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_refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0055 ? 15328 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.9476 ? 20787 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0475 ? 2354 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0075 ? 2627 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.0398 ? 2017 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 8RCN _struct.title ;CryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication in mTOR, Focused region of mTOR and RAPTOR on one protomer copy. ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8RCN _struct_keywords.text 'Target of Rapamycin, mTOR, Cancer-associated mutants, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 5 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP MTOR_HUMAN P42345 ? 1 ;MLGTGPAAATTAATTSSNVSVLQQFASGLKSRNEETRAKAAKELQHYVTMELREMSQEESTRFYDQLNHHIFELVSSSDA NERKGGILAIASLIGVEGGNATRIGRFANYLRNLLPSNDPVVMEMASKAIGRLAMAGDTFTAEYVEFEVKRALEWLGADR NEGRRHAAVLVLRELAISVPTFFFQQVQPFFDNIFVAVWDPKQAIREGAVAALRACLILTTQREPKEMQKPQWYRHTFEE AEKGFDETLAKEKGMNRDDRIHGALLILNELVRISSMEGERLREEMEEITQQQLVHDKYCKDLMGFGTKPRHITPFTSFQ AVQPQQSNALVGLLGYSSHQGLMGFGTSPSPAKSTLVESRCCRDLMEEKFDQVCQWVLKCRNSKNSLIQMTILNLLPRLA AFRPSAFTDTQYLQDTMNHVLSCVKKEKERTAAFQALGLLSVAVRSEFKVYLPRVLDIIRAALPPKDFAHKRQKAMQVDA TVFTCISMLARAMGPGIQQDIKELLEPMLAVGLSPALTAVLYDLSRQIPQLKKDIQDGLLKMLSLVLMHKPLRHPGMPKG LAHQLASPGLTTLPEASDVGSITLALRTLGSFEFEGHSLTQFVRHCADHFLNSEHKEIRMEAARTCSRLLTPSIHLISGH AHVVSQTAVQVVADVLSKLLVVGITDPDPDIRYCVLASLDERFDAHLAQAENLQALFVALNDQVFEIRELAICTVGRLSS MNPAFVMPFLRKMLIQILTELEHSGIGRIKEQSARMLGHLVSNAPRLIRPYMEPILKALILKLKDPDPDPNPGVINNVLA TIGELAQVSGLEMRKWVDELFIIIMDMLQDSSLLAKRQVALWTLGQLVASTGYVVEPYRKYPTLLEVLLNFLKTEQNQGT RREAIRVLGLLGALDPYKHKVNIGMIDQSRDASAVSLSESKSSQDSSDYSTSEMLVNMGNLPLDEFYPAVSMVALMRIFR DQSLSHHHTMVVQAITFIFKSLGLKCVQFLPQVMPTFLNVIRVCDGAIREFLFQQLGMLVSFVKSHIRPYMDEIVTLMRE FWVMNTSIQSTIILLIEQIVVALGGEFKLYLPQLIPHMLRVFMHDNSPGRIVSIKLLAAIQLFGANLDDYLHLLLPPIVK LFDAPEAPLPSRKAALETVDRLTESLDFTDYASRIIHPIVRTLDQSPELRSTAMDTLSSLVFQLGKKYQIFIPMVNKVLV RHRINHQRYDVLICRIVKGYTLADEEEDPLIYQHRMLRSGQGDALASGPVETGPMKKLHVSTINLQKAWGAARRVSKDDW LEWLRRLSLELLKDSSSPSLRSCWALAQAYNPMARDLFNAAFVSCWSELNEDQQDELIRSIELALTSQDIAEVTQTLLNL AEFMEHSDKGPLPLRDDNGIVLLGERAAKCRAYAKALHYKELEFQKGPTPAILESLISINNKLQQPEAAAGVLEYAMKHF GELEIQATWYEKLHEWEDALVAYDKKMDTNKDDPELMLGRMRCLEALGEWGQLHQQCCEKWTLVNDETQAKMARMAAAAA