDMRTWLKYASLCGKSGRLALAHKTLVLLLGVD PSRQLDHPLPTVHPQVTYAYMKNMWKSARKIDAFQHMQHFVQTMQQQAQHAIATEDQQHKQELHKLMARCFLKLGEWQLN LQGINESTIPKVLQYYSAATEHDRSWYKAWHAWAVMNFEAVLHYKHQNQARDEKKKLRHASGANITNATTAATTAATATT TASTEGSNSESEAESTENSPTPSPLQKKVTEDLSKTLLMYTVPAVQGFFRSISLSRGNNLQDTLRVLTLWFDYGHWPDVN EALVEGVKAIQIDTWLQVIPQLIARIDTPRPLVGRLIHQLLTDIGRYHPQALIYPLTVASKSTTTARHNAANKILKNMCE HSNTLVQQAMMVSEELIRVAILWHEMWHEGLEEASRLYFGERNVKGMFEVLEPLHAMMERGPQTLKETSFNQAYGRDLME AQEWCRKYMKSGNVKDLTQAWDLYYHVFRRISKQLPQLTSLELQYVSPKLLMCRDLELAVPGTYDPNQPIIRIQSIAPSL QVITSKQRPRKLTLMGSNGHEFVFLLKGHEDLRQDERVMQLFGLVNTLLANDPTSLRKNLSIQRYAVIPLSTNSGLIGWV PHCDTLHALIRDYREKKKILLNIEHRIMLRMAPDYDHLTLMQKVEVFEHAVNNTAGDDLAKLLWLKSPSSEVWFDRRTNY TRSLAVMSMVGYILGLGDRHPSNLMLDRLSGKILHIDFGDCFEVAMTREKFPEKIPFRLTRMLTNAMEVTGLDGNYRITC HTVMEVLREHKDSVMAVLEAFVYDPLLNWRLMDTNTKGNKRSRTRTDSYSAGQSVEILDGVELGEPAHKKTGTTVPESIH SFIGDGLVKPEALNKKAIQIINRVRDKLTGRDFSHDDTLDVPTQVELLIKQATSHENLCQCYIGWCPFW ; 1 2 UNP LST8_HUMAN Q9BVC4 ? 2 ;MNTSPGTVGSDPVILATAGYDHTVRFWQAHSGICTRTVQHQDSQVNALEVTPDRSMIAAAGYQHIRMYDLNSNNPNPIIS YDGVNKNIASVGFHEDGRWMYTGGEDCTARIWDLRSRNLQCQRIFQVNAPINCVCLHPNQAELIVGDQSGAIHIWDLKTD HNEQLIPEPEVSITSAHIDPDASYMAAVNSTGNCYVWNLTGGIGDEVTQLIPKTKIPAHTRYALQCRFSPDSTLLATCSA DQTCKIWRTSNFSLMTELSIKSGNPGESSRGWMWGCAFSGDSQYIVTASSDNLARLWCVETGEIKREYGGHQKAVVCLAF NDSVLG ; 1 3 UNP RPTOR_HUMAN Q8N122 ? 3 ;MESEMLQSPLLGLGEEDEADLTDWNLPLAFMKKRHCEKIEGSKSLAQSWRMKDRMKTVSVALVLCLNVGVDPPDVVKTTP CARLECWIDPLSMGPQKALETIGANLQKQYENWQPRARYKQSLDPTVDEVKKLCTSLRRNAKEERVLFHYNGHGVPRPTV NGEVWVFNKNYTQYIPLSIYDLQTWMGSPSIFVYDCSNAGLIVKSFKQFALQREQELEVAAINPNHPLAQMPLPPSMKNC IQLAACEATELLPMIPDLPADLFTSCLTTPIKIALRWFCMQKCVSLVPGVTLDLIEKIPGRLNDRRTPLGELNWIFTAIT DTIAWNVLPRDLFQKLFRQDLLVASLFRNFLLAERIMRSYNCTPVSSPRLPPTYMHAMWQAWDLAVDICLSQLPTIIEEG TAFRHSPFFAEQLTAFQVWLTMGVENRNPPEQLPIVLQVLLSQVHRLRALDLLGRFLDLGPWAVSLALSVGIFPYVLKLL QSSARELRPLLVFIWAKILAVDSSCQADLVKDNGHKYFLSVLADPYMPAEHRTMTAFILAVIVNSYHTGQEACLQGNLIA ICLEQLNDPHPLLRQWVAICLGRIWQNFDSARWCGVRDSAHEKLYSLLSDPIPEVRCAAVFALGTFVGNSAERTDHSTTI DHNVAMMLAQLVSDGSPMVRKELVVALSHLVVQYESNFCTVALQFIEEEKNYALPSPATTEGGSLTPVRDSPCTPRLRSV SSYGNIRAVATARSLNKSLQNLSLTEESGGAVAFSPGNLSTSSSASSTLGSPENEEHILSFETIDKMRRASSYSSLNSLI GVSFNSVYTQIWRVLLHLAADPYPEVSDVAMKVLNSIAYKATVNARPQRVLDTSSLTQSAPASPTNKGVHIHQAGGSPPA SSTSSSSLTNDVAKQPVSRDLPSGRPGTTGPAGAQYTPHSHQFPRTRKMFDKGPEQTADDADDAAGHKSFISATVQTGFC DWSARYFAQPVMKIPEEHDLESQIRKEREWRFLRNSRVRRQAQQVIQKGITRLDDQIFLNRNPGVPSVVKFHPFTPCIAV ADKDSICFWDWEKGEKLDYFHNGNPRYTRVTAMEYLNGQDCSLLLTATDDGAIRVWKNFADLEKNPEMVTAWQGLSDMLP TTRGAGMVVDWEQETGLLMSSGDVRIVRIWDTDREMKVQDIPTGADSCVTSLSCDSHRSLIVAGLGDGSIRVYDRRMALS ECRVMTYREHTAWVVKASLQKRPDGHIVSVSVNGDVRIFDPRMPESVNVLQIVKGLTALDIHPQADLIACGSVNQFTAIY NSSGELINNIKYYDGFMGQRVGAISCLAFHPHWPHLAVGSNDYYISVYSVEKRVR ; 1 4 UNP 4EBP1_HUMAN Q13541 ? 