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UNP P02281 SER 33 conflict 32 3 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 44 ? 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HIS OXT HXT sing N N 298 ILE N CA sing N N 299 ILE N H sing N N 300 ILE N H2 sing N N 301 ILE CA C sing N N 302 ILE CA CB sing N N 303 ILE CA HA sing N N 304 ILE C O doub N N 305 ILE C OXT sing N N 306 ILE CB CG1 sing N N 307 ILE CB CG2 sing N N 308 ILE CB HB sing N N 309 ILE CG1 CD1 sing N N 310 ILE CG1 HG12 sing N N 311 ILE CG1 HG13 sing N N 312 ILE CG2 HG21 sing N N 313 ILE CG2 HG22 sing N N 314 ILE CG2 HG23 sing N N 315 ILE CD1 HD11 sing N N 316 ILE CD1 HD12 sing N N 317 ILE CD1 HD13 sing N N 318 ILE OXT HXT sing N N 319 LEU N CA sing N N 320 LEU N H sing N N 321 LEU N H2 sing N N 322 LEU CA C sing N N 323 LEU CA CB sing N N 324 LEU CA HA sing N N 325 LEU C O doub N N 326 LEU C OXT sing N N 327 LEU CB CG sing N N 328 LEU CB HB2 sing N N 329 LEU CB HB3 sing N N 330 LEU CG CD1 sing N N 331 LEU CG CD2 sing N N 332 LEU CG HG sing N N 333 LEU CD1 HD11 sing N N 334 LEU CD1 HD12 sing N N 335 LEU CD1 HD13 sing N N 336 LEU CD2 HD21 sing N N 337 LEU CD2 HD22 sing N N 338 LEU CD2 HD23 sing N N 339 LEU OXT HXT sing N N 340 LYS N CA sing N N 341 LYS N H sing N N 342 LYS N H2 sing N N 343 LYS CA C sing N N 344 LYS CA CB sing N N 345 LYS CA HA sing N N 346 LYS C O doub N N 347 LYS C OXT sing N N 348 LYS CB CG sing N N 349 LYS CB HB2 sing N N 350 LYS CB HB3 sing N N 351 LYS CG CD sing N N 352 LYS CG HG2 sing N N 353 LYS CG HG3 sing N N 354 LYS CD CE sing N N 355 LYS CD HD2 sing N N 356 LYS CD HD3 sing N N 357 LYS CE NZ sing N N 358 LYS CE HE2 sing N N 359 LYS CE HE3 sing N N 360 LYS NZ HZ1 sing N N 361 LYS NZ HZ2 sing N N 362 LYS NZ HZ3 sing N N 363 LYS OXT HXT sing N N 364 MET N CA sing N N 365 MET N H sing N N 366 MET N H2 sing N N 367 MET CA C sing N N 368 MET CA CB sing N N 369 MET CA HA sing N N 370 MET C O doub N N 371 MET C OXT sing N N 372 MET CB CG sing N N 373 MET CB HB2 sing N N 374 MET CB HB3 sing N N 375 MET CG SD sing N N 376 MET CG HG2 sing N N 377 MET CG HG3 sing N N 378 MET SD CE sing N N 379 MET CE HE1 sing N N 380 MET CE HE2 sing N N 381 MET CE HE3 sing N N 382 MET OXT HXT sing N N 383 PHE N CA sing N N 384 PHE N H sing N N 385 PHE N H2 sing N N 386 PHE CA C sing N N 387 PHE CA CB sing N N 388 PHE CA HA sing N N 389 PHE C O doub N N 390 PHE C OXT sing N N 391 PHE CB CG sing N N 392 PHE CB HB2 sing N N 393 PHE CB HB3 sing N N 394 PHE CG CD1 doub Y N 395 PHE CG CD2 sing Y N 396 PHE CD1 CE1 sing Y N 397 PHE CD1 HD1 sing N N 398 PHE CD2 CE2 doub Y N 399 PHE CD2 HD2 sing N N 400 PHE CE1 CZ doub Y N 401 PHE CE1 HE1 sing N N 402 PHE CE2 CZ sing Y N 403 PHE CE2 HE2 sing N N 404 PHE CZ HZ sing N N 405 PHE OXT HXT sing N N 406 PRO N CA sing N N 407 PRO N CD sing N N 408 PRO N H sing N N 409 PRO CA C sing N N 410 PRO CA CB sing N N 411 PRO CA HA sing N N 412 PRO C O doub N N 413 PRO C OXT sing