WGLGQWDSMEEYTCMIPRDTHDGAFYRAVLALHQDLFSLAQQCIDKARDLLDAELTAMAGESYSRAYGAMVSCHMLSELE EVIQYKLVPERREIIRQIWWERLQGCQRIVEDWQKILMVRSLVVSPHEDMRTWLKYASLCGKSGRLALAHKTLVLLLGVD PSRQLDHPLPTVHPQVTYAYMKNMWKSARKIDAFQHMQHFVQTMQQQAQHAIATEDQQHKQELHKLMARCFLKLGEWQLN LQGINESTIPKVLQYYSAATEHDRSWYKAWHAWAVMNFEAVLHYKHQNQARDEKKKLRHASGANITNATTAATTAATATT TASTEGSNSESEAESTENSPTPSPLQKKVTEDLSKTLLMYTVPAVQGFFRSISLSRGNNLQDTLRVLTLWFDYGHWPDVN EALVEGVKAIQIDTWLQVIPQLIARIDTPRPLVGRLIHQLLTDIGRYHPQALIYPLTVASKSTTTARHNAANKILKNMCE HSNTLVQQAMMVSEELIRVAILWHEMWHEGLEEASRLYFGERNVKGMFEVLEPLHAMMERGPQTLKETSFNQAYGRDLME AQEWCRKYMKSGNVKDLTQAWDLYYHVFRRISKQLPQLTSLELQYVSPKLLMCRDLELAVPGTYDPNQPIIRIQSIAPSL QVITSKQRPRKLTLMGSNGHEFVFLLKGHEDLRQDERVMQLFGLVNTLLANDPTSLRKNLSIQRYAVIPLSTNSGLIGWV PHCDTLHALIRDYREKKKILLNIEHRIMLRMAPDYDHLTLMQKVEVFEHAVNNTAGDDLAKLLWLKSPSSEVWFDRRTNY TRSLAVMSMVGYILGLGDRHPSNLMLDRLSGKILHIDFGDCFEVAMTREKFPEKIPFRLTRMLTNAMEVTGLDGNYRITC HTVMEVLREHKDSVMAVLEAFVYDPLLNWRLMDTNTKGNKRSRTRTDSYSAGQSVEILDGVELGEPAHKKTGTTVPESIH SFIGDGLVKPEALNKKAIQIINRVRDKLTGRDFSHDDTLDVPTQVELLIKQATSHENLCQCYIGWCPFW ; 1 2 UNP RPTOR_HUMAN Q8N122 ? 2 ;MESEMLQSPLLGLGEEDEADLTDWNLPLAFMKKRHCEKIEGSKSLAQSWRMKDRMKTVSVALVLCLNVGVDPPDVVKTTP CARLECWIDPLSMGPQKALETIGANLQKQYENWQPRARYKQSLDPTVDEVKKLCTSLRRNAKEERVLFHYNGHGVPRPTV NGEVWVFNKNYTQYIPLSIYDLQTWMGSPSIFVYDCSNAGLIVKSFKQFALQREQELEVAAINPNHPLAQMPLPPSMKNC IQLAACEATELLPMIPDLPADLFTSCLTTPIKIALRWFCMQKCVSLVPGVTLDLIEKIPGRLNDRRTPLGELNWIFTAIT DTIAWNVLPRDLFQKLFRQDLLVASLFRNFLLAERIMRSYNCTPVSSPRLPPTYMHAMWQAWDLAVDICLSQLPTIIEEG TAFRHSPFFAEQLTAFQVWLTMGVENRNPPEQLPIVLQVLLSQVHRLRALDLLGRFLDLGPWAVSLALSVGIFPYVLKLL QSSARELRPLLVFIWAKILAVDSSCQADLVKDNGHKYFLSVLADPYMPAEHRTMTAFILAVIVNSYHTGQEACLQGNLIA ICLEQLNDPHPLLRQWVAICLGRIWQNFDSARWCGVRDSAHEKLYSLLSDPIPEVRCAAVFALGTFVGNSAERTDHSTTI DHNVAMMLAQLVSDGSPMVRKELVVALSHLVVQYESNFCTVALQFIEEEKNYALPSPATTEGGSLTPVRDSPCTPRLRSV SSYGNIRAVATARSLNKSLQNLSLTEESGGAVAFSPGNLSTSSSASSTLGSPENEEHILSFETIDKMRRASSYSSLNSLI GVSFNSVYTQIWRVLLHLAADPYPEVSDVAMKVLNSIAYKATVNARPQRVLDTSSLTQSAPASPTNKGVHIHQAGGSPPA SSTSSSSLTNDVAKQPVSRDLPSGRPGTTGPAGAQYTPHSHQFPRTRKMFDKGPEQTADDADDAAGHKSFISATVQTGFC DWSARYFAQPVMKIPEEHDLESQIRKEREWRFLRNSRVRRQAQQVIQKGITRLDDQIFLNRNPGVPSVVKFHPFTPCIAV ADKDSICFWDWEKGEKLDYFHNGNPRYTRVTAMEYLNGQDCSLLLTATDDGAIRVWKNFADLEKNPEMVTAWQGLSDMLP TTRGAGMVVDWEQETGLLMSSGDVRIVRIWDTDREMKVQDIPTGADSCVTSLSCDSHRSLIVAGLGDGSIRVYDRRMALS ECRVMTYREHTAWVVKASLQKRPDGHIVSVSVNGDVRIFDPRMPESVNVLQIVKGLTALDIHPQADLIACGSVNQFTAIY NSSGELINNIKYYDGFMGQRVGAISCLAFHPHWPHLAVGSNDYYISVYSVEKRVR ; 1 3 UNP 4EBP1_HUMAN Q13541 ? 