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3 ;MSQQSSSPTKEDNNSSSPVVPNPDSVPPQLSSPALFYSSSSSQGDIYGRNNSQNLSQGEGNIRAAIGSSPLNFPSSSQRQ NSDVFQSQGRQGRIRSSASASGRSRYHSDLRSDRALPTSSSSLGRNGQNRVHMRRNDIHTSDLSSPRRIVDFDTRSGVNT LDTSSSSAPPSEASEPLRIIWGTNVSIQECTTNFRNFLMSFKYKFRKILDEREEFINNTTDEELYYIKQLNEMRELGTSN LNLDARNLLAYKQTEDLYHQLLNYPQEVISIMDQTIKDCMVSLIVDNNLDYDLDEIETKFYKVRPYNVGSCKGMRELNPN DIDKLINLKGLVLRSTPVIPDMKVAFFKCNVCDHTMAVEIDRGVIQEPARCERIDCNEPNSMSLIHNRCSFADKQVIKLQ ETPDFVPDGQTPHSISLCVYDELVDSCRAGDRIEVTGTFRSIPIRANSRQRVLKSLYKTYVDVVHVKKVSDKRLDVDTST IEQELMQNKVDHNEVEEVRQITDQDLAKIREVAAREDLYSLLARSIAPSIYELEDVKKGILLQLFGGTNKTFTKGGRYRG DINILLCGDPSTSKSQILQYVHKITPRGVYTSGKGSSAVGLTAYITRDVDTKQLVLESGALVLSDGGVCCIDEFDKMSDS TRSVLHEVMEQQTISIAKAGIITTLNARSSILASANPIGSRYNPNLPVTENIDLPPPLLSRFDLVYLVLDKVDEKNDREL AKHLTNLYLEDKPEHISQDDVLPVEFLTMYISYAKEHIHPIITEAAKTELVRAYVGMRKMGDDSRSDEKRITATTRQLES MIRLAEAHAKMKLKNVVELEDVQEAVRLIRSAIKDYATDPKTGKIDMNLVQTGKSVIQRKLQEDLSREIMNVLKDQASDS MSFNELIKQINEHSQDRVESSDIQEALSRLQQEDKVIVLGEGVRRSVRLNNRV ; 1 4 UNP MCM5_YEAST P29496 ? 4 ;MSFDRPEIYSAPVLQGESPNDDDNTEIIKSFKNFILEFRLDSQFIYRDQLRNNILVKNYSLTVNMEHLIGYNEDIYKKLS DEPSDIIPLFETAITQVAKRISILSRAQSANNNDKDPENTSMDTDSLLLNSLPTFQLILNSNANQIPLRDLDSEHVSKIV RLSGIIISTSVLSSRATYLSIMCRNCRHTTSITINNFNSITGNTVSLPRSCLSTIESESSMANESNIGDESTKKNCGPDP YIIIHESSKFIDQQFLKLQEIPELVPVGEMPRNLTMTCDRYLTNKVIPGTRVTIVGIYSIYNSKNGAGSGRSGGGNGGSG VAIRTPYIKILGIQSDVETSSIWNSVTMFTEEEEEEFLQLSRNPKLYEILTNSIAPSIFGNEDIKKAIVCLLMGGSKKIL PDGMRLRGDINVLLLGDPGTAKSQLLKFVEKVSPIAVYTSGKGSSAAGLTASVQRDPMTREFYLEGGAMVLADGGVVCID EFDKMRDEDRVAIHEAMEQQTISIAKAGITTVLNSRTSVLAAANPIYGRYDDLKSPGDNIDFQTTILSRFDMIFIVKDDH NEERDISIANHVINIHTGNANAMQNQQEENGSEISIEKMKRYITYCRLKCAPRLSPQAAEKLSSNFVTIRKQLLINELES TERSSIPITIRQLEAIIRITESLAKLELSPIAQERHVDEAIRLFQASTMDAASQDPIGGLNQASGTSLSEIRRFEQELKR RLPIGWSTSYQTLRREFVDTHRFSQLALDKALYALEKHETIQLRHQGQNIYRSGV ; 1 5 UNP MCM6_YEAST P53091 ? 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6 ;MSAALPSIQLPVDYNNLFNEITDFLVTFKQDTLSSDATRNENEDENLDAENIEQHLLEKGPKYMAMLQKVANRELNSVII DLDDILQYQNEKFLQGTQADDLVSAIQQNANHFTELFCRAIDNNMPLPTKEIDYKDDVLDVILNQRRLRNERMLSDRTNE IRSENLMDTTMDPPSSMNDALREVVEDETELFPPNLTRRYFLYFKPLSQNCARRYRKKAISSKPLSVRQIKGDFLGQLIT VRGIITRVSDVKPAVEVIAYTCDQCGYEVFQEVNSRTFTPLSECTSEECSQNQTKGQLFMSTRASKFSAFQECKIQELSQ QVPVGHIPRSLNIHVNGTLVRSLSPGDIVDVTGIFLPAPYTGFKALKAGLLTETYLEAQFVRQHKKKFASFSLTSDVEER VMELITSGDVYNRLAKSIAPEIYGNLDVKKALLLLLVGGVDKRVGDGMKIRGDINVCLMGDPGVAKSQLLKAICKISPRG