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O2B ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? A ADP 901 A MG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.899 ? ? metalc3 metalc ? ? R MG . MG ? ? ? 1_555 S ATP . O2B ? ? B MG 901 B ATP 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? ? metalc4 metalc ? ? R MG . MG ? ? ? 1_555 S ATP . O1G ? ? B MG 901 B ATP 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.870 ? ? metalc5 metalc ? ? T MG . MG ? ? ? 1_555 U ADP . O1B ? ? H MG 801 H ADP 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? metalc6 metalc ? ? T MG . MG ? ? ? 1_555 U ADP . O3B ? ? H MG 801 H ADP 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.860 ? ? metalc7 metalc ? ? I ASP 13 OD2 ? ? ? 1_555 V MG . MG ? ? I ASP 11 I MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.884 ? ? metalc8 metalc ? ? V MG . MG ? ? ? 1_555 W ADP . O1B ? ? I MG 801 I ADP 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.928 ? ? metalc9 metalc ? ? V MG . MG ? ? ? 1_555 W ADP . O2B ? ? I MG 801 I ADP 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.872 ? ? metalc10 metalc ? ? X MG . MG ? ? ? 1_555 Y ADP . O2B ? ? M MG 801 M ADP 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.881 ? ? metalc11 metalc ? ? X MG . MG ? ? ? 1_555 Y ADP . O3B ? ? M MG 801 M ADP 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.953 ? ? metalc12 metalc ? ? Z MG . MG ? ? ? 1_555 AA ADP . O1B ? ? N MG 801 N ADP 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? ? metalc13 metalc ? ? Z MG . MG ? ? ? 1_555 AA ADP . O3B ? ? N MG 801 N ADP 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.893 ? ? metalc14 metalc ? ? BA MG . MG ? ? ? 1_555 CA ADP . O2B ? ? O MG 801 O ADP 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.875 ? ? metalc15 metalc ? ? BA MG . MG ? ? ? 1_555 CA ADP . O3B ? ? O MG 801 O ADP 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? ? metalc16 metalc ? ? DA MG . MG ? ? ? 1_555 EA ADP . O1B ? ? P MG 801 P ADP 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? metalc17 metalc ? ? DA MG . MG ? ? ? 1_555 EA ADP . O3B ? ? P MG 801 P ADP 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.883 ? ? metalc18 metalc ? ? N ASP 13 OD2 ? ? ? 1_555 FA MG . MG ? ? Q ASP 11 Q MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.945 ? ? metalc19 metalc ? ? FA MG . MG ? ? ? 1_555 GA ADP . O2B ? ? Q MG 801 Q ADP 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.899 ? ? metalc20 metalc ? ? HA MG . MG ? ? ? 1_555 IA ADP . O3B ? ? 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R MG 801 R ADP 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.879 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? metalc ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 O1B ? 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NH2 R ARG 256 ? ? 123.53 120.30 3.23 0.50 N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ALA A 212 ? ? -148.01 -150.98 2 1 ASN A 295 ? ? -151.80 74.92 3 1 ARG B 39 ? ? -150.02 29.66 4 1 SER B 168 ? ? 