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_citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Cryo-EM structure of human DNMT3A N-terminal domain bound to H2AK119Ub nucleosome' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Chen, X.' 1 ? primary 'Song, J.' 2 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A' 11070.631 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'nucleosome DNA' 55176.137 1 ? ? ? ? 3 polymer man Ubiquitin 8576.831 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'nucleosome DNA' 55963.656 1 ? ? ? ? 5 polymer man 'Histone H3.3C' 15521.349 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'Histone H4' 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(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG) ; ;GCTCTCTACGTAAACATCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAAC GCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACAT CCTGTGACTTACCCACTTCG ; C ? 3 'polypeptide(L)' no no MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG D ? 4 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) ; ;CGAAGTGGGTAAGTCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGC GGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCC AGGATGTTTACGTAGAGAGC ; H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLVTKAAKKCAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK 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YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; M,S ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 PRO n 1 2 GLU n 1 3 ALA n 1 4 SER n 1 5 ARG n 1 6 ALA n 1 7 VAL n 1 8 GLU n 1 9 ASN n 1 10 GLY n 1 11 CYS n 1 12 CYS n 1 13 THR n 1 14 PRO n 1 15 LYS n 1 16 GLU n 1 17 GLY n 1 18 ARG n 1 19 GLY n 1 20 ALA n 1 21 PRO n 1 22 ALA n 1 23 GLU n 1 24 ALA n 1 25 GLY n 1 26 LYS n 1 27 GLU n 1 28 GLN n 1 29 LYS n 1 30 GLU n 1 31 THR n 1 32 ASN n 1 33 ILE n 1 34 GLU n 1 35 SER n 1 36 MET n 1 37 LYS n 1 38 MET n 1 39 GLU n 1 40 GLY n 1 41 SER n 1 42 ARG n 1 43 GLY n 1 44 ARG n 1 45 LEU n 1 46 ARG n 1 47 GLY n 1 48 GLY n 1 49 LEU n 1 50 GLY n 1 51 TRP n 1 52 GLU n 1 53 SER n 1 54 SER n 1 55 LEU n 1 56 ARG n 1 57 GLN n 1 58 ARG n 1 59 PRO n 1 60 MET n 1 61 PRO n 1 62 ARG n 1 63 LEU n 1 64 THR n 1 65 PHE n 1 66 GLN n 1 67 ALA n 1 68 GLY n 1 69 ASP n 1 70 PRO n 1 71 TYR n 1 72 TYR n 1 73 ILE n 1 74 SER n 1 75 LYS n 1 76 ARG n 1 77 LYS n 1 78 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M LYS 29 CE 228 1 Y 1 S LYS 28 ? NZ ? M LYS 29 NZ 229 1 Y 1 S LYS 122 ? CG ? M LYS 123 CG 230 1 Y 1 S LYS 122 ? CD ? M LYS 123 CD 231 1 Y 1 S LYS 122 ? CE ? M LYS 123 CE 232 1 Y 1 S LYS 122 ? NZ ? 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# _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8U5H _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 8U5H _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? 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_refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.705 ? 20703 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 33.078 ? 4154 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.055 ? 2365 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 1540 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8U5H _struct.title 'Cryo-EM structure of human DNMT3A UDR bound to H2AK119ub1-modified nucleosome' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8U5H _struct_keywords.text 'DNA cytosine methyltransferase, STRUCTURAL PROTEIN-TRANSFERASE-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN/TRANSFERASE/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 6 ? H N N 7 ? I N N 8 ? J N N 5 ? K N N 6 ? L N N 7 ? M N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP DNM3A_HUMAN Q9Y6K1 ? 1 ;PEASRAVENGCCTPKEGRGAPAEAGKEQKETNIESMKMEGSRGRLRGGLGWESSLRQRPMPRLTFQAGDPYYISKRKRDE WLARWKREAEKKAKVIAG ; 126 2 PDB 8U5H 8U5H ? 2 ? 1 3 UNP UBC_HUMAN P0CG48 ? 3 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 4 PDB 8U5H 8U5H ? 4 ? 1 5 UNP H3C_XENLA P02302 ? 5 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLVTKAAKKCAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQRSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 6 UNP A0A8J1LTD2_XENLA A0A8J1LTD2 ? 6 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 14 7 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 7 ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; 1 8 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 8 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8U5H A 1 ? 98 ? 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P02281 5 ? 126 ? 1 122 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 8 8U5H CYS K 120 ? UNP Q6AZJ8 LYS 120 'engineered mutation' 119 1 9 8U5H MET M 1 ? UNP P02281 ? ? 'initiating methionine' 0 2 9 8U5H THR M 30 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 29 3 12 8U5H CYS R 120 ? UNP Q6AZJ8 LYS 120 'engineered mutation' 119 4 13 8U5H MET S 1 ? UNP P02281 ? ? 'initiating methionine' 0 5 13 8U5H THR S 30 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 29 6 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tridecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 13 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 74 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog296 hydrog ? ? C DT 123 N3 ? ? ? 1_555 E DA 58 N1 ? ? C DT 273 H DA 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog297 hydrog ? ? C DT 123 O4 ? ? ? 1_555 E DA 58 N6 ? ? C DT 273 H DA 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog298 hydrog ? ? C DA 124 N1 ? ? ? 1_555 E DT 57 N3 ? ? C DA 274 H DT 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog299 hydrog ? ? C DA 124 N6 ? ? ? 1_555 E DT 57 O4 ? ? C DA 274 H DT 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog300 hydrog ? ? C DC 125 N3 ? ? ? 1_555 E DG 56 N1 ? ? C DC 275 H DG 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog301 hydrog ? ? C DC 125 N4 ? ? ? 1_555 E DG 56 O6 ? ? C DC 275 H DG 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog302 hydrog ? ? C DC 125 O2 ? ? ? 1_555 E DG 56 N2 ? ? C DC 275 H DG 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog303 hydrog ? ? C DT 126 N3 ? ? ? 1_555 E DA 55 N1 ? ? C DT 276 H DA 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog304 hydrog ? ? C DT 126 O4 ? ? ? 1_555 E DA 55 N6 ? ? 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