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EMDB EMD-43235 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-10-09 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _database_PDB_caveat.id _database_PDB_caveat.text 1 ;Residues GLU A 175 and GLN A 177 are linked together in the model; however, there are residues between them in the deposited polymeric sequence. ; 2 ;Residues ILE A 207 and LEU A 209 are linked together in the model; however, there are residues between them in the deposited polymeric sequence. ; 3 ;Residues GLU C 175 and GLN C 177 are linked together in the model; however, there are residues between them in the deposited polymeric sequence. ; 4 ;Residues ILE C 207 and LEU C 209 are linked together in the model; however, there are residues between them in the deposited polymeric sequence. ; # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8VH5 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-12-30 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of Rab12-LRRK2 complex in the LRRK2 dimer state' _pdbx_database_related.db_id EMD-43235 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email ji.sun@stjude.org _pdbx_contact_author.name_first Ji _pdbx_contact_author.name_last Sun _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-9302-3177 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Zhu, H.' 1 ? 'Sun, J.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 15 _citation.language ? _citation.page_first 8434 _citation.page_last 8434 _citation.title 'RAB12-LRRK2 complex suppresses primary ciliogenesis and regulates centrosome homeostasis in astrocytes.' _citation.year 2024 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-024-52723-6 _citation.pdbx_database_id_PubMed 39343966 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Li, X.' 1 0009-0005-3040-8968 primary 'Zhu, H.' 2 ? primary 'Huang, B.T.' 3 ? primary 'Li, X.' 4 0000-0002-3153-0931 primary 'Kim, H.' 5 ? primary 'Tan, H.' 6 0000-0001-6687-2563 primary 'Zhang, Y.' 7 ? primary 'Choi, I.' 8 ? primary 'Peng, J.' 9 0000-0003-0472-7648 primary 'Xu, P.' 10 ? primary 'Sun, J.' 11 0000-0002-9302-3177 primary 'Yue, Z.' 12 0000-0001-8730-8515 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2' 286427.656 2 2.7.11.1,3.6.5.- ? ? ? 2 polymer man 'Ras-related protein Rab-12' 20207.365 2 ? ? ? ? 3 non-polymer syn "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 443.201 2 ? ? ? ? 4 non-polymer syn 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' 506.196 2 ? ? ? ? 5 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 2 ? ? ? ? 