69.09 -1.85 5 1 ASP B 179 ? ? -80.88 49.05 6 1 ALA B 181 ? ? -153.10 -159.91 7 1 PHE B 200 ? ? -144.07 37.07 8 1 ALA B 296 ? ? -156.16 70.22 9 1 ASP B 342 ? ? -140.57 47.04 10 1 LEU B 385 ? ? -82.62 48.42 11 1 SER C 52 ? ? -145.54 29.30 12 1 LYS C 142 ? ? -146.66 -15.48 13 1 VAL C 180 ? ? -134.66 -61.11 14 1 SER C 191 ? ? -139.60 -42.45 15 1 ASN C 280 ? ? -161.80 -169.65 16 1 LYS C 330 ? ? -118.71 -163.65 17 1 THR D 43 ? ? -109.52 78.58 18 1 GLU D 45 ? ? -131.47 -36.69 19 1 ASP D 236 ? ? -94.19 34.82 20 1 MET E 170 ? ? 56.37 19.48 21 1 SER F 2 ? ? -159.99 72.95 22 1 ARG F 32 ? ? 55.29 15.18 23 1 ALA H 181 ? ? -154.05 -152.35 24 1 VAL H 201 ? ? -140.57 -27.33 25 1 ASN H 296 ? ? -150.48 44.66 26 1 MET I 44 ? ? -69.84 99.97 27 1 TYR I 143 ? ? -59.64 170.83 28 1 SER I 145 ? ? -150.68 9.65 29 1 ASP I 179 ? ? -81.23 49.97 30 1 ALA I 181 ? ? -161.57 -160.88 31 1 VAL I 201 ? ? -141.16 -44.61 32 1 ASN I 296 ? ? -153.80 47.54 33 1 LYS I 373 ? ? -146.34 -0.82 34 1 ALA M 181 ? ? -156.87 -148.12 35 1 VAL M 201 ? ? -141.09 -28.74 36 1 LYS M 215 ? ? -140.99 -34.83 37 1 ASN M 296 ? ? -149.01 53.84 38 1 GLN M 360 ? ? -68.96 6.85 39 1 ALA N 181 ? ? -155.79 -147.05 40 1 VAL N 201 ? ? -142.11 -32.53 41 1 LYS N 215 ? ? -141.70 -24.14 42 1 SER N 234 ? ? -169.19 -169.38 43 1 CYS N 257 ? ? -46.32 -73.72 44 1 ALA O 181 ? ? -156.79 -152.42 45 1 VAL O 201 ? ? -132.39 -44.27 46 1 ASN O 296 ? ? -144.58 52.13 47 1 LYS O 373 ? ? -145.30 -30.71 48 1 ALA P 181 ? ? -155.45 -150.78 49 1 VAL P 201 ? ? -139.70 -36.26 50 1 ASN P 296 ? ? -140.36 52.09 51 1 ALA Q 181 ? ? -151.99 -147.90 52 1 VAL Q 201 ? ? -133.38 -47.65 53 1 ALA R 181 ? ? -156.31 -146.78 54 1 VAL R 201 ? ? -133.39 -42.21 55 1 LYS R 373 ? ? -144.86 -7.93 # loop_ _pdbx_validate_planes.id _pdbx_validate_planes.PDB_model_num _pdbx_validate_planes.auth_comp_id _pdbx_validate_planes.auth_asym_id _pdbx_validate_planes.auth_seq_id _pdbx_validate_planes.PDB_ins_code _pdbx_validate_planes.label_alt_id _pdbx_validate_planes.rmsd _pdbx_validate_planes.type 1 1 TYR A 409 ? ? 0.082 'SIDE CHAIN' 2 1 TYR A 412 ? ? 0.084 'SIDE CHAIN' 3 1 TYR B 127 ? ? 0.097 'SIDE CHAIN' 4 1 ARG C 122 ? ? 0.081 'SIDE CHAIN' 5 1 TYR D 86 ? ? 0.086 'SIDE CHAIN' 6 1 ARG F 156 ? ? 0.229 'SIDE CHAIN' 7 1 TYR G 112 ? ? 0.088 'SIDE CHAIN' 8 1 ARG H 290 ? ? 0.076 'SIDE CHAIN' 9 1 ARG H 312 ? ? 0.100 'SIDE CHAIN' 10 1 ARG I 254 ? ? 0.089 'SIDE CHAIN' 11 1 ARG I 312 ? ? 0.089 'SIDE CHAIN' 12 1 ARG M 210 ? ? 0.077 'SIDE CHAIN' 13 1 ARG N 147 ? ? 0.077 'SIDE CHAIN' 14 1 ARG N 312 ? ? 0.125 'SIDE CHAIN' 15 1 ARG O 210 ? ? 0.087 'SIDE CHAIN' # loop_ _pdbx_struct_mod_residue.id _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.PDB_ins_code _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.details 1 H HIC 75 H HIC 73 ? HIS 'modified residue' 2 I HIC 75 I HIC 73 ? HIS 'modified residue' 3 J HIC 75 M HIC 73 ? HIS 'modified residue' 4 K HIC 75 N HIC 73 ? HIS 'modified residue' 5 L HIC 75 O HIC 73 ? HIS 'modified residue' 6 M HIC 75 P HIC 73 ? HIS 'modified residue' 7 N HIC 75 Q HIC 73 ? HIS 'modified residue' 8 O HIC 75 R HIC 73 ? HIS 'modified residue' # _pdbx_entry_details.entry_id 8UXW _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8UXW _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8UXW _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 2.7 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 400000 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 'Arp2/3 branch complex (ADP state)' 'S. pombe arp2/3 complex (ADP state) in a branch junction with chicken skeletal actin mother and daughter filaments (ADP state)' ? ? '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8' 2 1 NATURAL COMPLEX 'Arp2/3 complex' 'S. pombe arp2/3 complex (ADP state)' ? ? '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7' 3 1 NATURAL 'ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT' Actin 'Actin mother and daughter filaments' ? ? 8 # _em_imaging.entry_id 8UXW _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ;The vitrified grids were screened for sample homogeneity and ice thickness in a Glacios 200 kV transmission electron microscope equipped with Gatan K2 summit camera. Electron micrographs for image reconstructions were collected using Titan Krios equipped with X-cold field emission gun at 300 kV, Gatan image filter with slit width of 20 eV and a nanoprobe. ; _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 1200 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 64000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details 'Grids were not glow discharged' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 8UXW _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ;The samples were incubated on the grid for 50 s and the extra solution was blotted using two Vitrobot filter papers (0.55/20 mm, Grade 595, Ted Pella) for 4 s at 0 blot force. The grids were plunged into liquid ethane at ~180 degrees C with a wait time of 0.5 s. ; # _em_experiment.entry_id 8UXW _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A ALA 40 ? A ALA 40 3 1 Y 1 A GLY 41 ? A GLY 41 4 1 Y 1 A ALA 42 ? A ALA 42 5 1 Y 1 A SER 43 ? A SER 43 6 1 Y 1 A SER 44 ? A SER 44 7 1 Y 1 A GLY 45 ? A GLY 45 8 1 Y 1 A PRO 46 ? A PRO 46 9 1 Y 1 A ALA 47 ? A ALA 47 10 1 Y 1 A VAL 48 ? A VAL 48 11 1 Y 1 A SER 49 ? A SER 49 12 1 Y 1 A SER 50 ? A SER 50 13 1 Y 1 A LYS 51 ? A LYS 51 14 1 Y 1 A PRO 52 ? A PRO 52 15 1 Y 1 A SER 53 ? A SER 53 16 1 Y 1 A TYR 54 ? A TYR 54 17 1 Y 1 A MET 55 ? A MET 55 18 1 Y 1 A ALA 56 ? A ALA 56 19 1 Y 1 A SER 57 ? A SER 57 20 1 Y 1 A LYS 58 ? A LYS 58 21 1 Y 1 A GLY 59 ? A GLY 59 22 1 Y 1 A SER 60 ? A SER 60 23 1 Y 1 A GLY 61 ? A GLY 61 24 1 Y 1 A HIS 62 ? A HIS 62 25 1 Y 1 A LEU 63 ? A LEU 63 26 1 Y 1 A SER 64 ? A SER 64 27 1 Y 1 A SER 65 ? A SER 65 28 1 Y 1 B ARG 388 ? B ARG 388 29 1 Y 1 B THR 389 ? B THR 389 30 1 Y 1 B THR 390 ? B THR 390 31 1 Y 1 C MET 1 ? C MET 1 32 1 Y 1 C SER 298 ? C SER 298 33 1 Y 1 C PHE 299 ? C PHE 299 34 1 Y 1 C THR 300 ? C THR 300 35 1 Y 1 C HIS 301 ? C HIS 301 36 1 Y 1 C THR 302 ? C THR 302 37 1 Y 1 C GLY 303 ? C GLY 303 38 1 Y 1 C ASN 304 ? C ASN 304 39 1 Y 1 C THR 305 ? C THR 305 40 1 Y 1 C GLY 306 ? C GLY 306 41 1 Y 1 C GLU 307 ? C GLU 307 42 1 Y 1 C GLY 308 ? C GLY 308 43 1 Y 1 C ARG 309 ? C ARG 309 44 1 Y 1 C GLU 310 ? C GLU 310 45 1 Y 1 C GLU 311 ? C GLU 311 46 1 Y 1 D ARG 220 ? D ARG 