data_8U2C # _entry.id 8U2C # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.383 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8U2C pdb_00008u2c 10.2210/pdb8u2c/pdb WWPDB D_1000277231 ? ? EMDB EMD-41845 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2023-11-15 2 'Structure model' 1 1 2023-11-29 3 'Structure model' 1 2 2024-01-24 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 3 'Structure model' citation # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 2 2 'Structure model' '_citation.title' 3 3 'Structure model' '_citation.journal_volume' 4 3 'Structure model' '_citation.page_first' 5 3 'Structure model' '_citation.page_last' 6 3 'Structure model' '_citation.year' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8U2C _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-09-05 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB re-refinement EMD-3953 'other EM volume' PDB re-refinement 6ETI unspecified EMDB 'Gaussian mixture model based single particle refinement - ABC transporter (inhibitor-bound ABCG2 from EMPIAR-10374)' EMD-41845 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email muyuanc@stanford.edu _pdbx_contact_author.name_first Muyuan _pdbx_contact_author.name_last Chen _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-1311-7868 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Chen, M.' 1 ? 'Pintilie, G.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nat.Methods _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1548-7105 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 21 _citation.language ? _citation.page_first 37 _citation.page_last 40 _citation.title 'Improving resolution and resolvability of single-particle cryoEM structures using Gaussian mixture models.' _citation.year 2024 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41592-023-02082-9 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37973972 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Chen, M.' 1 ? primary 'Schmid, M.F.' 2 ? primary 'Chiu, W.' 3 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Broad substrate specificity ATP-binding cassette transporter ABCG2' 72385.852 2 7.6.2.2 ? ? ? 2 polymer man '5D3 Fab light chain variable domain' 23594.016 2 ? ? ? ? 3 polymer man '5D3 Fab heavy chain variable domain' 23843.633 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'FAB heavy chain constant domain' 22986.840 2 ? ? ? ;The Fab domains were not resolved in the original structure and, therefore, were not modeled. With the implementation of an improved method, we can now resolve the domains within the CryoEM density map. However, given the absence of FAB information in the original structure, we opted to fit a representative FAB structure, utilizing PDB ID 7FAB as a reference. ; 5 polymer man 'Fab light chain constant domain' 22866.355 2 ? ? ? ;The Fab domains were not resolved in the original structure and, therefore, were not modeled. With the implementation of an improved method, we can now resolve the domains within the CryoEM density map. However, given the absence of FAB information in the original structure, we opted to fit a representative FAB structure, utilizing PDB ID 7FAB as a reference. ; # _entity_name_com.entity_id 1 _entity_name_com.name ;ATP-binding cassette sub-family G member 2,Breast cancer resistance protein,CDw338,Mitoxantrone resistance-associated protein,Placenta-specific ATP-binding cassette transporter,Urate exporter ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSSSNVEVFIPVSQGNTNGFPATASNDLKAFTEGAVLSFHNICYRVKLKSGFLPCRKPVEKEILSNINGIMKPGLNAILG