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;CGACAACCTCCTTAGTACATGCAACCATTATCACCGCCAGAGGTAAAATAGTCAACACGCACGGTGTTAGATATTTATCC AACTCTAGAGGATCCCTCGATTCCG ; P ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 CHAPSO 1N7 9 'MAGNESIUM ION' MG 10 'ZINC ION' ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 GLN n 1 3 GLY n 1 4 SER n 1 5 VAL n 1 6 THR n 1 7 GLU n 1 8 PHE n 1 9 LEU n 1 10 LYS n 1 11 PRO n 1 12 ARG n 1 13 LEU n 1 14 VAL n 1 15 ASP n 1 16 ILE n 1 17 GLU n 1 18 GLN n 1 19 VAL n 1 20 SER n 1 21 SER n 1 22 THR n 1 23 HIS n 1 24 ALA n 1 25 LYS n 1 26 VAL n 1 27 THR n 1 28 LEU n 1 29 GLU n 1 30 PRO n 1 31 LEU n 1 32 GLU n 1 33 ARG n 1 34 GLY n 1 35 PHE n 1 36 GLY n 1 37 HIS n 1 38 THR n 1 39 LEU n 1 40 GLY n 1 41 ASN n 1 42 ALA n 1 43 LEU n 1 44 ARG n 1 45 ARG n 1 46 ILE n 1 47 LEU n 1 48 LEU n 1 49 SER n 1 50 SER n 1 51 MET n 1 52 PRO n 1 53 GLY n 1 54 CYS n 1 55 ALA n 1 56 VAL n 1 57 THR n 1 58 GLU n 1 59 VAL 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O 1N7 1 O6 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8TOE _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8TOE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8TOE _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8TOE _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 31623 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.472 ? 43031 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.244 ? 12221 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.040 ? 4945 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 5341 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8TOE _struct.title 'Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1c) at the lambda PR promoter' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8TOE _struct_keywords.text 'DNA-dependent RNA polymerase, transcription, intermediate, DNA promoter, DNA unwinding, transcription-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords transcription/DNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 1 ? H N N 6 ? I N N 7 ? J N N 8 ? K N N 9 ? L N N 10 ? 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P0A7Z4 1 ? 329 ? 1 329 2 1 8TOE H 1 ? 329 ? P0A7Z4 1 ? 329 ? 1 329 3 2 8TOE I 1 ? 1342 ? P0A8V2 1 ? 1342 ? 1 1342 4 3 8TOE J 1 ? 1407 ? P0A8T7 1 ? 1407 ? 1 1407 5 4 8TOE K 1 ? 91 ? P0A800 1 ? 91 ? 1 91 6 5 8TOE L 1 ? 613 ? Q0P6L9 1 ? 613 ? -58 613 7 1 8TOE M 1 ? 329 ? P0A7Z4 1 ? 329 ? 1 329 8 6 8TOE O 1 ? 105 ? 8TOE 1 ? 105 ? 1 105 9 7 8TOE P 1 ? 105 ? 8TOE 1 ? 105 ? 1 105 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 34 ? 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CYS D 88 ? CYS J 70 ? 1_555 CYS J 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS D 895 ? CYS D 898 ? CYS J 895 ? 1_555 CYS J 898 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 67 B . ? GLU 67 H TYR 68 B ? TYR 68 H 1 -3.60 2 PHE 57 C . ? PHE 57 I PRO 58 C ? PRO 58 I 1 -0.60 3 ILE 707 D . ? ILE 707 J ASN 708 D ? ASN 708 J 1 -10.30 4 TRP 321 G . ? TRP 321 M PRO 322 G ? PRO 322 M 1 -2.25 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 8 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 3 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 8 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 3 ? AD6 ? 3 ? AD7 ? 3 ? AD8 ? 3 ? AD9 ? 3 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 2 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 5 ? AE7 ? 3 ? AE8 ? 4 ? AE9 ? 3 ? AF1 ? 4 ? 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VAL H 14 SER H 20 AA7 2 HIS B 23 ? LEU B 31 ? HIS H 23 LEU H 31 AA7 3 ARG B 195 ? LEU B 201 ? ARG H 195 LEU H 201 AA7 4 VAL B 187 ? VAL B 192 ? VAL H 187 VAL H 192 AA8 1 PRO B 52 ? ILE B 61 ? PRO H 52 ILE H 61 AA8 2 ASP B 135 ? ARG B 150 ? ASP H 135 ARG H 150 AA8 3 VAL B 98 ? GLY B 106 ? VAL H 98 GLY H 106 AA9 1 VAL B 90 ? ARG B 91 ? VAL H 90 ARG H 91 AA9 2 GLU B 122 ? ILE B 123 ? GLU H 122 ILE H 123 AB1 1 PRO B 109 ? THR B 111 ? PRO H 109 THR H 111 AB1 2 VAL B 129 ? HIS B 132 ? VAL H 129 HIS H 132 AB2 1 TYR B 152 ? VAL B 153 ? TYR H 152 VAL H 153 AB2 2 ALA B 175 ? CYS B 176 ? ALA H 175 CYS H 176 AB3 1 LYS C 13 ? ASP C 14 ? LYS I 13 ASP I 14 AB3 2 ILE C 1182 ? ALA C 1183 ? ILE I 1182 ALA I 1183 AB3 3 VAL C 700 ? GLY C 701 ? VAL I 700 GLY I 701 AB4 1 ILE C 59 ? GLN C 60 ? ILE I 59 GLN I 60 AB4 2 SER C 66 ? LEU C 75 ? SER I 66 LEU I 75 AB4 3 SER C 93 ? TYR C 105 ? SER I 93 TYR I 105 AB4 4 VAL C 114 ? PRO C 128 ? VAL I 114 PRO I 128 AB5 1 PHE C 136 ? VAL C 137 ? 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