220 47 1 Y 1 E MET 1 ? E MET 1 48 1 Y 1 E ALA 110 ? E ALA 110 49 1 Y 1 G MET 1 ? G MET 1 50 1 Y 1 H MET -1 ? H MET 1 51 1 Y 1 H CYS 0 ? H CYS 2 52 1 Y 1 H ASP 1 ? H ASP 3 53 1 Y 1 H GLU 2 ? H GLU 4 54 1 Y 1 H ASP 3 ? H ASP 5 55 1 Y 1 H GLU 4 ? H GLU 6 56 1 Y 1 H THR 5 ? H THR 7 57 1 Y 1 I MET -1 ? I MET 1 58 1 Y 1 I CYS 0 ? I CYS 2 59 1 Y 1 I ASP 1 ? I ASP 3 60 1 Y 1 I GLU 2 ? I GLU 4 61 1 Y 1 I ASP 3 ? I ASP 5 62 1 Y 1 I GLU 4 ? I GLU 6 63 1 Y 1 I THR 5 ? I THR 7 64 1 Y 1 M MET -1 ? J MET 1 65 1 Y 1 M CYS 0 ? J CYS 2 66 1 Y 1 M ASP 1 ? J ASP 3 67 1 Y 1 M GLU 2 ? J GLU 4 68 1 Y 1 M ASP 3 ? J ASP 5 69 1 Y 1 M GLU 4 ? J GLU 6 70 1 Y 1 M THR 5 ? J THR 7 71 1 Y 1 N MET -1 ? K MET 1 72 1 Y 1 N CYS 0 ? K CYS 2 73 1 Y 1 N ASP 1 ? K ASP 3 74 1 Y 1 N GLU 2 ? K GLU 4 75 1 Y 1 N ASP 3 ? K ASP 5 76 1 Y 1 N GLU 4 ? 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O THR 7 # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_ordinal ADP PB P N N 1 ADP O1B O N N 2 ADP O2B O N N 3 ADP O3B O N N 4 ADP PA P N S 5 ADP O1A O N N 6 ADP O2A O N N 7 ADP O3A O N N 8 ADP "O5'" O N N 9 ADP "C5'" C N N 10 ADP "C4'" C N R 11 ADP "O4'" O N N 12 ADP "C3'" C N S 13 ADP "O3'" O N N 14 ADP "C2'" C N R 15 ADP "O2'" O N N 16 ADP "C1'" C N R 17 ADP N9 N Y N 18 ADP C8 C Y N 19 ADP N7 N Y N 20 ADP C5 C Y N 21 ADP C6 C Y N 22 ADP N6 N N N 23 ADP N1 N Y N 24 ADP C2 C Y N 25 ADP N3 N Y N 26 ADP C4 C Y N 27 ADP HOB2 H N N 28 ADP HOB3 H N N 29 ADP HOA2 H N N 30 ADP "H5'1" H N N 31 ADP "H5'2" H N N 32 ADP "H4'" H N N 33 ADP "H3'" H N N 34 ADP "HO3'" H N N 35 ADP "H2'" H N N 36 ADP "HO2'" H N N 37 ADP "H1'" H N N 38 ADP H8 H N N 39 ADP HN61 H N N 40 ADP HN62 H N N 41 ADP H2 H N N 42 ALA N N N N 43 ALA CA C N S 44 ALA C C N N 45 ALA O O N N 46 ALA CB C N N 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Y N 162 CYS N CA sing N N 163 CYS N H sing N N 164 CYS N H2 sing N N 165 CYS CA C sing N N 166 CYS CA CB sing N N 167 CYS CA HA sing N N 168 CYS C O doub N N 169 CYS C OXT sing N N 170 CYS CB SG sing N N 171 CYS CB HB2 sing N N 172 CYS CB HB3 sing N N 173 CYS SG HG sing N N 174 CYS OXT HXT sing N N 175 GLN N CA sing N N 176 GLN N H sing N N 177 GLN N H2 sing N N 178 GLN CA C sing N N 179 GLN CA CB sing N N 180 GLN CA HA sing N N 181 GLN C O doub N N 182 GLN C OXT sing N N 183 GLN CB CG sing N N 184 GLN CB HB2 sing N N 185 GLN CB HB3 sing N N 186 GLN CG CD sing N N 187 GLN CG HG2 sing N N 188 GLN CG HG3 sing N N 189 GLN CD OE1 doub N N 190 GLN CD NE2 sing N N 191 GLN NE2 HE21 sing N N 192 GLN NE2 HE22 sing N N 193 GLN OXT HXT sing N N 194 GLU N CA sing N N 195 GLU N H sing N N 196 GLU N H2 sing N N 197 GLU CA C sing N N 198 GLU CA CB sing N N 199 GLU CA HA sing N N 200 GLU C O doub N N 201 GLU C OXT sing N N 202 GLU CB CG sing N N 203 GLU CB HB2 sing N N 204 GLU CB HB3 sing N N 205 GLU CG CD sing N N 206 GLU CG HG2 sing N N 207 GLU CG HG3 sing N N 208 GLU CD OE1 doub N N 209 GLU CD OE2 sing N N 210 GLU OE2 HE2 sing N N 211 GLU OXT HXT sing N N 212 GLY N CA sing N N 213 GLY N H sing N N 214 GLY N H2 sing N N 215 GLY CA C sing N N 216 GLY CA HA2 sing N N 217 GLY CA HA3 sing N N 218 GLY C O doub N N 219 GLY