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EMDB EMD-42956 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-08-28 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8V3W _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-11-28 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'CryoEM Structure of Diffocin - precontracted - Baseplate - focused refinement on triplex region' _pdbx_database_related.db_id EMD-42956 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email Hong.Zhou@UCLA.edu _pdbx_contact_author.name_first 'Z. 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'Zhou, Z.H.' 3 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 15 _citation.language ? _citation.page_first 7057 _citation.page_last 7057 _citation.title 'Atomic structures of a bacteriocin targeting Gram-positive bacteria.' _citation.year 2024 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-024-51038-w _citation.pdbx_database_id_PubMed 39152109 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Cai, X.' 1 0000-0001-6694-2154 primary 'He, Y.' 2 0000-0002-1368-6422 primary 'Yu, I.' 3 ? primary 'Imani, A.' 4 ? primary 'Scholl, D.' 5 ? primary 'Miller, J.F.' 6 ? primary 'Zhou, Z.H.' 7 0000-0002-8373-4717 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'TRI-2 (CD1371)' 39603.281 12 ? ? ? ? 2 polymer man 'TRI-1 (CD1372)' 26473.488 6 ? ? ? ? 3 polymer man 'Spike (CD1369)' 12626.413 3 ? ? ? ? 4 polymer man 'Tape measure protein (CD1366)' 89157.289 3 ? ? ? ? 5 polymer man 'Tube tail (CD1367)' 16234.616 6 ? ? ? ? 6 polymer man 'Sheath initiator (CD1370)' 16549.959 6 ? ? ? ? 7 polymer man 'Sheath (CD1363)' 39268.430 12 ? ? ? ? 8 polymer man 'Tube (CD1364)' 16028.353 12 ? ? ? ? 9 polymer man 'Hub-Hydrolase (CD1368)' 65426.082 3 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MYSDQTYEVIKNRTLENINLDIYKGEGSFLNNMVSGNNLELSKIYLELSKMHKMAFIQDTYNQFLDKRVNEFGVYRKLGT ESNGEVEFIGEKGTVINNGTIISYRDLLFVVIKDVTIGSEEGDNSPVQALEVGKKYNLPTNCEFKLVDNISGVTKITNTR SFEGGTDIETDEELKERFYKIQRNQATSGNKAHYEEWALEVDGVYNVKVYPRWDGPGTVKVLIFGKNNQAVDTETIERCQ QHIDEEKPIGPTITVVTPLPIEISISAVMKLEDGYTLDNVKESFLESINTYFRDIRGEIIYTKVMGILINTTGVHDLSNL LINGSTDNITINEDKIPSVTTVNFSEVENQ ; ;MYSDQTYEVIKNRTLENINLDIYKGEGSFLNNMVSGNNLELSKIYLELSKMHKMAFIQDTYNQFLDKRVNEFGVYRKLGT ESNGEVEFIGEKGTVINNGTIISYRDLLFVVIKDVTIGSEEGDNSPVQALEVGKKYNLPTNCEFKLVDNISGVTKITNTR SFEGGTDIETDEELKERFYKIQRNQATSGNKAHYEEWALEVDGVYNVKVYPRWDGPGTVKVLIFGKNNQAVDTETIERCQ QHIDEEKPIGPTITVVTPLPIEISISAVMKLEDGYTLDNVKESFLESINTYFRDIRGEIIYTKVMGILINTTGVHDLSNL LINGSTDNITINEDKIPSVTTVNFSEVENQ ; E,A,J,M,v,r,0,3,Y,U,e,h ? 