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EMDB EMD-40567 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1)' _pdbx_database_related.db_id EMD-40567 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8SKU _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-04-20 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Liu, Q.' 1 0009-0007-5604-8352 'Stadtmueller, B.M.' 2 0000-0003-0637-3206 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 14 _citation.language ? _citation.page_first 6726 _citation.page_last 6726 _citation.title 'SIgA structures bound to Streptococcus pyogenes M4 and human CD89 provide insights into host-pathogen interactions.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-023-42469-y _citation.pdbx_database_id_PubMed 37872175 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Liu, Q.' 1 0009-0007-5604-8352 primary 'Stadtmueller, B.M.' 2 0000-0003-0637-3206 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8SKU _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8SKU _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Immunoglobulin heavy constant alpha 1' 37687.488 4 ? ? ? 'The sequence of the Fab region is not included due to legal reasons.' 2 polymer man 'Secretory component' 61095.578 1 ? ? ? 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'HEK Expi293F' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP IGHA1_HUMAN P01876 ? 1 ;ASPTSPKVFPLSLCSTQPDGNVVIACLVQGFFPQEPLSVTWSESGQGVTARNFPPSQDASGDLYTTSSQLTLPATQCLAG KSVTCHVKHYTNPSQDVTVPCPVPSTPPTPSPSTPPTPSPSCCHPRLSLHRPALEDLLLGSEANLTCTLTGLRDASGVTF TWTPSSGKSAVQGPPERDLCGCYSVSSVLPGCAEPWNHGKTFTCTAAYPESKTPLTATLSKSGNTFRPEVHLLPPPSEEL ALNELVTLTCLARGFSPKDVLVRWLQGSQELPREKYLTWASRQEPSQGTTTFAVTSILRVAAEDWKKGDTFSCMVGHEAL PLAFTQKTIDRLAGKPTHVNVSVVMAEVDGTCY ; 1 2 UNP PIGR_HUMAN P01833 ? 2 ;KSPIFGPEEVNSVEGNSVSITCYYPPTSVNRHTRKYWCRQGARGGCITLISSEGYVSSKYAGRANLTNFPENGTFVVNIA QLSQDDSGRYKCGLGINSRGLSFDVSLEVSQGPGLLNDTKVYTVDLGRTVTINCPFKTENAQKRKSLYKQIGLYPVLVID SSGYVNPNYTGRIRLDIQGTGQLLFSVVINQLRLSDAGQYLCQAGDDSNSNKKNADLQVLKPEPELVYEDLRGSVTFHCA LGPEVANVAKFLCRQSSGENCDVVVNTLGKRAPAFEGRILLNPQDKDGSFSVVITGLRKEDAGRYLCGAHSDGQLQEGSP IQAWQLFVNEESTIPRSPTVVKGVAGGSVAVLCPYNRKESKSIKYWCLWEGAQNGRCPLLVDSEGWVKAQYEGRLSLLEE PGNGTFTVILNQLTSRDAGFYWCLTNGDTLWRTTVEIKIIEGEPNLKVPGNVTAVLGETLKVPCHFPCKFSSYEKYWCKW NNTGCQALPSQDEGPSKAFVNCDENSRLVSLTLNLVTRADEGWYWCGVKQGHFYGETAAVYVAVEER ; 19 3 UNP FCAR_HUMAN P24071 ? 3 ;QEGDFPMPFISAKSSPVIPLDGSVKIQCQAIREAYLTQLMIIKNSTYREIGRRLKFWNETDPEFVIDHMDANKAGRYQCQ YRIGHYRFRYSDTLELVVTGLYGKPFLSADRGLVLMPGENISLTCSSAHIPFDRFSLAKEGELSLPQHQSGEHPANFSLG PVDLNVSGIYRCYGWYNRSPYLWSFPSNALELVVT ; 22 4 UNP IGJ_HUMAN P01591 ? 4 ;QEDERIVLVDNKCKCARITSRIIRSSEDPNEDIVERNIRIIVPLNNRENISDPTSPLRTRFVYHLSDLCKKCDPTEVELD NQIVTATQSNICDEDSATETCYTYDRNKCYTAVVPLVYGGETKMVETALTPDACYPD ; 23 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8SKU A 1 ? 353 ? P01876 1 ? 353 ? 120 472 2 1 8SKU B 1 ? 353 ? P01876 1 ? 353 ? 120 472 3 2 8SKU E 1 ? 547 ? P01833 19 ? 565 ? 1 547 4 3 8SKU R 1 ? 195 ? P24071 22 ? 216 ? 1 195 5 1 8SKU C 1 ? 353 ? P01876 1 ? 353 ? 120 472 6 3 8SKU S 1 ? 195 ? P24071 22 ? 216 ? 1 195 7 1 8SKU D 1 ? 353 ? P01876 1 ? 353 ? 120 472 8 4 8SKU J 1 ? 137 ? P01591 23 ? 159 ? 1 137 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 8SKU HIS E 548 ? UNP P01833 ? ? 'expression tag' 548 1 3 8SKU HIS E 549 ? UNP P01833 ? ? 'expression tag' 549 2 3 8SKU HIS E 550 ? UNP P01833 ? ? 'expression tag' 550 3 3 8SKU HIS E 551 ? 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'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.542 ? 