C OXT sing N N 220 GLY OXT HXT sing N N 221 HIC N CA sing N N 222 HIC N H sing N N 223 HIC N H2 sing N N 224 HIC CA C sing N N 225 HIC CA CB sing N N 226 HIC CA HA sing N N 227 HIC C O doub N N 228 HIC C OXT sing N N 229 HIC CB CG sing N N 230 HIC CB HB2 sing N N 231 HIC CB HB3 sing N N 232 HIC CG ND1 sing Y N 233 HIC CG CD2 doub Y N 234 HIC ND1 CE1 doub Y N 235 HIC CD2 NE2 sing Y N 236 HIC CD2 HD2 sing N N 237 HIC CE1 NE2 sing Y N 238 HIC CE1 HE1 sing N N 239 HIC NE2 CZ sing N N 240 HIC CZ HZ1 sing N N 241 HIC CZ HZ2 sing N N 242 HIC CZ HZ3 sing N N 243 HIC OXT HXT sing N N 244 HIS N CA sing N N 245 HIS N H sing N N 246 HIS N H2 sing N N 247 HIS CA C sing N N 248 HIS CA CB sing N N 249 HIS CA HA sing N N 250 HIS C O doub N N 251 HIS C OXT sing N N 252 HIS CB CG sing N N 253 HIS CB HB2 sing N N 254 HIS CB HB3 sing N N 255 HIS CG ND1 sing Y N 256 HIS CG CD2 doub Y N 257 HIS ND1 CE1 doub Y N 258 HIS ND1 HD1 sing N N 259 HIS CD2 NE2 sing Y N 260 HIS CD2 HD2 sing N N 261 HIS CE1 NE2 sing Y N 262 HIS CE1 HE1 sing N N 263 HIS NE2 HE2 sing N N 264 HIS OXT HXT sing N N 265 ILE N CA sing N N 266 ILE N H sing N N 267 ILE N H2 sing N N 268 ILE CA C sing N N 269 ILE CA CB sing N N 270 ILE CA HA sing N N 271 ILE C O doub N N 272 ILE C OXT sing N N 273 ILE CB CG1 sing N N 274 ILE CB CG2 sing N N 275 ILE CB HB sing N N 276 ILE CG1 CD1 sing N N 277 ILE CG1 HG12 sing N N 278 ILE CG1 HG13 sing N N 279 ILE CG2 HG21 sing N N 280 ILE CG2 HG22 sing N N 281 ILE CG2 HG23 sing N N 282 ILE CD1 HD11 sing N N 283 ILE CD1 HD12 sing N N 284 ILE CD1 HD13 sing N N 285 ILE OXT HXT sing N N 286 LEU N CA sing N N 287 LEU N H sing N N 288 LEU N H2 sing N N 289 LEU CA C sing N N 290 LEU CA CB sing N N 291 LEU CA HA sing N N 292 LEU C O doub N N 293 LEU C OXT sing N N 294 LEU CB CG sing N N 295 LEU CB HB2 sing N N 296 LEU CB HB3 sing N N 297 LEU CG CD1 sing N N 298 LEU CG CD2 sing N N 299 LEU CG HG sing N N 300 LEU CD1 HD11 sing N N 301 LEU CD1 HD12 sing N N 302 LEU CD1 HD13 sing N N 303 LEU CD2 HD21 sing N N 304 LEU CD2 HD22 sing N N 305 LEU CD2 HD23 sing N N 306 LEU OXT HXT sing N N 307 LYS N CA sing N N 308 LYS N H sing N N 309 LYS N H2 sing N N 310 LYS CA C sing N N 311 LYS CA CB sing N N 312 LYS CA HA sing N N 313 LYS C O doub N N 314 LYS C OXT sing N N 315 LYS CB CG sing N N 316 LYS CB HB2 sing N N 317 LYS CB HB3 sing N N 318 LYS CG CD sing N N 319 LYS CG HG2 sing N N 320 LYS CG HG3 sing N N 321 LYS CD CE sing N N 322 LYS CD HD2 sing N N 323 LYS CD HD3 sing N N 324 LYS CE NZ sing N N 325 LYS CE HE2 sing N N 326 LYS CE HE3 sing N N 327 LYS NZ HZ1 sing N N 328 LYS NZ HZ2 sing N N 329 LYS NZ HZ3 sing N N 330 LYS OXT HXT sing N N 331 MET N CA sing N N 332 MET N H sing N N 333 MET N H2 sing N N 334 MET CA C sing N N 335 MET CA CB sing N N 336 MET CA HA sing N N 337 MET C O doub N N 338 MET C OXT sing N N 339 MET CB CG sing N N 340 MET CB HB2 sing N N 341 MET CB HB3 sing N N 342 MET CG SD sing N N 343 MET CG HG2 sing N N 344 MET CG HG3 sing N N 345 MET SD CE sing N N 346 MET CE HE1 sing N N 347 MET CE HE2 sing N N 348 MET CE HE3 sing N N 349 MET OXT HXT sing N N 350 PHE N CA sing N N 351 PHE N H sing