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EMDB EMD-40743 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of LBD-TMD of AMPA receptor GluA2 in complex with auxiliary subunits TARP gamma-5 and cornichon-2 (apo state)' _pdbx_database_related.db_id EMD-40743 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8SS4 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-05-08 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Yen, L.Y.' 1 0000-0002-4086-0895 'Gangwar, S.P.' 2 0000-0003-1024-7608 'Yelshanskaya, M.V.' 3 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HEK293S-GnTi ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP GRIA2_RAT P19491 P19491-2 1 ;NSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLTPHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFC GTLHVSFITPSFPTDGTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAINVGNIN NDKKDETYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIANLGFTDGDLLKIQFGGANVSGFQIVD YDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTATIKYTSALTYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEI ERALKQVQVEGLSGNIKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVVTLTELPSGNDTSGLENKTVVVTTILES PYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITL VREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQ SSESTNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLSKQT EIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKV GGNLDSKGYGIATPKGSSLGTPVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGL GLAMLVALIEFCYKSRAEAKRMK ; 25 2 UNP CCG5_RAT Q8VHW8 ? 1 ;CGRKALTLLSSVFAVCGLGLLGIAVSTDYWLYLEEGIILPQNQSTEVKMSLHSGLWRVCFLAGEERGRCFTIEYVMPMNS QMTSESTVNVLKMIRSATPFPLVSLFFMFIGFILSNIGHIRPHRTILAFVSGIFFILSGLSLVVGLVLYISSINDEMLNR TKDAETYFNYKYGWSFAFAAISFLLTESAGVMSVYLFMKRYTAE ; 4 3 UNP CNIH2_HUMAN Q6PI25 ? 2 ;MAFTFAAFCYMLTLVLCASLIFFVIWHIIAFDELRTDFKNPIDQGNPARARERLKNIERICCLLRKLVVPEYSIHGLFCL MFLCAAEWVTLGLNIPLLFYHLWRYFHRPADGSEVMYDAVSIMNADILNYCQKESWCKLAFYLLSFFYYLYSMVYTLVSF ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8SS4 A 1 ? 817 ? 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'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SPD non-polymer . SPERMIDINE 'N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE; PA(34)' 'C7 H19 N3' 145.246 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 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ARG A 955 LEU A 989 1 ? 35 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY A 995 ? GLU A 1026 ? GLY A 1004 GLU A 1035 1 ? 32 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY B 414 ? CYS B 427 ? GLY B 423 CYS B 436 1 ? 14 HELX_P HELX_P23 AC5 GLY B 453 ? TYR B 460 ? GLY B 462 TYR B 469 1 ? 8 HELX_P HELX_P24 AC6 THR B 473 ? GLU B 478 ? THR B 482 GLU B 487 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 PHE B 506 ? ASP B 510 ? PHE B 515 ASP B 519 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 AC8 GLU B 515 ? PHE B 537 ? GLU B 524 PHE B 546 1 ? 23 HELX_P HELX_P27 AC9 GLY B 563 ? ALA B 574 ? GLY B 572 ALA B 583 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 AD1 SER B 586 ? VAL B 617 ? SER B 595 VAL B 626 1 ? 32 HELX_P HELX_P29 AD2 SER B 626 ? GLN B 633 ? SER B 635 GLN B 642 1 ? 8 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY B 644 ? ARG B 652 ? GLY B 653 ARG B 661 1 ? 9 HELX_P HELX_P31 AD4 VAL B 657 ? ALA B 668 ? VAL B 666 ALA B 677 1 ? 12 HELX_P HELX_P32 AD5 THR B 676 ? SER B 687 ? THR B 685 SER B 696 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 AD6 SER B 697 ? GLU B 704 ? SER B 706 GLU B 713 1 ? 8 HELX_P HELX_P34 AD7 LEU B 733 ? GLN B 747 ? LEU B 742 GLN B 756 1 ? 15 HELX_P HELX_P35 AD8 GLY B 748 ? TRP B 758 ? GLY B 757 TRP B 767 1 ? 11 HELX_P HELX_P36 AD9 SER B 781 ? VAL B 783 ? SER B 790 VAL B 792 5 ? 