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_pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 ATP ? ? 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5 ;MSSPFPADTPSSNRPSNSSPPPSSIGAGFGSSSGLDSQIGSRLHFPSSSQPHVSNSQTGPFVNDSTQFSSQRLQTDGSAT NDMEGNEPARSFKSRALNHVKKVDDVTGEKVREAFEQFLEDFSVQSTDTGEVEKVYRAQIEFMKIYDLNTIYIDYQHLSM RENGALAMAISEQYYRFLPFLQKGLRRVVRKYAPELLNTSDSLKRSEGDEGQADEDEQQDDDMNGSSLPRDSGSSAAPGN GTSAMATRSITTSTSPEQTERVFQISFFNLPTVHRIRDIRSEKIGSLLSISGTVTRTSEVRPELYKASFTCDMCRAIVDN VEQSFKYTEPTFCPNPSCENRAFWTLNVTRSRFLDWQKVRIQENANEIPTGSMPRTLDVILRGDSVERAKPGDRCKFTGV EIVVPDVTQLGLPGVKPSSTLDTRGISKTTEGLNSGVTGLRSLGVRDLTYKISFLACHVISIGSNIGASSPDANSNNRET ELQMAANLQANNVYQDNERDQEVFLNSLSSDEINELKEMVKDEHIYDKLVRSIAPAVFGHEAVKKGILLQMLGGVHKSTV EGIKLRGDINICVVGDPSTSKSQFLKYVVGFAPRSVYTSGKASSAAGLTAAVVRDEEGGDYTIEAGALMLADNGICCIDE FDKMDISDQVAIHEAMEQQTISIAKAGIHATLNARTSILAAANPVGGRYNRKLSLRGNLNMTAPIMSRFDLFFVILDDCN EKIDTELASHIVDLHMKRDEAIEPPFSAEQLRRYIKYARTFKPILTKEARSYLVEKYKELRKDDAQGFSRSSYRITVRQL ESMIRLSEAIARANCVDEITPSFIAEAYDLLRQSIIRVDVDDVEMDEEFDNIESQSHAASGNNDDNDDGTGSGVITSEPP ADIEEGQSEATARPGTSEKKKTTVTYDKYVSMMNMIVRKIAEVDREGAEELTAVDIVDWYLLQKENDLGSLAEYWEERRL AFKVIKRLVKDRILMEIHGTRHNLRDLENEENENNKTVYVIHPNCEVLDQLEPQDSS ; 1 6 UNP MCM7_YEAST P38132 ? 6 ;MSAALPSIQLPVDYNNLFNEITDFLVTFKQDTLSSDATRNENEDENLDAENIEQHLLEKGPKYMAMLQKVANRELNSVII DLDDILQYQNEKFLQGTQADDLVSAIQQNANHFTELFCRAIDNNMPLPTKEIDYKDDVLDVILNQRRLRNERMLSDRTNE IRSENLMDTTMDPPSSMNDALREVVEDETELFPPNLTRRYFLYFKPLSQNCARRYRKKAISSKPLSVRQIKGDFLGQLIT VRGIITRVSDVKPAVEVIAYTCDQCGYEVFQEVNSRTFTPLSECTSEECSQNQTKGQLFMSTRASKFSAFQECKIQELSQ QVPVGHIPRSLNIHVNGTLVRSLSPGDIVDVTGIFLPAPYTGFKALKAGLLTETYLEAQFVRQHKKKFASFSLTSDVEER VMELITSGDVYNRLAKSIAPEIYGNLDVKKALLLLLVGGVDKRVGDGMKIRGDINVCLMGDPGVAKSQLLKAICKISPRG VYTTGKGSSGVGLTAAVMKDPVTDEMILEGGALVLADNGICCIDEFDKMDESDRTAIHEVMEQQTISISKAGINTTLNAR TSILAAANPLYGRYNPRLSPLDNINLPAALLSRFDILFLMLDIPSRDDDEKLAEHVTYVHMHNKQPDLDFTPVEPSKMRE YIAYAKTKRPVMSEAVNDYVVQAYIRLRQDSKREMDSKFSFGQATPRTLLGIIRLSQALAKLRLADMVDIDDVEEALRLV RVSKESLYQETNKSKEDESPTTKIFTIIKKMLQETGKNTLSYENIVKTVRLRGFTMLQLSNCIQEYSYLNVWHLINEGNT LKFVDDGTMDTDQEDSLVSTPKLAPQTTASANVSAQDSDIDLQDA ; 1 7 PDB 8RIG 8RIG ? 7 ? 1 8 PDB 8RIG 8RIG ? 8 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8RIG 2 1 ? 868 ? P29469 1 ? 868 ? 1 868 2 2 8RIG 3 36 ? 1006 ? P24279 1 ? 971 ? 1 971 3 3 8RIG 4 1 ? 933 ? P30665 1 ? 933 ? 1 933 4 4 8RIG 5 1 ? 775 ? P29496 1 ? 775 ? 1 775 5 5 8RIG 6 1 ? 1017 ? P53091 1 ? 1017 ? 1 1017 6 6 8RIG 7 1 ? 845 ? P38132 1 ? 845 ? 1 845 7 7 8RIG X 1 ? 19 ? 8RIG 18 ? 36 ? 18 36 8 8 8RIG Y 1 ? 17 ? 8RIG 1 ? 17 ? 1 17 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 8RIG MET 3 1 ? UNP P24279 ? ? 'initiating methionine' -34 1 2 8RIG LYS 3 2 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -33 2 2 8RIG ARG 3 3 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -32 3 2 8RIG ARG 3 4 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -31 4 2 8RIG TRP 3 5 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -30 5 2 8RIG LYS 3 6 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -29 6 2 8RIG LYS 3 7 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -28 7 2 8RIG ASN 3 8 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -27 8 2 8RIG PHE 3 9 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -26 9 2 8RIG ILE 3 10 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -25 10 2 8RIG ALA 3 11 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -24 11 2 8RIG VAL 3 12 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -23 12 2 8RIG SER 3 13 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -22 13 2 8RIG ALA 3 14 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -21 14 2 8RIG ALA 3 15 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -20 15 2 8RIG ASN 3 16 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -19 16 2 8RIG ARG 3 17 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -18 17 2 8RIG PHE 3 18 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -17 