N N 414 PRO CB CG sing N N 415 PRO CB HB2 sing N N 416 PRO CB HB3 sing N N 417 PRO CG CD sing N N 418 PRO CG HG2 sing N N 419 PRO CG HG3 sing N N 420 PRO CD HD2 sing N N 421 PRO CD HD3 sing N N 422 PRO OXT HXT sing N N 423 SER N CA sing N N 424 SER N H sing N N 425 SER N H2 sing N N 426 SER CA C sing N N 427 SER CA CB sing N N 428 SER CA HA sing N N 429 SER C O doub N N 430 SER C OXT sing N N 431 SER CB OG sing N N 432 SER CB HB2 sing N N 433 SER CB HB3 sing N N 434 SER OG HG sing N N 435 SER OXT HXT sing N N 436 THR N CA sing N N 437 THR N H sing N N 438 THR N H2 sing N N 439 THR CA C sing N N 440 THR CA CB sing N N 441 THR CA HA sing N N 442 THR C O doub N N 443 THR C OXT sing N N 444 THR CB OG1 sing N N 445 THR CB CG2 sing N N 446 THR CB HB sing N N 447 THR OG1 HG1 sing N N 448 THR CG2 HG21 sing N N 449 THR CG2 HG22 sing N N 450 THR CG2 HG23 sing N N 451 THR OXT HXT sing N N 452 TPO N CA sing N N 453 TPO N H sing N N 454 TPO N H2 sing N N 455 TPO CA CB sing N N 456 TPO CA C sing N N 457 TPO CA HA sing N N 458 TPO CB CG2 sing N N 459 TPO CB OG1 sing N N 460 TPO CB HB sing N N 461 TPO CG2 HG21 sing N N 462 TPO CG2 HG22 sing N N 463 TPO CG2 HG23 sing N N 464 TPO OG1 P sing N N 465 TPO P O1P doub N N 466 TPO P O2P sing N N 467 TPO P O3P sing N N 468 TPO O2P HOP2 sing N N 469 TPO O3P HOP3 sing N N 470 TPO C O doub N N 471 TPO C OXT sing N N 472 TPO OXT HXT sing N N 473 TRP N CA sing N N 474 TRP N H sing N N 475 TRP N H2 sing N N 476 TRP CA C sing N N 477 TRP CA CB sing N N 478 TRP CA HA sing N N 479 TRP C O doub N N 480 TRP C OXT sing N N 481 TRP CB CG sing N N 482 TRP CB HB2 sing N N 483 TRP CB HB3 sing N N 484 TRP CG CD1 doub Y N 485 TRP CG CD2 sing Y N 486 TRP CD1 NE1 sing Y N 487 TRP CD1 HD1 sing N N 488 TRP CD2 CE2 doub Y N 489 TRP CD2 CE3 sing Y N 490 TRP NE1 CE2 sing Y N 491 TRP NE1 HE1 sing N N 492 TRP CE2 CZ2 sing Y N 493 TRP CE3 CZ3 doub Y N 494 TRP CE3 HE3 sing N N 495 TRP CZ2 CH2 doub Y N 496 TRP CZ2 HZ2 sing N N 497 TRP CZ3 CH2 sing Y N 498 TRP CZ3 HZ3 sing N N 499 TRP CH2 HH2 sing N N 500 TRP OXT HXT sing N N 501 TYR N CA sing N N 502 TYR N H sing N N 503 TYR N H2 sing N N 504 TYR CA C sing N N 505 TYR CA CB sing N N 506 TYR CA HA sing N N 507 TYR C O doub N N 508 TYR C OXT sing N N 509 TYR CB CG sing N N 510 TYR CB HB2 sing N N 511 TYR CB HB3 sing N N 512 TYR CG CD1 doub Y N 513 TYR CG CD2 sing Y N 514 TYR CD1 CE1 sing Y N 515 TYR CD1 HD1 sing N N 516 TYR CD2 CE2 doub Y N 517 TYR CD2 HD2 sing N N 518 TYR CE1 CZ doub Y N 519 TYR CE1 HE1 sing N N 520 TYR CE2 CZ sing Y N 521 TYR CE2 HE2 sing N N 522 TYR CZ OH sing N N 523 TYR OH HH sing N N 524 TYR OXT HXT sing N N 525 VAL N CA sing N N 526 VAL N H sing N N 527 VAL N H2 sing N N 528 VAL CA C sing N N 529 VAL CA CB sing N N 530 VAL CA HA sing N N 531 VAL C O doub N N 532 VAL C OXT sing N N 533 VAL CB CG1 sing N N 534 VAL CB CG2 sing N N 535 VAL CB HB sing N N 536 VAL CG1 HG11 sing N N 537 VAL CG1 HG12 sing N N 538 VAL CG1 