4 ;MSGGSSCSQTPSRAIPATRRVVLGDGVQLPPGDYSTTPGGTLFSTTPGGTRIIYDRKFLMECRNSPVTKTPPRDLPTIPG VTSPSSDEPPMEASQSHLRNSPEDKRAGGEESQFEMDI ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8RCK B 1 ? 2549 ? P42345 1 ? 2549 ? 1 2549 2 2 8RCK E 1 ? 326 ? Q9BVC4 1 ? 326 ? 1 326 3 3 8RCK Y 1 ? 1335 ? Q8N122 1 ? 1335 ? 1 1335 4 4 8RCK X 1 ? 118 ? Q13541 1 ? 118 ? 1 118 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 61 ? LEU A 74 ? THR B 61 LEU B 74 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 83 ? SER A 92 ? ARG B 83 SER B 92 1 ? 10 HELX_P HELX_P3 AA3 ARG A 106 ? LEU A 115 ? ARG B 106 LEU B 115 1 ? 10 HELX_P HELX_P4 AA4 VAL A 121 ? MET A 135 ? VAL B 121 MET B 135 1 ? 15 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP A 138 ? TRP A 155 ? ASP B 138 TRP B 155 1 ? 18 HELX_P HELX_P6 AA6 HIS A 166 ? VAL A 179 ? HIS B 166 VAL B 179 1 ? 14 HELX_P HELX_P7 AA7 VAL A 179 ? PHE A 184 ? VAL B 179 PHE B 184 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 GLN A 186 ? VAL A 198 ? GLN B 186 VAL B 198 1 ? 13 HELX_P HELX_P9 AA9 GLN A 203 ? ALA A 212 ? GLN B 203 ALA B 212 1 ? 10 HELX_P HELX_P10 AB1 LEU A 213 ? ILE A 218 ? LEU B 213 ILE B 218 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 LEU A 219 ? ARG A 223 ? LEU B 219 ARG B 223 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 TYR A 234 ? PHE A 245 ? TYR B 234 PHE B 245 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 AB4 HIS A 262 ? ILE A 274 ? HIS B 262 ILE B 274 1 ? 13 HELX_P HELX_P14 AB5 MET A 277 ? GLU A 287 ? MET B 277 GLU B 287 1 ? 11 HELX_P HELX_P15 AB6 LEU A 387 ? ARG A 403 ? LEU B 387 ARG B 403 1 ? 17 HELX_P HELX_P16 AB7 GLN A 411 ? CYS A 423 ? GLN B 411 CYS B 423 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 GLN A 435 ? VAL A 444 ? GLN B 435 VAL B 444 1 ? 10 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU A 447 ? ARG A 454 ? GLU B 447 ARG B 454 5 ? 8 HELX_P HELX_P19 AC1 VAL A 455 ? ARG A 460 ? VAL B 455 ARG B 460 1 ? 6 HELX_P HELX_P20 AC2 ALA A 461 ? LEU A 463 ? ALA B 461 LEU B 463 5 ? 3 HELX_P HELX_P21 AC3 PHE A 483 ? MET A 488 ? PHE B 483 MET B 488 1 ? 6 HELX_P HELX_P22 AC4 LEU A 489 ? ARG A 491 ? LEU B 489 ARG B 491 5 ? 3 HELX_P HELX_P23 AC5 GLN A 498 ? ALA A 510 ? GLN B 498 ALA B 510 1 ? 13 HELX_P HELX_P24 AC6 SER A 514 ? ILE A 528 ? SER B 514 ILE B 528 1 ? 15 HELX_P HELX_P25 AC7 LEU A 531 ? HIS A 549 ? LEU B 531 HIS B 549 1 ? 