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_refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0090 ? 7084 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.4750 ? 9880 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0637 ? 1376 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0098 ? 1424 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.7818 ? 1424 ? f_dihedral_angle_d ? ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details 1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ens_1 0.835403652669 ? ? ? 'NCS constraints' A A ? ? ? ? 2 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ens_1 1.48963208361 ? ? ? 'NCS constraints' A A ? ? ? ? 3 'ELECTRON MICROSCOPY' d_4 ens_1 1.50305712585 ? ? ? 'NCS constraints' A A ? ? ? ? # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] _struct_ncs_oper.details 1 given 0.000651822192937 0.999972551275 0.00738050292416 -0.999957491711 0.000719657427787 -0.00919221761923 -0.00919727673833 -0.00737419750016 0.999930513242 -1.15101189554 286.798759241 1.90929680836 ? 2 given -0.999815112514 -0.00536591093159 -0.0184647715282 0.00480570681162 -0.99953078581 0.0302508413174 -0.0186184309155 0.0301565120371 0.999371772071 288.940659644 280.3817182 -1.82329166411 ? 3 given 0.00130808687475 -0.999357692415 0.0358118907625 0.999738918457 0.00212384711223 0.0227504768489 -0.0228119230258 0.0357727813386 0.999099556743 279.827030574 -3.50518739206 -1.8152041153 ? # loop_ _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details ens_1 d_1 ;chain "A" ; ens_1 d_2 ;chain "B" ; ens_1 d_3 ;chain "C" ; ens_1 d_4 ;chain "D" ; # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details ens_1 d_1 1 A THR 3 . A GLY 359 . A THR 1 A GLY 357 ? ? ens_1 d_2 1 B THR 3 . B GLY 359 . B THR 1 B GLY 357 ? ? ens_1 d_3 1 C THR 3 . C GLY 359 . C THR 1 C GLY 357 ? ? ens_1 d_4 1 D THR 3 . D GLY 359 . D THR 1 D GLY 357 ? ? # _struct_ncs_ens.id ens_1 _struct_ncs_ens.details ? # loop_ _struct_ncs_ens_gen.ens_id _struct_ncs_ens_gen.dom_id_1 _struct_ncs_ens_gen.dom_id_2 _struct_ncs_ens_gen.oper_id ens_1 d_2 d_1 1 ens_1 d_3 d_1 2 ens_1 d_4 d_1 3 # _struct.entry_id 8UP1 _struct.title 'CryoEM Structure of Allosterically Switchable De Novo Protein sr322, In Closed State without Effector Peptide' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8UP1 _struct_keywords.text 'Allosterically Switchable Protein, sr322, closed state, DE NOVO PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DE NOVO PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name PDB _struct_ref.db_code 8UP1 _struct_ref.pdbx_db_accession 8UP1 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8UP1 A 1 ? 362 ? 8UP1 -1 ? 360 ? -1 360 2 1 8UP1 B 1 ? 362 ? 8UP1 -1 ? 360 ? -1 360 3 1 8UP1 C 1 ? 362 ? 8UP1 -1 ? 360 ? -1 360 4 1 8UP1 D 1 ? 362 ? 8UP1 -1 ? 360 ? -1 360 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 12 ? HIS A 29 ? SER A 10 HIS A 27 1 ? 18 HELX_P HELX_P2 AA2 HIS A 51 ? ASP A 69 ? HIS A 49 ASP A 67 1 ? 19 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 72 ? SER A 90 ? ASP A 70 SER A 88 1 ? 