2 'polypeptide(L)' no no 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ELIGQKYTKGLTESEASRFIKEALLINPYILEVNVKSANFNRDILSANVKVSTIYGEVEINV ; ;MSTIFPFIGVPEDYILPKTEELPIFREVAWDFEKDEPILEKGDFKIIEKKEALKVWIYKCIKTNRYEHEIYSLEYGTELS ELIGQKYTKGLTESEASRFIKEALLINPYILEVNVKSANFNRDILSANVKVSTIYGEVEINV ; L,2,O,g,F,j ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MAIGLPSINISFKELATTVKERSARGIIAMVLKDAKALGLNEIHEKEDIPVDLSAENKEYINLALMGNVNTPNKLLVYVI EGEADIQTALDFLETKEFNYLCMPKAVEADKTAIKNWIIKLRDIDKVKVKAVLGKVVGNHEGIINFTTEDVLVGEKKYSV DEFTSRVAGLIAGTPLSQSVTYTKLSDVVDIPKMTKVDAESRVNKGELILIKEAGAIRIARGVNSLTELTAEKGEMFQKI KIVDTLDIIHSDIRKVIIDDYIGKVTNSYDNKCLLIVAIKSYLEELEKSALIESDSTVEIDFEAQKSYLKSKGVDLSYMT LQEIKEANTGSKVFLKAKIKVLDAMEDIDLSIEI ; ;MAIGLPSINISFKELATTVKERSARGIIAMVLKDAKALGLNEIHEKEDIPVDLSAENKEYINLALMGNVNTPNKLLVYVI EGEADIQTALDFLETKEFNYLCMPKAVEADKTAIKNWIIKLRDIDKVKVKAVLGKVVGNHEGIINFTTEDVLVGEKKYSV DEFTSRVAGLIAGTPLSQSVTYTKLSDVVDIPKMTKVDAESRVNKGELILIKEAGAIRIARGVNSLTELTAEKGEMFQKI KIVDTLDIIHSDIRKVIIDDYIGKVTNSYDNKCLLIVAIKSYLEELEKSALIESDSTVEIDFEAQKSYLKSKGVDLSYMT LQEIKEANTGSKVFLKAKIKVLDAMEDIDLSIEI ; c,D,S,K,AA,u,8,1,q,X,n,f ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MANMEARNVMSGTWGELWLDGNKVAEVKKFQAKMEFTKEDIIIAGQMGTDTKYMGYKGKGSITLYHVSSRMHKLIGEKIK RGSEPRFVAISKLNDPDSYGAERIAVKNIAFDDLTLADWEVGVKGEIEAPFTFTEYDFLDII ; ;MANMEARNVMSGTWGELWLDGNKVAEVKKFQAKMEFTKEDIIIAGQMGTDTKYMGYKGKGSITLYHVSSRMHKLIGEKIK RGSEPRFVAISKLNDPDSYGAERIAVKNIAFDDLTLADWEVGVKGEIEAPFTFTEYDFLDII ; a,I,R,P,9,z,7,5,p,d,m,k ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MIKIWVHIKNGSIYDITDIVDKVSWSGDYKSPSRTLEFSIIQSSFDNVFQQIDIPIASTVCFYVDEKELFRGMIINRSKD SSSNEISFVSKDMGFLLTQSEVSYNFKDKLVEDIAKQVFAENRLSVGIIAKTNVKYTKMFIGVNGYDTIMSAYTEASKKT KKKYMIEANLDKFNVIEKGTVTLSVMFEEGFNIINTTFSESMENVKNKVIVVDQYGSKISEKIDNEIFKEVNVIMQKVIQ QQENQDVDIDSEFNGIEKSCSLKGYGDVSCITGRGVKVKDSYTKLVGLFYIDTDKHTWQNGEYQIELELNFQNLMDEKSA GQDEPKEESNLGGEDYAGGKEFTAEFTAYCPRKEEGGDTDCRKKKLDPSKKTCAAPMVGKYEQTYYTKEFLNKHPLLNYG DEIQVITGVSGRDGVYKVNDVGPAITIEKNGTYHIDILFGNVEEASKFGRRKGKIIIGGYSGNVSDKAKIVISEAKKHLG KPYKWGGNGPSSFDCSGLMVYCFKKVNVSLPRTSNQQSKKGKKVEQKNLQAGDLVFFHNPVSHVGLYIGNGEFLHAPQKG DVVKISKLSSRRDFNTARRVL ; ;MIKIWVHIKNGSIYDITDIVDKVSWSGDYKSPSRTLEFSIIQSSFDNVFQQIDIPIASTVCFYVDEKELFRGMIINRSKD SSSNEISFVSKDMGFLLTQSEVSYNFKDKLVEDIAKQVFAENRLSVGIIAKTNVKYTKMFIGVNGYDTIMSAYTEASKKT KKKYMIEANLDKFNVIEKGTVTLSVMFEEGFNIINTTFSESMENVKNKVIVVDQYGSKISEKIDNEIFKEVNVIMQKVIQ QQENQDVDIDSEFNGIEKSCSLKGYGDVSCITGRGVKVKDSYTKLVGLFYIDTDKHTWQNGEYQIELELNFQNLMDEKSA GQDEPKEESNLGGEDYAGGKEFTAEFTAYCPRKEEGGDTDCRKKKLDPSKKTCAAPMVGKYEQTYYTKEFLNKHPLLNYG DEIQVITGVSGRDGVYKVNDVGPAITIEKNGTYHIDILFGNVEEASKFGRRKGKIIIGGYSGNVSDKAKIVISEAKKHLG KPYKWGGNGPSSFDCSGLMVYCFKKVNVSLPRTSNQQSKKGKKVEQKNLQAGDLVFFHNPVSHVGLYIGNGEFLHAPQKG DVVKISKLSSRRDFNTARRVL ; H,x,b ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 TYR n 1 3 SER n 1 4 ASP n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 TYR n 1 8 GLU n 1 9 VAL n 1 10 ILE n 1 11 LYS n 1 12 ASN n 1 13 ARG n 1 14 THR n 1 15 LEU n 1 16 GLU n 1 17 ASN n 1 18 ILE n 1 19 ASN n 1 20 LEU n 1 21 ASP n 1 22 ILE n 1 23 TYR n 1 24 LYS n 1 25 GLY n 1 26 GLU n 1 27 GLY n 1 28 SER n 1 29 PHE n 1 30 LEU n 1 31 ASN n 1 32 ASN n 1 33 MET n 1 34 VAL n 1 35 SER n 1 36 GLY n 1 37 ASN n 1 38 ASN n 1 39 LEU n 1 40 GLU n 1 41 LEU n 1 42 SER n 1 43 