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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.700 ? 12172 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.966 ? 1221 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 1432 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 1530 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8ROX _struct.title 'Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to compound furan 12' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8ROX _struct_keywords.text 'E3 ligase, Complex, LIGASE' _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? 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Q66K64 1 ? 600 ? 1 600 2 2 8ROX B 1 ? 395 ? Q16531 1 ? 395 ? 1 699 3 3 8ROX B 402 ? 836 ? Q16531 706 ? 1140 ? 706 1140 4 4 8ROX D 1 ? 102 ? Q9BW61 1 ? 102 ? 1 102 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8ROX GLY A 1 ? UNP Q66K64 ? ? 'expression tag' -2 1 1 8ROX SER A 2 ? UNP Q66K64 ? ? 'expression tag' -1 2 1 8ROX HIS A 3 ? UNP Q66K64 ? ? 'expression tag' 0 3 2 8ROX GLY B 396 ? UNP Q16531 ? ? linker 700 4 2 8ROX ASN B 397 ? UNP Q16531 ? ? linker 701 5 2 8ROX GLY B 398 ? UNP Q16531 ? ? linker 702 6 2 8ROX ASN B 399 ? UNP Q16531 ? ? linker 703 7 2 8ROX SER B 400 ? UNP Q16531 ? ? linker 704 8 2 8ROX GLY B 401 ? UNP Q16531 ? ? linker 705 9 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 HIS A 38 ? GLY A 50 ? HIS A 35 GLY A 47 1 ? 13 HELX_P HELX_P2 AA2 ALA A 212 ? HIS A 217 ? ALA A 209 HIS A 214 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 235 ? LEU A 240 ? GLN A 232 LEU A 237 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 PHE A 453 ? ASP A 464 ? PHE A 450 ASP A 461 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 AA5 ALA A 465 ? PHE A 471 ? ALA A 462 PHE A 468 5 ? 7 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY A 548 ? TRP A 565 ? GLY A 545 TRP A 562 1 ? 18 HELX_P HELX_P7 AA7 PRO B 250 ? GLN B 255 ? PRO B 250 GLN B 255 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 ALA B 381 ? GLU B 384 ? ALA B 381 GLU B 384 5 ? 4 HELX_P HELX_P9 AA9 SER B 451 ? ALA B 456 ? SER B 755 ALA B 760 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 GLU B 683 ? GLN B 686 ? GLU B 987 GLN B 990 5 ? 4 HELX_P HELX_P11 AB2 SER B 740 ? ILE B 758 ? SER B 1044 ILE B 1062 1 ? 19 HELX_P HELX_P12 AB3 SER B 760 ? ILE B 764 ? SER B 1064 ILE B 1068 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 GLU B 765 ? SER B 771 ? GLU B 1069 SER B 1075 1 ? 7 HELX_P HELX_P14 AB5 GLY B 787 ? ILE B 796 ? GLY B 1091 ILE B 1100 1 ? 10 HELX_P HELX_P15 AB6 SER B 797 ? ALA B 806 ? SER B 1101 ALA B 1110 1 ? 10 HELX_P HELX_P16 AB7 ASP B 823 ? THR B 833 ? ASP B 1127 THR B 1137 1 ? 11 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN C 53 ? ASN C 67 ? ASN D 53 ASN D 67 1 ? 15 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # _struct_conn.id disulf1 _struct_conn.conn_type_id disulf _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ? _struct_conn.pdbx_PDB_id ? _struct_conn.ptnr1_label_asym_id B _struct_conn.ptnr1_label_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_label_seq_id 18 _struct_conn.ptnr1_label_atom_id SG _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id ? _struct_conn.ptnr1_symmetry 1_555 _struct_conn.ptnr2_label_asym_id B _struct_conn.ptnr2_label_comp_id CYS _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 313 _struct_conn.ptnr2_label_atom_id SG _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code ? _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id B _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id 18 _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id B _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id CYS _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id 313 _struct_conn.ptnr2_symmetry 1_555 _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code ? _struct_conn.details ? _struct_conn.pdbx_dist_value 2.032 _struct_conn.pdbx_value_order ? _struct_conn.pdbx_role ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id GLU _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 224 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id B _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id GLU _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 224 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id B _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 225 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 225 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 5.38 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 9 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? parallel AA7 5 6 ? parallel AA7 6 7 ? anti-parallel AA7 7 8 ? anti-parallel AA7 8 9 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ILE A 82 ? 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GLN B 10 ? ASN B 4 GLN B 10 AA5 5 PHE B 784 ? ILE B 785 ? PHE B 1088 ILE B 1089 AA6 1 GLY B 17 ? GLY B 21 ? GLY B 17 GLY B 21 AA6 2 ASN B 30 ? LYS B 35 ? ASN B 30 LYS B 35 AA6 3 ARG B 38 ? VAL B 44 ? ARG B 38 VAL B 44 AA6 4 LEU B 49 ? VAL B 55 ? LEU B 49 VAL B 55 AA6 5 SER C 33 ? VAL C 34 ? SER D 33 VAL D 34 AA7 1 ILE B 61 ? PHE B 67 ? ILE B 61 PHE B 67 AA7 2 LEU B 76 ? THR B 81 ? LEU B 76 THR B 81 AA7 3 ASN B 85 ? LYS B 92 ? ASN B 85 LYS B 92 AA7 4 ASP B 99 ? ASN B 107 ? ASP B 99 ASN B 107 AA7 5 GLN C 45 ? THR C 49 ? GLN D 45 THR D 49 AA7 6 GLU B 151 ? ILE B 157 ? GLU B 151 ILE B 157 AA7 7 PHE B 140 ? PRO B 144 ? PHE B 140 PRO B 144 AA7 8 MET B 130 ? ARG B 134 ? MET B 130 ARG B 134 AA7 9 ILE B 121 ? ILE B 124 ? ILE B 121 ILE B 124 AA8 1 VAL B 164 ? PHE B 169 ? VAL B 164 PHE B 169 AA8 2 THR B 177 ? TYR B 182 ? THR B 177 TYR B 182 AA8 3 HIS B 189 ? SER B 196 ? HIS B 189 SER B 196 AA8 4 GLU B 201 ? LYS B 204 ? GLU B 201 LYS B 204 AA9 1 VAL B 164 ? PHE B 169 ? 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