3 ;MSGGSSCSQTPSRAIPATRRVVLGDGVQLPPGDYSTTPGGTLFSTTPGGTRIIYDRKFLMECRNSPVTKTPPRDLPTIPG VTSPSSDEPPMEASQSHLRNSPEDKRAGGEESQFEMDI ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8RCN B 1 ? 2549 ? P42345 1 ? 2549 ? 1 2549 2 2 8RCN Y 1 ? 1335 ? Q8N122 1 ? 1335 ? 1 1335 3 3 8RCN X 1 ? 118 ? Q13541 1 ? 118 ? 1 118 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ILE A 775 ? 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ILE B 1629 SER B 1641 1 ? 13 HELX_P HELX_P55 AG1 SER A 1645 ? GLU A 1648 ? SER B 1645 GLU B 1648 5 ? 4 HELX_P HELX_P56 AG2 ASP A 1649 ? CYS A 1660 ? ASP B 1649 CYS B 1660 1 ? 12 HELX_P HELX_P57 AG3 GLY A 1661 ? GLY A 1678 ? GLY B 1661 GLY B 1678 1 ? 18 HELX_P HELX_P58 AG4 HIS A 1693 ? LYS A 1706 ? HIS B 1693 LYS B 1706 1 ? 14 HELX_P HELX_P59 AG5 ARG A 1709 ? ALA A 1731 ? ARG B 1709 ALA B 1731 1 ? 23 HELX_P HELX_P60 AG6 ASP A 1736 ? GLY A 1763 ? ASP B 1736 GLY B 1763 1 ? 28 HELX_P HELX_P61 AG7 THR A 1768 ? ASP A 1783 ? THR B 1768 ASP B 1783 1 ? 16 HELX_P HELX_P62 AG8 TRP A 1786 ? ARG A 1811 ? TRP B 1786 ARG B 1811 1 ? 26 HELX_P HELX_P63 AG9 LYS A 1868 ? LEU A 1894 ? LYS B 1868 LEU B 1894 1 ? 27 HELX_P HELX_P64 AH1 ASN A 1899 ? GLY A 1914 ? ASN B 1899 GLY B 1914 1 ? 16 HELX_P HELX_P65 AH2 TRP A 1916 ? ILE A 1930 ? TRP B 1916 ILE B 1930 1 ? 15 HELX_P HELX_P66 AH3 GLN A 1931 ? GLN A 1937 ? GLN B 1931 GLN B 1937 5 ? 7 HELX_P HELX_P67 AH4 VAL A 1938 ? ARG A 1945 ? 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VAL Y 365 SER Y 366 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N LEU A 2121 ? N LEU B 2121 O LEU A 2160 ? O LEU B 2160 AA1 2 3 N GLN A 2161 ? N GLN B 2161 O LYS A 2171 ? O LYS B 2171 AA1 3 4 O MET A 2175 ? O MET B 2175 N SER A 2155 ? N SER B 2155 AA2 1 2 N LEU A 2121 ? N LEU B 2121 O LEU A 2160 ? O LEU B 2160 AA2 2 3 N GLN A 2161 ? N GLN B 2161 O LYS A 2171 ? O LYS B 2171 AA2 3 4 N ARG A 2170 ? N ARG B 2170 O LEU A 2186 ? O LEU B 2186 AA2 4 5 N LEU A 2185 ? N LEU B 2185 O ILE A 2237 ? O ILE B 2237 AA2 5 6 O LEU A 2236 ? O LEU B 2236 N ILE A 2228 ? N ILE B 2228 AA3 1 2 N ASP A 2244 ? N ASP B 2244 O LEU A 2346 ? O LEU B 2346 AA3 2 3 N MET A 2345 ? N MET B 2345 O LEU A 2354 ? O LEU B 2354 AA4 1 2 O SER B 122 ? O SER Y 122 N LEU B 62 ? N LEU Y 62 AA4 2 3 N ALA B 61 ? N ALA Y 61 O LEU B 147 ? O LEU Y 147 AA4 3 4 N VAL B 146 ? N VAL Y 146 O ILE B 191 ? O ILE Y 191 AA4 4 5 N TYR B 194 ? N TYR Y 194 O LEU B 243 ? O LEU Y 243 AA4 5 6 N ALA B 244 ? N ALA Y 244 O VAL B 365 ? O VAL Y 365 # _pdbx_entry_details.entry_id 8RCN _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.has_protein_modification ? # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 C Y ALA 141 ? ? N Y LYS 142 ? ? CA Y LYS 142 ? ? 