6 non-polymer 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D GLN 140 CD 4451 1 Y 1 D GLN 175 ? OE1 ? D GLN 140 OE1 4452 1 Y 1 D GLN 175 ? NE2 ? D GLN 140 NE2 4453 1 Y 1 D GLN 176 ? CG ? D GLN 141 CG 4454 1 Y 1 D GLN 176 ? CD ? D GLN 141 CD 4455 1 Y 1 D GLN 176 ? OE1 ? D GLN 141 OE1 4456 1 Y 1 D GLN 176 ? NE2 ? D GLN 141 NE2 4457 1 Y 1 D ILE 177 ? CG1 ? D ILE 142 CG1 4458 1 Y 1 D ILE 177 ? CG2 ? D ILE 142 CG2 4459 1 Y 1 D ILE 177 ? CD1 ? D ILE 142 CD1 4460 1 Y 1 D MET 180 ? CG ? D MET 145 CG 4461 1 Y 1 D MET 180 ? SD ? D MET 145 SD 4462 1 Y 1 D MET 180 ? CE ? D MET 145 CE 4463 1 Y 1 D GLU 184 ? CG ? D GLU 149 CG 4464 1 Y 1 D GLU 184 ? CD ? D GLU 149 CD 4465 1 Y 1 D GLU 184 ? OE1 ? D GLU 149 OE1 4466 1 Y 1 D GLU 184 ? OE2 ? D GLU 149 OE2 4467 1 Y 1 D LYS 188 ? CG ? D LYS 153 CG 4468 1 Y 1 D LYS 188 ? CD ? D LYS 153 CD 4469 1 Y 1 D LYS 188 ? CE ? D LYS 153 CE 4470 1 Y 1 D LYS 188 ? NZ ? D LYS 153 NZ 4471 1 Y 1 D ASP 189 ? CG ? D ASP 154 CG 4472 1 Y 1 D ASP 189 ? OD1 ? D ASP 154 OD1 4473 1 Y 1 D ASP 189 ? OD2 ? D ASP 154 OD2 4474 1 Y 1 D ASP 194 ? CG ? D ASP 159 CG 4475 1 Y 1 D ASP 194 ? OD1 ? D ASP 159 OD1 4476 1 Y 1 D ASP 194 ? OD2 ? D ASP 159 OD2 4477 1 Y 1 D GLU 195 ? CG ? D GLU 160 CG 4478 1 Y 1 D GLU 195 ? CD ? D GLU 160 CD 4479 1 Y 1 D GLU 195 ? OE1 ? D GLU 160 OE1 4480 1 Y 1 D GLU 195 ? OE2 ? D GLU 160 OE2 4481 1 Y 1 D ASP 203 ? CG ? D ASP 168 CG 4482 1 Y 1 D ASP 203 ? OD1 ? D ASP 168 OD1 4483 1 Y 1 D ASP 203 ? OD2 ? D ASP 168 OD2 4484 1 Y 1 D LYS 206 ? CG ? D LYS 171 CG 4485 1 Y 1 D LYS 206 ? CD ? D LYS 171 CD 4486 1 Y 1 D LYS 206 ? CE ? D LYS 171 CE 4487 1 Y 1 D LYS 206 ? NZ ? D LYS 171 NZ 4488 1 Y 1 D LYS 207 ? CG ? D LYS 172 CG 4489 1 Y 1 D LYS 207 ? CD ? D LYS 172 CD 4490 1 Y 1 D LYS 207 ? CE ? D LYS 172 CE 4491 1 Y 1 D LYS 207 ? NZ ? D LYS 172 NZ 4492 1 Y 1 D MET 208 ? CG ? D MET 173 CG 4493 1 Y 1 D MET 208 ? SD ? D MET 173 SD 4494 1 Y 1 D MET 208 ? CE ? D MET 173 CE # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8VH5 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8VH5 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8VH5 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8VH5 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 34484 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.769 ? 47270 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.244 ? 4982 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.049 ? 5964 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 5938 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8VH5 _struct.title 'Cryo-EM structure of Rab12-LRRK2 complex in the LRRK2 dimer state' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8VH5 _struct_keywords.text ;Cryo-EM, Parkinson's disease, Kinase, LRRK2, Rab GTPases, HYDROLASE ; _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 5 ? H N N 6 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 5 ? L N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP LRRK2_HUMAN Q5S007 ? 1 ;MASGSCQGCEEDEETLKKLIVRLNNVQEGKQIETLVQILEDLLVFTYSERASKLFQGKNIHVPLLIVLDSYMRVASVQQV GWSLLCKLIEVCPGTMQSLMGPQDVGNDWEVLGVHQLILKMLTVHNASVNLSVIGLKTLDLLLTSGKITLLILDEESDIF MLIFDAMHSFPANDEVQKLGCKALHVLFERVSEEQLTEFVENKDYMILLSALTNFKDEEEIVLHVLHCLHSLAIPCNNVE VLMSGNVRCYNIVVEAMKAFPMSERIQEVSCCLLHRLTLGNFFNILVLNEVHEFVVKAVQQYPENAALQISALSCLALLT ETIFLNQDLEEKNENQENDDEGEEDKLFWLEACYKALTWHRKNKHVQEAACWALNNLLMYQNSLHEKIGDEDGHFPAHRE VMLSMLMHSSSKEVFQASANALSTLLEQNVNFRKILLSKGIHLNVLELMQKHIHSPEVAESGCKMLNHLFEGSNTSLDIM