19 HELX_P HELX_P26 AC8 VAL A 579 ? PHE A 592 ? VAL B 579 PHE B 592 1 ? 14 HELX_P HELX_P27 AC9 THR A 600 ? ASN A 612 ? THR B 600 ASN B 612 1 ? 13 HELX_P HELX_P28 AD1 HIS A 615 ? THR A 631 ? HIS B 615 THR B 631 1 ? 17 HELX_P HELX_P29 AD2 SER A 645 ? ASP A 666 ? 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SER Y 982 LYS Y 1008 1 ? 27 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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B ANP 3000 B MG 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OE1 ? A GLN 2167 ? B GLN 2167 ? 1_555 MG ? F MG . ? B MG 3001 ? 1_555 O1G ? E ANP . ? B ANP 3000 ? 1_555 91.1 ? 2 OE1 ? A GLN 2167 ? B GLN 2167 ? 1_555 MG ? F MG . ? B MG 3001 ? 1_555 O2B ? E ANP . ? B ANP 3000 ? 1_555 158.5 ? 3 O1G ? E ANP . ? B ANP 3000 ? 1_555 MG ? F MG . ? B MG 3001 ? 1_555 O2B ? E ANP . ? B ANP 3000 ? 1_555 71.0 ? 4 OE1 ? A GLN 2167 ? B GLN 2167 ? 1_555 MG ? F MG . ? B MG 3001 ? 1_555 O1A ? E ANP . ? B ANP 3000 ? 1_555 93.0 ? 5 O1G ? E ANP . ? B ANP 3000 ? 1_555 MG ? F MG . ? B MG 3001 ? 1_555 O1A ? E ANP . ? B ANP 3000 ? 1_555 83.6 ? 6 O2B ? E ANP . ? B ANP 3000 ? 1_555 MG ? F MG . ? B MG 3001 ? 1_555 O1A ? E ANP . ? B ANP 3000 ? 1_555 73.6 ? 7 OE2 ? A GLU 2190 ? B GLU 2190 ? 1_555 MG ? G MG . ? B MG 3002 ? 1_555 O2A ? E ANP . ? B ANP 3000 ? 1_555 141.3 ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PRO 120 A . ? PRO 120 B VAL 121 A ? VAL 121 B 1 3.39 2 ARG 164 A . ? ARG 164 B ARG 165 A ? ARG 165 B 1 -16.82 3 PRO 1088 A . ? PRO 1088 B GLY 1089 A ? GLY 1089 B 1 -2.62 4 ARG 1375 A . ? ARG 1375 B ASP 1376 A ? ASP 1376 B 1 0.90 5 CYS 2133 A . ? CYS 2133 B ARG 2134 A ? ARG 2134 B 1 4.58 6 PRO 2372 A . ? PRO 2372 B GLU 2373 A ? GLU 2373 B 1 18.96 7 GLU 105 B . ? GLU 105 E ASP 106 B ? ASP 106 E 1 -1.23 8 MET 185 B . ? MET 185 E ALA 186 B ? ALA 186 E 1 19.95 9 THR 208 B . ? THR 208 E GLN 209 B ? GLN 209 E 1 5.78 10 TYR 222 B . ? TYR 222 E ALA 223 B ? ALA 223 E 1 24.64 11 ILE 304 B . ? ILE 304 E LYS 305 B ? LYS 305 E 1 6.94 12 GLN 47 C . ? GLN 47 Y SER 48 C ? SER 48 Y 1 -6.35 13 LYS 77 C . ? LYS 77 Y THR 78 C ? THR 78 Y 1 2.66 14 SER 367 C . ? SER 367 Y PRO 368 C ? PRO 368 Y 1 -2.24 15 MET 1205 C . ? MET 1205 Y THR 1206 C ? THR 1206 Y 1 16.03 16 LYS 1254 C . ? LYS 1254 Y GLY 1255 C ? GLY 1255 Y 1 -2.11 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 6 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? parallel AB2 3 4 ? parallel AB2 4 5 ? parallel AB2 5 6 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 SER A 2120 ? GLU A 2122 ? SER B 2120 GLU B 2122 AA1 2 SER A 2159 ? VAL