138.44 121.70 16.74 2.50 Y 2 1 C Y LYS 169 ? ? N Y ASN 170 ? ? CA Y ASN 170 ? ? 140.91 121.70 19.21 2.50 Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ASP B 818 ? ? -37.23 -7.26 2 1 ALA B 835 ? ? -69.94 80.88 3 1 LYS B 836 ? ? 64.34 75.84 4 1 VAL B 854 ? ? -126.31 -165.66 5 1 VAL B 855 ? ? -61.43 80.78 6 1 GLU B 856 ? ? -154.30 -45.24 7 1 THR B 863 ? ? -157.04 -12.17 8 1 HIS B 968 ? ? -27.60 -40.05 9 1 LYS B 1024 ? ? 54.64 -121.04 10 1 ILE B 1027 ? ? -145.03 -11.75 11 1 ASP B 1032 ? ? -146.18 -4.07 12 1 VAL B 1275 ? ? -121.48 -59.14 13 1 ASN B 1311 ? ? -18.96 -65.40 14 1 ARG B 1375 ? ? -133.74 -69.56 15 1 ASP B 1377 ? ? 37.61 44.77 16 1 SER B 1582 ? ? 51.15 -179.53 17 1 PRO B 1609 ? ? -74.35 -155.21 18 1 GLU B 1610 ? ? -32.13 -30.08 19 1 ASP B 1649 ? ? -153.14 70.67 20 1 LYS B 1662 ? ? 48.49 -137.35 21 1 HIS B 1693 ? ? 39.40 85.38 22 1 SER B 1707 ? ? -167.77 -167.89 23 1 ARG B 1709 ? ? -97.23 35.80 24 1 THR B 1977 ? ? 73.24 -57.84 25 1 LEU B 2115 ? ? 110.45 -51.62 26 1 SER B 2127 ? ? -152.52 76.82 27 1 PRO B 2146 ? ? -79.82 41.56 28 1 SER B 2165 ? ? -160.85 -163.49 29 1 HIS B 2242 ? ? -35.99 110.61 30 1 ASP B 2276 ? ? -86.35 46.34 31 1 GLU B 2363 ? ? -63.93 16.95 32 1 ASN B 2435 ? ? -93.26 -63.56 33 1 SER B 2514 ? ? -168.40 119.90 34 1 ILE B 2543 ? ? -69.94 28.23 35 1 VAL Y 58 ? ? -118.03 -166.73 36 1 CYS Y 81 ? ? -108.63 49.52 37 1 ARG Y 118 ? ? -172.06 140.20 38 1 PRO Y 125 ? ? -56.91 174.11 39 1 ALA Y 141 ? ? -87.74 -142.94 40 1 ASN Y 151 ? ? -103.73 -68.02 41 1 ASN Y 170 ? ? 72.45 48.33 42 1 MET Y 254 ? ? -104.33 73.88 43 1 ASP Y 257 ? ? 77.83 -1.10 # loop_ _pdbx_validate_peptide_omega.id _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_model_num _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.omega 1 1 VAL B 817 ? ? ASP B 818 ? ? 147.83 2 1 ASP B 818 ? ? GLU B 819 ? ? 138.13 3 1 HIS B 968 ? ? THR B 969 ? ? -138.95 4 1 MET B 1031 ? ? ASP B 1032 ? ? 136.57 5 1 ASP B 1377 ? ? ASN B 1378 ? ? 147.51 6 1 VAL B 2094 ? ? LYS B 2095 ? ? 131.10 7 1 PRO B 2146 ? ? ASN B 2147 ? ? 148.21 8 1 ASP B 2276 ? ? HIS B 2277 ? ? 146.55 9 1 ASN B 2435 ? ? THR B 2436 ? ? -144.35 10 1 ARG Y 118 ? ? TYR Y 119 ? ? 