19 HELX_P HELX_P4 AA4 ASN A 92 ? ALA A 107 ? ASN A 90 ALA A 105 1 ? 16 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP A 112 ? GLY A 135 ? ASP A 110 GLY A 133 1 ? 24 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP A 136 ? HIS A 163 ? ASP A 134 HIS A 161 1 ? 28 HELX_P HELX_P7 AA7 SER A 166 ? LYS A 193 ? SER A 164 LYS A 191 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 AA8 SER A 196 ? GLY A 229 ? SER A 194 GLY A 227 1 ? 34 HELX_P HELX_P9 AA9 ASP A 230 ? MET A 256 ? ASP A 228 MET A 254 1 ? 27 HELX_P HELX_P10 AB1 HIS A 277 ? GLY A 296 ? HIS A 275 GLY A 294 1 ? 20 HELX_P HELX_P11 AB2 SER A 317 ? ARG A 336 ? SER A 315 ARG A 334 1 ? 20 HELX_P HELX_P12 AB3 THR A 340 ? GLN A 356 ? THR A 338 GLN A 354 1 ? 17 HELX_P HELX_P13 AB4 SER B 12 ? ILE B 26 ? SER B 10 ILE B 24 1 ? 15 HELX_P HELX_P14 AB5 ALA B 27 ? HIS B 29 ? ALA B 25 HIS B 27 5 ? 3 HELX_P HELX_P15 AB6 HIS B 51 ? ASP B 69 ? HIS B 49 ASP B 67 1 ? 19 HELX_P HELX_P16 AB7 ASP B 72 ? SER B 90 ? ASP B 70 SER B 88 1 ? 19 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN B 92 ? LEU B 110 ? ASN B 90 LEU B 108 1 ? 19 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP B 112 ? GLY B 135 ? ASP B 110 GLY B 133 1 ? 24 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP B 136 ? HIS B 163 ? ASP B 134 HIS B 161 1 ? 28 HELX_P HELX_P20 AC2 SER B 166 ? LYS B 193 ? SER B 164 LYS B 191 1 ? 28 HELX_P HELX_P21 AC3 SER B 196 ? GLY B 229 ? SER B 194 GLY B 227 1 ? 34 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP B 230 ? MET B 256 ? ASP B 228 MET B 254 1 ? 27 HELX_P HELX_P23 AC5 HIS B 277 ? GLY B 296 ? HIS B 275 GLY B 294 1 ? 20 HELX_P HELX_P24 AC6 GLU B 319 ? ARG B 336 ? GLU B 317 ARG B 334 1 ? 18 HELX_P HELX_P25 AC7 THR B 340 ? TRP B 355 ? THR B 338 TRP B 353 1 ? 16 HELX_P HELX_P26 AC8 GLN B 356 ? GLU B 358 ? GLN B 354 GLU B 356 5 ? 3 HELX_P HELX_P27 AC9 SER C 12 ? GLU C 28 ? SER C 10 GLU C 26 1 ? 17 HELX_P HELX_P28 AD1 HIS C 51 ? ASP C 69 ? HIS C 49 ASP C 67 1 ? 19 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP C 72 ? LYS C 88 ? ASP C 70 LYS C 86 1 ? 17 HELX_P HELX_P30 AD3 ASN C 92 ? LEU C 110 ? ASN C 90 LEU C 108 1 ? 19 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP C 112 ? GLY C 135 ? ASP C 110 GLY C 133 1 ? 24 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP C 136 ? HIS C 163 ? ASP C 134 HIS C 161 1 ? 28 HELX_P HELX_P33 AD6 SER C 166 ? LYS C 193 ? SER C 164 LYS C 191 1 ? 28 HELX_P HELX_P34 AD7 SER C 196 ? GLY C 229 ? SER C 194 GLY C 227 1 ? 34 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP C 230 ? GLY C 257 ? ASP C 228 GLY C 255 1 ? 28 HELX_P HELX_P36 AD9 HIS C 277 ? GLY C 296 ? HIS C 275 GLY C 294 1 ? 20 HELX_P HELX_P37 AE1 SER C 317 ? LEU C 335 ? SER C 315 LEU C 333 1 ? 19 HELX_P HELX_P38 AE2 ARG C 336 ? ALA C 338 ? ARG C 334 ALA C 336 5 ? 3 HELX_P HELX_P39 AE3 THR C 340 ? GLN C 356 ? THR C 338 GLN C 354 1 ? 17 HELX_P HELX_P40 AE4 GLU C 357 ? GLY C 359 ? GLU C 355 GLY C 357 5 ? 3 HELX_P HELX_P41 AE5 SER D 12 ? GLY D 31 ? SER D 10 GLY D 29 1 ? 20 HELX_P HELX_P42 AE6 HIS D 51 ? ASP D 69 ? HIS D 49 ASP D 67 1 ? 