A 2162 ? SER B 2159 VAL B 2162 AA1 3 ARG A 2170 ? GLY A 2176 ? ARG B 2170 GLY B 2176 AA1 4 ILE A 2153 ? ILE A 2156 ? ILE B 2153 ILE B 2156 AA2 1 SER A 2120 ? GLU A 2122 ? SER B 2120 GLU B 2122 AA2 2 SER A 2159 ? VAL A 2162 ? SER B 2159 VAL B 2162 AA2 3 ARG A 2170 ? GLY A 2176 ? ARG B 2170 GLY B 2176 AA2 4 GLU A 2181 ? GLY A 2188 ? GLU B 2181 GLY B 2188 AA2 5 SER A 2234 ? GLY A 2238 ? SER B 2234 GLY B 2238 AA2 6 VAL A 2227 ? SER A 2231 ? VAL B 2227 SER B 2231 AA3 1 CYS A 2243 ? THR A 2245 ? CYS B 2243 THR B 2245 AA3 2 LEU A 2344 ? ASP A 2347 ? LEU B 2344 ASP B 2347 AA3 3 ILE A 2353 ? HIS A 2355 ? ILE B 2353 HIS B 2355 AA4 1 CYS B 34 ? GLN B 39 ? CYS E 34 GLN E 39 AA4 2 THR B 23 ? GLN B 28 ? THR E 23 GLN E 28 AA4 3 ILE B 14 ? GLY B 19 ? ILE E 14 GLY E 19 AA4 4 VAL B 315 ? PHE B 320 ? VAL E 315 PHE E 320 AA5 1 ALA B 47 ? VAL B 50 ? ALA E 47 VAL E 50 AA5 2 MET B 56 ? ALA B 60 ? MET E 56 ALA E 60 AA5 3 TYR B 62 ? ASP B 69 ? TYR E 62 ASP E 69 AA5 4 TYR B 81 ? ASN B 87 ? TYR E 81 ASN E 87 AA6 1 VAL B 91 ? PHE B 93 ? VAL E 91 PHE E 93 AA6 2 TRP B 99 ? THR B 102 ? TRP E 99 THR E 102 AA6 3 THR B 108 ? ASP B 113 ? THR E 108 ASP E 113 AA6 4 ARG B 123 ? GLN B 126 ? ARG E 123 GLN E 126 AA7 1 ILE B 131 ? LEU B 136 ? ILE E 131 LEU E 136 AA7 2 GLU B 142 ? ASP B 147 ? GLU E 142 ASP E 147 AA7 3 ILE B 152 ? ASP B 156 ? ILE E 152 ASP E 156 AA7 4 ASN B 162 ? LEU B 165 ? ASN E 162 LEU E 165 AA8 1 ILE B 173 ? ALA B 176 ? ILE E 173 ALA E 176 AA8 2 ALA B 187 ? ASN B 189 ? ALA E 187 ASN E 189 AA8 3 ASN B 193 ? LEU B 199 ? ASN E 193 LEU E 199 AA8 4 LEU B 210 ? PRO B 217 ? LEU E 210 PRO E 217 AA9 1 GLN B 225 ? PHE B 228 ? GLN E 225 PHE E 228 AA9 2 LEU B 234 ? CYS B 238 ? LEU E 234 CYS E 238 AA9 3 THR B 243 ? ARG B 248 ? THR E 243 ARG E 248 AA9 4 LEU B 254 ? SER B 259 ? LEU E 254 SER E 259 AB1 1 CYS B 276 ? SER B 279 ? CYS E 276 SER E 279 AB1 2 TYR B 284 ? THR B 287 ? TYR E 284 THR E 287 AB1 3 ALA B 294 ? CYS B 298 ? ALA E 294 CYS E 298 AB1 4 ARG B 306 ? TYR B 308 ? ARG E 306 TYR E 308 AB2 1 ARG C 118 ? LEU C 123 ? ARG Y 118 LEU Y 123 AB2 2 THR C 57 ? LEU C 64 ? THR Y 57 LEU Y 64 AB2 3 ARG C 145 ? TYR C 150 ? ARG Y 145 TYR Y 150 AB2 4 SER C 190 ? TYR C 194 ? SER Y 190 TYR Y 194 AB2 5 CYS C 240 ? ALA C 244 ? CYS Y 240 ALA Y 244 AB2 6 VAL C 365 ? SER C 367 ? VAL Y 365 SER Y 367 AB3 1 ASP C 1015 ? ARG C 1021 ? ASP Y 1015 ARG Y 1021 AB3 2 TYR C 1324 ? SER C 1329 ? TYR Y 1324 SER Y 1329 AB3 3 LEU C 1316 ? SER C 1320 ? LEU Y 1316 SER Y 1320 AB3 4 ILE C 1304 ? PHE C 1309 ? ILE Y 1304 PHE Y 1309 AB4 1 VAL C 1028 ? PHE C 1031 ? VAL