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UNP B3GTD7 MET 427 variant 427 184 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 63 ? 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GLY B 113 LEU B 135 1 ? 23 HELX_P HELX_P16 AB7 SER B 182 ? LYS B 217 ? SER B 140 LYS B 175 1 ? 36 HELX_P HELX_P17 AB8 ARG B 220 ? LYS B 272 ? ARG B 178 LYS B 230 1 ? 53 HELX_P HELX_P18 AB9 PRO B 328 ? VAL B 382 ? PRO B 286 VAL B 340 1 ? 55 HELX_P HELX_P19 AC1 ARG B 386 ? ALA B 432 ? ARG B 344 ALA B 390 1 ? 47 HELX_P HELX_P20 AC2 GLY B 436 ? GLN B 452 ? GLY B 394 GLN B 410 1 ? 17 HELX_P HELX_P21 AC3 SER B 457 ? MET B 461 ? SER B 415 MET B 419 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 ARG B 466 ? ARG B 488 ? ARG B 424 ARG B 446 1 ? 23 HELX_P HELX_P23 AC5 ALA C 63 ? CYS C 74 ? ALA C 21 CYS C 32 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 AC6 SER C 93 ? VAL C 121 ? SER C 51 VAL C 79 1 ? 29 HELX_P HELX_P25 AC7 SER C 131 ? TYR C 154 ? SER C 89 TYR C 112 1 ? 24 HELX_P HELX_P26 AC8 GLY C 155 ? LEU C 177 ? GLY C 113 LEU C 135 1 ? 23 HELX_P HELX_P27 AC9 SER C 182 ? LYS C 217 ? SER C 140 LYS C 175 1 ? 36 HELX_P HELX_P28 AD1 ARG C 220 ? LYS C 272 ? ARG C 178 LYS C 230 1 ? 53 HELX_P HELX_P29 AD2 PRO C 328 ? VAL C 382 ? PRO C 286 VAL C 340 1 ? 55 HELX_P HELX_P30 AD3 ARG C 386 ? ALA C 432 ? ARG C 344 ALA C 390 1 ? 47 HELX_P HELX_P31 AD4 GLY C 436 ? GLN C 452 ? GLY C 394 GLN C 410 1 ? 17 HELX_P HELX_P32 AD5 SER C 457 ? MET C 461 ? SER C 415 MET C 419 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 ARG C 466 ? ARG C 488 ? ARG C 424 ARG C 446 1 ? 23 HELX_P HELX_P34 AD7 ALA D 63 ? CYS D 74 ? ALA D 21 CYS D 32 1 ? 12 HELX_P HELX_P35 AD8 SER D 93 ? VAL D 121 ? SER D 51 VAL D 79 1 ? 29 HELX_P HELX_P36 AD9 SER D 131 ? TYR D 154 ? SER D 89 TYR D 112 1 ? 24 HELX_P HELX_P37 AE1 GLY D 155 ? LEU D 177 ? GLY D 113 LEU D 135 1 ? 23 HELX_P HELX_P38 AE2 SER D 182 ? LYS D 217 ? SER D 140 LYS D 175 1 ? 36 HELX_P HELX_P39 AE3 ARG D 220 ? LYS D 272 ? ARG D 178 LYS D 230 1 ? 53 HELX_P HELX_P40 AE4 PRO D 328 ? VAL D 382 ? PRO D 286 VAL D 340 1 ? 55 HELX_P HELX_P41 AE5 ARG D 386 ? ALA D 432 ? ARG D 344 ALA D 390 1 ? 47 HELX_P HELX_P42 AE6 GLY D 436 ? GLN D 452 ? GLY D 394 GLN D 410 1 ? 17 HELX_P HELX_P43 AE7 SER D 457 ? MET D 461 ? SER D 415 MET D 419 5 ? 5 HELX_P HELX_P44 AE8 ARG D 466 ? ARG D 488 ? ARG D 424 ARG D 446 1 ? 23 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 59 ? GLY A 61 ? 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LEU D 37 PRO D 41 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N VAL A 60 ? N VAL A 18 O TYR A 88 ? O TYR A 46 AA1 2 3 O THR A 91 ? O THR A 49 N ARG A 80 ? N ARG A 38 AA2 1 2 N VAL B 60 ? N VAL B 18 O TYR B 88 ? O TYR B 46 AA2 2 3 O THR B 91 ? O THR B 49 N ARG B 80 ? N ARG B 38 AA3 1 2 N VAL C 60 ? N VAL C 18 O TYR C 88 ? O TYR C 46 AA3 2 3 O THR C 91 ? O THR C 49 N ARG C 80 ? N ARG C 38 AA4 1 2 N VAL D 60 ? N VAL D 18 O TYR D 88 ? O TYR D 46 AA4 2 3 O THR D 91 ? O THR D 49 N ARG D 80 ? N ARG D 38 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 HIS A 139 ? ? 59.17 6.72 2 1 THR A 342 ? ? -69.23 4.88 3 1 HIS B 139 ? ? 59.22 6.74 4 1 THR B 342 ? ? -69.28 4.93 5 1 HIS C 139 ? ? 59.24 6.72 6 1 THR C 342 ? ? -69.20 4.90 7 1 HIS D 139 ? ? 59.21 6.75 8 1 THR D 342 ? ? -69.19 4.86 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # _pdbx_entry_details.entry_id 8VC2 _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8VC2 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria 'cross-correlation coefficient' _em_3d_fitting.details ;Initial fitting was done using DockInMap in PHENIX and refined through cycles of manual rebuilding in Coot, real-space refinement in PHENIX, and remodeling by simulations run in the ISOLDE plugin of ChimeraX. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 43.02 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details 'ColabFold generated' _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name Other _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8VC2 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.98 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 233351 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8.25 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Fructose-bound BmGr9 homotetramer' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_imaging.entry_id 8VC2 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 2200 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.calibrated_magnification 60240 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? 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