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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.2664 ? 10538 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0832 ? 1195 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0110 ? 1368 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.8852 ? 1085 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 8VIA _struct.title 'Protective effect of human non-neutralizing cross-reactive spike antibodies elicited by SARS-CoV-2 mRNA vaccination' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8VIA _struct_keywords.text 'antibody, SARS-CoV-2, spike, IMMUNE SYSTEM' _struct_keywords.pdbx_keywords 'IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SPIKE_SARS2 P0DTC2 ? 1 ;CVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFAS TEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQP FLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDS SSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITN LCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQ TGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQS YGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTD AVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAE HVNNSYECDIPIGAGICASYQT ; 15 2 UNP SPIKE_SARS2 P0DTC2 ? 2 ;QTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQY GSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQ YGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVL YENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRL ITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFT TAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYF KNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQ ; 677 3 PDB 8VIA 8VIA ? 3 ? 1 4 PDB 8VIA 8VIA ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8VIA D 1 ? 662 ? P0DTC2 15 ? 676 ? 10 671 2 2 8VIA C 1 ? 532 ? P0DTC2 677 ? 1208 ? 677 1208 3 3 8VIA H 1 ? 236 ? 8VIA 1 ? 244 ? 1 244 4 4 8VIA L 1 ? 216 ? 8VIA 1 ? 216 ? 1 216 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 8VIA GLY C 6 ? UNP P0DTC2 ARG 682 conflict 682 1 2 8VIA SER C 7 ? UNP P0DTC2 ARG 683 conflict 683 2 2 8VIA SER C 9 ? UNP P0DTC2 ARG 685 conflict 685 3 2 8VIA PRO C 141 ? UNP P0DTC2 PHE 817 conflict 817 4 2 8VIA PRO C 216 ? UNP P0DTC2 ALA 892 conflict 892 5 2 8VIA PRO C 223 ? UNP P0DTC2 ALA 899 conflict 899 6 2 8VIA PRO C 266 ? UNP P0DTC2 ALA 942 conflict 942 7 2 8VIA PRO C 310 ? UNP P0DTC2 LYS 986 conflict 986 8 2 8VIA PRO C 311 ? UNP P0DTC2 VAL 987 conflict 987 9 2 8VIA GLY C 533 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1209 10 2 8VIA SER C 534 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1210 11 2 8VIA GLY C 535 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1211 12 2 8VIA TYR C 536 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1212 13 2 8VIA ILE C 537 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1213 14 2 8VIA PRO C 538 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1214 15 2 8VIA GLU C 539 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1215 16 2 8VIA ALA C 540 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1216 17 2 8VIA PRO C 541 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1217 18 2 8VIA ARG C 542 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1218 19 2 8VIA ASP C 543 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1219 20 2 8VIA GLY C 544 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1220 21 2 8VIA GLN C 545 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1221 22 2 8VIA ALA C 546 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1222 23 2 8VIA TYR C 547 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1223 24 2 8VIA VAL C 548 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1224 25 2 8VIA ARG C 549 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1225 26 2 8VIA LYS C 550 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1226 27 2 8VIA ASP C 551 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1227 28 2 8VIA GLY C 552 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1228 29 2 8VIA GLU C 553 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1229 30 2 8VIA TRP C 554 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1230 31 2 8VIA VAL C 555 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1231 32 2 8VIA LEU C 556 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1232 33 2 8VIA LEU C 557 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1233 34 2 8VIA SER C 558 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1234 35 2 8VIA THR C 559 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1235 36 2 8VIA PHE C 560 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1236 37 2 8VIA LEU C 561 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1237 38 2 8VIA GLY C 562 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1238 39 2 8VIA ARG C 563 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1239 40 2 8VIA SER C 564 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1240 41 2 8VIA LEU C 565 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1241 42 2 8VIA GLU C 566 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1242 43 2 8VIA VAL C 567 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1243 44 2 8VIA LEU C 568 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1244 45 2 8VIA PHE C 569 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1245 46 2 8VIA GLN C 570 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1246 47 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 281 ? 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GLU L 80 PHE L 84 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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