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;GPGHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEH AKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GPGHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEH AKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GPGHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAG EASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTS ; ;GPGHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAG EASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTS ; D,H ? 4 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) 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;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT ; J ? 6 'polypeptide(L)' no no ;GPGMALPKDAIPSLSECQCGICMEILVEPVTLPCNHTLCKPCFQSTVEKASLCCPFCRRRVSSWTRYHTRRNSLVNVELW TIIQKHYPRECKLRASGQESEEVADDYQPVRLLSKPGELRREYEEEISKVAAERRASEEEENKASEEYIQRLLAEEEEEE KRQAEKRRRAMEEQLKSDEELARKLSIDINNFCEGSISASPLNSRKSDPVTPKSEKKSKNKQRNTGDIQKYLTPKSQFGS ASHSEAVQEVRKDSVSKDIDSSDRKSPTGQDTEIEDMPTLSPQISLGVGEQGADSSIESPMPWLCACGAEWYHEGNVKTR PSNHGKELCVLSHERPKTRVPYSKETAVMPCGRTESGCAPTSGVTQTNGNNTGETENEESCLLISKEISKRKNQESSFEA VKDPCFSAKRRKVSPESSPDQEETEINFTQKLIDLEHLLFERHKQEEQDRLLALQLQKEVDKEQMVPNRQKGSPDEYHLR ATSSPPDKVLNGQRKNPKDGNFKRQTHTKHPTPERGSRDKNRQVSLKMQLKQSVNRRKMPNSTRDHCKVSKSAHSLQPSI SQKSVFQMFQRCTKHHHHHH ; ;GPGMALPKDAIPSLSECQCGICMEILVEPVTLPCNHTLCKPCFQSTVEKASLCCPFCRRRVSSWTRYHTRRNSLVNVELW TIIQKHYPRECKLRASGQESEEVADDYQPVRLLSKPGELRREYEEEISKVAAERRASEEEENKASEEYIQRLLAEEEEEE KRQAEKRRRAMEEQLKSDEELARKLSIDINNFCEGSISASPLNSRKSDPVTPKSEKKSKNKQRNTGDIQKYLTPKSQFGS ASHSEAVQEVRKDSVSKDIDSSDRKSPTGQDTEIEDMPTLSPQISLGVGEQGADSSIESPMPWLCACGAEWYHEGNVKTR PSNHGKELCVLSHERPKTRVPYSKETAVMPCGRTESGCAPTSGVTQTNGNNTGETENEESCLLISKEISKRKNQESSFEA VKDPCFSAKRRKVSPESSPDQEETEINFTQKLIDLEHLLFERHKQEEQDRLLALQLQKEVDKEQMVPNRQKGSPDEYHLR ATSSPPDKVLNGQRKNPKDGNFKRQTHTKHPTPERGSRDKNRQVSLKMQLKQSVNRRKMPNSTRDHCKVSKSAHSLQPSI SQKSVFQMFQRCTKHHHHHH ; K ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GPGHMMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG G ; ;GPGHMMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG G ; M ? 8 'polypeptide(L)' no no ;SASAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRND EELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;SASAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRND EELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id 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GLN n 1 91 SER n 1 92 SER n 1 93 ALA n 1 94 VAL n 1 95 MET n 1 96 ALA n 1 97 LEU n 1 98 GLN n 1 99 GLU n 1 100 ALA n 1 101 CYS n 1 102 GLU n 1 103 ALA n 1 104 TYR n 1 105 LEU n 1 106 VAL n 1 107 GLY n 1 108 LEU n 1 109 PHE n 1 110 GLU n 1 111 ASP n 1 112 THR n 1 113 ASN n 1 114 LEU n 1 115 CYS n 1 116 ALA n 1 117 ILE n 1 118 HIS n 1 119 ALA n 1 120 LYS n 1 121 ARG n 1 122 VAL n 1 123 THR n 1 124 ILE n 1 125 MET n 1 126 PRO n 1 127 LYS n 1 128 ASP n 1 129 ILE n 1 130 GLN n 1 131 LEU n 1 132 ALA n 1 133 ARG n 1 134 ARG n 1 135 ILE n 1 136 ARG n 1 137 GLY n 1 138 GLU n 1 139 ARG n 1 140 ALA n 2 1 GLY n 2 2 PRO n 2 3 GLY n 2 4 HIS n 2 5 MET n 2 6 SER n 2 7 GLY n 2 8 ARG n 2 9 GLY n 2 10 LYS n 2 11 GLY n 2 12 GLY n 2 13 LYS n 2 14 GLY n 2 15 LEU n 2 16 GLY n 2 17 LYS n 2 18 GLY n 2 19 GLY n 2 20 ALA n 2 21 LYS n 2 22 ARG n 2 23 HIS n 2 24 ARG n 2 25 LYS n 2 26 VAL n 2 27 LEU n 2 28 ARG n 2 29 ASP n 2 30 ASN n 2 31 ILE n 2 32 GLN n 2 33 GLY n 2 34 ILE n 2 35 THR n 2 36 LYS n 2 37 PRO n 2 38 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G . n # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8TXV _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8TXV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8TXV _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8TXV _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 13661 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.551 ? 19704 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 30.110 ? 3913 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.033 ? 2240 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 1480 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8TXV _struct.title 'Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 1)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8TXV _struct_keywords.text ;Nucleosome core particle, chromatin, RNF168, MIU2-LRM domains, DNA repair, DNA double-strand break, Homologous recombination, BRCA1-BARD1, 53BP1, ubiquitin, STRUCTURAL PROTEIN-DNA-TRANSFERASE complex, TRANSFERASE ; _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 6 ? J N N 7 ? K N N 8 ? 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RELION 3.0.7 # _em_specimen.concentration 0.25 _em_specimen.details '10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, pH 7.5' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8TXV 'double helix' 8TXV 'a-form double helix' 8TXV 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 G DA 1 1_555 H DT 147 1_555 0.469 -3.039 1.490 -55.365 8.262 105.006 1 I_DA-73:DT73_J I -73 ? 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