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EMDB EMD-42222 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-06-19 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8UGE _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-10-05 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'High resolution in-situ structure of complex III in respiratory supercomplex ( state II )' _pdbx_database_related.db_id EMD-42222 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 3 zhujiapeng@hotmail.com Jiapeng Zhu ? 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TYR M 104 ? TYR 3P 75 TYR 3P 104 1 ? 30 HELX_P HELX_P125 AN8 GLY M 105 ? MET M 108 ? GLY 3P 105 MET 3P 108 5 ? 4 HELX_P HELX_P126 AN9 PHE M 109 ? TYR M 131 ? PHE 3P 109 TYR 3P 131 1 ? 23 HELX_P HELX_P127 AO1 GLY M 136 ? LEU M 149 ? GLY 3P 136 LEU 3P 149 1 ? 14 HELX_P HELX_P128 AO2 LEU M 150 ? ILE M 153 ? LEU 3P 150 ILE 3P 153 5 ? 4 HELX_P HELX_P129 AO3 ILE M 156 ? GLY M 166 ? ILE 3P 156 GLY 3P 166 1 ? 11 HELX_P HELX_P130 AO4 ASP M 171 ? THR M 203 ? ASP 3P 171 THR 3P 203 1 ? 33 HELX_P HELX_P131 AO5 PHE M 220 ? SER M 246 ? PHE 3P 220 SER 3P 246 1 ? 27 HELX_P HELX_P132 AO6 ASP M 252 ? THR M 257 ? ASP 3P 252 THR 3P 257 5 ? 6 HELX_P HELX_P133 AO7 PHE M 274 ? ILE M 284 ? PHE 3P 274 ILE 3P 284 1 ? 11 HELX_P HELX_P134 AO8 ASN M 286 ? HIS M 308 ? ASN 3P 286 HIS 3P 308 1 ? 23 HELX_P HELX_P135 AO9 ARG M 318 ? GLN M 341 ? ARG 3P 318 GLN 3P 341 1 ? 24 HELX_P HELX_P136 AP1 GLU M 344 ? VAL M 364 ? GLU 3P 344 VAL 3P 364 1 ? 21 HELX_P HELX_P137 AP2 VAL M 364 ? LEU M 377 ? 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TYR 3Y 47 PHE 3Y 52 5 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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FE ? ? 3Q HIS 41 3Q HEC 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.906 ? ? metalc13 metalc ? ? O CYS 217 SG ? ? ? 1_555 YA FES . FE1 ? ? 3R CYS 217 3R FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? ? metalc14 metalc ? ? O HIS 219 ND1 ? ? ? 1_555 YA FES . FE2 ? ? 3R HIS 219 3R FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? ? metalc15 metalc ? ? O CYS 236 SG ? ? ? 1_555 YA FES . FE1 ? ? 3R CYS 236 3R FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? ? metalc16 metalc ? ? O HIS 239 N ? ? ? 1_555 YA FES . FE2 ? ? 3R HIS 239 3R FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? ? metalc17 metalc ? ? O HIS 239 ND1 ? ? ? 1_555 YA FES . FE2 ? ? 3R HIS 239 3R FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 NE2 ? 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sing N N 176 ASN C O doub N N 177 ASN C OXT sing N N 178 ASN CB CG sing N N 179 ASN CB HB2 sing N N 180 ASN CB HB3 sing N N 181 ASN CG OD1 doub N N 182 ASN CG ND2 sing N N 183 ASN ND2 HD21 sing N N 184 ASN ND2 HD22 sing N N 185 ASN OXT HXT sing N N 186 ASP N CA sing N N 187 ASP N H sing N N 188 ASP N H2 sing N N 189 ASP CA C sing N N 190 ASP CA CB sing N N 191 ASP CA HA sing N N 192 ASP C O