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EMDB EMD-41117 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Pom34-Pom152 membrane attachment site yeast NPC' EMD-41117 'associated EM volume' EMDB 'Full nuclear double outer ring of the yeast NPC' EMD-41114 'other EM volume' EMDB 'Lumenal ring of the isolated yeast NPC' EMD-41116 'other EM volume' EMDB 'Cytoplasmic outer ring of the yeast NPC' EMD-41119 'other EM volume' EMDB 'Central transporter/plug yeast NPC' EMD-41120 'other EM volume' EMDB 'Double outer ring connectors of the yeast NPC' EMD-41121 'other EM volume' EMDB 'Connectors in cytoplasmic outer ring of yeast NPC' EMD-41122 'other EM volume' EMDB 'Composite multiscale structure of the yeast NPC' EMD-41123 'other EM volume' EMDB 'Double nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC' EMD-41285 'other EM volume' PDB 'Double nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC' 8TIE unspecified EMDB 'Inner spoke ring of the yeast NPC' EMD-41300 'other EM volume' PDB 'Inner spoke ring of the yeast NPC' 8TJ5 unspecified # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8T9L _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-06-24 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Akey, C.W.' 1 0000-0002-3059-3121 'Echeverria, I.' 2 0000-0003-4717-1467 'Ouch, C.' 3 0000-0003-4116-1217 'Fernandez-Martinez, J.' 4 0000-0003-0567-498X 'Rout, M.P.' 5 0000-0003-2010-706X # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Mol.Cell _citation.journal_id_ASTM MOCEFL _citation.journal_id_CSD 2168 _citation.journal_id_ISSN 1097-2765 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 83 _citation.language ? _citation.page_first 3283 _citation.page_last 3302.e5 _citation.title 'Implications of a multiscale structure of the yeast nuclear pore complex.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.molcel.2023.08.025 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37738963 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Akey, C.W.' 1 ? primary 'Echeverria, I.' 2 ? primary 'Ouch, C.' 3 ? primary 'Nudelman, I.' 4 ? primary 'Shi, Y.' 5 ? primary 'Wang, J.' 6 ? primary 'Chait, B.T.' 7 ? primary 'Sali, A.' 8 ? primary 'Fernandez-Martinez, J.' 9 ? primary 'Rout, M.P.' 10 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Nucleoporin POM152' 151833.891 2 ? ? ? 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'Pore membrane protein and inner ring anchor' # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Nuclear pore protein POM152,P150,Pore membrane protein POM152' 2 'Nuclear pore protein POM34,Pore membrane protein POM34' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MEHRYNVFNDTPRGNHWMGSSVSGSPRPSYSSRPNVNTTRRFQYSDDEPAEKIRPLRSRSFKSTESNISDEKSRISERDS KDRYINGDKKVDIYSLPLISTDVLEISKQRTFAVILFLIIQCYKIYDLVILKSGLPLSGLLFKNYRFNFISKYFIIDSFF LYVLPSFNIPRLTFKPWVVYLQILAMLLLNIFISSDHEFVLISLIMTTWRKLYTKELSVTGSAINHHRIFDSSAHFKGAL TIKILPENTAMFNPLHESYCLPMDTNLFKINSIDVPIRINSTEEIEYIELEYRDLYTNSVELRSLSKKDFKIIDNPKSFL KKDQSVLKSHSNDFEEGSTIRYLAVTLQDIGFYQIKKIVDSKKLNLKIHQSHLVVPYCPIASITGTGSNDRCIGDSDNVS FEIQGVPPMKLAYSKIVNGQTFSYVDSSLQPEYFESPLQSSKSKQSFTQGELNDLKWGRNQPVNINLDSSITQDGKFAYK 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'principal investigator/group leader' 0000-0002-3059-3121 3 rout@rockefeller.edu Michael Rout P. 'principal investigator/group leader' 0000-0003-2010-706X # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2023-10-11 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8T9L _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria 'cross correlation' _em_3d_fitting.details 'Rigid body docking and manual building with Chimera and coot' _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details none _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name AlphaFold _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8T9L _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details 'local resolution for the TMDs 10.5-12 Angstroms' _em_3d_reconstruction.resolution 7.0 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 208392 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT' _em_buffer.pH 7.5 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 NATURAL COMPLEX 'Nuclear Pore Complex' 'Protein A tagged Mlp1 pullout of NPC' ? ? 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