Y 1028 PHE Y 1031 AB4 2 CYS C 1037 ? ALA C 1041 ? CYS Y 1037 ALA Y 1041 AB4 3 SER C 1045 ? ASP C 1050 ? SER Y 1045 ASP Y 1050 AB4 4 LYS C 1056 ? HIS C 1061 ? LYS Y 1056 HIS Y 1061 AB5 1 VAL C 1070 ? TYR C 1075 ? VAL Y 1070 TYR Y 1075 AB5 2 LEU C 1084 ? THR C 1088 ? LEU Y 1084 THR Y 1088 AB5 3 ALA C 1092 ? TRP C 1096 ? ALA Y 1092 TRP Y 1096 AB5 4 MET C 1108 ? GLN C 1113 ? MET Y 1108 GLN Y 1113 AB6 1 MET C 1127 ? GLU C 1132 ? MET Y 1127 GLU Y 1132 AB6 2 LEU C 1137 ? GLY C 1142 ? LEU Y 1137 GLY Y 1142 AB6 3 VAL C 1147 ? ASP C 1151 ? VAL Y 1147 ASP Y 1151 AB6 4 LYS C 1157 ? ILE C 1161 ? LYS Y 1157 ILE Y 1161 AB7 1 SER C 1173 ? ASP C 1175 ? SER Y 1173 ASP Y 1175 AB7 2 LEU C 1180 ? VAL C 1182 ? LEU Y 1180 VAL Y 1182 AB7 3 VAL C 1192 ? ASP C 1194 ? VAL Y 1192 ASP Y 1194 AB8 1 SER C 1218 ? LEU C 1219 ? SER Y 1218 LEU Y 1219 AB8 2 ILE C 1227 ? VAL C 1230 ? ILE Y 1227 VAL Y 1230 AB8 3 VAL C 1236 ? PHE C 1239 ? VAL Y 1236 PHE Y 1239 AB8 4 SER C 1246 ? VAL C 1249 ? SER Y 1246 VAL Y 1249 AB9 1 LEU C 1267 ? ILE C 1268 ? LEU Y 1267 ILE Y 1268 AB9 2 TYR C 1280 ? ASN C 1281 ? TYR Y 1280 ASN Y 1281 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N LEU A 2121 ? N LEU B 2121 O LEU A 2160 ? O LEU B 2160 AA1 2 3 N GLN A 2161 ? N GLN B 2161 O LYS A 2171 ? O LYS B 2171 AA1 3 4 O MET A 2175 ? O MET B 2175 N GLN A 2154 ? N GLN B 2154 AA2 1 2 N LEU A 2121 ? N LEU B 2121 O LEU A 2160 ? O LEU B 2160 AA2 2 3 N GLN A 2161 ? N GLN B 2161 O LYS A 2171 ? O LYS B 2171 AA2 3 4 N ARG A 2170 ? N ARG B 2170 O LEU A 2186 ? O LEU B 2186 AA2 4 5 N LYS A 2187 ? N LYS B 2187 O GLY A 2235 ? O GLY B 2235 AA2 5 6 O LEU A 2236 ? O LEU B 2236 N ILE A 2228 ? N ILE B 2228 AA3 1 2 N ASP A 2244 ? N ASP B 2244 O LEU A 2346 ? O LEU B 2346 AA3 2 3 N MET A 2345 ? N MET B 2345 O LEU A 2354 ? O LEU B 2354 AA4 1 2 O ARG B 36 ? O ARG E 36 N PHE B 26 ? N PHE E 26 AA4 2 3 O TRP B 27 ? O TRP E 27 N LEU B 15 ? N LEU E 15 AA4 3 4 N ALA B 16 ? N ALA E 16 O ALA B 319 ? O ALA E 319 AA5 1 2 N GLU B 49 ? N GLU E 49 O ALA B 58 ? O ALA E 58 AA5 2 3 N ALA B 59 ? N ALA E 59 O ARG B 66 ? O ARG E 66 AA5 3 4 N ILE B 65 ? N ILE E 65 O TYR B 81 ? O TYR E 81 AA6 1 2 N GLY B 92 ? N GLY E 92 O TYR B 101 ? O TYR E 101 AA6 2 3 N THR B 102 ? N THR E 102 O ARG B 110 ? O ARG E 110 AA6 3 4 N ALA B 109 ? N ALA E 109 O PHE B 125 ? O PHE E 125 AA7 1 2 N CYS B 135 ? N CYS E 135 O ILE B 144 ? O ILE E 144 AA7 2 3 N VAL B 145 ? N VAL E 145 O HIS B 153 ? O HIS E 153 AA7 3 4 N ILE B 152 ? N ILE E 152 O LEU B 165 ? O LEU E 165 AA8 1 2 N SER B 175 ? N SER E 175 O VAL B 188 ? O VAL E 