20312 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.459 ? 2143 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 2419 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 2606 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8SKU _struct.title 'Structure of human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8SKU _struct_keywords.text 'Secretory immunoglobulin A, SIgA, IgA, CD89, FcaR1, IgA Fc receptor, protein complex, IMMUNE SYSTEM' _struct_keywords.pdbx_keywords 'IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 1 ? F N N 3 ? G N N 1 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 5 ? K N N 5 ? L N N 5 ? M N N 6 ? N N N 6 ? O N N 6 ? 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C CYS 242 D CYS 299 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf19 disulf ? ? E CYS 147 SG ? ? ? 1_555 E CYS 204 SG ? ? C CYS 266 C CYS 323 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf20 disulf ? ? E CYS 180 SG ? ? ? 1_555 G CYS 123 SG ? ? C CYS 299 D CYS 242 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf21 disulf ? ? E CYS 250 SG ? ? ? 1_555 E CYS 313 SG ? ? C CYS 369 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf22 disulf ? ? E CYS 352 SG ? ? ? 1_555 H CYS 15 SG ? ? C CYS 471 J CYS 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf23 disulf ? ? F CYS 28 SG ? ? ? 1_555 F CYS 79 SG ? ? S CYS 28 S CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf24 disulf ? ? F CYS 125 SG ? ? ? 1_555 F CYS 172 SG ? ? S CYS 125 S CYS 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf25 disulf ? ? G CYS 147 SG ? ? ? 1_555 G CYS 204 SG ? ? D CYS 266 D CYS 323 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf26 disulf ? ? G CYS 250 SG ? ? ? 1_555 G CYS 313 SG ? ? D CYS 369 D CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf27 disulf ? ? H CYS 13 SG ? ? ? 1_555 H CYS 101 SG ? ? J CYS 13 J CYS 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf28 disulf ? ? H CYS 72 SG ? ? ? 1_555 H CYS 92 SG ? ? J CYS 72 J CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf29 disulf ? ? H CYS 109 SG ? ? ? 1_555 H CYS 134 SG ? ? J CYS 109 J CYS 134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? covale1 covale one ? A ASN 144 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 263 A NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 144 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? B ASN 263 B NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? C ASN 65 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? E ASN 65 E NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? C ASN 72 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? E ASN 72 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? C ASN 403 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? E ASN 403 E NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? C ASN 451 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? E ASN 451 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? E ASN 144 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? C ASN 263 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? H ASN 49 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? J ASN 49 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale9 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale10 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale11 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale12 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 3 ? 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