19 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP D 72 ? SER D 90 ? ASP D 70 SER D 88 1 ? 19 HELX_P HELX_P44 AE8 ASN D 92 ? LEU D 110 ? ASN D 90 LEU D 108 1 ? 19 HELX_P HELX_P45 AE9 ASP D 112 ? GLY D 135 ? ASP D 110 GLY D 133 1 ? 24 HELX_P HELX_P46 AF1 ASP D 136 ? HIS D 163 ? ASP D 134 HIS D 161 1 ? 28 HELX_P HELX_P47 AF2 SER D 166 ? LYS D 193 ? SER D 164 LYS D 191 1 ? 28 HELX_P HELX_P48 AF3 SER D 196 ? GLY D 229 ? SER D 194 GLY D 227 1 ? 34 HELX_P HELX_P49 AF4 ASP D 230 ? GLY D 257 ? ASP D 228 GLY D 255 1 ? 28 HELX_P HELX_P50 AF5 HIS D 277 ? GLY D 296 ? HIS D 275 GLY D 294 1 ? 20 HELX_P HELX_P51 AF6 SER D 317 ? LEU D 335 ? SER D 315 LEU D 333 1 ? 19 HELX_P HELX_P52 AF7 ARG D 336 ? ALA D 338 ? ARG D 334 ALA D 336 5 ? 3 HELX_P HELX_P53 AF8 THR D 340 ? GLU D 354 ? THR D 338 GLU D 352 1 ? 15 HELX_P HELX_P54 AF9 TRP D 355 ? GLY D 359 ? TRP D 353 GLY D 357 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 7 ? AA2 ? 7 ? AA3 ? 7 ? AA4 ? 7 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA3 5 6 ? anti-parallel AA3 6 7 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA4 6 7 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL A 4 ? ASP A 7 ? VAL A 2 ASP A 5 AA1 2 GLN A 42 ? ILE A 45 ? GLN A 40 ILE A 43 AA1 3 PHE A 36 ? SER A 38 ? PHE A 34 SER A 36 AA1 4 THR B 298 ? SER B 304 ? THR B 296 SER B 302 AA1 5 ILE B 307 ? THR B 313 ? ILE B 305 THR B 311 AA1 6 VAL B 268 ? LEU B 274 ? VAL B 266 LEU B 272 AA1 7 THR B 259 ? THR B 264 ? THR B 257 THR B 262 AA2 1 THR A 259 ? THR A 264 ? THR A 257 THR A 262 AA2 2 VAL A 268 ? LEU A 274 ? VAL A 266 LEU A 272 AA2 3 ILE A 307 ? THR A 313 ? ILE A 305 THR A 311 AA2 4 THR A 298 ? SER A 304 ? THR A 296 SER A 302 AA2 5 VAL D 34 ? GLU D 39 ? VAL D 32 GLU D 37 AA2 6 GLN D 42 ? VAL D 47 ? GLN D 40 VAL D 45 AA2 7 VAL D 4 ? ILE D 8 ? VAL D 2 ILE D 6 AA3 1 VAL B 4 ? ASP B 7 ? VAL B 2 ASP B 5 AA3 2 GLN B 42 ? VAL B 47 ? GLN B 40 VAL B 45 AA3 3 VAL B 34 ? GLU B 39 ? VAL B 32 GLU B 37 AA3 4 THR C 298 ? SER C 304 ? THR C 296 SER C 302 AA3 5 ILE C 307 ? THR C 313 ? ILE C 305 THR C 311 AA3 6 VAL C 268 ? LEU C 274 ? VAL C 266 LEU C 272 AA3 7 THR C 259 ? HIS C 265 ? THR C 257 HIS C 263 AA4 1 VAL C 4 ? ILE C 8 ? VAL C 2 ILE C 6 AA4 2 GLN C 42 ? VAL C 47 ? GLN C 40 VAL C 45 AA4 3 VAL C 34 ? GLU C 39 ? VAL C 32 GLU C 37 AA4 4 THR D 298 ? PHE D 303 ? THR D 296 PHE D 301 AA4 5 VAL D 308 ? THR D 313 ? VAL D 306 THR D 311 AA4 6 VAL D 268 ? LEU D 274 ? VAL D 266 LEU D 272 AA4 7 THR D 259 ? HIS D 265 ? THR D 257 HIS D 263 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N VAL A 4 ? N VAL A 2 O ILE A 45 ? O ILE A 43 AA1 2 3 O GLN A 44 ? O GLN A 42 N HIS A 37 ? N HIS A 35 AA1 3 4 N PHE A 36 ? N PHE A 34 O PHE B 303 ? O PHE B 301 AA1 4 5 N THR B 298 ? N THR B 296 O THR B 313 ? O THR B 311 AA1 5 6 O ILE B 310 ? O ILE B 308 N LEU B 271 ? N LEU B 269 AA1 6 7 O PHE B 270 ? O PHE B 268 N HIS B 263 ? N HIS B 261 AA2 1 2 N LEU A 261 ? N LEU A 259 O VAL A 272 ? O VAL A 270 AA2 2 3 N LEU A 271 ? N LEU A 269 O ILE A 310 ? O ILE A 308 AA2 3 4 O THR A 313 ? O THR A 311 N THR A 298 ? N THR A 296 AA2 4 5 N ILE A 301 ? N