PTGGGKSSLLDVLAARKDPSGLSGDVLINGAPRPANFKCNSGYVVQDDVVMGTLTVRENLQFSAALRLATTMTNHEKNER INRVIQELGLDKVADSKVGTQFIRGVSGGERKRTSIGMELITDPSILFLDEPTTGLDSSTANAVLLLLKRMSKQGRTIIF SIHQPRYSIFKLFDSLTLLASGRLMFHGPAQEALGYFESAGYHCEAYNNPADFFLDIINGDSTAVALNREEDFKATEIIE PSKQDKPLIEKLAEIYVNSSFYKETKAELHQLSGGEKKKKITVFKEISYTTSFCHQLRWVSKRSFKNLLGNPQASIAQII VTVVLGLVIGAIYFGLKNDSTGIQNRAGVLFFLTTNQCFSSVSAVELFVVEKKLFIHEYISGYYRVSSYFLGKLLSDLLP MRMLPSIIFTCIVYFMLGLKPKADAFFVMMFTLMMVAYSASSMALAIAAGQSVVSVATLLMTICFVFMMIFSGLLVNLTT IASWLSWLQYFSIPRYGFTALQHNEFLGQNFCPGLNATGNNPCNYATCTGEEYLVKQGIDLSPWGLWKNHVALACMIVIF LTIAYLKLLFLKKYS ; ;MSSSNVEVFIPVSQGNTNGFPATASNDLKAFTEGAVLSFHNICYRVKLKSGFLPCRKPVEKEILSNINGIMKPGLNAILG PTGGGKSSLLDVLAARKDPSGLSGDVLINGAPRPANFKCNSGYVVQDDVVMGTLTVRENLQFSAALRLATTMTNHEKNER INRVIQELGLDKVADSKVGTQFIRGVSGGERKRTSIGMELITDPSILFLDEPTTGLDSSTANAVLLLLKRMSKQGRTIIF SIHQPRYSIFKLFDSLTLLASGRLMFHGPAQEALGYFESAGYHCEAYNNPADFFLDIINGDSTAVALNREEDFKATEIIE PSKQDKPLIEKLAEIYVNSSFYKETKAELHQLSGGEKKKKITVFKEISYTTSFCHQLRWVSKRSFKNLLGNPQASIAQII VTVVLGLVIGAIYFGLKNDSTGIQNRAGVLFFLTTNQCFSSVSAVELFVVEKKLFIHEYISGYYRVSSYFLGKLLSDLLP MRMLPSIIFTCIVYFMLGLKPKADAFFVMMFTLMMVAYSASSMALAIAAGQSVVSVATLLMTICFVFMMIFSGLLVNLTT IASWLSWLQYFSIPRYGFTALQHNEFLGQNFCPGLNATGNNPCNYATCTGEEYLVKQGIDLSPWGLWKNHVALACMIVIF LTIAYLKLLFLKKYS ; A,B ? 2 'polypeptide(L)' no no ;DIVLTQSPSSFSVSLGDRVTISCKASGYILNRLAWYQQKPGNAPRLLISGATSLETGFPSRFSGTGSGKDYTLSISSLQT EDVGTYYCQQYWSTPWTFGGGTKLEIRRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVL NSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC ; ;DIVLTQSPSSFSVSLGDRVTISCKASGYILNRLAWYQQKPGNAPRLLISGATSLETGFPSRFSGTGSGKDYTLSISSLQT EDVGTYYCQQYWSTPWTFGGGTKLEIRRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVL NSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC ; C,E ? 3 'polypeptide(L)' no no ;QVQLQESGPGLVKPSQSLSLTCTVTGFSITSDYAWNWIRQFPGKKLEWMGYINFDGGTTYNPSLRGRISITRDTSKNQFF LQLRSVTPEDTATYYCATFYGAKGTLDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPVCGDTSGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTW NSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPRGP ; ;QVQLQESGPGLVKPSQSLSLTCTVTGFSITSDYAWNWIRQFPGKKLEWMGYINFDGGTTYNPSLRGRISITRDTSKNQFF LQLRSVTPEDTATYYCATFYGAKGTLDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPVCGDTSGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTW NSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPRGP ; D,F ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AVQLEQSGPGLVRPSQTLSLTCTVSGTSFDDYYWTWVRQPPGRGLEWIGYVFYTGTTLLDPSLRGRVTMLVNTSKNQFSL RLSSVTAADTAVYYCARNLIAGGIDVWGQGSLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNS GALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP ; ;AVQLEQSGPGLVRPSQTLSLTCTVSGTSFDDYYWTWVRQPPGRGLEWIGYVFYTGTTLLDPSLRGRVTMLVNTSKNQFSL RLSSVTAADTAVYYCARNLIAGGIDVWGQGSLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNS GALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP ; I,J ? 5 'polypeptide(L)' no no ;QMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDYTLTISSLQPED FATYYCQQDGWSLITFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQES VTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRG ; ;QMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDYTLTISSLQPED FATYYCQQDGWSLITFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQES VTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRG ; K,L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 SER n 1 4 SER n 1 5 ASN n 1 6 VAL n 1 7 GLU n 1 8 VAL n 1 9 PHE n 1 10 ILE n 1 11 PRO n 1 12 VAL n 1 13 SER n 1 14 GLN n 1 15 GLY n 1 16 ASN n 1 17 THR n 1 18 ASN n 1 19 GLY n 1 20 PHE n 1 21 PRO n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 ALA n 1 25 SER n 1 26 ASN n 1 