HG13 sing N N 539 VAL CG2 HG21 sing N N 540 VAL CG2 HG22 sing N N 541 VAL CG2 HG23 sing N N 542 VAL OXT HXT sing N N 543 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2024-01-31 _em_admin.deposition_site PDBE _em_admin.entry_id 8RUQ _em_admin.last_update 2025-09-24 _em_admin.map_release_date 2025-02-05 _em_admin.title 'Borealin N-terminus in complex with H3.T3p-nucleosome' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 10 mM '(HOCH2)3CNH2-CL' 1 'Tris(hydroxymethyl)aminomethane-hydrochloride' 1 150 mM NaCl 2 'Sodium chloride' 1 2 mM C4H10O2S2 3 Dithiothreitol 1 0.3 % C14H28O6 4 n-octyl-beta-D-glucoside # _em_ctf_correction.details ;CTF amplitude correction first performed following movie motion correction, and CTF parameters were later refined during the refinement of the final reconstruction ; _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 NO 1 MEGADALTONS 0.237 1 NO 2 MEGADALTONS 0.202 3 ? 3 ? ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue _em_entity_assembly_naturalsource.details ? ? 1 2 9606 'Homo sapiens' ? ? ? ? ? ? ? 2 3 8355 'Xenopus laevis' ? ? ? ? ? ? ? 3 4 9606 'Homo sapiens' ? ? ? ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain ? 1 2 562 'Escherichia coli' ? 'BL21(DE3)' ? 2 3 562 'Escherichia coli' ? ? ? 3 4 562 'Escherichia coli' ? 'BL21(DE3)' # _em_image_processing.details 'Movies motion-corrected on-the-fly using SIMPLE (Caesar, et al., 2020)' _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 2.51 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 43.86 _em_image_recording.details 'Collected in 2x-binned super-resolution mode' _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 20239 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details 'Blob-based picking, using 110 A expected particle diameter.' _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 3099937 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' 'Blob-based picking followed by template-based picking' 1 1 ? ? cryoSPARC 4.4.0 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 ? ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' 'Patch-CTF estimation job used' 4 1 ? ? cryoSPARC 4.4.0 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? 'UCSF Chimera' 1.14 'MODEL FITTING' ? 8 ? 1 ? Coot 0.9.8.1 OTHER ? 9 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? ? ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? ? ? CLASSIFICATION ? 12 1 ? ? cryoSPARC 4.4.0 RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? cryoSPARC 4.4.0 'MODEL REFINEMENT' ? 14 ? 1 ? PHENIX 1.20.1 # _em_specimen.concentration 2.1 _em_specimen.details 'Monodisperse sample with good particle density' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8RUQ 'double helix' 8RUQ 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DA 4 1_555 J DT 149 1_555 0.164 -0.413 0.999 0.279 -2.789 3.004 1 I_DA0:DT293_J I 0 ? 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