ILE A 299 O PHE D 36 ? O PHE D 34 AA2 5 6 N HIS D 37 ? N HIS D 35 O GLN D 44 ? O GLN D 42 AA2 6 7 O LEU D 43 ? O LEU D 41 N ILE D 8 ? N ILE D 6 AA3 1 2 N VAL B 4 ? N VAL B 2 O ILE B 45 ? O ILE B 43 AA3 2 3 O GLN B 42 ? O GLN B 40 N GLU B 39 ? N GLU B 37 AA3 3 4 N PHE B 36 ? N PHE B 34 O PHE C 303 ? O PHE C 301 AA3 4 5 N THR C 302 ? N THR C 300 O VAL C 309 ? O VAL C 307 AA3 5 6 O VAL C 312 ? O VAL C 310 N VAL C 269 ? N VAL C 267 AA3 6 7 O VAL C 272 ? O VAL C 270 N LEU C 261 ? N LEU C 259 AA4 1 2 N VAL C 4 ? N VAL C 2 O VAL C 47 ? O VAL C 45 AA4 2 3 O GLU C 46 ? O GLU C 44 N THR C 35 ? N THR C 33 AA4 3 4 N VAL C 34 ? N VAL C 32 O PHE D 303 ? O PHE D 301 AA4 4 5 N SER D 300 ? N SER D 298 O ALA D 311 ? O ALA D 309 AA4 5 6 O VAL D 312 ? O VAL D 310 N VAL D 269 ? N VAL D 267 AA4 6 7 O VAL D 272 ? O VAL D 270 N LEU D 261 ? N LEU D 259 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 HIS A 263 ? ? -142.04 33.33 2 1 SER A 302 ? ? -144.40 44.93 3 1 THR B 109 ? ? -141.51 -7.57 4 1 THR B 160 ? ? -131.37 -46.02 5 1 ASN B 193 ? ? 59.77 9.61 6 1 HIS B 263 ? ? -145.40 39.21 7 1 THR C 109 ? ? -141.53 19.32 8 1 HIS C 161 ? ? -158.21 59.35 9 1 THR D 160 ? ? -132.39 -48.25 10 1 SER D 302 ? ? -146.24 40.57 11 1 TRP D 353 ? ? -140.96 -28.17 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8UP1 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;Initial fit was done using Chimera using Rigid body from In silico model. Then Isolde and Namdinator were used. Coot and Phenix were also used. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name ? _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8UP1 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 4.55 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 157386 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '150 mM NaCl, 40 mM Tris pH 8.0' _em_buffer.pH 8.0 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name sr322 _em_entity_assembly.details 'Complex is made up of 4 monomeric proteins, and is purified as a 4 sided multimer.' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_imaging.entry_id 8UP1 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 1800 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50.0 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type C-flat _em_sample_support.details -15mA _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 8UP1 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 295.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8UP1 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8UP1 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C4 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A SER -1 ? A SER 1 2 1 Y 1 A GLY 0 ? A GLY 2 3 1 Y 1 A GLY 358 ? A GLY 360 4 1 Y 1 A SER 359 ? A SER 361 5 1 Y 1 A GLY 360 ? A GLY 362 6 1 Y 1 B SER -1 ? B SER 1 7 1 Y 1 B GLY 0 ? B GLY 2 8 1 Y 1 B GLY 358 ? B GLY 360 9 1 Y 1 B SER 359 ? B SER 361 10 1 Y 1 B GLY 360 ? B GLY 362 11 1 Y 1 C SER -1 ? C SER 1 12 1 Y 1 C GLY 0 ? C GLY 2 13 1 Y 1 C GLY 358 ? C GLY 360 14 1 Y 1 C SER 359 ? C SER 361 15 1 Y 1 C GLY 360 ? C