doub N N 193 ASP C OXT sing N N 194 ASP CB CG sing N N 195 ASP CB HB2 sing N N 196 ASP CB HB3 sing N N 197 ASP CG OD1 doub N N 198 ASP CG OD2 sing N N 199 ASP OD2 HD2 sing N N 200 ASP OXT HXT sing N N 201 CDL C1 O1 sing N N 202 CDL C1 CA2 sing N N 203 CDL C1 CB2 sing N N 204 CDL C1 H1 sing N N 205 CDL O1 H1O1 sing N N 206 CDL CA2 OA2 sing N N 207 CDL CA2 HA22 sing N N 208 CDL CA2 HA21 sing N N 209 CDL OA2 PA1 sing N N 210 CDL PA1 OA3 doub N N 211 CDL PA1 OA4 sing N N 212 CDL PA1 OA5 sing N N 213 CDL OA5 CA3 sing N N 214 CDL CA3 CA4 sing N N 215 CDL CA3 HA32 sing N N 216 CDL CA3 HA31 sing N N 217 CDL 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C4A sing Y N 537 HEC C1A C2A sing Y N 538 HEC C2A C3A doub Y N 539 HEC C2A CAA sing N N 540 HEC C3A C4A sing Y N 541 HEC C3A CMA sing N N 542 HEC CMA HMA1 sing N N 543 HEC CMA HMA2 sing N N 544 HEC CMA HMA3 sing N N 545 HEC CAA CBA sing N N 546 HEC CAA HAA1 sing N N 547 HEC CAA HAA2 sing N N 548 HEC CBA CGA sing N N 549 HEC CBA HBA1 sing N N 550 HEC CBA HBA2 sing N N 551 HEC CGA O1A doub N N 552 HEC CGA O2A sing N N 553 HEC O2A H2A sing N N 554 HEC NB C1B sing Y N 555 HEC NB C4B sing Y N 556 HEC C1B C2B doub Y N 557 HEC C2B C3B sing Y N 558 HEC C2B CMB sing N N 559 HEC C3B C4B sing Y N 560 HEC C3B CAB doub N E 561 HEC CMB HMB1 sing N N 562 HEC CMB HMB2 sing N N 563 HEC CMB HMB3 sing N N 564 HEC CAB CBB sing N N 565 HEC CAB HAB sing N N 566 HEC CBB HBB1 sing N N 567 HEC CBB HBB2 sing N N 568 HEC CBB HBB3 sing N N 569 HEC NC C1C sing Y N 570 HEC NC C4C sing Y N 571 HEC C1C C2C doub Y N 572 HEC C2C C3C sing Y N 573 HEC C2C CMC sing N N 574 HEC C3C C4C sing Y N 575 HEC C3C CAC doub N E 576 HEC CMC HMC1 sing N N 577 HEC CMC HMC2 sing N N 578 HEC CMC HMC3 sing N N 579 HEC CAC CBC sing N N 580 HEC CAC HAC sing N N 581 HEC CBC HBC1 sing N N 582 HEC CBC HBC2 sing N N 583 HEC CBC HBC3 sing N N 584 HEC ND C1D sing Y N 585 HEC ND C4D sing Y N 586 HEC C1D C2D doub Y N 587 HEC C2D C3D sing Y N 588 HEC C2D CMD sing N N 589 HEC C3D C4D doub Y N 590 HEC C3D CAD sing N N 591 HEC CMD HMD1 sing N N 592 HEC CMD HMD2 sing N N 593 HEC CMD HMD3 sing N N 594 HEC CAD CBD sing N N 595 HEC CAD HAD1 sing N N 596 HEC CAD HAD2 sing N N 597 HEC CBD CGD sing N N 598 HEC CBD HBD1 sing N N 599 HEC CBD HBD2 sing N N 600 HEC CGD O1D doub N N 601 HEC CGD O2D sing N N 602 HEC O2D H2D sing N N 603 HEM CHA C1A sing N N 604 HEM CHA C4D doub N N 605 HEM CHA HHA sing N N 606 HEM CHB C4A sing N N 607 HEM CHB C1B doub N N 608 HEM CHB HHB sing N N 609 HEM CHC C4B sing N N 610 HEM CHC C1C doub N N 611 HEM CHC HHC sing N N 612 HEM CHD C4C doub N N 613 HEM CHD C1D sing N N 614 HEM CHD HHD sing N N 615 HEM C1A C2A doub Y N 616 HEM C1A NA sing Y N 617 HEM C2A C3A sing Y N 618 HEM C2A CAA sing N N 619 HEM C3A C4A doub Y N 620 HEM C3A CMA sing N N 621 HEM C4A NA sing Y N 622 HEM CMA HMA sing N N 623 HEM CMA HMAA sing N N 624 HEM CMA HMAB sing N N 625 HEM CAA CBA sing N N 626 HEM CAA HAA sing