VYTTGKGSSGVGLTAAVMKDPVTDEMILEGGALVLADNGICCIDEFDKMDESDRTAIHEVMEQQTISISKAGINTTLNAR TSILAAANPLYGRYNPRLSPLDNINLPAALLSRFDILFLMLDIPSRDDDEKLAEHVTYVHMHNKQPDLDFTPVEPSKMRE YIAYAKTKRPVMSEAVNDYVVQAYIRLRQDSKREMDSKFSFGQATPRTLLGIIRLSQALAKLRLADMVDIDDVEEALRLV RVSKESLYQETNKSKEDESPTTKIFTIIKKMLQETGKNTLSYENIVKTVRLRGFTMLQLSNCIQEYSYLNVWHLINEGNT LKFVDDGTMDTDQEDSLVSTPKLAPQTTASANVSAQDSDIDLQDA ; 1 7 PDB 8RIF 8RIF ? 7 ? 1 8 PDB 8RIF 8RIF ? 8 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8RIF 2 1 ? 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_em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 4932 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Saccharomyces cerevisiae' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 51.2 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 24506 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details 'MCM-DH particles after first 2D classification from a dataset containing multiple molecular species (e.g. ORC, MCM-SH, MCM-DH)' _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 178188 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' 'Topaz picking performed as in Relion3.1. Iterative rounds of Topaz picking, particle selection and training to optimise model.' 1 1 ? ? Topaz ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 EPU ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? Gctf v1.06 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? Coot 0.95 OTHER ? 8 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 9 1 ? ? RELION 3.1 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? RELION 3.1 CLASSIFICATION ? 11 1 ? ? RELION 3.1 RECONSTRUCTION ? 12 1 ? ? RELION 3.1 'MODEL REFINEMENT' ? 13 ? 1 ? PHENIX 1.19.2_4158: # _em_specimen.concentration 0.05 _em_specimen.details ;Complete biochemical reaction containing the MCM helicase in complex with Cdt1, the helicase loader (the origin recognition complex), the co-factor Cdc6, an origin or replication (DNA) flanked by nucleosomes, the regulatory kinase CDK and an inhibitor of CDK (Sic1). The sample was incubated with ATP yielding a range of structural intermediates in the MCM loading pathway. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8RIF 'double helix' 8RIF 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 G DG 1 1_555 H DC 53 1_555 -0.563 -0.445 0.576 -0.656 0.067 1.192 1 X_DG1:DC53_Y X 1 ? 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