GLY 362 16 1 Y 1 D SER -1 ? D SER 1 17 1 Y 1 D GLY 0 ? D GLY 2 18 1 Y 1 D GLY 358 ? D GLY 360 19 1 Y 1 D SER 359 ? D SER 361 20 1 Y 1 D GLY 360 ? D GLY 362 # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_ordinal ALA N N N N 1 ALA CA C N S 2 ALA C C N N 3 ALA O O N N 4 ALA CB C N N 5 ALA OXT O N N 6 ALA H H N N 7 ALA H2 H N N 8 ALA HA H N N 9 ALA HB1 H N N 10 ALA HB2 H N N 11 ALA HB3 H N N 12 ALA HXT H N N 13 ARG N N N N 14 ARG CA C N S 15 ARG C C N N 16 ARG O O N N 17 ARG CB C N N 18 ARG CG C N N 19 ARG CD C N N 20 ARG NE N N N 21 ARG CZ C N N 22 ARG NH1 N N N 23 ARG NH2 N N N 24 ARG OXT O N N 25 ARG H H N N 26 ARG H2 H N N 27 ARG HA H N N 28 ARG HB2 H N N 29 ARG HB3 H N N 30 ARG HG2 H N N 31 ARG HG3 H N N 32 ARG HD2 H N N 33 ARG HD3 H N N 34 ARG HE H N N 35 ARG HH11 H N N 36 ARG HH12 H N N 37 ARG HH21 H N N 38 ARG HH22 H N N 39 ARG HXT H N N 40 ASN N N N N 41 ASN CA C N S 42 ASN C C N N 43 ASN O O N N 44 ASN CB C N N 45 ASN CG C N N 46 ASN OD1 O N N 47 ASN ND2 N N N 48 ASN OXT O N N 49 ASN H H N N 50 ASN H2 H N N 51 ASN HA H N N 52 ASN HB2 H N N 53 ASN HB3 H N N 54 ASN HD21 H N N 55 ASN HD22 H N N 56 ASN HXT H N N 57 ASP N N N N 58 ASP CA C N S 59 ASP C C N N 60 ASP O O N N 61 ASP CB C N N 62 ASP CG C N N 63 ASP OD1 O N N 64 ASP OD2 O N N 65 ASP OXT O N N 66 ASP H H N N 67 ASP H2 H N N 68 ASP HA H N N 69 ASP HB2 H N N 70 ASP HB3 H N N 71 ASP HD2 H N N 72 ASP HXT H N N 73 CYS N N N N 74 CYS CA C N R 75 CYS C C N N 76 CYS O O N N 77 CYS CB C N N 78 CYS SG S N N 79 CYS OXT O N N 80 CYS H H N N 81 CYS H2 H N N 82 CYS HA H N N 83 CYS HB2 H N N 84 CYS HB3 H N N 85 CYS HG H N N 86 CYS HXT H N N 87 GLN N N N N 88 GLN CA C N S 89 GLN C C N N 90 GLN O O N N 91 GLN CB C N N 92 GLN CG C N N 93 GLN CD C N N 94 GLN OE1 O N N 95 GLN NE2 N N N 96 GLN OXT O N N 97 GLN H H N N 98 GLN H2 H N N 99 GLN HA H N N 100 GLN HB2 H N N 101 GLN HB3 H N N 102 GLN HG2 H N N 103 GLN HG3 H N N 104 GLN HE21 H N N 105 GLN HE22 H N N 106 GLN HXT H N N 107 GLU N N N N 108 GLU CA C N S 109 GLU C C N N 110 GLU O O N N 111 GLU CB C N N 112 GLU CG C N N 113 GLU CD C N N 114 GLU OE1 O N N 115 GLU OE2 O N N 116 GLU OXT O N N 117 GLU H H N N 118 GLU H2 H N N 119 GLU HA H N N 120 GLU HB2 H N N 121 GLU HB3 H N N 122 GLU HG2 H N N 123 GLU HG3 H N N 124 GLU HE2 H N N 125 GLU HXT H N N 126 GLY N N N N 127 GLY CA C N N 128 GLY C C N N 129 GLY O O N N 130 GLY OXT O N N 131 GLY H H N N 132 GLY H2 H N N 133 GLY HA2 H N N 134 GLY HA3 H N N 135 GLY HXT H N N 136 HIS N N N N 137 HIS CA C N S 138 HIS C C N N 139 HIS O O N N 140 HIS CB C N N 141 HIS CG C Y N 142 HIS ND1 N Y N 143 HIS CD2 C Y N 144 HIS CE1 C Y N 145 HIS NE2 N Y N 146 HIS OXT O N N 147 HIS H H N N 148 HIS H2 H N N 149 HIS HA H N N 150 HIS HB2 H N N 151 HIS HB3 H N N 152 HIS HD1 H N N 153 HIS HD2 H N N 154 HIS HE1 H N N 155 HIS HE2 H N N 156 HIS HXT H N N 157 ILE N N N N 158 ILE CA C N S 159 ILE C C N N 160 ILE O O N N 161 ILE CB C N S 162 ILE CG1 C N N 163 ILE CG2 C N N 164 ILE CD1 C N N 165 ILE OXT O N N 166 ILE H H N N 167 ILE H2 H N N 168 ILE HA H N 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