188 AA8 2 3 N ALA B 187 ? N ALA E 187 O TYR B 195 ? O TYR E 195 AA8 3 4 N ASN B 198 ? N ASN E 198 O ILE B 211 ? O ILE E 211 AA9 1 2 N ARG B 227 ? N ARG E 227 O ALA B 236 ? O ALA E 236 AA9 2 3 N LEU B 235 ? N LEU E 235 O TRP B 247 ? O TRP E 247 AA9 3 4 N CYS B 244 ? N CYS E 244 O LEU B 258 ? O LEU E 258 AB1 1 2 N ALA B 277 ? N ALA E 277 O VAL B 286 ? O VAL E 286 AB1 2 3 N THR B 287 ? N THR E 287 O ARG B 295 ? O ARG E 295 AB1 3 4 N ALA B 294 ? N ALA E 294 O TYR B 308 ? O TYR E 308 AB2 1 2 O ARG C 118 ? O ARG Y 118 N VAL C 60 ? N VAL Y 60 AB2 2 3 N ALA C 61 ? N ALA Y 61 O LEU C 147 ? O LEU Y 147 AB2 3 4 N PHE C 148 ? N PHE Y 148 O ILE C 191 ? O ILE Y 191 AB2 4 5 N PHE C 192 ? N PHE Y 192 O ILE C 241 ? O ILE Y 241 AB2 5 6 N ALA C 244 ? N ALA Y 244 O VAL C 365 ? O VAL Y 365 AB3 1 2 N ASP C 1015 ? N ASP Y 1015 O SER C 1329 ? O SER Y 1329 AB3 2 3 O TYR C 1324 ? O TYR Y 1324 N SER C 1320 ? N SER Y 1320 AB3 3 4 O GLY C 1319 ? O GLY Y 1319 N SER C 1305 ? N SER Y 1305 AB4 1 2 N LYS C 1030 ? N LYS Y 1030 O ALA C 1039 ? O ALA Y 1039 AB4 2 3 N VAL C 1040 ? N VAL Y 1040 O CYS C 1047 ? O CYS Y 1047 AB4 3 4 N ILE C 1046 ? N ILE Y 1046 O PHE C 1060 ? O PHE Y 1060 AB5 1 2 N GLU C 1074 ? N GLU Y 1074 O LEU C 1085 ? O LEU Y 1085 AB5 2 3 N LEU C 1084 ? N LEU Y 1084 O TRP C 1096 ? O TRP Y 1096 AB5 3 4 N VAL C 1095 ? N VAL Y 1095 O VAL C 1109 ? O VAL Y 1109 AB6 1 2 N GLU C 1132 ? N GLU Y 1132 O LEU C 1137 ? O LEU Y 1137 AB6 2 3 N LEU C 1138 ? N LEU Y 1138 O TRP C 1150 ? O TRP Y 1150 AB6 3 4 N VAL C 1147 ? N VAL Y 1147 O ILE C 1161 ? O ILE Y 1161 AB7 1 2 N SER C 1173 ? N SER Y 1173 O VAL C 1182 ? O VAL Y 1182 AB7 2 3 N ILE C 1181 ? N ILE Y 1181 O TYR C 1193 ? O TYR Y 1193 AB8 1 2 N SER C 1218 ? N SER Y 1218 O VAL C 1228 ? O VAL Y 1228 AB8 2 3 N ILE C 1227 ? N ILE Y 1227 O PHE C 1239 ? O PHE Y 1239 AB8 3 4 N ILE C 1238 ? N ILE Y 1238 O VAL C 1247 ? O VAL Y 1247 AB9 1 2 N ILE C 1268 ? N ILE Y 1268 O TYR C 1280 ? O TYR Y 1280 # _pdbx_entry_details.entry_id 8RCK _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.has_protein_modification ? # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 C B ARG 164 ? ? N B ARG 165 ? ? CA B ARG 165 ? ? 147.50 121.70 25.80 2.50 Y 2 1 C B CYS 2133 ? ? N B ARG 2134 ? ? CA B ARG 2134 ? ? 143.67 121.70 21.97 2.50 Y 3 1 C B PRO 2372 ? ? N B GLU 2373 ? ? CA B GLU 2373 ? ? 139.79 121.70 18.09 2.50 Y 4 1 C Y MET 1205 ? ? N Y THR 1206 ? ? CA Y THR 1206 ? ? 138.44 121.70 16.74 2.50 Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ASN B 118 ? ? -166.28 109.02 2 1 ARG B 165 ? ? -179.28 -23.27 3 1 GLN B 203 ? ? 