146.66 11 1 TYR Y 174 ? ? ILE Y 175 ? ? -146.03 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8RCN _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria 'cross-correlation coefficient' _em_3d_fitting.details ;Initial local fitting was done in Coot and Chimera and then subjected to ROSETTA for model rebuilding. Finally, in Phenix real-space refine was performed for the final model ; _em_3d_fitting.overall_b_value 98.5 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_reconstruction.entry_id 8RCN _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ;To obtain high-resolution details, the focused refinement of mTOR and RAPTOR region was performed on paediatric kidney cancer-associated mTORC1 variant consists of mTOR 1455-EWED-1458 duplication, RAPTOR and mLST8 complex and its bound to a substrate 4EBP1. ; _em_3d_reconstruction.resolution 3.1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 178379 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 3 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'mTORC1 complex is a dimer of a heterotrimeric complex including mTOR, RAPTOR and mLST8.' _em_entity_assembly.details ;This paediatric kidney cancer-associated mTORC1 variant consists of mTOR 1455-EWED-1458 duplication, RAPTOR and mLST8 complex and its bound to a substrate 4EBP1. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3' # _em_imaging.entry_id 8RCN _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 1200 _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? # _em_vitrification.entry_id 8RCN _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8RCN _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8RCN _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 B MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 B LEU 2 ? A LEU 2 3 1 Y 1 B GLY 3 ? A GLY 3 4 1 Y 1 B THR 4 ? A THR 4 5 1 Y 1 B GLY 5 ? A GLY 5 6 1 Y 1 B PRO 6 ? A PRO 6 7 1 Y 1 B ALA 7 ? A ALA 7 8 1 Y 1 B ALA 8 ? A ALA 8 9 1 Y 1 B ALA 9 ? A ALA 9 10 1 Y 1 B THR 10 ? A THR 10 11 1 Y 1 B THR 11 ? A THR 11 12 1 Y 1 B ALA 12 ? A ALA 12 13 1 Y 1 B ALA 13 ? A ALA 13 14 1 Y 1 B THR 14 ? A THR 14 15 1 Y 1 B THR 15 ? A THR 15 16 1 Y 1 B SER 16 ? A SER 16 17 1 Y 1 B SER 17 ? A SER 17 18 1 Y 1 B ASN 18 ? A ASN 18 19 1 Y 1 B VAL 19 ? A VAL 19 20 1 Y 1 B SER 20 ? A SER 20 21 1 Y 1 B VAL 21 ? A VAL 21 22 1 Y 1 B LEU 22 ? A LEU 22 23 1 Y 1 B GLN 23 ? A GLN 23 24 1 Y 1 B GLN 24 ? A GLN 24 25 