27 ASP n 1 28 LEU n 1 29 LYS n 1 30 ALA n 1 31 PHE n 1 32 THR n 1 33 GLU n 1 34 GLY n 1 35 ALA n 1 36 VAL n 1 37 LEU n 1 38 SER n 1 39 PHE n 1 40 HIS n 1 41 ASN n 1 42 ILE n 1 43 CYS n 1 44 TYR n 1 45 ARG n 1 46 VAL n 1 47 LYS n 1 48 LEU n 1 49 LYS n 1 50 SER n 1 51 GLY n 1 52 PHE n 1 53 LEU n 1 54 PRO n 1 55 CYS n 1 56 ARG n 1 57 LYS n 1 58 PRO n 1 59 VAL n 1 60 GLU n 1 61 LYS n 1 62 GLU n 1 63 ILE n 1 64 LEU n 1 65 SER n 1 66 ASN n 1 67 ILE n 1 68 ASN n 1 69 GLY n 1 70 ILE n 1 71 MET n 1 72 LYS n 1 73 PRO n 1 74 GLY n 1 75 LEU n 1 76 ASN n 1 77 ALA n 1 78 ILE n 1 79 LEU n 1 80 GLY n 1 81 PRO n 1 82 THR n 1 83 GLY n 1 84 GLY n 1 85 GLY n 1 86 LYS n 1 87 SER n 1 88 SER n 1 89 LEU n 1 90 LEU n 1 91 ASP n 1 92 VAL n 1 93 LEU n 1 94 ALA n 1 95 ALA n 1 96 ARG n 1 97 LYS n 1 98 ASP n 1 99 PRO n 1 100 SER n 1 101 GLY n 1 102 LEU n 1 103 SER n 1 104 GLY n 1 105 ASP n 1 106 VAL n 1 107 LEU n 1 108 ILE n 1 109 ASN n 1 110 GLY n 1 111 ALA n 1 112 PRO n 1 113 ARG n 1 114 PRO n 1 115 ALA n 1 116 ASN n 1 117 PHE n 1 118 LYS n 1 119 CYS n 1 120 ASN n 1 121 SER n 1 122 GLY n 1 123 TYR n 1 124 VAL n 1 125 VAL n 1 126 GLN n 1 127 ASP n 1 128 ASP n 1 129 VAL n 1 130 VAL n 1 131 MET n 1 132 GLY n 1 133 THR n 1 134 LEU n 1 135 THR n 1 136 VAL n 1 137 ARG n 1 138 GLU n 1 139 ASN n 1 140 LEU n 1 141 GLN n 1 142 PHE n 1 143 SER n 1 144 ALA n 1 145 ALA n 1 146 LEU n 1 147 ARG n 1 148 LEU n 1 149 ALA n 1 150 THR n 1 151 THR n 1 152 MET n 1 153 THR n 1 154 ASN n 1 155 HIS n 1 156 GLU n 1 157 LYS n 1 158 ASN n 1 159 GLU n 1 160 ARG n 1 161 ILE n 1 162 ASN n 1 163 ARG n 1 164 VAL n 1 165 ILE n 1 166 GLN n 1 167 GLU n 1 168 LEU n 1 169 GLY n 1 170 LEU n 1 171 ASP n 1 172 LYS n 1 173 VAL n 1 174 ALA n 1 175 ASP n 1 176 SER n 1 177 LYS n 1 178 VAL n 1 179 GLY n 1 180 THR n 1 181 GLN n 1 182 PHE n 1 183 ILE n 1 184 ARG n 1 185 GLY n 1 186 VAL n 1 187 SER n 1 188 GLY n 1 189 GLY n 1 190 GLU n 1 191 ARG n 1 192 LYS n 1 193 ARG n 1 194 THR n 1 195 SER n 1 196 ILE n 1 197 GLY n 1 198 MET n 1 199 GLU n 1 200 LEU n 1 201 ILE n 1 202 THR n 1 203 ASP n 1 204 PRO n 1 205 SER n 1 206 ILE n 1 207 LEU n 1 208 PHE n 1 209 LEU n 1 210 ASP n 1 211 GLU n 1 212 PRO n 1 213 THR n 1 214 THR n 1 215 GLY n 1 216 LEU n 1 217 ASP n 1 218 SER n 1 219 SER n 1 220 THR n 1 221 ALA n 1 222 ASN n 1 223 ALA n 1 224 VAL n 1 225 LEU n 1 226 LEU n 1 227 LEU n 1 228 LEU n 1 229 LYS n 1 230 ARG n 1 231 MET n 1 232 SER n 1 233 LYS n 1 234 GLN n 1 235 GLY n 1 236 ARG n 1 237 THR n 1 238 ILE n 1 239 ILE n 1 240 PHE n 1 241 SER n 1 242 ILE n 1 243 HIS n 1 244 GLN n 1 245 PRO n 1 246 ARG n 1 247 TYR n 1 248 SER n 1 249 ILE n 1 250 PHE n 1 251 LYS n 1 252 LEU n 1 253 PHE n 1 254 ASP n 1 255 SER n 1 256 LEU n 1 257 THR n 1 258 LEU n 1 259 LEU n 1 260 ALA n 1 261 SER n 1 262 GLY n 1 263 ARG n 1 264 LEU n 1 265 MET n 1 266 PHE n 1 267 HIS n 1 268 GLY n 1 269 PRO n 1 270 ALA n 1 271 GLN n 1 272 GLU n 1 273 ALA n 1 274 LEU n 1 275 GLY n 1 276 TYR n 1 277 PHE n 1 278 GLU n 1 279 SER n 1 280 ALA n 1 281 GLY n 1 282 TYR n 1 283 HIS n 1 284 CYS n 1 285 GLU n 1 286 ALA n 1 287 TYR n 1 288 ASN n 1 289 ASN n 1 290 PRO n 1 291 ALA n 1 292 ASP n 1 293 PHE n 1 294 PHE n 1 295 LEU n 1 296 ASP n 1 297 ILE n 1 298 ILE n 1 299 ASN n 1 300 GLY n 1 301 ASP n 1 302 SER n 1 303 THR n 1 304 ALA n 1 305 VAL n 1 306 ALA n 1 307 LEU n 1 308 ASN n 1 309 ARG n 1 310 GLU n 1 311 GLU n 1 312 ASP n 1 313 PHE n 1 314 LYS n 1 315 ALA n 1 316 THR n 1 317 GLU n 1 318 ILE n 1 319 ILE n 1 320 GLU n 1 321 PRO n 1 322 SER n 1 323 LYS n 1 324 GLN n 1 325 ASP n 1 326 LYS n 1 327 PRO n 1 328 LEU n 1 329 ILE 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