67.52 -1.66 4 1 LEU B 217 ? ? -92.80 -63.68 5 1 GLU B 287 ? ? -85.96 47.85 6 1 ARG B 403 ? ? -150.25 64.65 7 1 PHE B 434 ? ? -69.23 71.52 8 1 VAL B 444 ? ? -139.08 -47.51 9 1 THR B 481 ? ? -114.98 -94.49 10 1 VAL B 482 ? ? 54.37 -56.79 11 1 THR B 600 ? ? -120.61 -71.51 12 1 ALA B 685 ? ? 71.74 -10.83 13 1 ASN B 722 ? ? -150.04 76.95 14 1 VAL B 726 ? ? -124.04 -62.93 15 1 ALA B 835 ? ? -82.40 49.84 16 1 ARG B 837 ? ? -82.81 48.72 17 1 THR B 874 ? ? -123.92 -54.36 18 1 LYS B 1024 ? ? 52.12 -123.84 19 1 ARG B 1028 ? ? -15.73 -72.53 20 1 ARG B 1090 ? ? -145.61 25.26 21 1 ASP B 1123 ? ? -91.20 33.63 22 1 ALA B 1271 ? ? -82.40 46.81 23 1 VAL B 1275 ? ? -121.19 -57.60 24 1 ASN B 1311 ? ? 33.74 -84.19 25 1 ASN B 1378 ? ? 55.10 19.96 26 1 ASP B 1572 ? ? 23.03 -92.56 27 1 SER B 1663 ? ? 46.40 -140.88 28 1 ARG B 1665 ? ? -177.37 136.55 29 1 ALA B 1667 ? ? -152.69 -26.51 30 1 ASP B 1736 ? ? -147.59 14.75 31 1 ALA B 1944 ? ? 86.89 9.19 32 1 SER B 2127 ? ? -156.96 69.60 33 1 ARG B 2134 ? ? 97.16 132.28 34 1 GLU B 2137 ? ? 58.97 18.39 35 1 SER B 2165 ? ? -162.26 -164.05 36 1 ASN B 2219 ? ? -69.52 82.57 37 1 ASP B 2274 ? ? -157.36 13.46 38 1 ASP B 2357 ? ? -150.61 82.17 39 1 GLU B 2363 ? ? -66.58 10.08 40 1 PHE B 2371 ? ? 59.13 75.32 41 1 GLU B 2373 ? ? 72.70 59.56 42 1 ASN B 2435 ? ? -126.81 -159.03 43 1 CYS B 2546 ? ? -44.76 107.17 44 1 ILE E 79 ? ? -144.25 39.43 45 1 VAL E 84 ? ? 70.39 -55.00 46 1 ASN E 85 ? ? 76.89 -13.27 47 1 LYS E 86 ? ? -129.94 -79.54 48 1 CYS E 107 ? ? -67.81 65.25 49 1 GLU E 168 ? ? -151.62 77.63 50 1 MET E 185 ? ? -76.74 -167.00 51 1 THR E 191 ? ? -118.90 56.97 52 1 ARG E 221 ? ? 70.24 -10.05 53 1 TYR E 222 ? ? -131.68 -132.32 54 1 ASN E 251 ? ? -151.69 -0.64 55 1 ASN E 292 ? ? 80.59 43.43 56 1 THR Y 126 ? ? -100.38 -92.02 57 1 VAL Y 127 ? ? -122.84 -65.00 58 1 ASN Y 151 ? ? -81.31 -70.50 59 1 MET Y 186 ? ? -106.36 78.08 60 1 ILE Y 271 ? ? -87.33 -145.07 61 1 LYS Y 272 ? ? 54.79 -94.14 62 1 ARG Y 338 ? ? -131.42 -33.92 63 1 MET Y 422 ? ? -155.81 86.62 64 1 GLN Y 586 ? ? -103.70 -74.54 65 1 THR Y 634 ? ? 46.43 -86.27 66 1 ASP Y 635 ? ? 47.79 -136.79 67 1 ASP Y 1042 ? ? -104.89 -168.18 68 1 GLN Y 1079 ? ? -132.65 -50.95 69 1 CYS Y 1081 ? ? -106.69 41.91 70 1 ASP Y 1101 ? ? -141.71 50.10 71 1 ASN Y 1105 ? ? -165.19 101.32 72 1 GLU Y 1107 ? ? 42.08 71.47 73 1 ALA Y 1111 ? ? -151.77 65.72 74 1 GLU Y 1201 ? ? -174.97 120.35 75 1 MET Y 1205 ? ? -96.95 -147.47 76 1 HIS Y 1312 ? ? 74.31 -22.75 77 1 TYR Y 1323 ? ? 