1 Y 1 B PHE 25 ? A PHE 25 26 1 Y 1 B ALA 26 ? A ALA 26 27 1 Y 1 B SER 27 ? A SER 27 28 1 Y 1 B GLY 28 ? A GLY 28 29 1 Y 1 B LEU 29 ? A LEU 29 30 1 Y 1 B LYS 30 ? A LYS 30 31 1 Y 1 B SER 31 ? A SER 31 32 1 Y 1 B ARG 32 ? A ARG 32 33 1 Y 1 B ASN 33 ? A ASN 33 34 1 Y 1 B GLU 34 ? A GLU 34 35 1 Y 1 B GLU 35 ? A GLU 35 36 1 Y 1 B THR 36 ? A THR 36 37 1 Y 1 B ARG 37 ? A ARG 37 38 1 Y 1 B ALA 38 ? A ALA 38 39 1 Y 1 B LYS 39 ? A LYS 39 40 1 Y 1 B ALA 40 ? A ALA 40 41 1 Y 1 B ALA 41 ? A ALA 41 42 1 Y 1 B LYS 42 ? A LYS 42 43 1 Y 1 B GLU 43 ? A GLU 43 44 1 Y 1 B LEU 44 ? A LEU 44 45 1 Y 1 B GLN 45 ? A GLN 45 46 1 Y 1 B HIS 46 ? A HIS 46 47 1 Y 1 B TYR 47 ? A TYR 47 48 1 Y 1 B VAL 48 ? A VAL 48 49 1 Y 1 B THR 49 ? A THR 49 50 1 Y 1 B MET 50 ? A MET 50 51 1 Y 1 B GLU 51 ? A GLU 51 52 1 Y 1 B LEU 52 ? A LEU 52 53 1 Y 1 B ARG 53 ? A ARG 53 54 1 Y 1 B GLU 54 ? A GLU 54 55 1 Y 1 B MET 55 ? A MET 55 56 1 Y 1 B SER 56 ? A SER 56 57 1 Y 1 B GLN 57 ? A GLN 57 58 1 Y 1 B GLU 58 ? A GLU 58 59 1 Y 1 B GLU 59 ? A GLU 59 60 1 Y 1 B SER 60 ? A SER 60 61 1 Y 1 B THR 61 ? A THR 61 62 1 Y 1 B ARG 62 ? A ARG 62 63 1 Y 1 B PHE 63 ? A PHE 63 64 1 Y 1 B TYR 64 ? A TYR 64 65 1 Y 1 B ASP 65 ? A ASP 65 66 1 Y 1 B GLN 66 ? A GLN 66 67 1 Y 1 B LEU 67 ? A LEU 67 68 1 Y 1 B ASN 68 ? A ASN 68 69 1 Y 1 B HIS 69 ? A HIS 69 70 1 Y 1 B HIS 70 ? 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A ILE 104 105 1 Y 1 B GLY 105 ? A GLY 105 106 1 Y 1 B ARG 106 ? A ARG 106 107 1 Y 1 B PHE 107 ? A PHE 107 108 1 Y 1 B ALA 108 ? A ALA 108 109 1 Y 1 B ASN 109 ? A ASN 109 110 1 Y 1 B TYR 110 ? A TYR 110 111 1 Y 1 B LEU 111 ? A LEU 111 112 1 Y 1 B ARG 112 ? A ARG 112 113 1 Y 1 B ASN 113 ? A ASN 113 114 1 Y 1 B LEU 114 ? A LEU 114 115 1 Y 1 B LEU 115 ? A LEU 115 116 1 Y 1 B PRO 116 ? A PRO 116 117 1 Y 1 B SER 117 ? A SER 117 118 1 Y 1 B ASN 118 ? A ASN 118 119 1 Y 1 B ASP 119 ? A ASP 119 120 1 Y 1 B PRO 120 ? A PRO 120 121 1 Y 1 B VAL 121 ? A VAL 121 122 1 Y 1 B VAL 122 ? A VAL 122 123 1 Y 1 B MET 123 ? A MET 123 124 1 Y 1 B GLU 124 ? A GLU 124 125 1 Y 1 B MET 125 ? A MET 125 126 1 Y 1 B ALA 126 ? A ALA 126 127 1 Y 1 B SER 127 ? A SER 127 128 1 Y 1 B LYS 128 ? A LYS 128 129 1 Y 1 B ALA 129 ? A ALA 129 130 1 Y 1 B ILE 130 ? A ILE 130 131 1 Y 1 B GLY 131 ? A GLY 131 132 1 Y 1 B ARG 132 ? A ARG 132 133 1 Y 1 B LEU 133 ? A LEU 133 134 1 Y 1 B ALA 134 ? A ALA 134 135 1 Y 1 B MET 135 ? 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