N N 627 HEM CAA HAAA sing N N 628 HEM CBA CGA sing N N 629 HEM CBA HBA sing N N 630 HEM CBA HBAA sing N N 631 HEM CGA O1A doub N N 632 HEM CGA O2A sing N N 633 HEM C1B C2B sing N N 634 HEM C1B NB sing N N 635 HEM C2B C3B doub N N 636 HEM C2B CMB sing N N 637 HEM C3B C4B sing N N 638 HEM C3B CAB sing N N 639 HEM C4B NB doub N N 640 HEM CMB HMB sing N N 641 HEM CMB HMBA sing N N 642 HEM CMB HMBB sing N N 643 HEM CAB CBB doub N N 644 HEM CAB HAB sing N N 645 HEM CBB HBB sing N N 646 HEM CBB HBBA sing N N 647 HEM C1C C2C sing Y N 648 HEM C1C NC sing Y N 649 HEM C2C C3C doub Y N 650 HEM C2C CMC sing N N 651 HEM C3C C4C sing Y N 652 HEM C3C CAC sing N N 653 HEM C4C NC sing Y N 654 HEM CMC HMC sing N N 655 HEM CMC HMCA sing N N 656 HEM CMC HMCB sing N N 657 HEM CAC CBC doub N N 658 HEM CAC HAC sing N N 659 HEM CBC HBC sing N N 660 HEM CBC HBCA sing N N 661 HEM C1D C2D sing N N 662 HEM C1D ND doub N N 663 HEM C2D C3D doub N N 664 HEM C2D CMD sing N N 665 HEM C3D C4D sing N N 666 HEM C3D CAD sing N N 667 HEM C4D ND sing N N 668 HEM CMD HMD sing N N 669 HEM CMD HMDA sing N N 670 HEM CMD HMDB sing N N 671 HEM CAD CBD sing N N 672 HEM CAD HAD sing N N 673 HEM CAD HADA sing N N 674 HEM CBD CGD sing N N 675 HEM CBD HBD sing N N 676 HEM CBD HBDA sing N N 677 HEM CGD O1D doub N N 678 HEM CGD O2D sing N N 679 HEM O2A H2A sing N N 680 HEM O2D H2D sing N N 681 HEM FE NA sing N N 682 HEM FE NB sing N N 683 HEM FE NC sing N N 684 HEM FE ND sing N N 685 HIS N CA sing N N 686 HIS N H sing N N 687 HIS N H2 sing N N 688 HIS CA C sing N N 689 HIS CA CB sing N N 690 HIS CA HA sing N N 691 HIS C O doub N N 692 HIS C OXT sing N N 693 HIS CB CG sing N N 694 HIS CB HB2 sing N N 695 HIS CB HB3 sing N N 696 HIS CG ND1 sing Y N 697 HIS CG CD2 doub Y N 698 HIS ND1 CE1 doub Y N 699 HIS ND1 HD1 sing N N 700 HIS CD2 NE2 sing Y N 701 HIS CD2 HD2 sing N N 702 HIS CE1 NE2 sing Y N 703 HIS CE1 HE1 sing N N 704 HIS NE2 HE2 sing N N 705 HIS OXT HXT sing N N 706 ILE N CA sing N N 707 ILE N H sing N N 708 ILE N H2 sing N N 709 ILE CA C sing N N 710 ILE CA CB sing N N 711 ILE CA HA sing N N 712 ILE C O doub N N 713 ILE C OXT sing N N 714 ILE CB CG1 sing N N 715 ILE CB CG2 sing N N 716 ILE CB HB sing N N 717 ILE CG1 CD1 sing N N 718 ILE CG1 HG12 sing N N 719 ILE CG1 HG13 sing N N 720 ILE CG2 HG21 sing N N 721 ILE CG2 HG22 sing N N 722 ILE CG2 HG23 sing N N 723 ILE CD1 HD11 sing N N 724 ILE CD1 HD12 sing N N 725 ILE CD1 HD13 sing N N 726 ILE OXT HXT sing N N 727 LEU N CA sing N N 728 LEU N H sing N N 729 LEU N H2 sing N N 730 LEU CA C sing N N 731 LEU CA CB sing N N 732 LEU CA HA sing N N 733 LEU C O doub N N 734 LEU C OXT sing N N 735 LEU CB CG sing N N 736 LEU CB HB2 sing N N 737 LEU CB HB3 sing N N 738 LEU CG CD1 sing N N 739 LEU CG CD2 sing N N 740 LEU CG HG sing N N 741 LEU CD1 HD11 sing N N 742 LEU CD1 HD12 sing N N 743 LEU CD1 HD13 sing N N 744 LEU CD2 HD21 sing N N 745 LEU CD2 HD22 sing N N 746 LEU CD2 HD23 sing N N 747 