N N 352 PHE N H2 sing N N 353 PHE CA C sing N N 354 PHE CA CB sing N N 355 PHE CA HA sing N N 356 PHE C O doub N N 357 PHE C OXT sing N N 358 PHE CB CG sing N N 359 PHE CB HB2 sing N N 360 PHE CB HB3 sing N N 361 PHE CG CD1 doub Y N 362 PHE CG CD2 sing Y N 363 PHE CD1 CE1 sing Y N 364 PHE CD1 HD1 sing N N 365 PHE CD2 CE2 doub Y N 366 PHE CD2 HD2 sing N N 367 PHE CE1 CZ doub Y N 368 PHE CE1 HE1 sing N N 369 PHE CE2 CZ sing Y N 370 PHE CE2 HE2 sing N N 371 PHE CZ HZ sing N N 372 PHE OXT HXT sing N N 373 PRO N CA sing N N 374 PRO N CD sing N N 375 PRO N H sing N N 376 PRO CA C sing N N 377 PRO CA CB sing N N 378 PRO CA HA sing N N 379 PRO C O doub N N 380 PRO C OXT sing N N 381 PRO CB CG sing N N 382 PRO CB HB2 sing N N 383 PRO CB HB3 sing N N 384 PRO CG CD sing N N 385 PRO CG HG2 sing N N 386 PRO CG HG3 sing N N 387 PRO CD HD2 sing N N 388 PRO CD HD3 sing N N 389 PRO OXT HXT sing N N 390 SER N CA sing N N 391 SER N H sing N N 392 SER N H2 sing N N 393 SER CA C sing N N 394 SER CA CB sing N N 395 SER CA HA sing N N 396 SER C O doub N N 397 SER C OXT sing N N 398 SER CB OG sing N N 399 SER CB HB2 sing N N 400 SER CB HB3 sing N N 401 SER OG HG sing N N 402 SER OXT HXT sing N N 403 THR N CA sing N N 404 THR N H sing N N 405 THR N H2 sing N N 406 THR CA C sing N N 407 THR CA CB sing N N 408 THR CA HA sing N N 409 THR C O doub N N 410 THR C OXT sing N N 411 THR CB OG1 sing N N 412 THR CB CG2 sing N N 413 THR CB HB sing N N 414 THR OG1 HG1 sing N N 415 THR CG2 HG21 sing N N 416 THR CG2 HG22 sing N N 417 THR CG2 HG23 sing N N 418 THR OXT HXT sing N N 419 TRP N CA sing N N 420 TRP N H sing N N 421 TRP N H2 sing N N 422 TRP CA C sing N N 423 TRP CA CB sing N N 424 TRP CA HA sing N N 425 TRP C O doub N N 426 TRP C OXT sing N N 427 TRP CB CG sing N N 428 TRP CB HB2 sing N N 429 TRP CB HB3 sing N N 430 TRP CG CD1 doub Y N 431 TRP CG CD2 sing Y N 432 TRP CD1 NE1 sing Y N 433 TRP CD1 HD1 sing N N 434 TRP CD2 CE2 doub Y N 435 TRP CD2 CE3 sing Y N 436 TRP NE1 CE2 sing Y N 437 TRP NE1 HE1 sing N N 438 TRP CE2 CZ2 sing Y N 439 TRP CE3 CZ3 doub Y N 440 TRP CE3 HE3 sing N N 441 TRP CZ2 CH2 doub Y N 442 TRP CZ2 HZ2 sing N N 443 TRP CZ3 CH2 sing Y N 444 TRP CZ3 HZ3 sing N N 445 TRP CH2 HH2 sing N N 446 TRP OXT HXT sing N N 447 TYR N CA sing N N 448 TYR N H sing N N 449 TYR N H2 sing N N 450 TYR CA C sing N N 451 TYR CA CB sing N N 452 TYR CA HA sing N N 453 TYR C O doub N N 454 TYR C OXT sing N N 455 TYR CB CG sing N N 456 TYR CB HB2 sing N N 457 TYR CB HB3 sing N N 458 TYR CG CD1 doub Y N 459 TYR CG CD2 sing Y N 460 TYR CD1 CE1 sing Y N 461 TYR CD1 HD1 sing N N 462 TYR CD2 CE2 doub Y N 463 TYR CD2 HD2 sing N N 464 TYR CE1 CZ doub Y N 465 TYR CE1 HE1 sing N N 466 TYR CE2 CZ sing Y N 467 TYR CE2 HE2 sing N N 468 TYR CZ OH sing N N 469 TYR OH HH sing N N 470 TYR OXT HXT sing N N 471 VAL N CA sing N N 472 VAL N H sing N N 473 VAL N H2 sing N N 474 VAL CA C sing N N 475 VAL CA CB sing N N 476 VAL CA HA sing N N 477 VAL C O doub N N 478 VAL C OXT sing N N 479 VAL CB CG1 sing N N 480 VAL CB CG2 sing N N 481 VAL CB HB sing N N 482 VAL CG1 HG11 sing N N 483 VAL CG1 HG12 sing N N 484 VAL CG1 HG13 sing N N 485 VAL CG2 HG21 sing N N 486 VAL CG2 HG22 sing N N 487 VAL CG2 HG23 sing N N 488 VAL OXT HXT sing N N 489 # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue _em_entity_assembly_naturalsource.details ? ? 