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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Wang, H.' 1 ? primary 'Kwong, P.D.' 2 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Surface protein gp120' 54086.324 3 ? ? ? ? 2 polymer man 'Transmembrane protein gp41' 17146.482 3 ? ? ? ? 3 polymer man 'HERH-b*01 heavy chain' 25558.494 3 ? ? ? ? 4 polymer man 'HERH-b*01 light chain' 23998.727 3 ? ? ? ? 5 branched man 'beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 586.542 6 ? ? ? ? 6 branched man '2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 424.401 6 ? ? ? ? 7 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 910.823 3 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CA 8 NAG 1 602 608 NAG NAG E . DA 8 NAG 1 603 609 NAG NAG E . EA 8 NAG 1 604 615 NAG NAG E . FA 8 NAG 1 605 616 NAG NAG E . GA 8 NAG 1 606 617 NAG NAG E . HA 8 NAG 1 607 618 NAG NAG E . IA 8 NAG 1 608 619 NAG NAG E . JA 8 NAG 1 609 620 NAG NAG E . KA 8 NAG 1 610 621 NAG NAG E . LA 8 NAG 1 611 622 NAG NAG E . MA 8 NAG 1 612 623 NAG NAG E . NA 8 NAG 1 613 624 NAG NAG E . OA 8 NAG 1 701 707 NAG NAG B . PA 8 NAG 1 702 708 NAG NAG B . QA 8 NAG 1 601 602 NAG NAG D . RA 8 NAG 1 602 608 NAG NAG D . SA 8 NAG 1 603 609 NAG NAG D . TA 8 NAG 1 604 615 NAG NAG D . UA 8 NAG 1 605 616 NAG NAG D . VA 8 NAG 1 606 617 NAG NAG D . WA 8 NAG 1 607 618 NAG NAG D . XA 8 NAG 1 608 619 NAG NAG D . YA 8 NAG 1 609 620 NAG NAG D . ZA 8 NAG 1 610 621 NAG NAG D . AB 8 NAG 1 611 622 NAG NAG D . BB 8 NAG 1 612 623 NAG NAG D . CB 8 NAG 1 613 624 NAG NAG D . DB 8 NAG 1 701 702 NAG NAG A . EB 8 NAG 1 702 706 NAG NAG A . FB 8 NAG 1 601 602 NAG NAG F . GB 8 NAG 1 602 608 NAG NAG F . HB 8 NAG 1 603 609 NAG NAG F . 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.745 ? 28179 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 3.265 ? 3219 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 3420 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 5895 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8TO7 _struct.title 'Cryo-EM structure of HERH-b*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505.DS SOSIP' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8TO7 _struct_keywords.text 'Antibody, Vaccination, VIRAL PROTEIN, IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 1 ? J N N 2 ? K N N 3 ? L N N 4 ? M N N 5 ? N N N 6 ? 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B ASN 611 B NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 107 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? B ASN 618 B NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? B ASN 637 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? E ASN 58 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? D ASN 88 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? E ASN 103 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? D ASN 133 D NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? E ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? D ASN 156 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? E ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? D ASN 160 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? E ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? D ASN 197 D NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? E ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? D ASN 234 D NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? E ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? D ASN 262 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? E ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? D ASN 276 D NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? E ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? D ASN 295 D NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? E ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? D ASN 301 D NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? E ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? D ASN 332 D NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? E ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? D ASN 339 D NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? E ASN 324 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? D ASN 355 D NAG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? 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F ASN 88 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale42 covale one ? I ASN 103 ND2 ? ? ? 1_555 FB NAG . C1 ? ? F ASN 133 F NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale43 covale one ? I ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? F ASN 156 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale44 covale one ? I ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? F ASN 160 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale45 covale one ? I ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 GB NAG . C1 ? ? F ASN 197 F NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale46 covale one ? I ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 HB NAG . C1 ? ? F ASN 234 F NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale47 covale one ? I ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? F ASN 262 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale48 covale one ? I ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 IB NAG . C1 ? ? F ASN 276 F NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale49 covale one ? 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