18 2 8RIG LYS 3 19 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -16 19 2 8RIG LYS 3 20 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -15 20 2 8RIG ILE 3 21 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -14 21 2 8RIG SER 3 22 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -13 22 2 8RIG SER 3 23 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -12 23 2 8RIG SER 3 24 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -11 24 2 8RIG GLY 3 25 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -10 25 2 8RIG ALA 3 26 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -9 26 2 8RIG LEU 3 27 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -8 27 2 8RIG GLU 3 28 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -7 28 2 8RIG ASN 3 29 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -6 29 2 8RIG LEU 3 30 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -5 30 2 8RIG TYR 3 31 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -4 31 2 8RIG PHE 3 32 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -3 32 2 8RIG GLN 3 33 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -2 33 2 8RIG GLY 3 34 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' -1 34 2 8RIG GLU 3 35 ? UNP P24279 ? ? 'expression tag' 0 35 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 56660 ? 1 MORE -317 ? 1 'SSA (A^2)' 169000 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 182 ? 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ASP 3 107 GLU 3 117 1 ? 11 HELX_P HELX_P30 AD3 PRO B 153 ? TYR B 155 ? PRO 3 118 TYR 3 120 5 ? 3 HELX_P HELX_P31 AD4 PHE B 156 ? MET B 171 ? PHE 3 121 MET 3 136 1 ? 16 HELX_P HELX_P32 AD5 PHE B 196 ? ALA B 198 ? PHE 3 161 ALA 3 163 5 ? 3 HELX_P HELX_P33 AD6 THR B 207 ? LEU B 211 ? THR 3 172 LEU 3 176 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 AD7 ASP B 251 ? THR B 255 ? ASP 3 216 THR 3 220 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 TYR B 280 ? SER B 283 ? TYR 3 245 SER 3 248 5 ? 4 HELX_P HELX_P36 AD9 ASP B 316 ? VAL B 318 ? ASP 3 281 VAL 3 283 5 ? 3 HELX_P HELX_P37 AE1 THR B 378 ? SER B 389 ? THR 3 343 SER 3 354 1 ? 12 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP B 393 ? SER B 401 ? ASP 3 358 SER 3 366 1 ? 9 HELX_P HELX_P39 AE3 HIS B 409 ? GLY B 422 ? HIS 3 374 GLY 3 387 1 ? 14 HELX_P HELX_P40 AE4 LYS B 450 ? ALA B 461 ? LYS 3 415 ALA 3 426 1 ? 12 HELX_P HELX_P41 AE5 SER B 473 ? THR B 478 ? SER 3 438 THR 3 443 1 ? 6 HELX_P HELX_P42 AE6 GLY B 495 ? ALA B 500 ? GLY 3 460 ALA 3 465 1 ? 6 HELX_P HELX_P43 AE7 GLU B 509 ? MET B 513 ? 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performed as in Relion3.1. Iterative rounds of Topaz picking, particle selection and training to optimise model.' 1 1 ? ? Topaz ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 EPU ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? ? ? 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? Coot 0.9.5 OTHER ? 8 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 9 1 ? ? ? ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? ? ? CLASSIFICATION ? 11 1 ? ? RELION 3.1 RECONSTRUCTION ? 12 1 ? ? RELION 3.1 'MODEL REFINEMENT' ? 13 ? 1 ? PHENIX 1.19.2_4158: # _em_specimen.concentration 0.05 _em_specimen.details ;Complete biochemical reaction containing the MCM helicase in complex with Cdt1, the helicase loader (the origin recognition complex), the co-factor Cdc6, an origin or replication (DNA) flanked by nucleosomes, the regulatory kinase CDK and an inhibitor of CDK (Sic1). The sample was incubated with ATP yielding a range of structural intermediates in the MCM loading pathway. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8RIG 'double helix' 8RIG 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 G DT 3 1_555 H DA 17 1_555 -0.568 0.128 0.211 3.231 -14.150 -5.297 1 X_DT20:DA17_Y X 20 ? 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