2 2 4896 'Schizosaccharomyces pombe' ? ? ? ? ? ? ? 3 3 9031 'Gallus gallus' ? ? ? ? ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 3.3 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 51.4 _em_image_recording.details ;Each movie contains 41 frames with a frame time of 0.08 s. A dose rate of 28.4 counts/pixel/s and a physical pixel size of 1.346 Angstroms was used. ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 8519 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ;Electron micrographs for image reconstructions were collected using Titan Krios equipped with X-cold field emission gun at 300 kV, Gatan image filter with slit width of 20 eV and a nanoprobe. ; # _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 3000000 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? ? ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 SerialEM ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? ? ? 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? ? ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' ? 8 ? ? ? ? ? OTHER ? 9 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? ? ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? cryoSPARC 3.0 CLASSIFICATION ? 12 1 ? ? cryoSPARC 3.0 RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? cryoSPARC 3.0 # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ;Actin monomers with bound Ca2+ were converted to Mg2+-actin by equilibrating with 50 micromolar MgCl2 and 0.2 mM EGTA (pH 7.5) for 10 min on ice. Actin was polymerized in the presence of capping protein (CP) by sequentially mixing 8.75 micromolar Mg-ATP-actin monomers with 0.75 micromolar CP and equilibrated at room temperature for 1 h. In parallel, Arp2/3 complex (0.4 micromolar) in QB buffer was activated by mixing 0.85 micromolar GCN4-VCA and 50 micromolar ATP and incubated at 4 degrees for 1 h. The capped actin filaments sample was then gently mixed with an equal volume of activated Arp2/3 complex sample using cut pipette tips and equilibrated at 4 degrees for 5 min. Daughter filaments were formed and elongated in the presence of CP by adding 0.25 micromolar Mg-actin monomers, 50 micromolar ATP, and 40 nM CP and incubated for 5 min at room temperature. This step was subsequently repeated 4 more times, then aged for ~90 min before preparing grids for cryo-EM data collection. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R35GM136656 1 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R01GM026338 2 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R01GM110530 3 # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 ADP ? ? ADP ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 ATP ? ? ATP ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 3 MG ? ? MG ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # _atom_sites.entry_id 8UXW _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C H MG N O P S # loop_