LYS n 1 44 ILE n 1 45 TYR n 1 46 LEU n 1 47 GLU n 1 48 LEU n 1 49 SER n 1 50 LYS n 1 51 MET n 1 52 HIS n 1 53 LYS n 1 54 MET n 1 55 ALA n 1 56 PHE n 1 57 ILE n 1 58 GLN n 1 59 ASP n 1 60 THR n 1 61 TYR n 1 62 ASN n 1 63 GLN n 1 64 PHE n 1 65 LEU n 1 66 ASP n 1 67 LYS n 1 68 ARG n 1 69 VAL n 1 70 ASN n 1 71 GLU n 1 72 PHE n 1 73 GLY n 1 74 VAL n 1 75 TYR n 1 76 ARG n 1 77 LYS n 1 78 LEU n 1 79 GLY n 1 80 THR n 1 81 GLU n 1 82 SER n 1 83 ASN n 1 84 GLY n 1 85 GLU n 1 86 VAL n 1 87 GLU n 1 88 PHE n 1 89 ILE n 1 90 GLY n 1 91 GLU n 1 92 LYS n 1 93 GLY n 1 94 THR n 1 95 VAL n 1 96 ILE n 1 97 ASN n 1 98 ASN n 1 99 GLY n 1 100 THR n 1 101 ILE n 1 102 ILE n 1 103 SER n 1 104 TYR n 1 105 ARG n 1 106 ASP n 1 107 LEU n 1 108 LEU n 1 109 PHE n 1 110 VAL n 1 111 VAL n 1 112 ILE n 1 113 LYS n 1 114 ASP n 1 115 VAL n 1 116 THR n 1 117 ILE n 1 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_symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8V3W _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8V3W _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.687 ? 160068 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.299 ? 15648 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.045 ? 18387 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 20349 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8V3W _struct.title 'CryoEM Structure of Diffocin - precontracted - Baseplate - focused refinement on triplex region' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8V3W _struct_keywords.text 'Phage tail-like, bacteriocin, baseplate, pre-contraction, VIRUS LIKE PARTICLE' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRUS LIKE PARTICLE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 6 ? H N N 7 ? I N N 8 ? J N N 8 ? K N N 7 ? L N N 9 ? M N N 7 ? N N N 8 ? O N N 8 ? 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O LYS H 417 AD8 4 5 O TYR L 416 ? O TYR H 416 N ILE L 403 ? N ILE H 403 AD8 5 6 N GLN L 404 ? N GLN H 404 O ILE L 456 ? O ILE H 456 AD8 6 7 O GLY L 453 ? O GLY H 453 N ALA L 344 ? N ALA H 344 AD9 1 2 N GLY L 489 ? N GLY H 489 O SER L 492 ? O SER H 492 AE1 1 2 N VAL L 524 ? N VAL H 524 O ALA L 577 ? O ALA H 577 AE1 2 3 O ARG L 578 ? O ARG H 578 N LEU L 534 ? N LEU H 534 AE1 3 4 N ASP L 533 ? N ASP H 533 O TYR L 547 ? O TYR H 547 AE1 4 5 N LEU L 546 ? N LEU H 546 O LEU L 554 ? O LEU H 554 AE1 5 6 N PHE L 553 ? N PHE H 553 O SER L 566 ? O SER H 566 AE2 1 2 N ASN M 41 ? N ASN S 41 O VAL M 77 ? O VAL S 77 AE2 2 3 O LEU M 76 ? O LEU S 76 N MET M 30 ? N MET S 30 AE2 3 4 N ALA M 29 ? N ALA S 29 O TYR M 100 ? O TYR S 100 AE2 4 5 N LEU M 101 ? N LEU S 101 O VAL M 132 ? O VAL S 132 AE2 5 6 N LEU M 133 ? N LEU S 133 O ILE M 144 ? O ILE S 144 AE3 1 2 O TYR M 158 ? O TYR S 158 N VAL M 151 ? N VAL S 151 AE3 2 3 N LEU M 152 ? N LEU S 152 O VAL M 189 ? O VAL S 189 AE4 1 2 N ILE M 211 ? 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