LEU OXT HXT sing N N 748 LYS N CA sing N N 749 LYS N H sing N N 750 LYS N H2 sing N N 751 LYS CA C sing N N 752 LYS CA CB sing N N 753 LYS CA HA sing N N 754 LYS C O doub N N 755 LYS C OXT sing N N 756 LYS CB CG sing N N 757 LYS CB HB2 sing N N 758 LYS CB HB3 sing N N 759 LYS CG CD sing N N 760 LYS CG HG2 sing N N 761 LYS CG HG3 sing N N 762 LYS CD CE sing N N 763 LYS CD HD2 sing N N 764 LYS CD HD3 sing N N 765 LYS CE NZ sing N N 766 LYS CE HE2 sing N N 767 LYS CE HE3 sing N N 768 LYS NZ HZ1 sing N N 769 LYS NZ HZ2 sing N N 770 LYS NZ HZ3 sing N N 771 LYS OXT HXT sing N N 772 MET N CA sing N N 773 MET N H sing N N 774 MET N H2 sing N N 775 MET CA C sing N N 776 MET CA CB sing N N 777 MET CA HA sing N N 778 MET C O doub N N 779 MET C OXT sing N N 780 MET CB CG sing N N 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822 PC1 C21 O22 doub N N 823 PC1 C21 C22 sing N N 824 PC1 C22 C23 sing N N 825 PC1 C22 H221 sing N N 826 PC1 C22 H222 sing N N 827 PC1 C23 C24 sing N N 828 PC1 C23 H231 sing N N 829 PC1 C23 H232 sing N N 830 PC1 C24 C25 sing N N 831 PC1 C24 H241 sing N N 832 PC1 C24 H242 sing N N 833 PC1 C25 C26 sing N N 834 PC1 C25 H251 sing N N 835 PC1 C25 H252 sing N N 836 PC1 C26 C27 sing N N 837 PC1 C26 H261 sing N N 838 PC1 C26 H262 sing N N 839 PC1 C27 C28 sing N N 840 PC1 C27 H271 sing N N 841 PC1 C27 H272 sing N N 842 PC1 C28 C29 sing N N 843 PC1 C28 H281 sing N N 844 PC1 C28 H282 sing N N 845 PC1 C29 C2A sing N N 846 PC1 C29 H291 sing N N 847 PC1 C29 H292 sing N N 848 PC1 C2A C2B sing N N 849 PC1 C2A H2A1 sing N N 850 PC1 C2A H2A2 sing N N 851 PC1 C2B C2C sing N N 852 PC1 C2B H2B1 sing N N 853 PC1 C2B H2B2 sing N N 854 PC1 C2C C2D sing N N 855 PC1 C2C H2C1 sing N N 856 PC1 C2C H2C2 sing N N 857 PC1 C2D C2E sing N N 858 PC1 C2D H2D1 sing N N 859 PC1 C2D H2D2 sing N N 860 PC1 C2E C2F sing N N 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PC1 C38 H381 sing N N 901 PC1 C38 H382 sing N N 902 PC1 C39 C3A sing N N 903 PC1 C39 H391 sing N N 904 PC1 C39 H392 sing N N 905 PC1 C3A C3B sing N N 906 PC1 C3A H3A1 sing N N 907 PC1 C3A H3A2 sing N N 908 PC1 C3B C3C sing N N 909 PC1 C3B H3B1 sing N N 910 PC1 C3B H3B2 sing N N 911 PC1 C3C C3D sing N N 912 PC1 C3C H3C1 sing N N 913 PC1 C3C H3C2 sing N N 914 PC1 C3D C3E sing N N 915 PC1 C3D H3D1 sing N N 916 PC1 C3D H3D2 sing N N 917 PC1 C3E C3F sing N N 918 PC1 C3E H3E1 sing N N 919 PC1 C3E H3E2 sing N N 920 PC1 C3F C3G sing N N 921 PC1 C3F H3F1 sing N N 922 PC1 C3F H3F2 sing N N 923 PC1 C3G C3H sing N N 924 PC1 C3G H3G1 sing N N 925 PC1 C3G H3G2 sing N N 926 PC1 C3H C3I sing N N 927 PC1 C3H H3H1 sing N N 928 PC1 C3H H3H2 sing N N 929 PC1 C3I H3I1 sing N N 930 PC1 C3I H3I2 sing N N 931 PC1 C3I H3I3 sing N N 932 PHE N CA sing N N 933 PHE N H sing N N 934 PHE N H2 sing N N 935 PHE CA C sing N N 936 PHE CA CB sing N N 937 PHE CA HA sing N N 938 PHE C O doub N N 939 PHE C OXT sing N N 940 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