3 HELX_P HELX_P37 AE1 ALA B 784 ? ALA B 811 ? ALA B 793 ALA B 820 1 ? 28 HELX_P HELX_P38 AE2 GLY C 408 ? GLU C 410 ? GLY C 417 GLU C 419 5 ? 3 HELX_P HELX_P39 AE3 GLY C 414 ? GLY C 428 ? GLY C 423 GLY C 437 1 ? 15 HELX_P HELX_P40 AE4 ASN C 452 ? TYR C 460 ? ASN C 461 TYR C 469 1 ? 9 HELX_P HELX_P41 AE5 THR C 473 ? GLU C 478 ? THR C 482 GLU C 487 1 ? 6 HELX_P HELX_P42 AE6 PHE C 506 ? ASP C 510 ? PHE C 515 ASP C 519 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 ALA C 513 ? VAL C 534 ? ALA C 522 VAL C 543 1 ? 22 HELX_P HELX_P44 AE8 GLY C 563 ? MET C 576 ? GLY C 572 MET C 585 1 ? 14 HELX_P HELX_P45 AE9 SER C 588 ? MET C 620 ? SER C 597 MET C 629 1 ? 33 HELX_P HELX_P46 AF1 SER C 626 ? GLN C 633 ? SER C 635 GLN C 642 1 ? 8 HELX_P HELX_P47 AF2 GLY C 644 ? SER C 653 ? GLY C 653 SER C 662 1 ? 10 HELX_P HELX_P48 AF3 ILE C 655 ? SER C 667 ? ILE C 664 SER C 676 1 ? 13 HELX_P HELX_P49 AF4 THR C 676 ? LYS C 686 ? THR C 685 LYS C 695 1 ? 11 HELX_P HELX_P50 AF5 MET C 699 ? GLN C 705 ? MET C 708 GLN C 714 1 ? 7 HELX_P HELX_P51 AF6 GLY C 734 ? SER C 745 ? GLY C 743 SER C 754 1 ? 12 HELX_P HELX_P52 AF7 GLY C 748 ? TYR C 759 ? GLY C 757 TYR C 768 1 ? 12 HELX_P HELX_P53 AF8 ALA C 784 ? ALA C 813 ? ALA C 793 ALA C 822 1 ? 30 HELX_P HELX_P54 AF9 ARG C 825 ? VAL C 847 ? ARG C 834 VAL C 856 1 ? 23 HELX_P HELX_P55 AG1 ALA C 884 ? ARG C 888 ? ALA C 893 ARG C 897 5 ? 5 HELX_P HELX_P56 AG2 THR C 920 ? ARG C 943 ? THR C 929 ARG C 952 1 ? 24 HELX_P HELX_P57 AG3 ARG C 946 ? LEU C 980 ? ARG C 955 LEU C 989 1 ? 35 HELX_P HELX_P58 AG4 GLY C 995 ? GLU C 1026 ? GLY C 1004 GLU C 1035 1 ? 32 HELX_P HELX_P59 AG5 GLY D 414 ? CYS D 427 ? GLY D 423 CYS D 436 1 ? 14 HELX_P HELX_P60 AG6 GLY D 453 ? TYR D 460 ? GLY D 462 TYR D 469 1 ? 8 HELX_P HELX_P61 AG7 THR D 473 ? GLU D 478 ? THR D 482 GLU D 487 1 ? 6 HELX_P HELX_P62 AG8 PHE D 506 ? ASP D 510 ? 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ILE E 57 LYS E 66 1 ? 10 HELX_P HELX_P77 AI5 VAL E 68 ? ALA E 85 ? VAL E 68 ALA E 85 1 ? 18 HELX_P HELX_P78 AI6 GLU E 87 ? PHE E 106 ? GLU E 87 PHE E 106 1 ? 20 HELX_P HELX_P79 AI7 CYS E 131 ? SER E 159 ? CYS E 131 SER E 159 1 ? 29 HELX_P HELX_P80 AI8 THR F 4 ? THR F 36 ? THR F 4 THR F 36 1 ? 33 HELX_P HELX_P81 AI9 ILE F 57 ? LYS F 66 ? ILE F 57 LYS F 66 1 ? 10 HELX_P HELX_P82 AJ1 LEU F 67 ? ALA F 85 ? LEU F 67 ALA F 85 1 ? 19 HELX_P HELX_P83 AJ2 GLU F 87 ? PHE F 106 ? GLU F 87 PHE F 106 1 ? 20 HELX_P HELX_P84 AJ3 CYS F 131 ? SER F 159 ? CYS F 131 SER F 159 1 ? 29 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 709 SG ? ? ? 1_555 A CYS 764 SG ? ? A CYS 718 A CYS 773 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 881 SG ? ? ? 1_555 A CYS 891 SG ? ? A CYS 890 A CYS 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 709 SG ? ? ? 1_555 B CYS 764 SG ? ? B CYS 718 B CYS 773 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? ? disulf4 disulf ? ? C CYS 709 SG ? ? ? 1_555 C CYS 764 SG ? ? C CYS 718 C CYS 773 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf5 disulf ? ? C CYS 881 SG ? ? ? 1_555 C CYS 891 SG ? ? C CYS 890 C CYS 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf6 disulf ? ? D CYS 709 SG ? ? ? 1_555 D CYS 764 SG ? ? D CYS 718 D CYS 773 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 394 A . ? SER 403 A PRO 395 A ? PRO 404 A 1 -1.03 2 SER 394 B . ? SER 403 B PRO 395 B ? PRO 404 B 1 -9.25 3 GLU 669 B . ? GLU 678 B PRO 670 B ? PRO 679 B 1 14.68 4 LYS 707 B . ? LYS 716 B PRO 708 B ? PRO 717 B 1 10.75 5 SER 394 C . ? SER 403 C PRO 395 C ? PRO 404 C 1 -1.16 6 SER 394 D . ? SER 403 D PRO 395 D ? PRO 404 D 1 -9.18 7 GLU 669 D . ? GLU 678 D PRO 670 D ? PRO 679 D 1 14.69 8 LYS 707 D . ? LYS 716 D PRO 708 D ? PRO 717 D 1 10.78 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL A 387 ? 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