AAVVPKILTVMKRHETSLPVQLEALRAILHFIVPGMPEESREDTEFHHKLNMVKKQCFKNDIHKLVLAALNRFIGNPGIQ KCGLKVISSIVHFPDALEMLSLEGAMDSVLHTLQMYPDDQEIQCLGLSLIGYLITKKNVFIGTGHLLAKILVSSLYRFKD VAEIQTKGFQTILAILKLSASFSKLLVHHSFDLVIFHQMSSNIMEQKDQQFLNLCCKCFAKVAMDDYLKNVMLERACDQN NSIMVECLLLLGADANQAKEGSSLICQVCEKESSPKLVELLLNSGSREQDVRKALTISIGKGDSQIISLLLRRLALDVAN NSICLGGFCIGKVEPSWLGPLFPDKTSNLRKQTNIASTLARMVIRYQMKSAVEEGTASGSDGNFSEDVLSKFDEWTFIPD SSMDSVFAQSDDLDSEGSEGSFLVKKKSNSISVGEFYRDAVLQRCSPNLQRHSNSLGPIFDHEDLLKRKRKILSSDDSLR SSKLQSHMRHSDSISSLASEREYITSLDLSANELRDIDALSQKCCISVHLEHLEKLELHQNALTSFPQQLCETLKSLTHL DLHSNKFTSFPSYLLKMSCIANLDVSRNDIGPSVVLDPTVKCPTLKQFNLSYNQLSFVPENLTDVVEKLEQLILEGNKIS GICSPLRLKELKILNLSKNHISSLSENFLEACPKVESFSARMNFLAAMPFLPPSMTILKLSQNKFSCIPEAILNLPHLRS LDMSSNDIQYLPGPAHWKSLNLRELLFSHNQISILDLSEKAYLWSRVEKLHLSHNKLKEIPPEIGCLENLTSLDVSYNLE LRSFPNEMGKLSKIWDLPLDELHLNFDFKHIGCKAKDIIRFLQQRLKKAVPYNRMKLMIVGNTGSGKTTLLQQLMKTKKS DLGMQSATVGIDVKDWPIQIRDKRKRDLVLNVWDFAGREEFYSTHPHFMTQRALYLAVYDLSKGQAEVDAMKPWLFNIKA RASSSPVILVGTHLDVSDEKQRKACMSKITKELLNKRGFPAIRDYHFVNATEESDALAKLRKTIINESLNFKIRDQLVVG QLIPDCYVELEKIILSERKNVPIEFPVIDRKRLLQLVRENQLQLDENELPHAVHFLNESGVLLHFQDPALQLSDLYFVEP KWLCKIMAQILTVKVEGCPKHPKGIISRRDVEKFLSKKRKFPKNYMSQYFKLLEKFQIALPIGEEYLLVPSSLSDHRPVI ELPHCENSEIIIRLYEMPYFPMGFWSRLINRLLEISPYMLSGRERALRPNRMYWRQGIYLNWSPEAYCLVGSEVLDNHPE SFLKITVPSCRKGCILLGQVVDHIDSLMEEWFPGLLEIDICGEGETLLKKWALYSFNDGEEHQKILLDDLMKKAEEGDLL VNPDQPRLTIPISQIAPDLILADLPRNIMLNNDELEFEQAPEFLLGDGSFGSVYRAAYEGEEVAVKIFNKHTSLRLLRQE LVVLCHLHHPSLISLLAAGIRPRMLVMELASKGSLDRLLQQDKASLTRTLQHRIALHVADGLRYLHSAMIIYRDLKPHNV LLFTLYPNAAIIAKIADYGIAQYCCRMGIKTSEGTPGFRAPEVARGNVIYNQQADVYSFGLLLYDILTTGGRIVEGLKFP NEFDELEIQGKLPDPVKEYGCAPWPMVEKLIKQCLKENPQERPTSAQVFDILNSAELVCLTRRILLPKNVIVECMVATHH NSRNASIWLGCGHTDRGQLSFLDLNTEGYTSEEVADSRILCLALVHLPVEKESWIVSGTQSGTLLVINTEDGKKRHTLEK MTDSVTCLYCNSFSKQSKQKNFLLVGTADGKLAIFEDKTVKLKGAAPLKILNIGNVSTPLMCLSESTNSTERNVMWGGCG TKIFSFSNDFTIQKLIETRTSQLFSYAAFSDSNIITVVVDTALYIAKQNSPVVEVWDKKTEKLCGLIDCVHFLREVMVKE NKESKHKMSYSGRVKTLCLQKNTALWIGTGGGHILLLDLSTRRLIRVIYNFCNSVRVMMTAQLGSLKNVMLVLGYNRKNT EGTQKQKEIQSCLTVWDINLPHEVQNLEKHIEVRKELAEKMRRTSVE ; 0 2 UNP RAB12_HUMAN Q6IQ22 ? 2 ;PRPADFKLQVIIIGSRGVGKTSLMERFTDDTFCEACKSTVGVDFKIKTVELRGKKIRLQIWDTAGQERFNSITSAYYRSA KGIILVYDITKKETFDDLPKWMKMIDKYASEDAELLLVGNKLDCETDREITRQQGEKFAQQITGMRFCEASAKDNFNVDE IFLKLVDDILKKMPLD ; 36 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8VH5 A 1 ? 2527 ? Q5S007 1 ? 2527 ? 1 2527 2 2 8VH5 B 1 ? 176 ? Q6IQ22 36 ? 211 ? 36 211 3 1 8VH5 C 1 ? 2527 ? Q5S007 1 ? 2527 ? 1 2527 4 2 8VH5 D 1 ? 176 ? Q6IQ22 36 ? 211 ? 36 211 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8VH5 HIS A 50 ? UNP Q5S007 ARG 50 conflict 50 1 1 8VH5 THR A 1647 ? UNP Q5S007 SER 1647 conflict 1647 2 1 8VH5 THR A 2397 ? UNP Q5S007 MET 2397 conflict 2397 3 2 8VH5 LEU B 66 ? UNP Q6IQ22 GLN 101 conflict 101 4 3 8VH5 HIS C 50 ? UNP Q5S007 ARG 50 conflict 50 5 3 8VH5 THR C 1647 ? UNP Q5S007 SER 1647 conflict 1647 6 3 8VH5 THR C 2397 ? 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