70.12 44.35 # loop_ _pdbx_validate_peptide_omega.id _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_model_num _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.omega 1 1 ILE B 104 ? ? GLY B 105 ? ? -149.07 2 1 ARG B 165 ? ? HIS B 166 ? ? -134.86 3 1 GLU B 287 ? ? GLU B 288 ? ? 145.27 4 1 VAL B 444 ? ? ARG B 445 ? ? -146.60 5 1 ILE B 459 ? ? ARG B 460 ? ? -148.50 6 1 ALA B 835 ? ? LYS B 836 ? ? 140.96 7 1 ARG B 837 ? ? GLN B 838 ? ? 137.98 8 1 ASN B 937 ? ? MET B 938 ? ? -149.09 9 1 ALA B 1271 ? ? ALA B 1272 ? ? 144.35 10 1 GLY B 1522 ? ? LEU B 1523 ? ? -144.05 11 1 GLY B 1580 ? ? GLU B 1581 ? ? 149.88 12 1 ILE B 1939 ? ? PRO B 1940 ? ? 147.01 13 1 ASP E 113 ? ? LEU E 114 ? ? -149.51 14 1 THR E 191 ? ? GLY E 192 ? ? 146.37 15 1 ASN E 292 ? ? LEU E 293 ? ? 142.65 16 1 TRP Y 24 ? ? ASN Y 25 ? ? 146.79 17 1 ALA Y 591 ? ? ARG Y 592 ? ? 138.33 18 1 ASN Y 1098 ? ? PHE Y 1099 ? ? 141.66 19 1 SER Y 1171 ? ? LEU Y 1172 ? ? 74.21 20 1 ALA Y 1183 ? ? GLY Y 1184 ? ? 142.10 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8RCK _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria 'cross-correlation coefficient' _em_3d_fitting.details ;Initial local fitting was done in Coot and Chimera and then subjected to ROSETTA for model rebuilding. Finally, in Phenix real-space refine was performed for the final model ; _em_3d_fitting.overall_b_value 116.5 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_reconstruction.entry_id 8RCK _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ;This map is a focussed classification with signal subtraction of one protomer of mTORC1 dimer variant. The final reconstruction of the protomer yielded a resolution of 3.4 Angstrom. ; _em_3d_reconstruction.resolution 3.4 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 177138 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 2 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'mTORC1 complex is a dimer of a heterotrimeric complex including mTOR, RAPTOR and mLST8' _em_entity_assembly.details ;This paediatric kidney cancer-associated mTORC1 variant consists of mTOR 1455-EWED-1458 duplication, RAPTOR and mLST8 complex and its bound to a substrate 4EBP1. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4' # _em_imaging.entry_id 8RCK _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 1200 _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? # _em_vitrification.entry_id 8RCK _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8RCK _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 B MET 1 ? 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