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EMDB EMD-40741 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details ;Structure of AMPA receptor GluA2 complex with auxiliary subunits TARP gamma-5 and cornichon-2 bound to competitive antagonist ZK and channel blocker spermidine (closed state) ; _pdbx_database_related.db_id EMD-40741 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8SS2 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-05-08 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Gangwar, S.P.' 1 0000-0003-1024-7608 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HEK293S-GnTi ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP GRIA2_RAT P19491 P19491-2 1 ;NSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLTPHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFC GTLHVSFITPSFPTDGTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAINVGNIN NDKKDETYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIANLGFTDGDLLKIQFGGANVSGFQIVD YDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTATIKYTSALTYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEI ERALKQVQVEGLSGNIKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVVTLTELPSGNDTSGLENKTVVVTTILES PYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITL VREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQ SSESTNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLSKQT EIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKV GGNLDSKGYGIATPKGSSLGTPVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGL GLAMLVALIEFCYKSRAEAKRMK ; 25 2 UNP CCG5_RAT Q8VHW8 ? 1 ;CGRKALTLLSSVFAVCGLGLLGIAVSTDYWLYLEEGIILPQNQSTEVKMSLHSGLWRVCFLAGEERGRCFTIEYVMPMNS QMTSESTVNVLKMIRSATPFPLVSLFFMFIGFILSNIGHIRPHRTILAFVSGIFFILSGLSLVVGLVLYISSINDEMLNR TKDAETYFNYKYGWSFAFAAISFLLTESAGVMSVYLFMKRYTAE ; 4 3 UNP CNIH2_HUMAN Q6PI25 ? 2 ;MAFTFAAFCYMLTLVLCASLIFFVIWHIIAFDELRTDFKNPIDQGNPARARERLKNIERICCLLRKLVVPEYSIHGLFCL MFLCAAEWVTLGLNIPLLFYHLWRYFHRPADGSEVMYDAVSIMNADILNYCQKESWCKLAFYLLSFFYYLYSMVYTLVSF ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8SS2 A 1 ? 817 ? P19491 25 ? 847 ? 10 826 2 2 8SS2 A 823 ? 1026 ? Q8VHW8 4 ? 207 ? 832 1035 3 1 8SS2 B 1 ? 817 ? P19491 25 ? 847 ? 10 826 4 2 8SS2 B 823 ? 1026 ? Q8VHW8 4 ? 207 ? 832 1035 5 1 8SS2 C 1 ? 817 ? P19491 25 ? 847 ? 10 826 6 2 8SS2 C 823 ? 1026 ? Q8VHW8 4 ? 207 ? 832 1035 7 1 8SS2 D 1 ? 817 ? P19491 25 ? 847 ? 10 826 8 2 8SS2 D 823 ? 1026 ? Q8VHW8 4 ? 207 ? 832 1035 9 3 8SS2 E 1 ? 160 ? Q6PI25 1 ? 160 ? 1 160 10 3 8SS2 F 1 ? 160 ? Q6PI25 1 ? 160 ? 1 160 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8SS2 GLU A 232 ? UNP P19491 ASN 256 conflict 241 1 1 8SS2 LEU A 373 ? 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C ? ? UNP P19491 LEU 402 deletion ? 42 5 8SS2 ? C ? ? UNP P19491 PRO 403 deletion ? 43 5 8SS2 ? C ? ? UNP P19491 SER 404 deletion ? 44 5 8SS2 GLU C 375 ? UNP P19491 GLY 405 conflict 384 45 5 8SS2 ASP C 376 ? UNP P19491 ASN 406 conflict 385 46 5 8SS2 GLN C 383 ? UNP P19491 ASN 413 conflict 392 47 5 8SS2 SER C 745 ? UNP P19491 ASN 775 conflict 754 48 5 8SS2 VAL C 749 ? UNP P19491 LEU 779 conflict 758 49 5 8SS2 GLY C 818 ? UNP P19491 ? ? linker 827 50 5 8SS2 THR C 819 ? UNP P19491 ? ? linker 828 51 5 8SS2 GLY C 820 ? UNP P19491 ? ? linker 829 52 5 8SS2 SER C 821 ? UNP P19491 ? ? linker 830 53 5 8SS2 ALA C 822 ? UNP P19491 ? ? linker 831 54 7 8SS2 GLU D 232 ? UNP P19491 ASN 256 conflict 241 55 7 8SS2 LEU D 373 ? UNP P19491 VAL 397 conflict 382 56 7 8SS2 ? D ? ? UNP P19491 LEU 399 deletion ? 57 7 8SS2 ? D ? ? UNP P19491 THR 400 deletion ? 58 7 8SS2 ? D ? ? UNP P19491 GLU 401 deletion ? 59 7 8SS2 ? D ? ? UNP P19491 LEU 402 deletion ? 60 7 8SS2 ? D ? ? UNP P19491 PRO 403 deletion ? 61 7 8SS2 ? D ? ? UNP P19491 SER 404 deletion ? 62 7 8SS2 GLU D 375 ? UNP P19491 GLY 405 conflict 384 63 7 8SS2 ASP D 376 ? UNP P19491 ASN 406 conflict 385 64 7 8SS2 GLN D 383 ? UNP P19491 ASN 413 conflict 392 65 7 8SS2 SER D 745 ? UNP P19491 ASN 775 conflict 754 66 7 8SS2 VAL D 749 ? UNP P19491 LEU 779 conflict 758 67 7 8SS2 GLY D 818 ? UNP P19491 ? ? linker 827 68 7 8SS2 THR D 819 ? UNP P19491 ? ? linker 828 69 7 8SS2 GLY D 820 ? UNP P19491 ? ? linker 829 70 7 8SS2 SER D 821 ? UNP P19491 ? ? linker 830 71 7 8SS2 ALA D 822 ? UNP P19491 ? ? linker 831 72 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight AJP non-polymer . Digitonin ? 'C56 H92 O29' 1229.312 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CLR non-polymer . CHOLESTEROL ? 'C27 H46 O' 386.654 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PCW non-polymer . 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE '(Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE' 'C44 H85 N O8 P 1' 787.121 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SPD non-polymer . SPERMIDINE 'N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE; PA(34)' 'C7 H19 N3' 145.246 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZK1 non-polymer . '{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid' '[[3,4-Dihydro-7-(4-morpholinyl)-2,3-dioxo-6-(trifluorom ethyl)-1(2H)-quinoxalinyl]methyl]phosphonic acid' 'C14 H15 F3 N3 O6 P' 409.254 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8SS2 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8SS2 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.012 ? 31823 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.353 ? 42940 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 11.576 ? 18651 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.069 ? 4700 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 5290 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8SS2 _struct.title ;Structure of AMPA receptor GluA2 complex with auxiliary subunits TARP gamma-5 and cornichon-2 bound to competitive antagonist ZK and channel blocker spermidine (closed state) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8SS2 _struct_keywords.text 'AMPA receptor, spermidine, TARP gamma-5, cornichon-2, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? 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ZK1 ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 SPD ? ? SPD ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 3 '{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid' ZK1 4 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE PCW 5 CHOLESTEROL CLR 6 Digitonin AJP 7 SPERMIDINE SPD # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #